src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.io.*;\r
  24 \r
  25 import org.apache.log4j.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 public class Jalview extends JApplet {\r
  33     public static JApplet applet;\r
  34     Desktop frame;\r
  35 \r
  36     public void init() {\r
  37         applet = this;\r
  38         Cache.loadProperties();\r
  39         jalview.gui.Preferences.initPreferences();\r
  40 \r
  41         frame = new Desktop();\r
  42         frame.setResizable(true);\r
  43         frame.setVisible(true);\r
  44         frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DO_NOTHING_ON_CLOSE);\r
  45         frame.addWindowListener(new WindowAdapter() {\r
  46                 public void windowClosing(WindowEvent e) {\r
  47                     applet.stop();\r
  48                     applet.destroy();\r
  49                 }\r
  50             });\r
  51 \r
  52         String file = getParameter("alignment");\r
  53 \r
  54         if (file != null) {\r
  55             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", file);\r
  56 \r
  57             String protocol = "File";\r
  58 \r
  59             if (file.indexOf("http:") > -1) {\r
  60                 protocol = "URL";\r
  61             }\r
  62 \r
  63             String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
  64 \r
  65             frame.LoadFile(file, protocol, format);\r
  66         }\r
  67     }\r
  68 \r
  69     public void destroy() {\r
  70         if (applet != null) {\r
  71             applet.stop();\r
  72         } else {\r
  73             System.exit(0);\r
  74         }\r
  75 \r
  76         frame.setVisible(false);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     private static void initLogger() {\r
  80         Logger l = Logger.getLogger("org.apache.axis");\r
  81 \r
  82         if (Cache.getProperty("logs.Axis.Level") == null) {\r
  83             Cache.setProperty("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString());\r
  84         }\r
  85 \r
  86         l.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Axis.Level")));\r
  87 \r
  88         ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),\r
  89                 "System.err");\r
  90         ap.setName("Axis");\r
  91         l.addAppender(ap);\r
  92     }\r
  93 \r
  94     public static void main(String[] args) {\r
  95         Cache.loadProperties();\r
  96         jalview.gui.Preferences.initPreferences();\r
  97 \r
  98         try {\r
  99             initLogger();\r
 100         } catch (Exception e) {\r
 101             System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");\r
 102             e.printStackTrace();\r
 103         }\r
 104 \r
 105         try {\r
 106             UIManager.setLookAndFeel(\r
 107             //   "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
 108             //  "javax.swing.plaf.multi.MultiLookAndFeel"\r
 109             UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());\r
 110         } catch (Exception ex) {\r
 111         }\r
 112 \r
 113         Desktop frame = new Desktop();\r
 114         frame.setResizable(true);\r
 115         frame.setVisible(true);\r
 116 \r
 117         if ((args != null) && (args.length > 0)) {\r
 118             String file = null;\r
 119 \r
 120             if (args[0].equals("-open")) {\r
 121                 file = args[1];\r
 122             } else {\r
 123                 file = args[0];\r
 124             }\r
 125 \r
 126             String protocol = "File";\r
 127 \r
 128             if (file.indexOf("http:") > -1) {\r
 129                 protocol = "URL";\r
 130             }\r
 131 \r
 132             String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 133 \r
 134             frame.LoadFile(file, protocol, format);\r
 135         }\r
 136 \r
 137         if (jalview.gui.Preferences.showStartupFile &&\r
 138                 (jalview.gui.Preferences.startupFile != null)) {\r
 139             String file = jalview.gui.Preferences.startupFile;\r
 140             String protocol = "File";\r
 141 \r
 142             if (file.indexOf("http:") > -1) {\r
 143                 protocol = "URL";\r
 144             }\r
 145 \r
 146             if (file.endsWith(".jar")) {\r
 147                 Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 148             } else {\r
 149                 String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 150                 frame.LoadFile(file, protocol, format);\r
 151             }\r
 152         }\r
 153     }\r
 154 }\r