src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.BufferedReader;
  22 import java.io.File;
  23 import java.io.FileOutputStream;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.io.OutputStreamWriter;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.lang.reflect.Constructor;
  28 import java.net.URL;
  29 import java.util.*;
  30
  31 import javax.swing.*;
  32
  33 import jalview.gui.*;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35
  36 /**
  37  * Main class for Jalview Application <br>
  38  * <br>
  39  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  40  *
  41  * @author $author$
  42  * @version $Revision$
  43  */
  44 public class Jalview
  45 {
  46
  47   /**
  48    * main class for Jalview application
  49    *
  50    * @param args
  51    *                open <em>filename</em>
  52    */
  53   public static void main(String[] args)
  54   {
  55     System.out.println("Java version: "
  56             + System.getProperty("java.version"));
  57     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  58             + System.getProperty("os.name") + " "
  59             + System.getProperty("os.version"));
  60
  61     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  62     boolean headless = false;
  63
  64     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  65     {
  66       System.out
  67               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  68                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  69                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  70                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  71                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
  72                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  73                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  74                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  75                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  76                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  77                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  78                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  79                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  80                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  81                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  82                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
  83                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
  84                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
  85                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
  86                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
  87                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
  88 //                      + "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
  89                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
  90                       +"\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
  91                       +"\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
  92                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
  93 //                      + "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
  94 //                      + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
  95                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
  96                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
  97       System.exit(0);
  98     }
  99     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 100     // anything else!
 101     String defs = aparser.getValue("setprop");
 102     while (defs!=null)
 103     {
 104       int p = defs.indexOf('=');
 105       if ( p==-1 )
 106       {
 107         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : "+defs);
 108       } else {
 109         System.out.println("Executing setprop argument: "+defs);
 110         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 111         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 112       }
 113       defs = aparser.getValue("setprop");
 114     }
 115     if (aparser.contains("nodisplay"))
 116     {
 117       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 118     }
 119     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 120             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 121     {
 122       headless = true;
 123     }
 124
 125     try
 126     {
 127       Cache.initLogger();
 128     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 129     {
 130       error.printStackTrace();
 131       System.out
 132               .println("\nEssential logging libraries not found."
 133                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 134       System.exit(0);
 135     }
 136
 137     Desktop desktop = null;
 138
 139     try
 140     {
 141       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 142       // UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 143               // "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 144               // "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 145               // "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 146               // "com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 147
 148
 149               );
 150     } catch (Exception ex)
 151     {
 152     }
 153     if (!headless)
 154     {
 155       desktop = new Desktop();
 156       desktop.setVisible(true);
 157       desktop.discoverer.start();
 158       if (!aparser.contains("nousagestats") && Cache.getDefault("USAGESTATS", true)) {
 159         Cache.log.info("Initialising googletracker for usage stats.");
 160         Cache.initGoogleTracker();
 161         Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 162       } else {
 163         Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 164       }
 165       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 166       {
 167         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 168         if (url != null)
 169         {
 170           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 171           // questionnaire
 172           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 173           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 174         }
 175         else
 176         {
 177           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 178           {
 179             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 180             // questionnaire
 181             // String defurl =
 182             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 183             // //
 184             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 185             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 186                     + defurl);
 187             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 188
 189           }
 190         }
 191       }
 192     }
 193
 194     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 195     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 196     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 197                                 // features from
 198     // loading is done.
 199     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 200                                 // completed one way or another
 201     // extract groovy argument and execute if necessary
 202     groovyscript = aparser.getValue("groovy");
 203     file = aparser.getValue("open");
 204
 205     if (file == null && desktop == null)
 206     {
 207       System.out.println("No files to open!");
 208       System.exit(1);
 209     }
 210     String vamsasImport=aparser.getValue("vdoc"),vamsasSession=aparser.getValue("vsess");
 211     if (vamsasImport!=null || vamsasSession!=null)
 212     {
 213       if (desktop==null || headless)
 214       {
 215         System.out.println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 216         System.exit(1);
 217       }
 218       // if we have a file, start a new session and import it.
 219       boolean inSession = false;
 220       if (vamsasImport!=null)
 221       {
 222         try {
 223           inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 224
 225           } catch (Exception e)
 226           {
 227             System.err.println("Exeption when importing "+vamsasImport+" as a vamsas document.");
 228             e.printStackTrace();
 229           }
 230           if (!inSession) {
 231             System.err.println("Failed to import "+vamsasImport+" as a vamsas document.");
 232           } else {
 233             System.out.println("Imported Successfully into new session "+desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 234         }
 235       }
 236       if (vamsasSession!=null) {
 237         if (vamsasImport!=null) {
 238        // close the newly imported session and import the Jalview specific remnants into the new session later on.
 239           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 240         }
 241         // now join the new session
 242         try {
 243           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession)) {
 244             System.out.println("Successfully joined vamsas session "+vamsasSession);
 245           } else {
 246             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "+vamsasSession);
 247           }
 248         } catch (Exception e)
 249         {
 250           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "+vamsasSession);
 251           e.printStackTrace();
 252         }
 253         if (vamsasImport!=null) {
 254           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new session at the user's leisure.
 255           Cache.log.info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO: enable this when debugged
 256           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 257         }
 258       }
 259     }
 260     // Finally, deal with the remaining input data.
 261     if (file != null)
 262     {
 263       System.out.println("Opening file: " + file);
 264
 265       if (!file.startsWith("http://"))
 266       {
 267         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 268         {
 269           System.out.println("Can't find " + file);
 270           if (headless)
 271           {
 272             System.exit(1);
 273           }
 274         }
 275       }
 276
 277       protocol = checkProtocol(file);
 278
 279       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 280
 281       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 282               format);
 283
 284       if (af == null)
 285       {
 286         System.out.println("error");
 287         return;
 288       }
 289
 290       data = aparser.getValue("colour");
 291       if (data != null)
 292       {
 293         data.replaceAll("%20", " ");
 294
 295         jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 296                 .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 297
 298         if (cs == null)
 299         {
 300           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 301                   "white");
 302           ucs.parseAppletParameter(data);
 303           cs = ucs;
 304         }
 305
 306         System.out.println("colour is " + data);
 307         af.changeColour(cs);
 308       }
 309
 310       // Must maintain ability to use the groups flag
 311       data = aparser.getValue("groups");
 312       if (data != null)
 313       {
 314         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 315         System.out.println("Added " + data);
 316       }
 317       data = aparser.getValue("features");
 318       if (data != null)
 319       {
 320         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 321         System.out.println("Added " + data);
 322       }
 323
 324       data = aparser.getValue("annotations");
 325       if (data != null)
 326       {
 327         af.loadJalviewDataFile(data);
 328         System.out.println("Added " + data);
 329       }
 330       // set or clear the sortbytree flag.
 331       if (aparser.contains("sortbytree"))
 332       {
 333         af.getViewport().setSortByTree(true);
 334       }
 335       if (aparser.contains("nosortbytree"))
 336       {
 337         af.getViewport().setSortByTree(false);
 338       }
 339       data = aparser.getValue("tree");
 340       if (data != null)
 341       {
 342         jalview.io.NewickFile fin = null;
 343         try
 344         {
 345           fin = new jalview.io.NewickFile(data, checkProtocol(data));
 346           if (fin != null)
 347           {
 348             af.getViewport().setCurrentTree(
 349                     af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 350             System.out.println("Added tree " + data);
 351           }
 352         } catch (IOException ex)
 353         {
 354           System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 355           ex.printStackTrace(System.err);
 356         }
 357       }
 358       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 359       if (af != null && getFeatures != null)
 360       {
 361         startFeatureFetching(getFeatures);
 362         // need to block until fetching is complete.
 363         while (af.operationInProgress())
 364         {
 365           // wait around until fetching is finished.
 366           try
 367           {
 368             Thread.sleep(10);
 369           } catch (Exception e)
 370           {
 371
 372           }
 373         }
 374       }
 375       if (groovyscript != null)
 376       {
 377         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 378         // and before any images or figures are generated.
 379         if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 380         {
 381           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 382           executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 383         }
 384         else
 385         {
 386           System.err
 387                   .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 388                           + groovyscript);
 389         }
 390         groovyscript = null;
 391       }
 392       String imageName = "unnamed.png";
 393       while (aparser.getSize() > 1)
 394       {
 395         format = aparser.nextValue();
 396         file = aparser.nextValue();
 397
 398         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 399         {
 400           af.createPNG(new java.io.File(file));
 401           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 402           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 403           continue;
 404         }
 405         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 406         {
 407           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 408           System.out.println("Creating image map: " + file);
 409           continue;
 410         }
 411         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 412         {
 413           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 414           af.createEPS(new java.io.File(file));
 415           continue;
 416         }
 417
 418         if (af.saveAlignment(file, format))
 419         {
 420           System.out.println("Written alignment in " + format
 421                   + " format to " + file);
 422         }
 423         else
 424         {
 425           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format
 426                   + " format!!");
 427         }
 428
 429       }
 430
 431       while (aparser.getSize() > 0)
 432       {
 433         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 434       }
 435     }
 436     AlignFrame startUpAlframe = null;
 437     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 438     // And the user
 439     // ////////////////////
 440     if (!headless && file == null && vamsasImport==null
 441             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 442     {
 443       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 444               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar");
 445
 446       protocol = "File";
 447
 448       if (file.indexOf("http:") > -1)
 449       {
 450         protocol = "URL";
 451       }
 452
 453       if (file.endsWith(".jar"))
 454       {
 455         format = "Jalview";
 456       }
 457       else
 458       {
 459         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 460       }
 461
 462       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 463               format);
 464       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 465       // extract groovy arguments before anything else.
 466     }
 467     // Once all loading is done. Retrieve features.
 468     if (getFeatures != null)
 469     {
 470       if (startUpAlframe != null)
 471       {
 472         startFeatureFetching(getFeatures);
 473       }
 474     }
 475     if (groovyscript != null)
 476     {
 477       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 478       {
 479         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 480         executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 481       }
 482       else
 483       {
 484         System.err
 485                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 486                         + groovyscript);
 487       }
 488     }
 489
 490     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 491   }
 492
 493   /**
 494    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 495    *
 496    * @param groovyscript
 497    *                the script to execute
 498    * @param jalviewContext
 499    *                the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding
 500    *                as the 'Jalview' object.
 501    */
 502   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 503           Object jalviewContext)
 504   {
 505     if (jalviewContext == null)
 506     {
 507       System.err
 508               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 509     }
 510     File sfile = null;
 511     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 512     {
 513       // read from stdin into a tempfile and execute it
 514       try
 515       {
 516         sfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 517         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 518                 new FileOutputStream(sfile)));
 519         BufferedReader br = new BufferedReader(
 520                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 521         String line = null;
 522         while ((line = br.readLine()) != null)
 523         {
 524           outfile.write(line + "\n");
 525         }
 526         br.close();
 527         outfile.flush();
 528         outfile.close();
 529
 530       } catch (Exception ex)
 531       {
 532         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 533                 + ((sfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : sfile
 534                         .toString()));
 535         ex.printStackTrace();
 536         return;
 537       }
 538     }
 539     else
 540     {
 541       sfile = new File(groovyscript);
 542     }
 543     if (!sfile.exists())
 544     {
 545       System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 546       return;
 547     }
 548     if (!sfile.canRead())
 549     {
 550       System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 551       return;
 552     }
 553     if (sfile.length() < 1)
 554     {
 555       System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 556       return;
 557     }
 558     boolean success = false;
 559     try
 560     {
 561       /*
 562        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 563        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 564        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 565        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 566        *
 567        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 568        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding =
 569        * new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 570        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 571        */
 572       ClassLoader cl = jalviewContext.getClass().getClassLoader();
 573       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 574       Constructor gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 575       Object gbinding = gbcons.newInstance(null);
 576       java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod("setVariable",
 577               new Class[]
 578               { String.class, Object.class });
 579       setvar.invoke(gbinding, new Object[]
 580       { "Jalview", jalviewContext });
 581       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 582       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 583       { URL[].class }); // String[].class });
 584       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 585       { new URL[]
 586       { sfile.toURL() } }); // .toString() } });
 587       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 588       { String.class, gbindingc });
 589       run.invoke(gse, new Object[]
 590       { sfile.getName(), gbinding });
 591       success = true;
 592     } catch (Exception e)
 593     {
 594       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 595               + " as a groovy script.");
 596       e.printStackTrace(System.err);
 597
 598     }
 599     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 600     {
 601       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 602       // executed
 603       sfile.delete();
 604     }
 605   }
 606
 607   /**
 608    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 609    *
 610    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 611    */
 612   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 613   {
 614     Vector source = null;
 615     String data;
 616     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 617     while ((data = aparser.getValue("dasserver")) != null)
 618     {
 619       String nickname = null;
 620       String url = null;
 621       boolean seq=false,feat=true;
 622       int pos = data.indexOf('=');
 623       // determine capabilities
 624       if (pos > 0)
 625       {
 626         nickname = data.substring(0, pos);
 627       }
 628       url = data.substring(pos + 1);
 629       if (url != null && (url.startsWith("http:") || url.startsWith("sequence:http:")))
 630       {
 631         if (nickname == null)
 632         {
 633           nickname = url;
 634         }
 635         if (locsources == null)
 636         {
 637           locsources = "";
 638         }
 639         else
 640         {
 641           locsources += "\t";
 642         }
 643         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 644         System.err
 645                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 646                         + nickname + "|" + url);
 647         if (source == null)
 648         {
 649           source = new Vector();
 650         }
 651         source.addElement(nickname);
 652       }
 653     } // loop until no more server entries are found.
 654     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 655     {
 656       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 657               + locsources);
 658       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 659     }
 660     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom")) != null)
 661     {
 662       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 663       if (source == null)
 664       {
 665         source = new Vector();
 666       }
 667       source.addElement(data);
 668     }
 669     return source;
 670   }
 671
 672   /**
 673    * start a feature fetcher for every alignment frame
 674    *
 675    * @param dasSources
 676    */
 677   private static void startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 678   {
 679     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 680     if (afs == null || afs.length == 0)
 681     {
 682       return;
 683     }
 684     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 685     {
 686       final AlignFrame af = afs[i];
 687       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 688       {
 689
 690         public void run()
 691         {
 692           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 693           af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources);
 694         }
 695       });
 696     }
 697   }
 698
 699   private static String checkProtocol(String file)
 700   {
 701     String protocol = jalview.io.FormatAdapter.FILE;
 702
 703     if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") > -1)
 704     {
 705       protocol = jalview.io.FormatAdapter.URL;
 706     }
 707     return protocol;
 708   }
 709 }
 710
 711 /**
 712  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 713  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 714  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 715  * prefixing it).
 716  *
 717  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 718  *
 719  */
 720 class ArgsParser
 721 {
 722   Vector vargs = null;
 723
 724   public ArgsParser(String[] args)
 725   {
 726     vargs = new Vector();
 727     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 728     {
 729       String arg = args[i].trim();
 730       if (arg.charAt(0) == '-')
 731       {
 732         arg = arg.substring(1);
 733       }
 734       vargs.addElement(arg);
 735     }
 736   }
 737
 738   /**
 739    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 740    *
 741    * @param arg
 742    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 743    */
 744   public String getValue(String arg)
 745   {
 746     int index = vargs.indexOf(arg);
 747     String ret = null;
 748     if (index != -1)
 749     {
 750       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 751       vargs.removeElementAt(index);
 752       vargs.removeElementAt(index);
 753     }
 754     return ret;
 755   }
 756
 757   /**
 758    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 759    *
 760    * @param arg
 761    * @return true if arg was present in argslist.
 762    */
 763   public boolean contains(String arg)
 764   {
 765     if (vargs.contains(arg))
 766     {
 767       vargs.removeElement(arg);
 768       return true;
 769     }
 770     else
 771     {
 772       return false;
 773     }
 774   }
 775
 776   public String nextValue()
 777   {
 778     return vargs.remove(0).toString();
 779   }
 780
 781   public int getSize()
 782   {
 783     return vargs.size();
 784   }
 785
 786 }