src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.io.BufferedReader;
  24 import java.io.File;
  25 import java.io.FileOutputStream;
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.io.InputStreamReader;
  28 import java.io.OutputStreamWriter;
  29 import java.io.PrintWriter;
  30 import java.net.MalformedURLException;
  31 import java.net.URI;
  32 import java.net.URISyntaxException;
  33 import java.net.URL;
  34 import java.security.AllPermission;
  35 import java.security.CodeSource;
  36 import java.security.PermissionCollection;
  37 import java.security.Permissions;
  38 import java.security.Policy;
  39 import java.util.HashMap;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.Vector;
  42
  43 import javax.swing.UIManager;
  44 import javax.swing.UIManager.LookAndFeelInfo;
  45
  46 import com.threerings.getdown.util.LaunchUtil;
  47
  48 import groovy.lang.Binding;
  49 import groovy.util.GroovyScriptEngine;
  50 import jalview.ext.so.SequenceOntology;
  51 import jalview.gui.AlignFrame;
  52 import jalview.gui.Desktop;
  53 import jalview.gui.PromptUserConfig;
  54 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  55 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  56 import jalview.io.DataSourceType;
  57 import jalview.io.FileFormat;
  58 import jalview.io.FileFormatException;
  59 import jalview.io.FileFormatI;
  60 import jalview.io.FileLoader;
  61 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  62 import jalview.io.IdentifyFile;
  63 import jalview.io.NewickFile;
  64 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  65 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  66 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  67 import jalview.util.MessageManager;
  68 import jalview.util.Platform;
  69 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  70
  71 /**
  72  * Main class for Jalview Application <br>
  73  * <br>
  74  * start with: java -classpath "$PATH_TO_LIB$/*:$PATH_TO_CLASSES$" \
  75  * jalview.bin.Jalview
  76  *
  77  * or on Windows: java -classpath "$PATH_TO_LIB$/*;$PATH_TO_CLASSES$" \
  78  * jalview.bin.Jalview jalview.bin.Jalview
  79  *
  80  * (ensure -classpath arg is quoted to avoid shell expansion of '*' and do not
  81  * embellish '*' to e.g. '*.jar')
  82  *
  83  * @author $author$
  84  * @version $Revision$
  85  */
  86 public class Jalview
  87 {
  88   /*
  89    * singleton instance of this class
  90    */
  91   private static Jalview instance;
  92
  93   private Desktop desktop;
  94
  95   public static AlignFrame currentAlignFrame;
  96
  97   static
  98   {
  99     // grab all the rights we can the JVM
 100     Policy.setPolicy(new Policy()
 101     {
 102       @Override
 103       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
 104       {
 105         Permissions perms = new Permissions();
 106         perms.add(new AllPermission());
 107         return (perms);
 108       }
 109
 110       @Override
 111       public void refresh()
 112       {
 113       }
 114     });
 115   }
 116
 117   /**
 118    * keep track of feature fetching tasks.
 119    *
 120    * @author JimP
 121    *
 122    */
 123   class FeatureFetcher
 124   {
 125     /*
 126      * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch processing
 127      * events.
 128      */
 129
 130     private int queued = 0;
 131
 132     private int running = 0;
 133
 134     public FeatureFetcher()
 135     {
 136
 137     }
 138
 139     public void addFetcher(final AlignFrame af,
 140             final Vector<String> dasSources)
 141     {
 142       final long id = System.currentTimeMillis();
 143       queued++;
 144       final FeatureFetcher us = this;
 145       new Thread(new Runnable()
 146       {
 147
 148         @Override
 149         public void run()
 150         {
 151           synchronized (us)
 152           {
 153             queued--;
 154             running++;
 155           }
 156
 157           af.setProgressBar(MessageManager
 158                   .getString("status.das_features_being_retrived"), id);
 159           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 160           af.setProgressBar(null, id);
 161           synchronized (us)
 162           {
 163             running--;
 164           }
 165         }
 166       }).start();
 167     }
 168
 169     public synchronized boolean allFinished()
 170     {
 171       return queued == 0 && running == 0;
 172     }
 173
 174   }
 175
 176   public static Jalview getInstance()
 177   {
 178     return instance;
 179   }
 180
 181   /**
 182    * main class for Jalview application
 183    *
 184    * @param args
 185    *          open <em>filename</em>
 186    */
 187   public static void main(String[] args)
 188   {
 189     instance = new Jalview();
 190     instance.doMain(args);
 191   }
 192
 193   /**
 194    * @param args
 195    */
 196   void doMain(String[] args)
 197   {
 198     System.setSecurityManager(null);
 199     System.out
 200             .println("Java version: " + System.getProperty("java.version"));
 201     System.out.println("Java Home: " + System.getProperty("java.home"));
 202     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
 203             + System.getProperty("os.name") + " "
 204             + System.getProperty("os.version"));
 205     String val = System.getProperty("sys.install4jVersion");
 206     if (val != null)
 207     {
 208       System.out.println("Install4j version: " + val);
 209     }
 210     val = System.getProperty("installer_template_version");
 211     if (val != null)
 212     {
 213       System.out.println("Install4j template version: " + val);
 214     }
 215     val = System.getProperty("launcher_version");
 216     if (val != null)
 217     {
 218       System.out.println("Launcher version: " + val);
 219     }
 220
 221     // report Jalview version
 222     Cache.loadBuildProperties(true);
 223
 224     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 225     boolean headless = false;
 226
 227     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 228     {
 229       showUsage();
 230       System.exit(0);
 231     }
 232     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 233             || aparser.contains("headless"))
 234     {
 235       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 236       headless = true;
 237     }
 238     String usrPropsFile = aparser.getValue("props");
 239     Cache.loadProperties(usrPropsFile); // must do this before
 240     if (usrPropsFile != null)
 241     {
 242       System.out.println(
 243               "CMD [-props " + usrPropsFile + "] executed successfully!");
 244     }
 245
 246     // anything else!
 247
 248     final String jabawsUrl = aparser.getValue("jabaws");
 249     if (jabawsUrl != null)
 250     {
 251       try
 252       {
 253         Jws2Discoverer.getDiscoverer().setPreferredUrl(jabawsUrl);
 254         System.out.println(
 255                 "CMD [-jabaws " + jabawsUrl + "] executed successfully!");
 256       } catch (MalformedURLException e)
 257       {
 258         System.err.println(
 259                 "Invalid jabaws parameter: " + jabawsUrl + " ignored");
 260       }
 261     }
 262
 263     String defs = aparser.getValue("setprop");
 264     while (defs != null)
 265     {
 266       int p = defs.indexOf('=');
 267       if (p == -1)
 268       {
 269         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 270       }
 271       else
 272       {
 273         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 274         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 275         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 276         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 277       }
 278       defs = aparser.getValue("setprop");
 279     }
 280     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 281             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 282     {
 283       headless = true;
 284     }
 285     System.setProperty("http.agent",
 286             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 287     try
 288     {
 289       Cache.initLogger();
 290     } catch (NoClassDefFoundError error)
 291     {
 292       error.printStackTrace();
 293       System.out.println("\nEssential logging libraries not found."
 294               + "\nUse: java -classpath \"$PATH_TO_LIB$/*:$PATH_TO_CLASSES$\" jalview.bin.Jalview");
 295       System.exit(0);
 296     }
 297
 298     desktop = null;
 299
 300     setLookAndFeel();
 301
 302     /*
 303      * configure 'full' SO model if preferences say to, else use the default (SO
 304      * Lite)
 305      */
 306     if (Cache.getDefault("USE_FULL_SO", true))
 307     {
 308       SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntology());
 309     }
 310
 311     if (!headless)
 312     {
 313       desktop = new Desktop();
 314       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 315
 316       try
 317       {
 318         JalviewTaskbar.setTaskbar(this);
 319       } catch (Exception e)
 320       {
 321         Cache.log.info("Cannot set Taskbar");
 322         Cache.log.error(e.getMessage());
 323         // e.printStackTrace();
 324       } catch (Throwable t)
 325       {
 326         Cache.log.info("Cannot set Taskbar");
 327         Cache.log.error(t.getMessage());
 328         // t.printStackTrace();
 329       }
 330
 331       desktop.setVisible(true);
 332       desktop.startServiceDiscovery();
 333       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 334       {
 335         startUsageStats(desktop);
 336       }
 337       else
 338       {
 339         System.err.println("CMD [-nousagestats] executed successfully!");
 340       }
 341
 342       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 343       {
 344         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 345         if (url != null)
 346         {
 347           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 348           // questionnaire
 349           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 350           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 351           System.out.println(
 352                   "CMD questionnaire[-" + url + "] executed successfully!");
 353         }
 354         else
 355         {
 356           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 357           {
 358             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 359             // questionnaire
 360             // String defurl =
 361             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 362             // //
 363             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 364             Cache.log.debug(
 365                     "Starting questionnaire with default url: " + defurl);
 366             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 367           }
 368         }
 369       }
 370       else
 371       {
 372         System.err.println("CMD [-noquestionnaire] executed successfully!");
 373       }
 374
 375       if (!aparser.contains("nonews"))
 376       {
 377         desktop.checkForNews();
 378       }
 379
 380       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
 381     }
 382
 383     // Move any new getdown-launcher-new.jar into place over old
 384     // getdown-launcher.jar
 385     String appdirString = System.getProperty("getdownappdir");
 386     if (appdirString != null && appdirString.length() > 0)
 387     {
 388       final File appdir = new File(appdirString);
 389       new Thread()
 390       {
 391         @Override
 392         public void run()
 393         {
 394           LaunchUtil.upgradeGetdown(
 395                   new File(appdir, "getdown-launcher-old.jar"),
 396                   new File(appdir, "getdown-launcher.jar"),
 397                   new File(appdir, "getdown-launcher-new.jar"));
 398         }
 399       }.start();
 400     }
 401
 402     String file = null, data = null;
 403     FileFormatI format = null;
 404     DataSourceType protocol = null;
 405     FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 406
 407     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 408     // completed one way or another
 409     // extract groovy argument and execute if necessary
 410     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 411     file = aparser.getValue("open", true);
 412
 413     if (file == null && desktop == null)
 414     {
 415       System.out.println("No files to open!");
 416       System.exit(1);
 417     }
 418     long progress = -1;
 419     // Finally, deal with the remaining input data.
 420     if (file != null)
 421     {
 422       if (!headless)
 423       {
 424         desktop.setProgressBar(
 425                 MessageManager
 426                         .getString("status.processing_commandline_args"),
 427                 progress = System.currentTimeMillis());
 428       }
 429       System.out.println("CMD [-open " + file + "] executed successfully!");
 430
 431       if (!file.startsWith("http://"))
 432       {
 433         if (!(new File(file)).exists())
 434         {
 435           System.out.println("Can't find " + file);
 436           if (headless)
 437           {
 438             System.exit(1);
 439           }
 440         }
 441       }
 442
 443       protocol = AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 444
 445       try
 446       {
 447         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 448       } catch (FileFormatException e1)
 449       {
 450         // TODO ?
 451       }
 452
 453       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 454               format);
 455       if (af == null)
 456       {
 457         System.out.println("error");
 458       }
 459       else
 460       {
 461         setCurrentAlignFrame(af);
 462         data = aparser.getValue("colour", true);
 463         if (data != null)
 464         {
 465           data.replaceAll("%20", " ");
 466
 467           ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 468                   af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(), data);
 469
 470           if (cs != null)
 471           {
 472             System.out.println(
 473                     "CMD [-color " + data + "] executed successfully!");
 474           }
 475           af.changeColour(cs);
 476         }
 477
 478         // Must maintain ability to use the groups flag
 479         data = aparser.getValue("groups", true);
 480         if (data != null)
 481         {
 482           af.parseFeaturesFile(data,
 483                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 484           // System.out.println("Added " + data);
 485           System.out.println(
 486                   "CMD groups[-" + data + "]  executed successfully!");
 487         }
 488         data = aparser.getValue("features", true);
 489         if (data != null)
 490         {
 491           af.parseFeaturesFile(data,
 492                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 493           // System.out.println("Added " + data);
 494           System.out.println(
 495                   "CMD [-features " + data + "]  executed successfully!");
 496         }
 497
 498         data = aparser.getValue("annotations", true);
 499         if (data != null)
 500         {
 501           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 502           // System.out.println("Added " + data);
 503           System.out.println(
 504                   "CMD [-annotations " + data + "] executed successfully!");
 505         }
 506         // set or clear the sortbytree flag.
 507         if (aparser.contains("sortbytree"))
 508         {
 509           af.getViewport().setSortByTree(true);
 510           if (af.getViewport().getSortByTree())
 511           {
 512             System.out.println("CMD [-sortbytree] executed successfully!");
 513           }
 514         }
 515         if (aparser.contains("no-annotation"))
 516         {
 517           af.getViewport().setShowAnnotation(false);
 518           if (!af.getViewport().isShowAnnotation())
 519           {
 520             System.out.println("CMD no-annotation executed successfully!");
 521           }
 522         }
 523         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 524         {
 525           af.getViewport().setSortByTree(false);
 526           if (!af.getViewport().getSortByTree())
 527           {
 528             System.out
 529                     .println("CMD [-nosortbytree] executed successfully!");
 530           }
 531         }
 532         data = aparser.getValue("tree", true);
 533         if (data != null)
 534         {
 535           try
 536           {
 537             System.out.println(
 538                     "CMD [-tree " + data + "] executed successfully!");
 539             NewickFile nf = new NewickFile(data,
 540                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 541             af.getViewport()
 542                     .setCurrentTree(af.showNewickTree(nf, data).getTree());
 543           } catch (IOException ex)
 544           {
 545             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 546             ex.printStackTrace(System.err);
 547           }
 548         }
 549         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 550         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 551         // sequence)
 552         if (groovyscript != null)
 553         {
 554           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 555           // and before any images or figures are generated.
 556           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 557           executeGroovyScript(groovyscript, af);
 558           System.out.println("CMD groovy[" + groovyscript
 559                   + "] executed successfully!");
 560           groovyscript = null;
 561         }
 562         String imageName = "unnamed.png";
 563         while (aparser.getSize() > 1)
 564         {
 565           String outputFormat = aparser.nextValue();
 566           file = aparser.nextValue();
 567
 568           if (outputFormat.equalsIgnoreCase("png"))
 569           {
 570             af.createPNG(new File(file));
 571             imageName = (new File(file)).getName();
 572             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 573             continue;
 574           }
 575           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("svg"))
 576           {
 577             File imageFile = new File(file);
 578             imageName = imageFile.getName();
 579             af.createSVG(imageFile);
 580             System.out.println("Creating SVG image: " + file);
 581             continue;
 582           }
 583           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("html"))
 584           {
 585             File imageFile = new File(file);
 586             imageName = imageFile.getName();
 587             HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 588             htmlSVG.exportHTML(file);
 589
 590             System.out.println("Creating HTML image: " + file);
 591             continue;
 592           }
 593           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("biojsmsa"))
 594           {
 595             if (file == null)
 596             {
 597               System.err.println("The output html file must not be null");
 598               return;
 599             }
 600             try
 601             {
 602               BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 603                       BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 604             } catch (URISyntaxException e)
 605             {
 606               e.printStackTrace();
 607             }
 608             BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 609             bjs.exportHTML(file);
 610             System.out
 611                     .println("Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + file);
 612             continue;
 613           }
 614           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 615           {
 616             af.createImageMap(new File(file), imageName);
 617             System.out.println("Creating image map: " + file);
 618             continue;
 619           }
 620           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("eps"))
 621           {
 622             File outputFile = new File(file);
 623             System.out.println(
 624                     "Creating EPS file: " + outputFile.getAbsolutePath());
 625             af.createEPS(outputFile);
 626             continue;
 627           }
 628
 629           if (af.saveAlignment(file, format))
 630           {
 631             System.out.println("Written alignment in " + format
 632                     + " format to " + file);
 633           }
 634           else
 635           {
 636             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 637                     + format + " format!!");
 638           }
 639
 640         }
 641
 642         while (aparser.getSize() > 0)
 643         {
 644           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 645         }
 646       }
 647     }
 648     AlignFrame startUpAlframe = null;
 649     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 650     // And the user
 651     // ////////////////////
 652
 653     if (!headless && file == null
 654             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 655     {
 656       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 657               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 658                       "http://www.jalview.org")
 659                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 660       if (file.equals(
 661               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 662       {
 663         // hardwire upgrade of the startup file
 664         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 665         // and remove the stale setting
 666         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 667       }
 668
 669       protocol = DataSourceType.FILE;
 670
 671       if (file.indexOf("http:") > -1)
 672       {
 673         protocol = DataSourceType.URL;
 674       }
 675
 676       if (file.endsWith(".jar"))
 677       {
 678         format = FileFormat.Jalview;
 679       }
 680       else
 681       {
 682         try
 683         {
 684           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 685         } catch (FileFormatException e)
 686         {
 687           // TODO what?
 688         }
 689       }
 690
 691       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 692               format);
 693       // extract groovy arguments before anything else.
 694     }
 695
 696     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 697     if (groovyscript != null)
 698     {
 699       if (Cache.groovyJarsPresent())
 700       {
 701         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 702         executeGroovyScript(groovyscript, startUpAlframe);
 703       }
 704       else
 705       {
 706         System.err.println(
 707                 "Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 708                         + groovyscript);
 709       }
 710     }
 711     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 712     if (desktop != null)
 713     {
 714       if (progress != -1)
 715       {
 716         desktop.setProgressBar(null, progress);
 717       }
 718       desktop.setInBatchMode(false);
 719     }
 720   }
 721
 722   private static void setLookAndFeel()
 723   {
 724     // property laf = "crossplatform", "system", "gtk", "metal", "nimbus" or
 725     // "mac"
 726     // If not set (or chosen laf fails), use the normal SystemLaF and if on Mac,
 727     // try Quaqua/Vaqua.
 728     String lafProp = System.getProperty("laf");
 729     String lafSetting = Cache.getDefault("PREFERRED_LAF", null);
 730     String laf = "none";
 731     if (lafProp != null)
 732     {
 733       laf = lafProp;
 734     }
 735     else if (lafSetting != null)
 736     {
 737       laf = lafSetting;
 738     }
 739     boolean lafSet = false;
 740     switch (laf)
 741     {
 742     case "crossplatform":
 743       lafSet = setCrossPlatformLookAndFeel();
 744       if (!lafSet)
 745       {
 746         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 747       }
 748       break;
 749     case "system":
 750       lafSet = setSystemLookAndFeel();
 751       if (!lafSet)
 752       {
 753         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 754       }
 755       break;
 756     case "gtk":
 757       lafSet = setGtkLookAndFeel();
 758       if (!lafSet)
 759       {
 760         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 761       }
 762       break;
 763     case "metal":
 764       lafSet = setMetalLookAndFeel();
 765       if (!lafSet)
 766       {
 767         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 768       }
 769       break;
 770     case "nimbus":
 771       lafSet = setNimbusLookAndFeel();
 772       if (!lafSet)
 773       {
 774         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 775       }
 776       break;
 777     case "quaqua":
 778       lafSet = setQuaquaLookAndFeel();
 779       if (!lafSet)
 780       {
 781         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 782       }
 783       break;
 784     case "vaqua":
 785       lafSet = setVaquaLookAndFeel();
 786       if (!lafSet)
 787       {
 788         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 789       }
 790       break;
 791     case "mac":
 792       lafSet = setMacLookAndFeel();
 793       if (!lafSet)
 794       {
 795         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 796       }
 797       break;
 798     case "none":
 799       break;
 800     default:
 801       Cache.log.error("Requested laf=" + laf + " not implemented");
 802     }
 803     if (!lafSet)
 804     {
 805       setSystemLookAndFeel();
 806       if (Platform.isLinux())
 807       {
 808         setMetalLookAndFeel();
 809       }
 810       if (Platform.isAMac())
 811       {
 812         setMacLookAndFeel();
 813       }
 814     }
 815   }
 816
 817   private static boolean setCrossPlatformLookAndFeel()
 818   {
 819     boolean set = false;
 820     try
 821     {
 822       UIManager.setLookAndFeel(
 823               UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName());
 824       set = true;
 825     } catch (Exception ex)
 826     {
 827       Cache.log.error("Unexpected Look and Feel Exception");
 828       Cache.log.error(ex.getMessage());
 829       Cache.log.debug(Cache.getStackTraceString(ex));
 830     }
 831     return set;
 832   }
 833
 834   private static boolean setSystemLookAndFeel()
 835   {
 836     boolean set = false;
 837     try
 838     {
 839       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 840       set = true;
 841     } catch (Exception ex)
 842     {
 843       Cache.log.error("Unexpected Look and Feel Exception");
 844       Cache.log.error(ex.getMessage());
 845       Cache.log.debug(Cache.getStackTraceString(ex));
 846     }
 847     return set;
 848   }
 849
 850   private static boolean setSpecificLookAndFeel(String name,
 851           String className, boolean nameStartsWith)
 852   {
 853     boolean set = false;
 854     try
 855     {
 856       for (LookAndFeelInfo info : UIManager.getInstalledLookAndFeels())
 857       {
 858         if (info.getName() != null && nameStartsWith
 859                 ? info.getName().toLowerCase()
 860                         .startsWith(name.toLowerCase())
 861                 : info.getName().toLowerCase().equals(name.toLowerCase()))
 862         {
 863           className = info.getClassName();
 864           break;
 865         }
 866       }
 867       UIManager.setLookAndFeel(className);
 868       set = true;
 869     } catch (Exception ex)
 870     {
 871       Cache.log.error("Unexpected Look and Feel Exception");
 872       Cache.log.error(ex.getMessage());
 873       Cache.log.debug(Cache.getStackTraceString(ex));
 874     }
 875     return set;
 876   }
 877
 878   private static boolean setGtkLookAndFeel()
 879   {
 880     return setSpecificLookAndFeel("gtk",
 881             "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel", true);
 882   }
 883
 884   private static boolean setMetalLookAndFeel()
 885   {
 886     return setSpecificLookAndFeel("metal",
 887             "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel", false);
 888   }
 889
 890   private static boolean setNimbusLookAndFeel()
 891   {
 892     return setSpecificLookAndFeel("nimbus",
 893             "javax.swing.plaf.nimbus.NimbusLookAndFeel", false);
 894   }
 895
 896   private static boolean setQuaquaLookAndFeel()
 897   {
 898     return setSpecificLookAndFeel("quaqua",
 899             ch.randelshofer.quaqua.QuaquaManager.getLookAndFeel().getClass()
 900                     .getName(),
 901             false);
 902   }
 903
 904   private static boolean setVaquaLookAndFeel()
 905   {
 906     return setSpecificLookAndFeel("vaqua",
 907             "org.violetlib.aqua.AquaLookAndFeel", false);
 908   }
 909
 910   private static boolean setMacLookAndFeel()
 911   {
 912     boolean set = false;
 913     System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
 914             "Jalview");
 915     System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 916     set = setQuaquaLookAndFeel();
 917     if ((!set) || !UIManager.getLookAndFeel().getClass().toString()
 918             .toLowerCase().contains("quaqua"))
 919     {
 920       set = setVaquaLookAndFeel();
 921     }
 922     return set;
 923   }
 924
 925   private static void showUsage()
 926   {
 927     System.out.println(
 928             "Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 929                     + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 930                     + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 931                     + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 932                     + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 933                     + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 934                     + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 935                     + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 936                     + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 937                     + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 938                     + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 939                     + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 940                     + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 941                     + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 942                     + "-json FILE\tCreate alignment file FILE in JSON format.\n"
 943                     + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 944                     + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 945                     + "-svg FILE\tCreate SVG image FILE from alignment.\n"
 946                     + "-html FILE\tCreate HTML file from alignment.\n"
 947                     + "-biojsMSA FILE\tCreate BioJS MSA Viewer HTML file from alignment.\n"
 948                     + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 949                     + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 950                     + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 951                     + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 952                     + "-nonews\tTurn off check for Jalview news.\n"
 953                     + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 954                     + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 955                     // +
 956                     // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property,
 957                     // after all other properties files have been read\n\t
 958                     // (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are
 959                     // passed in correctly)"
 960                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
 961                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 962                     + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 963                     + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 964   }
 965
 966   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 967   {
 968     /**
 969      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 970      */
 971     PromptUserConfig prompter = new PromptUserConfig(Desktop.desktop,
 972             "USAGESTATS", "Jalview Usage Statistics",
 973             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 974                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 975                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 976             new Runnable()
 977             {
 978               @Override
 979               public void run()
 980               {
 981                 Cache.log.debug(
 982                         "Initialising googletracker for usage stats.");
 983                 Cache.initGoogleTracker();
 984                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 985               }
 986             }, new Runnable()
 987             {
 988               @Override
 989               public void run()
 990               {
 991                 Cache.log.debug("Not enabling Google Tracking.");
 992               }
 993             }, null, true);
 994     desktop.addDialogThread(prompter);
 995   }
 996
 997   /**
 998    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 999    *
1000    * @param groovyscript
1001    *          the script to execute
1002    * @param jalviewContext
1003    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
1004    *          'Jalview' object.
1005    */
1006   private void executeGroovyScript(String groovyscript, AlignFrame af)
1007   {
1008     /**
1009      * for scripts contained in files
1010      */
1011     File tfile = null;
1012     /**
1013      * script's URI
1014      */
1015     URL sfile = null;
1016     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
1017     {
1018       // read from stdin into a tempfile and execute it
1019       try
1020       {
1021         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
1022         PrintWriter outfile = new PrintWriter(
1023                 new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(tfile)));
1024         BufferedReader br = new BufferedReader(
1025                 new InputStreamReader(System.in));
1026         String line = null;
1027         while ((line = br.readLine()) != null)
1028         {
1029           outfile.write(line + "\n");
1030         }
1031         br.close();
1032         outfile.flush();
1033         outfile.close();
1034
1035       } catch (Exception ex)
1036       {
1037         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
1038                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)"
1039                         : tfile.toString()));
1040         ex.printStackTrace();
1041         return;
1042       }
1043       try
1044       {
1045         sfile = tfile.toURI().toURL();
1046       } catch (Exception x)
1047       {
1048         System.err.println(
1049                 "Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
1050                         + tfile.toURI());
1051         x.printStackTrace();
1052         return;
1053       }
1054     }
1055     else
1056     {
1057       try
1058       {
1059         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
1060       } catch (Exception x)
1061       {
1062         tfile = new File(groovyscript);
1063         if (!tfile.exists())
1064         {
1065           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
1066           return;
1067         }
1068         if (!tfile.canRead())
1069         {
1070           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
1071           return;
1072         }
1073         if (tfile.length() < 1)
1074         {
1075           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
1076           return;
1077         }
1078         try
1079         {
1080           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
1081         } catch (Exception ex)
1082         {
1083           System.err.println("Failed to create a file URL for "
1084                   + tfile.getAbsoluteFile());
1085           return;
1086         }
1087       }
1088     }
1089     try
1090     {
1091       Map<String, java.lang.Object> vbinding = new HashMap<>();
1092       vbinding.put("Jalview", this);
1093       if (af != null)
1094       {
1095         vbinding.put("currentAlFrame", af);
1096       }
1097       Binding gbinding = new Binding(vbinding);
1098       GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(new URL[] { sfile });
1099       gse.run(sfile.toString(), gbinding);
1100       if ("STDIN".equals(groovyscript))
1101       {
1102         // delete temp file that we made -
1103         // only if it was successfully executed
1104         tfile.delete();
1105       }
1106     } catch (Exception e)
1107     {
1108       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
1109               + " as a groovy script.");
1110       e.printStackTrace(System.err);
1111
1112     }
1113   }
1114
1115   public static boolean isHeadlessMode()
1116   {
1117     String isheadless = System.getProperty("java.awt.headless");
1118     if (isheadless != null && isheadless.equalsIgnoreCase("true"))
1119     {
1120       return true;
1121     }
1122     return false;
1123   }
1124
1125   public AlignFrame[] getAlignFrames()
1126   {
1127     return desktop == null ? new AlignFrame[] { getCurrentAlignFrame() }
1128             : Desktop.getAlignFrames();
1129
1130   }
1131
1132   /**
1133    * Quit method delegates to Desktop.quit - unless running in headless mode
1134    * when it just ends the JVM
1135    */
1136   public void quit()
1137   {
1138     if (desktop != null)
1139     {
1140       desktop.quit();
1141     }
1142     else
1143     {
1144       System.exit(0);
1145     }
1146   }
1147
1148   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
1149   {
1150     return Jalview.currentAlignFrame;
1151   }
1152
1153   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
1154   {
1155     Jalview.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
1156   }
1157 }