src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.awt.FlowLayout;
  24 import java.awt.Frame;
  25 import java.awt.event.ActionEvent;
  26 import java.awt.event.ActionListener;
  27 import java.io.BufferedReader;
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileOutputStream;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.io.OutputStreamWriter;
  32 import java.io.PrintWriter;
  33 import java.lang.reflect.Constructor;
  34 import java.net.URI;
  35 import java.net.URL;
  36 import java.net.URLDecoder;
  37 import java.security.AllPermission;
  38 import java.security.CodeSource;
  39 import java.security.PermissionCollection;
  40 import java.security.Permissions;
  41 import java.security.Policy;
  42 import java.util.*;
  43
  44 import javax.swing.*;
  45
  46 import jalview.gui.*;
  47 import jalview.util.MessageManager;
  48 import jalview.util.Platform;
  49
  50 /**
  51  * Main class for Jalview Application <br>
  52  * <br>
  53  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  54  *
  55  * @author $author$
  56  * @version $Revision$
  57  */
  58 public class Jalview
  59 {
  60   static
  61   {
  62     // grab all the rights we can the JVM
  63     Policy.setPolicy(new Policy()
  64     {
  65       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  66       {
  67         Permissions perms = new Permissions();
  68         perms.add(new AllPermission());
  69         return (perms);
  70       }
  71
  72       public void refresh()
  73       {
  74       }
  75     });
  76   }
  77
  78   /**
  79    * Put protein=true for get a protein example
  80    */
  81   private static boolean protein = false;
  82
  83   /**
  84    * main class for Jalview application
  85    *
  86    * @param args
  87    *          open <em>filename</em>
  88    */
  89   public static void main(String[] args)
  90   {
  91     System.out.println("Java version: "
  92             + System.getProperty("java.version"));
  93     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  94             + System.getProperty("os.name") + " "
  95             + System.getProperty("os.version"));
  96     if (new Platform().isAMac())
  97     {
  98       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  99               "Jalview");
 100       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 101     }
 102
 103     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 104     boolean headless = false;
 105
 106     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 107     {
 108       System.out
 109               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 110                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 111                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 112                       + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 113                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 114                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 115                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 116                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 117                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 118                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 119                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 120                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 121                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 122                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 123                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 124                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 125                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 126                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 127                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 128                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 129                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 130                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 131                       // +
 132                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 133                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 134                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 135                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 136                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 137                       // +
 138                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 139                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 140                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 141                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 142       System.exit(0);
 143     }
 144     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 145             || aparser.contains("headless"))
 146     {
 147       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 148       headless = true;
 149     }
 150     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 151     // anything else!
 152     String defs = aparser.getValue("setprop");
 153     while (defs != null)
 154     {
 155       int p = defs.indexOf('=');
 156       if (p == -1)
 157       {
 158         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 159       }
 160       else
 161       {
 162         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 163         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 164         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 165         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 166       }
 167       defs = aparser.getValue("setprop");
 168     }
 169     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 170             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 171     {
 172       headless = true;
 173     }
 174     System.setProperty("http.agent",
 175             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 176     try
 177     {
 178       Cache.initLogger();
 179     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 180     {
 181       error.printStackTrace();
 182       System.out
 183               .println("\nEssential logging libraries not found."
 184                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 185       System.exit(0);
 186     }
 187
 188     Desktop desktop = null;
 189
 190     try
 191     {
 192       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 193     } catch (Exception ex)
 194     {
 195     }
 196
 197     if (!headless)
 198     {
 199       desktop = new Desktop();
 200       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 201       desktop.setVisible(true);
 202       desktop.startServiceDiscovery();
 203       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 204       {
 205         startUsageStats(desktop);
 206       }
 207       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 208       {
 209         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 210         if (url != null)
 211         {
 212           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 213           // questionnaire
 214           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 215           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 216         }
 217         else
 218         {
 219           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 220           {
 221             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 222             // questionnaire
 223             // String defurl =
 224             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 225             // //
 226             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 227             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 228                     + defurl);
 229             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 230
 231           }
 232         }
 233       }
 234       desktop.checkForNews();
 235     }
 236
 237     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 238     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 239     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 240     // features from
 241     // loading is done.
 242     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 243     // completed one way or another
 244     // extract groovy argument and execute if necessary
 245     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 246     file = aparser.getValue("open", true);
 247
 248     if (file == null && desktop == null)
 249     {
 250       System.out.println("No files to open!");
 251       System.exit(1);
 252     }
 253     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 254             .getValue("vsess");
 255     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 256     {
 257       if (desktop == null || headless)
 258       {
 259         System.out
 260                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 261         System.exit(1);
 262       }
 263       // if we have a file, start a new session and import it.
 264       boolean inSession = false;
 265       if (vamsasImport != null)
 266       {
 267         try
 268         {
 269           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 270                   .checkProtocol(vamsasImport);
 271           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 272           {
 273             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 274           }
 275           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 276           {
 277             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 278           }
 279
 280         } catch (Exception e)
 281         {
 282           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 283                   + " as a vamsas document.");
 284           e.printStackTrace();
 285         }
 286         if (!inSession)
 287         {
 288           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 289                   + " as a vamsas document.");
 290         }
 291         else
 292         {
 293           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 294                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 295         }
 296       }
 297       if (vamsasSession != null)
 298       {
 299         if (vamsasImport != null)
 300         {
 301           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 302           // remnants into the new session later on.
 303           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 304         }
 305         // now join the new session
 306         try
 307         {
 308           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 309           {
 310             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 311                     + vamsasSession);
 312           }
 313           else
 314           {
 315             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 316                     + vamsasSession);
 317           }
 318         } catch (Exception e)
 319         {
 320           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 321                   + vamsasSession);
 322           e.printStackTrace();
 323         }
 324         if (vamsasImport != null)
 325         {
 326           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 327           // session at the user's leisure.
 328           Cache.log
 329                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 330           // enable
 331           // this
 332           // when
 333           // debugged
 334           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 335         }
 336       }
 337     }
 338     long progress = -1;
 339     // Finally, deal with the remaining input data.
 340     if (file != null)
 341     {
 342       if (!headless)
 343       {
 344         desktop.setProgressBar(MessageManager.getString("status.processing_commandline_args"),
 345                 progress = System.currentTimeMillis());
 346       }
 347       System.out.println("Opening file: " + file);
 348
 349       if (!file.startsWith("http://"))
 350       {
 351         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 352         {
 353           System.out.println("Can't find " + file);
 354           if (headless)
 355           {
 356             System.exit(1);
 357           }
 358         }
 359       }
 360
 361       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 362
 363       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 364
 365       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 366               format);
 367       if (af == null)
 368       {
 369         System.out.println("error");
 370       }
 371       else
 372       {
 373
 374         data = aparser.getValue("colour", true);
 375         if (data != null)
 376         {
 377           data.replaceAll("%20", " ");
 378
 379           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 380                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 381
 382           if (cs == null)
 383           {
 384             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 385                     "white");
 386             ucs.parseAppletParameter(data);
 387             cs = ucs;
 388           }
 389
 390           System.out.println("colour is " + data);
 391           af.changeColour(cs);
 392         }
 393
 394         // Must maintain ability to use the groups flag
 395         data = aparser.getValue("groups", true);
 396         if (data != null)
 397         {
 398           af.parseFeaturesFile(data,
 399                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 400           System.out.println("Added " + data);
 401         }
 402         data = aparser.getValue("features", true);
 403         if (data != null)
 404         {
 405           af.parseFeaturesFile(data,
 406                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 407           System.out.println("Added " + data);
 408         }
 409
 410         data = aparser.getValue("annotations", true);
 411         if (data != null)
 412         {
 413           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 414           System.out.println("Added " + data);
 415         }
 416         // set or clear the sortbytree flag.
 417         if (aparser.contains("sortbytree"))
 418         {
 419           af.getViewport().setSortByTree(true);
 420         }
 421         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 422         {
 423           af.getViewport().setSortByTree(false);
 424         }
 425         data = aparser.getValue("tree", true);
 426         if (data != null)
 427         {
 428           jalview.io.NewickFile fin = null;
 429           try
 430           {
 431             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 432                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 433             if (fin != null)
 434             {
 435               af.getViewport().setCurrentTree(
 436                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 437               System.out.println("Added tree " + data);
 438             }
 439           } catch (IOException ex)
 440           {
 441             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 442             ex.printStackTrace(System.err);
 443           }
 444         }
 445         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 446         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 447         // sequence)
 448
 449         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 450         if (af != null && getFeatures != null)
 451         {
 452           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 453           if (ff != null)
 454             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 455             {
 456               // wait around until fetching is finished.
 457               try
 458               {
 459                 Thread.sleep(100);
 460               } catch (Exception e)
 461               {
 462
 463               }
 464             }
 465           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 466         }
 467         if (groovyscript != null)
 468         {
 469           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 470           // and before any images or figures are generated.
 471           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 472           {
 473             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 474             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 475             { desktop, af });
 476           }
 477           else
 478           {
 479             System.err
 480                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 481                             + groovyscript);
 482           }
 483           groovyscript = null;
 484         }
 485         String imageName = "unnamed.png";
 486         while (aparser.getSize() > 1)
 487         {
 488           format = aparser.nextValue();
 489           file = aparser.nextValue();
 490
 491           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 492           {
 493             af.createPNG(new java.io.File(file));
 494             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 495             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 496             continue;
 497           }
 498           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 499           {
 500             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 501             System.out.println("Creating image map: " + file);
 502             continue;
 503           }
 504           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 505           {
 506             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 507             af.createEPS(new java.io.File(file));
 508             continue;
 509           }
 510
 511           if (af.saveAlignment(file, format))
 512           {
 513             System.out.println("Written alignment in " + format
 514                     + " format to " + file);
 515           }
 516           else
 517           {
 518             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 519                     + format + " format!!");
 520           }
 521
 522         }
 523
 524         while (aparser.getSize() > 0)
 525         {
 526           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 527         }
 528       }
 529     }
 530     AlignFrame startUpAlframe = null;
 531     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 532     // And the user
 533     // ////////////////////
 534
 535     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 536             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)
 537             && protein == true)
 538     {
 539       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 540               "STARTUP_FILE",
 541               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 542                       "http://www.jalview.org")
 543                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 544       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 545       {
 546         // hardwire upgrade of the startup file
 547         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 548         // and remove the stale setting
 549         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 550       }
 551
 552       protocol = "File";
 553
 554       if (file.indexOf("http:") > -1)
 555       {
 556         protocol = "URL";
 557       }
 558
 559       if (file.endsWith(".jar"))
 560       {
 561         format = "Jalview";
 562       }
 563       else
 564       {
 565         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 566       }
 567
 568       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 569               format);
 570       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 571       // extract groovy arguments before anything else.
 572     }
 573     // If the user has specified features to be retrieved,
 574     // or a groovy script to be executed, do them if they
 575     // haven't been done already
 576     // fetch features for the default alignment
 577     if (getFeatures != null)
 578     {
 579       if (startUpAlframe != null)
 580       {
 581         startFeatureFetching(getFeatures);
 582       }
 583     }
 584     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 585     if (groovyscript != null)
 586     {
 587       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 588       {
 589         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 590         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 591         { desktop, startUpAlframe });
 592       }
 593       else
 594       {
 595         System.err
 596                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 597                         + groovyscript);
 598       }
 599     }
 600     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 601     if (desktop != null)
 602     {
 603       if (progress != -1)
 604       {
 605         desktop.setProgressBar(null, progress);
 606       }
 607       desktop.setInBatchMode(false);
 608     }
 609   }
 610
 611   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 612   {
 613     /**
 614      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 615      */
 616     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 617             desktop.desktop,
 618             "USAGESTATS",
 619             "Jalview Usage Statistics",
 620             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 621                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 622                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 623             new Runnable()
 624             {
 625               public void run()
 626               {
 627                 Cache.log
 628                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 629                 Cache.initGoogleTracker();
 630                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 631               }
 632             }, new Runnable()
 633             {
 634               public void run()
 635               {
 636                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 637               }
 638             }, null, true);
 639     desktop.addDialogThread(prompter);
 640   }
 641
 642   /**
 643    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 644    *
 645    * @param groovyscript
 646    *          the script to execute
 647    * @param jalviewContext
 648    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 649    *          'Jalview' object.
 650    */
 651   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 652           Object[] jalviewContext)
 653   {
 654     if (jalviewContext == null)
 655     {
 656       System.err
 657               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 658     }
 659     /**
 660      * for scripts contained in files
 661      */
 662     File tfile = null;
 663     /**
 664      * script's URI
 665      */
 666     URL sfile = null;
 667     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 668     {
 669       // read from stdin into a tempfile and execute it
 670       try
 671       {
 672         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 673         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 674                 new FileOutputStream(tfile)));
 675         BufferedReader br = new BufferedReader(
 676                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 677         String line = null;
 678         while ((line = br.readLine()) != null)
 679         {
 680           outfile.write(line + "\n");
 681         }
 682         br.close();
 683         outfile.flush();
 684         outfile.close();
 685
 686       } catch (Exception ex)
 687       {
 688         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 689                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 690                         .toString()));
 691         ex.printStackTrace();
 692         return;
 693       }
 694       try
 695       {
 696         sfile = tfile.toURI().toURL();
 697       } catch (Exception x)
 698       {
 699         System.err
 700                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 701                         + tfile.toURI());
 702         x.printStackTrace();
 703         return;
 704       }
 705     }
 706     else
 707     {
 708       try
 709       {
 710         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 711       } catch (Exception x)
 712       {
 713         tfile = new File(groovyscript);
 714         if (!tfile.exists())
 715         {
 716           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 717           return;
 718         }
 719         if (!tfile.canRead())
 720         {
 721           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 722           return;
 723         }
 724         if (tfile.length() < 1)
 725         {
 726           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 727           return;
 728         }
 729         try
 730         {
 731           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 732         } catch (Exception ex)
 733         {
 734           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 735                   + tfile.getAbsoluteFile());
 736           return;
 737         }
 738       }
 739     }
 740     boolean success = false;
 741     try
 742     {
 743       /*
 744        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 745        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 746        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 747        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 748        *
 749        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 750        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 751        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 752        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 753        */
 754       Class[] bspec;
 755       Object[] binding;
 756       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 757               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 758       String cnames[] = new String[]
 759       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 760       bspec = new Class[blen * 2];
 761       binding = new Object[blen * 2];
 762       blen = 0;
 763       ClassLoader cl = null;
 764       Map vbinding = new Hashtable();
 765       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 766       {
 767         if (jalviewContext[jc] != null)
 768         {
 769           if (cl == null)
 770           {
 771             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 772           }
 773           bspec[blen * 2] = String.class;
 774           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 775           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 776           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 777           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 778           blen++;
 779         }
 780       }
 781       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 782       Constructor gbcons;
 783       Object gbinding;
 784       try
 785       {
 786         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 787         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 788       } catch (NoSuchMethodException x)
 789       {
 790         // old style binding config - using series of string/object values to
 791         // setVariable.
 792         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 793         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 794         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 795                 "setVariable", bspec);
 796         setvar.invoke(gbinding, binding);
 797       }
 798       ;
 799       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 800       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 801       { URL[].class }); // String[].class });
 802       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 803       { new URL[]
 804       { sfile } }); // .toString() } });
 805       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 806       { String.class, gbindingc });
 807       run.invoke(gse, new Object[]
 808       { sfile.toString(), gbinding });
 809       success = true;
 810     } catch (Exception e)
 811     {
 812       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 813               + " as a groovy script.");
 814       e.printStackTrace(System.err);
 815
 816     }
 817     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 818     {
 819       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 820       // executed
 821       tfile.delete();
 822     }
 823   }
 824
 825   /**
 826    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 827    *
 828    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 829    */
 830   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 831   {
 832     Vector source = null;
 833     String data;
 834     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 835     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 836     {
 837       String nickname = null;
 838       String url = null;
 839       boolean seq = false, feat = true;
 840       int pos = data.indexOf('=');
 841       // determine capabilities
 842       if (pos > 0)
 843       {
 844         nickname = data.substring(0, pos);
 845       }
 846       url = data.substring(pos + 1);
 847       if (url != null
 848               && (url.startsWith("http:") || url
 849                       .startsWith("sequence:http:")))
 850       {
 851         if (nickname == null)
 852         {
 853           nickname = url;
 854         }
 855         if (locsources == null)
 856         {
 857           locsources = "";
 858         }
 859         else
 860         {
 861           locsources += "\t";
 862         }
 863         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 864         System.err
 865                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 866                         + nickname + "|" + url);
 867         if (source == null)
 868         {
 869           source = new Vector();
 870         }
 871         source.addElement(nickname);
 872       }
 873     } // loop until no more server entries are found.
 874     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 875     {
 876       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 877               + locsources);
 878       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 879     }
 880     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 881     {
 882       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 883       if (source == null)
 884       {
 885         source = new Vector();
 886       }
 887       source.addElement(data);
 888     }
 889     return source;
 890   }
 891
 892   /**
 893    * start a feature fetcher for every alignment frame
 894    *
 895    * @param dasSources
 896    */
 897   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 898   {
 899     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 900     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 901     if (afs == null || afs.length == 0)
 902     {
 903       return null;
 904     }
 905     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 906     {
 907       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 908     }
 909     return ff;
 910   }
 911 }
 912
 913 /**
 914  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 915  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 916  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 917  * prefixing it).
 918  *
 919  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 920  *
 921  */
 922
 923 class rnabuttonlistener implements ActionListener
 924 {
 925   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 926   {
 927     System.out.println("Good idea ! ");
 928
 929   }
 930 }
 931
 932 class pbuttonlistener implements ActionListener
 933 {
 934   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 935   {
 936
 937   }
 938 }
 939
 940 class ArgsParser
 941 {
 942   Vector vargs = null;
 943
 944   public ArgsParser(String[] args)
 945   {
 946     vargs = new Vector();
 947     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 948     {
 949       String arg = args[i].trim();
 950       if (arg.charAt(0) == '-')
 951       {
 952         arg = arg.substring(1);
 953       }
 954       vargs.addElement(arg);
 955     }
 956   }
 957
 958   /**
 959    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 960    *
 961    * @param arg
 962    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 963    */
 964   public String getValue(String arg)
 965   {
 966     return getValue(arg, false);
 967   }
 968
 969   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 970   {
 971     int index = vargs.indexOf(arg);
 972     String dc = null, ret = null;
 973     if (index != -1)
 974     {
 975       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 976       vargs.removeElementAt(index);
 977       vargs.removeElementAt(index);
 978       if (utf8decode && ret != null)
 979       {
 980         try
 981         {
 982           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
 983           ret = dc;
 984         } catch (Exception e)
 985         {
 986           // TODO: log failure to decode
 987         }
 988       }
 989     }
 990     return ret;
 991   }
 992
 993   /**
 994    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 995    *
 996    * @param arg
 997    * @return true if arg was present in argslist.
 998    */
 999   public boolean contains(String arg)
1000   {
1001     if (vargs.contains(arg))
1002     {
1003       vargs.removeElement(arg);
1004       return true;
1005     }
1006     else
1007     {
1008       return false;
1009     }
1010   }
1011
1012   public String nextValue()
1013   {
1014     return vargs.remove(0).toString();
1015   }
1016
1017   public int getSize()
1018   {
1019     return vargs.size();
1020   }
1021
1022 }
1023
1024 /**
1025  * keep track of feature fetching tasks.
1026  *
1027  * @author JimP
1028  *
1029  */
1030 class FeatureFetcher
1031 {
1032   /*
1033    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1034    * processing events.
1035    */
1036
1037   private int queued = 0;
1038
1039   private int running = 0;
1040
1041   public FeatureFetcher()
1042   {
1043
1044   }
1045
1046   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1047   {
1048     final long id = System.currentTimeMillis();
1049     queued++;
1050     final FeatureFetcher us = this;
1051     new Thread(new Runnable()
1052     {
1053
1054       public void run()
1055       {
1056         synchronized (us)
1057         {
1058           queued--;
1059           running++;
1060         }
1061
1062         af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.das_features_being_retrived"), id);
1063         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1064         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1065         af.setProgressBar(null, id);
1066         synchronized (us)
1067         {
1068           running--;
1069         }
1070       }
1071     }).start();
1072   }
1073
1074   public synchronized boolean allFinished()
1075   {
1076     return queued == 0 && running == 0;
1077   }
1078
1079 };