src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.io.BufferedReader;
  24 import java.io.File;
  25 import java.io.FileOutputStream;
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.io.InputStreamReader;
  28 import java.io.OutputStreamWriter;
  29 import java.io.PrintWriter;
  30 import java.net.MalformedURLException;
  31 import java.net.URI;
  32 import java.net.URISyntaxException;
  33 import java.net.URL;
  34 import java.security.AllPermission;
  35 import java.security.CodeSource;
  36 import java.security.PermissionCollection;
  37 import java.security.Permissions;
  38 import java.security.Policy;
  39 import java.util.HashMap;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.Vector;
  42
  43 import javax.swing.UIManager;
  44 import javax.swing.UIManager.LookAndFeelInfo;
  45
  46 import com.threerings.getdown.util.LaunchUtil;
  47
  48 import groovy.lang.Binding;
  49 import groovy.util.GroovyScriptEngine;
  50 import jalview.ext.so.SequenceOntology;
  51 import jalview.gui.AlignFrame;
  52 import jalview.gui.Desktop;
  53 import jalview.gui.PromptUserConfig;
  54 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  55 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  56 import jalview.io.DataSourceType;
  57 import jalview.io.FileFormat;
  58 import jalview.io.FileFormatException;
  59 import jalview.io.FileFormatI;
  60 import jalview.io.FileLoader;
  61 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  62 import jalview.io.IdentifyFile;
  63 import jalview.io.NewickFile;
  64 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  65 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  66 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  67 import jalview.util.MessageManager;
  68 import jalview.util.Platform;
  69 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  70
  71 /**
  72  * Main class for Jalview Application <br>
  73  * <br>
  74  * start with: java -classpath "$PATH_TO_LIB$/*:$PATH_TO_CLASSES$" \
  75  * jalview.bin.Jalview
  76  *
  77  * or on Windows: java -classpath "$PATH_TO_LIB$/*;$PATH_TO_CLASSES$" \
  78  * jalview.bin.Jalview jalview.bin.Jalview
  79  *
  80  * (ensure -classpath arg is quoted to avoid shell expansion of '*' and do not
  81  * embellish '*' to e.g. '*.jar')
  82  *
  83  * @author $author$
  84  * @version $Revision$
  85  */
  86 public class Jalview
  87 {
  88   /*
  89    * singleton instance of this class
  90    */
  91   private static Jalview instance;
  92
  93   private Desktop desktop;
  94
  95   public static AlignFrame currentAlignFrame;
  96
  97   static
  98   {
  99     // grab all the rights we can the JVM
 100     Policy.setPolicy(new Policy()
 101     {
 102       @Override
 103       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
 104       {
 105         Permissions perms = new Permissions();
 106         perms.add(new AllPermission());
 107         return (perms);
 108       }
 109
 110       @Override
 111       public void refresh()
 112       {
 113       }
 114     });
 115   }
 116
 117   /**
 118    * keep track of feature fetching tasks.
 119    *
 120    * @author JimP
 121    *
 122    */
 123   class FeatureFetcher
 124   {
 125     /*
 126      * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch processing
 127      * events.
 128      */
 129
 130     private int queued = 0;
 131
 132     private int running = 0;
 133
 134     public FeatureFetcher()
 135     {
 136
 137     }
 138
 139     public void addFetcher(final AlignFrame af,
 140             final Vector<String> dasSources)
 141     {
 142       final long id = System.currentTimeMillis();
 143       queued++;
 144       final FeatureFetcher us = this;
 145       new Thread(new Runnable()
 146       {
 147
 148         @Override
 149         public void run()
 150         {
 151           synchronized (us)
 152           {
 153             queued--;
 154             running++;
 155           }
 156
 157           af.setProgressBar(MessageManager
 158                   .getString("status.das_features_being_retrived"), id);
 159           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 160           af.setProgressBar(null, id);
 161           synchronized (us)
 162           {
 163             running--;
 164           }
 165         }
 166       }).start();
 167     }
 168
 169     public synchronized boolean allFinished()
 170     {
 171       return queued == 0 && running == 0;
 172     }
 173
 174   }
 175
 176   public static Jalview getInstance()
 177   {
 178     return instance;
 179   }
 180
 181   /**
 182    * main class for Jalview application
 183    *
 184    * @param args
 185    *          open <em>filename</em>
 186    */
 187   public static void main(String[] args)
 188   {
 189     instance = new Jalview();
 190     instance.doMain(args);
 191   }
 192
 193   /**
 194    * @param args
 195    */
 196   void doMain(String[] args)
 197   {
 198     System.setSecurityManager(null);
 199     System.out
 200             .println("Java version: " + System.getProperty("java.version"));
 201     System.out.println("Java Home: " + System.getProperty("java.home"));
 202     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
 203             + System.getProperty("os.name") + " "
 204             + System.getProperty("os.version"));
 205     String val = System.getProperty("sys.install4jVersion");
 206     if (val != null)
 207     {
 208       System.out.println("Install4j version: " + val);
 209     }
 210     val = System.getProperty("installer_template_version");
 211     if (val != null)
 212     {
 213       System.out.println("Install4j template version: " + val);
 214     }
 215     val = System.getProperty("launcher_version");
 216     if (val != null)
 217     {
 218       System.out.println("Launcher version: " + val);
 219     }
 220
 221     // report Jalview version
 222     Cache.loadBuildProperties(true);
 223
 224     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 225     boolean headless = false;
 226
 227     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 228     {
 229       showUsage();
 230       System.exit(0);
 231     }
 232     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 233             || aparser.contains("headless"))
 234     {
 235       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 236       headless = true;
 237     }
 238     String usrPropsFile = aparser.getValue("props");
 239     Cache.loadProperties(usrPropsFile); // must do this before
 240     if (usrPropsFile != null)
 241     {
 242       System.out.println(
 243               "CMD [-props " + usrPropsFile + "] executed successfully!");
 244     }
 245
 246     // anything else!
 247
 248     final String jabawsUrl = aparser.getValue("jabaws");
 249     if (jabawsUrl != null)
 250     {
 251       try
 252       {
 253         Jws2Discoverer.getDiscoverer().setPreferredUrl(jabawsUrl);
 254         System.out.println(
 255                 "CMD [-jabaws " + jabawsUrl + "] executed successfully!");
 256       } catch (MalformedURLException e)
 257       {
 258         System.err.println(
 259                 "Invalid jabaws parameter: " + jabawsUrl + " ignored");
 260       }
 261     }
 262
 263     String defs = aparser.getValue("setprop");
 264     while (defs != null)
 265     {
 266       int p = defs.indexOf('=');
 267       if (p == -1)
 268       {
 269         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 270       }
 271       else
 272       {
 273         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 274         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 275         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 276         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 277       }
 278       defs = aparser.getValue("setprop");
 279     }
 280     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 281             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 282     {
 283       headless = true;
 284     }
 285     System.setProperty("http.agent",
 286             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 287     try
 288     {
 289       Cache.initLogger();
 290     } catch (NoClassDefFoundError error)
 291     {
 292       error.printStackTrace();
 293       System.out.println("\nEssential logging libraries not found."
 294               + "\nUse: java -classpath \"$PATH_TO_LIB$/*:$PATH_TO_CLASSES$\" jalview.bin.Jalview");
 295       System.exit(0);
 296     }
 297
 298     desktop = null;
 299
 300     setLookAndFeel();
 301
 302     /*
 303      * configure 'full' SO model if preferences say to, else use the default (SO
 304      * Lite)
 305      */
 306     if (Cache.getDefault("USE_FULL_SO", true))
 307     {
 308       SequenceOntologyFactory.setInstance(new SequenceOntology());
 309     }
 310
 311     if (!headless)
 312     {
 313
 314       desktop = new Desktop();
 315       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 316
 317       try
 318       {
 319         JalviewTaskbar.setTaskbar(this);
 320       } catch (Exception e)
 321       {
 322         Cache.log.info("Cannot set Taskbar");
 323         Cache.log.error(e.getMessage());
 324         // e.printStackTrace();
 325       } catch (Throwable t)
 326       {
 327         Cache.log.info("Cannot set Taskbar");
 328         Cache.log.error(t.getMessage());
 329         // t.printStackTrace();
 330       }
 331
 332       desktop.setVisible(true);
 333       desktop.startServiceDiscovery();
 334       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 335       {
 336         startUsageStats(desktop);
 337       }
 338       else
 339       {
 340         System.err.println("CMD [-nousagestats] executed successfully!");
 341       }
 342
 343       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 344       {
 345         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 346         if (url != null)
 347         {
 348           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 349           // questionnaire
 350           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 351           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 352           System.out.println(
 353                   "CMD questionnaire[-" + url + "] executed successfully!");
 354         }
 355         else
 356         {
 357           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 358           {
 359             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 360             // questionnaire
 361             // String defurl =
 362             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 363             // //
 364             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 365             Cache.log.debug(
 366                     "Starting questionnaire with default url: " + defurl);
 367             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 368           }
 369         }
 370       }
 371       else
 372       {
 373         System.err.println("CMD [-noquestionnaire] executed successfully!");
 374       }
 375
 376       if (!aparser.contains("nonews"))
 377       {
 378         desktop.checkForNews();
 379       }
 380
 381       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
 382     }
 383
 384     // Move any new getdown-launcher-new.jar into place over old
 385     // getdown-launcher.jar
 386     String appdirString = System.getProperty("getdownappdir");
 387     if (appdirString != null && appdirString.length() > 0)
 388     {
 389       final File appdir = new File(appdirString);
 390       new Thread()
 391       {
 392         @Override
 393         public void run()
 394         {
 395           LaunchUtil.upgradeGetdown(
 396                   new File(appdir, "getdown-launcher-old.jar"),
 397                   new File(appdir, "getdown-launcher.jar"),
 398                   new File(appdir, "getdown-launcher-new.jar"));
 399         }
 400       }.start();
 401     }
 402
 403     String file = null, data = null;
 404     FileFormatI format = null;
 405     DataSourceType protocol = null;
 406     FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 407
 408     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 409     // completed one way or another
 410     // extract groovy argument and execute if necessary
 411     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 412     file = aparser.getValue("open", true);
 413
 414     if (file == null && desktop == null)
 415     {
 416       System.out.println("No files to open!");
 417       System.exit(1);
 418     }
 419     long progress = -1;
 420     // Finally, deal with the remaining input data.
 421     if (file != null)
 422     {
 423       if (!headless)
 424       {
 425         desktop.setProgressBar(
 426                 MessageManager
 427                         .getString("status.processing_commandline_args"),
 428                 progress = System.currentTimeMillis());
 429       }
 430       System.out.println("CMD [-open " + file + "] executed successfully!");
 431
 432       if (!file.startsWith("http://"))
 433       {
 434         if (!(new File(file)).exists())
 435         {
 436           System.out.println("Can't find " + file);
 437           if (headless)
 438           {
 439             System.exit(1);
 440           }
 441         }
 442       }
 443
 444       protocol = AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 445
 446       try
 447       {
 448         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 449       } catch (FileFormatException e1)
 450       {
 451         // TODO ?
 452       }
 453
 454       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 455               format);
 456       if (af == null)
 457       {
 458         System.out.println("error");
 459       }
 460       else
 461       {
 462         setCurrentAlignFrame(af);
 463         data = aparser.getValue("colour", true);
 464         if (data != null)
 465         {
 466           data.replaceAll("%20", " ");
 467
 468           ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 469                   af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(), data);
 470
 471           if (cs != null)
 472           {
 473             System.out.println(
 474                     "CMD [-color " + data + "] executed successfully!");
 475           }
 476           af.changeColour(cs);
 477         }
 478
 479         // Must maintain ability to use the groups flag
 480         data = aparser.getValue("groups", true);
 481         if (data != null)
 482         {
 483           af.parseFeaturesFile(data,
 484                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 485           // System.out.println("Added " + data);
 486           System.out.println(
 487                   "CMD groups[-" + data + "]  executed successfully!");
 488         }
 489         data = aparser.getValue("features", true);
 490         if (data != null)
 491         {
 492           af.parseFeaturesFile(data,
 493                   AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 494           // System.out.println("Added " + data);
 495           System.out.println(
 496                   "CMD [-features " + data + "]  executed successfully!");
 497         }
 498
 499         data = aparser.getValue("annotations", true);
 500         if (data != null)
 501         {
 502           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 503           // System.out.println("Added " + data);
 504           System.out.println(
 505                   "CMD [-annotations " + data + "] executed successfully!");
 506         }
 507         // set or clear the sortbytree flag.
 508         if (aparser.contains("sortbytree"))
 509         {
 510           af.getViewport().setSortByTree(true);
 511           if (af.getViewport().getSortByTree())
 512           {
 513             System.out.println("CMD [-sortbytree] executed successfully!");
 514           }
 515         }
 516         if (aparser.contains("no-annotation"))
 517         {
 518           af.getViewport().setShowAnnotation(false);
 519           if (!af.getViewport().isShowAnnotation())
 520           {
 521             System.out.println("CMD no-annotation executed successfully!");
 522           }
 523         }
 524         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 525         {
 526           af.getViewport().setSortByTree(false);
 527           if (!af.getViewport().getSortByTree())
 528           {
 529             System.out
 530                     .println("CMD [-nosortbytree] executed successfully!");
 531           }
 532         }
 533         data = aparser.getValue("tree", true);
 534         if (data != null)
 535         {
 536           try
 537           {
 538             System.out.println(
 539                     "CMD [-tree " + data + "] executed successfully!");
 540             NewickFile nf = new NewickFile(data,
 541                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 542             af.getViewport()
 543                     .setCurrentTree(af.showNewickTree(nf, data).getTree());
 544           } catch (IOException ex)
 545           {
 546             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 547             ex.printStackTrace(System.err);
 548           }
 549         }
 550         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 551         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 552         // sequence)
 553         if (groovyscript != null)
 554         {
 555           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 556           // and before any images or figures are generated.
 557           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 558           executeGroovyScript(groovyscript, af);
 559           System.out.println("CMD groovy[" + groovyscript
 560                   + "] executed successfully!");
 561           groovyscript = null;
 562         }
 563         String imageName = "unnamed.png";
 564         while (aparser.getSize() > 1)
 565         {
 566           String outputFormat = aparser.nextValue();
 567           file = aparser.nextValue();
 568
 569           if (outputFormat.equalsIgnoreCase("png"))
 570           {
 571             af.createPNG(new File(file));
 572             imageName = (new File(file)).getName();
 573             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 574             continue;
 575           }
 576           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("svg"))
 577           {
 578             File imageFile = new File(file);
 579             imageName = imageFile.getName();
 580             af.createSVG(imageFile);
 581             System.out.println("Creating SVG image: " + file);
 582             continue;
 583           }
 584           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("html"))
 585           {
 586             File imageFile = new File(file);
 587             imageName = imageFile.getName();
 588             HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 589             htmlSVG.exportHTML(file);
 590
 591             System.out.println("Creating HTML image: " + file);
 592             continue;
 593           }
 594           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("biojsmsa"))
 595           {
 596             if (file == null)
 597             {
 598               System.err.println("The output html file must not be null");
 599               return;
 600             }
 601             try
 602             {
 603               BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 604                       BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 605             } catch (URISyntaxException e)
 606             {
 607               e.printStackTrace();
 608             }
 609             BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 610             bjs.exportHTML(file);
 611             System.out
 612                     .println("Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + file);
 613             continue;
 614           }
 615           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 616           {
 617             af.createImageMap(new File(file), imageName);
 618             System.out.println("Creating image map: " + file);
 619             continue;
 620           }
 621           else if (outputFormat.equalsIgnoreCase("eps"))
 622           {
 623             File outputFile = new File(file);
 624             System.out.println(
 625                     "Creating EPS file: " + outputFile.getAbsolutePath());
 626             af.createEPS(outputFile);
 627             continue;
 628           }
 629
 630           if (af.saveAlignment(file, format))
 631           {
 632             System.out.println("Written alignment in " + format
 633                     + " format to " + file);
 634           }
 635           else
 636           {
 637             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 638                     + format + " format!!");
 639           }
 640
 641         }
 642
 643         while (aparser.getSize() > 0)
 644         {
 645           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 646         }
 647       }
 648     }
 649     AlignFrame startUpAlframe = null;
 650     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 651     // And the user
 652     // ////////////////////
 653
 654     if (!headless && file == null
 655             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 656     {
 657       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 658               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 659                       "http://www.jalview.org")
 660                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 661       if (file.equals(
 662               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 663       {
 664         // hardwire upgrade of the startup file
 665         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 666         // and remove the stale setting
 667         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 668       }
 669
 670       protocol = DataSourceType.FILE;
 671
 672       if (file.indexOf("http:") > -1)
 673       {
 674         protocol = DataSourceType.URL;
 675       }
 676
 677       if (file.endsWith(".jar"))
 678       {
 679         format = FileFormat.Jalview;
 680       }
 681       else
 682       {
 683         try
 684         {
 685           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 686         } catch (FileFormatException e)
 687         {
 688           // TODO what?
 689         }
 690       }
 691
 692       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 693               format);
 694       // extract groovy arguments before anything else.
 695     }
 696
 697     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 698     if (groovyscript != null)
 699     {
 700       if (Cache.groovyJarsPresent())
 701       {
 702         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 703         executeGroovyScript(groovyscript, startUpAlframe);
 704       }
 705       else
 706       {
 707         System.err.println(
 708                 "Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 709                         + groovyscript);
 710       }
 711     }
 712     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 713     if (desktop != null)
 714     {
 715       if (progress != -1)
 716       {
 717         desktop.setProgressBar(null, progress);
 718       }
 719       desktop.setInBatchMode(false);
 720     }
 721   }
 722
 723   private static void setLookAndFeel()
 724   {
 725     // property laf = "crossplatform", "system", "gtk", "metal", "nimbus" or
 726     // "mac"
 727     // If not set (or chosen laf fails), use the normal SystemLaF and if on Mac,
 728     // try Quaqua/Vaqua.
 729     String lafProp = System.getProperty("laf");
 730     String lafSetting = Cache.getDefault("PREFERRED_LAF", null);
 731     String laf = "none";
 732     if (lafProp != null)
 733     {
 734       laf = lafProp;
 735     }
 736     else if (lafSetting != null)
 737     {
 738       laf = lafSetting;
 739     }
 740     boolean lafSet = false;
 741     switch (laf)
 742     {
 743     case "crossplatform":
 744       lafSet = setCrossPlatformLookAndFeel();
 745       if (!lafSet)
 746       {
 747         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 748       }
 749       break;
 750     case "system":
 751       lafSet = setSystemLookAndFeel();
 752       if (!lafSet)
 753       {
 754         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 755       }
 756       break;
 757     case "gtk":
 758       lafSet = setGtkLookAndFeel();
 759       if (!lafSet)
 760       {
 761         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 762       }
 763       break;
 764     case "metal":
 765       lafSet = setMetalLookAndFeel();
 766       if (!lafSet)
 767       {
 768         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 769       }
 770       break;
 771     case "nimbus":
 772       lafSet = setNimbusLookAndFeel();
 773       if (!lafSet)
 774       {
 775         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 776       }
 777       break;
 778     case "quaqua":
 779       lafSet = setQuaquaLookAndFeel();
 780       if (!lafSet)
 781       {
 782         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 783       }
 784       break;
 785     case "vaqua":
 786       lafSet = setVaquaLookAndFeel();
 787       if (!lafSet)
 788       {
 789         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 790       }
 791       break;
 792     case "mac":
 793       lafSet = setMacLookAndFeel();
 794       if (!lafSet)
 795       {
 796         Cache.log.error("Could not set requested laf=" + laf);
 797       }
 798       break;
 799     case "none":
 800       break;
 801     default:
 802       Cache.log.error("Requested laf=" + laf + " not implemented");
 803     }
 804     if (!lafSet)
 805     {
 806       setSystemLookAndFeel();
 807       if (Platform.isLinux())
 808       {
 809         setMetalLookAndFeel();
 810       }
 811       if (Platform.isAMac())
 812       {
 813         setMacLookAndFeel();
 814       }
 815     }
 816   }
 817
 818   private static boolean setCrossPlatformLookAndFeel()
 819   {
 820     boolean set = false;
 821     try
 822     {
 823       UIManager.setLookAndFeel(
 824               UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName());
 825       set = true;
 826     } catch (Exception ex)
 827     {
 828       Cache.log.error("Unexpected Look and Feel Exception");
 829       Cache.log.error(ex.getMessage());
 830       Cache.log.debug(Cache.getStackTraceString(ex));
 831     }
 832     return set;
 833   }
 834
 835   private static boolean setSystemLookAndFeel()
 836   {
 837     boolean set = false;
 838     try
 839     {
 840       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 841       set = true;
 842     } catch (Exception ex)
 843     {
 844       Cache.log.error("Unexpected Look and Feel Exception");
 845       Cache.log.error(ex.getMessage());
 846       Cache.log.debug(Cache.getStackTraceString(ex));
 847     }
 848     return set;
 849   }
 850
 851   private static boolean setSpecificLookAndFeel(String name,
 852           String className, boolean nameStartsWith)
 853   {
 854     boolean set = false;
 855     try
 856     {
 857       for (LookAndFeelInfo info : UIManager.getInstalledLookAndFeels())
 858       {
 859         if (info.getName() != null && nameStartsWith
 860                 ? info.getName().toLowerCase()
 861                         .startsWith(name.toLowerCase())
 862                 : info.getName().toLowerCase().equals(name.toLowerCase()))
 863         {
 864           className = info.getClassName();
 865           break;
 866         }
 867       }
 868       UIManager.setLookAndFeel(className);
 869       set = true;
 870     } catch (Exception ex)
 871     {
 872       Cache.log.error("Unexpected Look and Feel Exception");
 873       Cache.log.error(ex.getMessage());
 874       Cache.log.debug(Cache.getStackTraceString(ex));
 875     }
 876     return set;
 877   }
 878
 879   private static boolean setGtkLookAndFeel()
 880   {
 881     return setSpecificLookAndFeel("gtk",
 882             "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel", true);
 883   }
 884
 885   private static boolean setMetalLookAndFeel()
 886   {
 887     return setSpecificLookAndFeel("metal",
 888             "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel", false);
 889   }
 890
 891   private static boolean setNimbusLookAndFeel()
 892   {
 893     return setSpecificLookAndFeel("nimbus",
 894             "javax.swing.plaf.nimbus.NimbusLookAndFeel", false);
 895   }
 896
 897   private static boolean setQuaquaLookAndFeel()
 898   {
 899     return setSpecificLookAndFeel("quaqua",
 900             ch.randelshofer.quaqua.QuaquaManager.getLookAndFeel().getClass()
 901                     .getName(),
 902             false);
 903   }
 904
 905   private static boolean setVaquaLookAndFeel()
 906   {
 907     return setSpecificLookAndFeel("vaqua",
 908             "org.violetlib.aqua.AquaLookAndFeel", false);
 909   }
 910
 911   private static boolean setMacLookAndFeel()
 912   {
 913     boolean set = false;
 914     System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
 915             "Jalview");
 916     System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 917     set = setQuaquaLookAndFeel();
 918     if ((!set) || !UIManager.getLookAndFeel().getClass().toString()
 919             .toLowerCase().contains("quaqua"))
 920     {
 921       set = setVaquaLookAndFeel();
 922     }
 923     return set;
 924   }
 925
 926   private static void showUsage()
 927   {
 928     System.out.println(
 929             "Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 930                     + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 931                     + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 932                     + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 933                     + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 934                     + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 935                     + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 936                     + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 937                     + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 938                     + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 939                     + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 940                     + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 941                     + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 942                     + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 943                     + "-json FILE\tCreate alignment file FILE in JSON format.\n"
 944                     + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 945                     + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 946                     + "-svg FILE\tCreate SVG image FILE from alignment.\n"
 947                     + "-html FILE\tCreate HTML file from alignment.\n"
 948                     + "-biojsMSA FILE\tCreate BioJS MSA Viewer HTML file from alignment.\n"
 949                     + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 950                     + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 951                     + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 952                     + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 953                     + "-nonews\tTurn off check for Jalview news.\n"
 954                     + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 955                     + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 956                     // +
 957                     // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property,
 958                     // after all other properties files have been read\n\t
 959                     // (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are
 960                     // passed in correctly)"
 961                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
 962                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 963                     + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 964                     + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 965   }
 966
 967   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 968   {
 969     /**
 970      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 971      */
 972     PromptUserConfig prompter = new PromptUserConfig(Desktop.desktop,
 973             "USAGESTATS", "Jalview Usage Statistics",
 974             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 975                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 976                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 977             new Runnable()
 978             {
 979               @Override
 980               public void run()
 981               {
 982                 Cache.log.debug(
 983                         "Initialising googletracker for usage stats.");
 984                 Cache.initGoogleTracker();
 985                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 986               }
 987             }, new Runnable()
 988             {
 989               @Override
 990               public void run()
 991               {
 992                 Cache.log.debug("Not enabling Google Tracking.");
 993               }
 994             }, null, true);
 995     desktop.addDialogThread(prompter);
 996   }
 997
 998   /**
 999    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
1000    *
1001    * @param groovyscript
1002    *          the script to execute
1003    * @param jalviewContext
1004    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
1005    *          'Jalview' object.
1006    */
1007   private void executeGroovyScript(String groovyscript, AlignFrame af)
1008   {
1009     /**
1010      * for scripts contained in files
1011      */
1012     File tfile = null;
1013     /**
1014      * script's URI
1015      */
1016     URL sfile = null;
1017     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
1018     {
1019       // read from stdin into a tempfile and execute it
1020       try
1021       {
1022         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
1023         PrintWriter outfile = new PrintWriter(
1024                 new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(tfile)));
1025         BufferedReader br = new BufferedReader(
1026                 new InputStreamReader(System.in));
1027         String line = null;
1028         while ((line = br.readLine()) != null)
1029         {
1030           outfile.write(line + "\n");
1031         }
1032         br.close();
1033         outfile.flush();
1034         outfile.close();
1035
1036       } catch (Exception ex)
1037       {
1038         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
1039                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)"
1040                         : tfile.toString()));
1041         ex.printStackTrace();
1042         return;
1043       }
1044       try
1045       {
1046         sfile = tfile.toURI().toURL();
1047       } catch (Exception x)
1048       {
1049         System.err.println(
1050                 "Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
1051                         + tfile.toURI());
1052         x.printStackTrace();
1053         return;
1054       }
1055     }
1056     else
1057     {
1058       try
1059       {
1060         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
1061       } catch (Exception x)
1062       {
1063         tfile = new File(groovyscript);
1064         if (!tfile.exists())
1065         {
1066           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
1067           return;
1068         }
1069         if (!tfile.canRead())
1070         {
1071           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
1072           return;
1073         }
1074         if (tfile.length() < 1)
1075         {
1076           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
1077           return;
1078         }
1079         try
1080         {
1081           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
1082         } catch (Exception ex)
1083         {
1084           System.err.println("Failed to create a file URL for "
1085                   + tfile.getAbsoluteFile());
1086           return;
1087         }
1088       }
1089     }
1090     try
1091     {
1092       Map<String, java.lang.Object> vbinding = new HashMap<>();
1093       vbinding.put("Jalview", this);
1094       if (af != null)
1095       {
1096         vbinding.put("currentAlFrame", af);
1097       }
1098       Binding gbinding = new Binding(vbinding);
1099       GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(new URL[] { sfile });
1100       gse.run(sfile.toString(), gbinding);
1101       if ("STDIN".equals(groovyscript))
1102       {
1103         // delete temp file that we made -
1104         // only if it was successfully executed
1105         tfile.delete();
1106       }
1107     } catch (Exception e)
1108     {
1109       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
1110               + " as a groovy script.");
1111       e.printStackTrace(System.err);
1112
1113     }
1114   }
1115
1116   public static boolean isHeadlessMode()
1117   {
1118     String isheadless = System.getProperty("java.awt.headless");
1119     if (isheadless != null && isheadless.equalsIgnoreCase("true"))
1120     {
1121       return true;
1122     }
1123     return false;
1124   }
1125
1126   public AlignFrame[] getAlignFrames()
1127   {
1128     return desktop == null ? new AlignFrame[] { getCurrentAlignFrame() }
1129             : Desktop.getAlignFrames();
1130
1131   }
1132
1133   /**
1134    * Quit method delegates to Desktop.quit - unless running in headless mode
1135    * when it just ends the JVM
1136    */
1137   public void quit()
1138   {
1139     if (desktop != null)
1140     {
1141       desktop.quit();
1142     }
1143     else
1144     {
1145       System.exit(0);
1146     }
1147   }
1148
1149   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
1150   {
1151     return Jalview.currentAlignFrame;
1152   }
1153
1154   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
1155   {
1156     Jalview.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
1157   }
1158 }