src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import org.apache.log4j.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.Vector;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * Main class for Jalview Application\r
  32  * <br>\r
  33  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class Jalview\r
  39 {\r
  40     /**\r
  41      * Initialises the Apache Axis logger\r
  42      */\r
  43     private static void initLogger()\r
  44     {\r
  45         Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");\r
  46         Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");\r
  47 \r
  48         if (Cache.getProperty("logs.Axis.Level") == null)\r
  49         {\r
  50             Cache.setProperty("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString());\r
  51         }\r
  52 \r
  53         if (Cache.getProperty("logs.Castor.Level") == null)\r
  54         {\r
  55             Cache.setProperty("logs.Castor.Level", Level.INFO.toString());\r
  56         }\r
  57 \r
  58         laxis.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Axis.Level")));\r
  59         lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Castor.Level")));\r
  60 \r
  61         ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),\r
  62                 "System.err");\r
  63         ap.setName("JalviewLogger");\r
  64         laxis.addAppender(ap);\r
  65         lcastor.addAppender(ap);\r
  66     }\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * main class for Jalview application\r
  70      *\r
  71      * @param args open <em>filename</em>\r
  72      */\r
  73     public static void main(String[] args)\r
  74     {\r
  75       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
  76       boolean headless = false;\r
  77 \r
  78       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
  79       {\r
  80         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
  81                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
  82                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
  83                            +"-groups FILE\tUse the given file to mark groups on the alignment. \nGroups file is in the following tab delimited format\n"\r
  84                            +"TEXT<tab>SEQUENCE_ID<tab>SEQUENCE_INDEX<tab>START_RESIDUE<tab>END_RESIDUE<tab>COLOUR\n"\r
  85                            +"SequenceID is used in preference to SequenceIndex if both are provided.\n"\r
  86                            +"Enter ID_NOT_SPECIFIED for SEQUENCE_ID or -1 for SEQUENCE_INDEX if unknown.\n"\r
  87                            +"COLOUR can be hexadecimal RGB or 'red', 'blue' etc.\n\n"\r
  88                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
  89                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
  90                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
  91                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
  92                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
  93                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
  94                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
  95                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
  96                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
  97                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
  98                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.");\r
  99         System.exit(0);\r
 100           }\r
 101 \r
 102 \r
 103           if (aparser.contains("nodisplay"))\r
 104             System.setProperty("java.awt.headless", "true");\r
 105 \r
 106           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 107               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 108           {\r
 109             headless = true;\r
 110           }\r
 111 \r
 112         Cache.loadProperties(aparser.getValue("props"));\r
 113 \r
 114         try\r
 115         {\r
 116           initLogger();\r
 117         }\r
 118         catch (Exception e)\r
 119         {\r
 120           System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");\r
 121         }\r
 122 \r
 123 \r
 124         Desktop desktop = null;\r
 125         if( !headless )\r
 126         {\r
 127           try\r
 128           {\r
 129             UIManager.setLookAndFeel(\r
 130                 UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
 131                 );\r
 132           }\r
 133           catch (Exception ex)\r
 134           {\r
 135           }\r
 136 \r
 137           desktop = new Desktop();\r
 138           desktop.setVisible(true);\r
 139         }\r
 140 \r
 141 \r
 142          String file = null, protocol = null, format = null, groups=null;\r
 143          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();\r
 144 \r
 145           file = aparser.getValue("open");\r
 146 \r
 147           if (file == null && desktop==null)\r
 148           {\r
 149             System.out.println("No files to open!");\r
 150             System.exit(1);\r
 151           }\r
 152 \r
 153           if(file!=null)\r
 154           {\r
 155 \r
 156             if (!file.startsWith("http://"))\r
 157             {\r
 158               if (! (new java.io.File(file)).exists())\r
 159               {\r
 160                 System.out.println("Can't find " + file);\r
 161                 System.exit(1);\r
 162               }\r
 163             }\r
 164 \r
 165             protocol = "File";\r
 166 \r
 167             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 168             {\r
 169               protocol = "URL";\r
 170             }\r
 171 \r
 172             if (file.endsWith(".jar"))\r
 173               format = "Jalview";\r
 174             else\r
 175               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 176 \r
 177             System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);\r
 178 \r
 179             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
 180 \r
 181             groups = aparser.getValue("groups");\r
 182             if (groups != null)\r
 183             {\r
 184               af.parseGroupsFile(groups);\r
 185             }\r
 186 \r
 187             String imageName = "unnamed.png";\r
 188             while (aparser.getSize() > 1)\r
 189             {\r
 190               format = aparser.nextValue();\r
 191               file = aparser.nextValue();\r
 192 \r
 193               if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
 194               {\r
 195                 af.createPNG(new java.io.File(file));\r
 196                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
 197                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
 198                 continue;\r
 199               }\r
 200               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
 201               {\r
 202                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
 203                 System.out.println("Creating image map: " + file);\r
 204                 continue;\r
 205               }\r
 206               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
 207               {\r
 208                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
 209                 af.createEPS(new java.io.File(file));\r
 210                 continue;\r
 211               }\r
 212 \r
 213               if (af.saveAlignment(file, format))\r
 214                 System.out.println("Written alignment in " + format +\r
 215                                    " format to " + file);\r
 216               else\r
 217                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
 218                                    " format!!");\r
 219 \r
 220             }\r
 221 \r
 222             while (aparser.getSize() > 0)\r
 223             {\r
 224               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
 225             }\r
 226           }\r
 227 \r
 228         // We'll only open the default file if the desktop is visible.\r
 229         //////////////////////\r
 230           if (\r
 231               !headless &&\r
 232               jalview.bin.Cache.getProperty("SHOW_STARTUP_FILE").equals("true") &&\r
 233               jalview.bin.Cache.getProperty("STARTUP_FILE") != null)\r
 234           {\r
 235 \r
 236             file = jalview.bin.Cache.getProperty("STARTUP_FILE");\r
 237             protocol = "File";\r
 238 \r
 239             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 240             {\r
 241               protocol = "URL";\r
 242             }\r
 243 \r
 244             if (file.endsWith(".jar"))\r
 245             {\r
 246               Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 247             }\r
 248             else\r
 249             {\r
 250               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 251               desktop.LoadFile(file, protocol, format);\r
 252             }\r
 253           }\r
 254 \r
 255 \r
 256           if (desktop==null)\r
 257             System.exit(0);\r
 258     }\r
 259 }\r
 260 \r
 261  class ArgsParser\r
 262  {\r
 263    Vector vargs = null;\r
 264    public ArgsParser(String [] args)\r
 265    {\r
 266      vargs = new Vector();\r
 267      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
 268      {\r
 269        String arg = args[i].trim();\r
 270        if (arg.charAt(0) == '-')\r
 271          arg = arg.substring(1);\r
 272        vargs.addElement(arg);\r
 273      }\r
 274    }\r
 275 \r
 276    public String getValue(String arg)\r
 277    {\r
 278      int index = vargs.indexOf(arg);\r
 279      String ret = null;\r
 280      if (index != -1)\r
 281      {\r
 282        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
 283        vargs.removeElementAt(index);\r
 284        vargs.removeElementAt(index);\r
 285      }\r
 286      return ret;\r
 287    }\r
 288 \r
 289    public boolean contains(String arg)\r
 290    {\r
 291      if(vargs.contains(arg))\r
 292      {\r
 293        vargs.removeElement(arg);\r
 294        return true;\r
 295      }\r
 296      else\r
 297        return false;\r
 298    }\r
 299 \r
 300    public String nextValue()\r
 301    {\r
 302      return  vargs.remove(0).toString();\r
 303    }\r
 304 \r
 305    public int getSize()\r
 306    {\r
 307      return vargs.size();\r
 308    }\r
 309 \r
 310  }\r