src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /********************\r
   2  * 2004 Jalview Reengineered\r
   3  * Barton Group\r
   4  * Dundee University\r
   5  *\r
   6  * AM Waterhouse\r
   7  *******************/\r
   8 \r
   9 \r
  10 package jalview.bin;\r
  11 \r
  12 import jalview.gui.*;\r
  13 import javax.swing.*;\r
  14 import java.awt.event.*;\r
  15 import jalview.io.*;\r
  16 \r
  17 import org.apache.log4j.*;\r
  18 \r
  19 public class Jalview extends JApplet\r
  20 {\r
  21   public static JApplet applet;\r
  22   Desktop frame;\r
  23   public void init()\r
  24   {\r
  25     applet = this;\r
  26     Cache.loadProperties();\r
  27     jalview.gui.Preferences.initPreferences();\r
  28 \r
  29     frame = new Desktop();\r
  30     frame.setResizable(true);\r
  31     frame.setVisible(true);\r
  32     frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DO_NOTHING_ON_CLOSE);\r
  33     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  34     {\r
  35       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
  36       {\r
  37           applet.stop();\r
  38           applet.destroy();\r
  39       }\r
  40     });\r
  41 \r
  42     String file = getParameter("alignment");\r
  43 \r
  44     if(file!=null)\r
  45     {\r
  46       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", file);\r
  47       String protocol = "File";\r
  48       if (file.indexOf("http:") > -1)\r
  49         protocol = "URL";\r
  50 \r
  51       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
  52 \r
  53       frame.LoadFile(file, protocol, format);\r
  54     }\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public void destroy()\r
  58   {\r
  59     if(applet!=null)\r
  60       applet.stop();\r
  61     else\r
  62       System.exit(0);\r
  63     frame.setVisible(false);\r
  64   }\r
  65 \r
  66   private static void initLogger() {\r
  67     Logger l = Logger.getLogger("org.apache.axis");\r
  68     if (Cache.getProperty("logs.Axis.Level")==null) {\r
  69       Cache.setProperty("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString());\r
  70     }\r
  71 \r
  72     l.setLevel(Level.toLevel(Cache.getProperty("logs.Axis.Level")));\r
  73     ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),"System.err");\r
  74     ap.setName("Axis");\r
  75     l.addAppender(ap);\r
  76   }\r
  77    public static void main(String[] args) {\r
  78 \r
  79     Cache.loadProperties();\r
  80     jalview.gui.Preferences.initPreferences();\r
  81     try {\r
  82       initLogger();\r
  83     } catch (Exception e) {\r
  84       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");\r
  85       e.printStackTrace();\r
  86     }\r
  87     try{\r
  88        UIManager.setLookAndFeel(\r
  89    //   "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
  90     //  "javax.swing.plaf.multi.MultiLookAndFeel"\r
  91          UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
  92      //    UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()\r
  93        // "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"\r
  94        //   "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"\r
  95        //  "com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"\r
  96      );\r
  97      }\r
  98      catch (Exception ex)\r
  99      {}\r
 100 \r
 101      Desktop frame = new Desktop();\r
 102      frame.setResizable(true);\r
 103      frame.setVisible(true);\r
 104 \r
 105 \r
 106 \r
 107      if(args!=null && args.length>0)\r
 108      {\r
 109          String file=null;\r
 110          if(args[0].equals("-open"))\r
 111            file = args[1];\r
 112          else\r
 113            file = args[0];\r
 114 \r
 115          String protocol = "File";\r
 116          if(file.indexOf("http:")>-1)\r
 117            protocol = "URL";\r
 118 \r
 119          String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 120 \r
 121          frame.LoadFile(file, protocol, format);\r
 122      }\r
 123 \r
 124      if(jalview.gui.Preferences.showStartupFile &&\r
 125          jalview.gui.Preferences.startupFile!=null)\r
 126      {\r
 127        String file = jalview.gui.Preferences.startupFile;\r
 128        String protocol = "File";\r
 129        if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 130          protocol = "URL";\r
 131 \r
 132        if(file.endsWith(".jar"))\r
 133          Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 134        else\r
 135        {\r
 136          String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 137          frame.LoadFile(file, protocol, format);\r
 138        }\r
 139      }\r
 140 \r
 141 \r
 142 \r
 143    }\r
 144 \r
 145 }\r
 146 \r