src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.Desktop;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.util.Platform;
  27 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  28
  29 import java.awt.event.ActionEvent;
  30 import java.awt.event.ActionListener;
  31 import java.io.BufferedReader;
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.FileOutputStream;
  34 import java.io.IOException;
  35 import java.io.OutputStreamWriter;
  36 import java.io.PrintWriter;
  37 import java.lang.reflect.Constructor;
  38 import java.net.MalformedURLException;
  39 import java.net.URI;
  40 import java.net.URL;
  41 import java.net.URLDecoder;
  42 import java.security.AllPermission;
  43 import java.security.CodeSource;
  44 import java.security.PermissionCollection;
  45 import java.security.Permissions;
  46 import java.security.Policy;
  47 import java.util.Hashtable;
  48 import java.util.Map;
  49 import java.util.Vector;
  50
  51 import javax.swing.UIManager;
  52
  53 /**
  54  * Main class for Jalview Application <br>
  55  * <br>
  56  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  57  *
  58  * @author $author$
  59  * @version $Revision$
  60  */
  61 public class Jalview
  62 {
  63   static
  64   {
  65     // grab all the rights we can the JVM
  66     Policy.setPolicy(new Policy()
  67     {
  68       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  69       {
  70         Permissions perms = new Permissions();
  71         perms.add(new AllPermission());
  72         return (perms);
  73       }
  74
  75       public void refresh()
  76       {
  77       }
  78     });
  79   }
  80
  81   /**
  82    * main class for Jalview application
  83    *
  84    * @param args
  85    *          open <em>filename</em>
  86    */
  87   public static void main(String[] args)
  88   {
  89     System.out.println("Java version: "
  90             + System.getProperty("java.version"));
  91     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  92             + System.getProperty("os.name") + " "
  93             + System.getProperty("os.version"));
  94     if (new Platform().isAMac())
  95     {
  96       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  97               "Jalview");
  98       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
  99     }
 100
 101     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 102     boolean headless = false;
 103
 104     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 105     {
 106       showUsage();
 107       System.exit(0);
 108     }
 109     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui")
 110             || aparser.contains("headless"))
 111     {
 112       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 113       headless = true;
 114     }
 115     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 116     // anything else!
 117
 118     final String jabawsUrl = aparser.getValue("jabaws");
 119     if (jabawsUrl != null)
 120     {
 121       try
 122       {
 123         Jws2Discoverer.getDiscoverer().setPreferredUrl(jabawsUrl);
 124       } catch (MalformedURLException e)
 125       {
 126         System.err.println("Invalid jabaws parameter: " + jabawsUrl
 127                 + " ignored");
 128       }
 129     }
 130
 131     String defs = aparser.getValue("setprop");
 132     while (defs != null)
 133     {
 134       int p = defs.indexOf('=');
 135       if (p == -1)
 136       {
 137         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 138       }
 139       else
 140       {
 141         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 142         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 143         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 144         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 145       }
 146       defs = aparser.getValue("setprop");
 147     }
 148     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 149             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 150     {
 151       headless = true;
 152     }
 153     System.setProperty("http.agent",
 154             "Jalview Desktop/" + Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 155     try
 156     {
 157       Cache.initLogger();
 158     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 159     {
 160       error.printStackTrace();
 161       System.out
 162               .println("\nEssential logging libraries not found."
 163                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 164       System.exit(0);
 165     }
 166
 167     Desktop desktop = null;
 168
 169     try
 170     {
 171       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 172     } catch (Exception ex)
 173     {
 174     }
 175
 176     if (!headless)
 177     {
 178       desktop = new Desktop();
 179       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 180       desktop.setVisible(true);
 181       desktop.startServiceDiscovery();
 182       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 183       {
 184         startUsageStats(desktop);
 185       }
 186       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 187       {
 188         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 189         if (url != null)
 190         {
 191           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 192           // questionnaire
 193           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 194           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 195         }
 196         else
 197         {
 198           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 199           {
 200             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 201             // questionnaire
 202             // String defurl =
 203             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 204             // //
 205             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 206             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 207                     + defurl);
 208             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 209
 210           }
 211         }
 212       }
 213       desktop.checkForNews();
 214     }
 215
 216     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 217     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 218     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 219     // features from
 220     // loading is done.
 221     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 222     // completed one way or another
 223     // extract groovy argument and execute if necessary
 224     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 225     file = aparser.getValue("open", true);
 226
 227     if (file == null && desktop == null)
 228     {
 229       System.out.println("No files to open!");
 230       System.exit(1);
 231     }
 232     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 233             .getValue("vsess");
 234     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 235     {
 236       if (desktop == null || headless)
 237       {
 238         System.out
 239                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 240         System.exit(1);
 241       }
 242       // if we have a file, start a new session and import it.
 243       boolean inSession = false;
 244       if (vamsasImport != null)
 245       {
 246         try
 247         {
 248           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 249                   .checkProtocol(vamsasImport);
 250           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 251           {
 252             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 253           }
 254           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 255           {
 256             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 257           }
 258
 259         } catch (Exception e)
 260         {
 261           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 262                   + " as a vamsas document.");
 263           e.printStackTrace();
 264         }
 265         if (!inSession)
 266         {
 267           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 268                   + " as a vamsas document.");
 269         }
 270         else
 271         {
 272           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 273                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 274         }
 275       }
 276       if (vamsasSession != null)
 277       {
 278         if (vamsasImport != null)
 279         {
 280           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 281           // remnants into the new session later on.
 282           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 283         }
 284         // now join the new session
 285         try
 286         {
 287           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 288           {
 289             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 290                     + vamsasSession);
 291           }
 292           else
 293           {
 294             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 295                     + vamsasSession);
 296           }
 297         } catch (Exception e)
 298         {
 299           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 300                   + vamsasSession);
 301           e.printStackTrace();
 302         }
 303         if (vamsasImport != null)
 304         {
 305           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 306           // session at the user's leisure.
 307           Cache.log
 308                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 309           // enable
 310           // this
 311           // when
 312           // debugged
 313           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 314         }
 315       }
 316     }
 317     long progress = -1;
 318     // Finally, deal with the remaining input data.
 319     if (file != null)
 320     {
 321       if (!headless)
 322       {
 323         desktop.setProgressBar(MessageManager.getString("status.processing_commandline_args"),
 324                 progress = System.currentTimeMillis());
 325       }
 326       System.out.println("Opening file: " + file);
 327
 328       if (!file.startsWith("http://"))
 329       {
 330         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 331         {
 332           System.out.println("Can't find " + file);
 333           if (headless)
 334           {
 335             System.exit(1);
 336           }
 337         }
 338       }
 339
 340       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 341
 342       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 343
 344       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 345               format);
 346       if (af == null)
 347       {
 348         System.out.println("error");
 349       }
 350       else
 351       {
 352
 353         data = aparser.getValue("colour", true);
 354         if (data != null)
 355         {
 356           data.replaceAll("%20", " ");
 357
 358           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 359                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 360
 361           if (cs == null)
 362           {
 363             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 364                     "white");
 365             ucs.parseAppletParameter(data);
 366             cs = ucs;
 367           }
 368
 369           System.out.println("colour is " + data);
 370           af.changeColour(cs);
 371         }
 372
 373         // Must maintain ability to use the groups flag
 374         data = aparser.getValue("groups", true);
 375         if (data != null)
 376         {
 377           af.parseFeaturesFile(data,
 378                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 379           System.out.println("Added " + data);
 380         }
 381         data = aparser.getValue("features", true);
 382         if (data != null)
 383         {
 384           af.parseFeaturesFile(data,
 385                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 386           System.out.println("Added " + data);
 387         }
 388
 389         data = aparser.getValue("annotations", true);
 390         if (data != null)
 391         {
 392           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 393           System.out.println("Added " + data);
 394         }
 395         // set or clear the sortbytree flag.
 396         if (aparser.contains("sortbytree"))
 397         {
 398           af.getViewport().setSortByTree(true);
 399         }
 400         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 401         {
 402           af.getViewport().setSortByTree(false);
 403         }
 404         data = aparser.getValue("tree", true);
 405         if (data != null)
 406         {
 407           jalview.io.NewickFile fin = null;
 408           try
 409           {
 410             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 411                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 412             if (fin != null)
 413             {
 414               af.getViewport().setCurrentTree(
 415                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 416               System.out.println("Added tree " + data);
 417             }
 418           } catch (IOException ex)
 419           {
 420             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 421             ex.printStackTrace(System.err);
 422           }
 423         }
 424         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 425         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 426         // sequence)
 427
 428         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 429         if (af != null && getFeatures != null)
 430         {
 431           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 432           if (ff != null)
 433           {
 434             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 435             {
 436               // wait around until fetching is finished.
 437               try
 438               {
 439                 Thread.sleep(100);
 440               } catch (Exception e)
 441               {
 442
 443               }
 444             }
 445           }
 446           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 447         }
 448         if (groovyscript != null)
 449         {
 450           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 451           // and before any images or figures are generated.
 452           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 453           {
 454             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 455             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 456             { desktop, af });
 457           }
 458           else
 459           {
 460             System.err
 461                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 462                             + groovyscript);
 463           }
 464           groovyscript = null;
 465         }
 466         String imageName = "unnamed.png";
 467         while (aparser.getSize() > 1)
 468         {
 469           format = aparser.nextValue();
 470           file = aparser.nextValue();
 471
 472           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 473           {
 474             af.createPNG(new java.io.File(file));
 475             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 476             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 477             continue;
 478           }
 479           else if (format.equalsIgnoreCase("svg"))
 480           {
 481             File imageFile = new java.io.File(file);
 482             imageName = imageFile.getName();
 483             af.createSVG(imageFile);
 484             System.out.println("Creating SVG image: " + file);
 485             continue;
 486           }
 487           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 488           {
 489             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 490             System.out.println("Creating image map: " + file);
 491             continue;
 492           }
 493           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 494           {
 495             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 496             af.createEPS(new java.io.File(file));
 497             continue;
 498           }
 499
 500           if (af.saveAlignment(file, format))
 501           {
 502             System.out.println("Written alignment in " + format
 503                     + " format to " + file);
 504           }
 505           else
 506           {
 507             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 508                     + format + " format!!");
 509           }
 510
 511         }
 512
 513         while (aparser.getSize() > 0)
 514         {
 515           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 516         }
 517       }
 518     }
 519     AlignFrame startUpAlframe = null;
 520     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 521     // And the user
 522     // ////////////////////
 523
 524     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 525             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 526     {
 527       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 528               "STARTUP_FILE",
 529               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 530                       "http://www.jalview.org")
 531                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 532       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 533       {
 534         // hardwire upgrade of the startup file
 535         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 536         // and remove the stale setting
 537         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 538       }
 539
 540       protocol = "File";
 541
 542       if (file.indexOf("http:") > -1)
 543       {
 544         protocol = "URL";
 545       }
 546
 547       if (file.endsWith(".jar"))
 548       {
 549         format = "Jalview";
 550       }
 551       else
 552       {
 553         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 554       }
 555
 556       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 557               format);
 558       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 559       // extract groovy arguments before anything else.
 560     }
 561     // If the user has specified features to be retrieved,
 562     // or a groovy script to be executed, do them if they
 563     // haven't been done already
 564     // fetch features for the default alignment
 565     if (getFeatures != null)
 566     {
 567       if (startUpAlframe != null)
 568       {
 569         startFeatureFetching(getFeatures);
 570       }
 571     }
 572     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 573     if (groovyscript != null)
 574     {
 575       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 576       {
 577         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 578         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 579         { desktop, startUpAlframe });
 580       }
 581       else
 582       {
 583         System.err
 584                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 585                         + groovyscript);
 586       }
 587     }
 588     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 589     if (desktop != null)
 590     {
 591       if (progress != -1)
 592       {
 593         desktop.setProgressBar(null, progress);
 594       }
 595       desktop.setInBatchMode(false);
 596     }
 597   }
 598
 599   private static void showUsage()
 600   {
 601     System.out
 602             .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 603                     + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 604                     + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 605                     + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 606                     + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 607                     + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 608                     + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 609                     + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 610                     + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 611                     + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 612                     + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 613                     + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 614                     + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 615                     + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 616                     + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 617                     + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 618                     + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 619                     + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 620                     + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 621                     + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 622                     + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 623                     + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 624                     // +
 625                     // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 626                     + "-jabaws URL\tSpecify URL for Jabaws services (e.g. for a local installation).\n"
 627                     + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 628                     + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 629                     + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 630                     + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 631                     // +
 632                     // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 633                     // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 634                     + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 635                     + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 636   }
 637
 638   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 639   {
 640     /**
 641      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 642      */
 643     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 644             desktop.desktop,
 645             "USAGESTATS",
 646             "Jalview Usage Statistics",
 647             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 648                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 649                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 650             new Runnable()
 651             {
 652               public void run()
 653               {
 654                 Cache.log
 655                         .debug("Initialising googletracker for usage stats.");
 656                 Cache.initGoogleTracker();
 657                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 658               }
 659             }, new Runnable()
 660             {
 661               public void run()
 662               {
 663                 Cache.log.debug("Not enabling Google Tracking.");
 664               }
 665             }, null, true);
 666     desktop.addDialogThread(prompter);
 667   }
 668
 669   /**
 670    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 671    *
 672    * @param groovyscript
 673    *          the script to execute
 674    * @param jalviewContext
 675    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 676    *          'Jalview' object.
 677    */
 678   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 679           Object[] jalviewContext)
 680   {
 681     if (jalviewContext == null)
 682     {
 683       System.err
 684               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 685     }
 686     /**
 687      * for scripts contained in files
 688      */
 689     File tfile = null;
 690     /**
 691      * script's URI
 692      */
 693     URL sfile = null;
 694     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 695     {
 696       // read from stdin into a tempfile and execute it
 697       try
 698       {
 699         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 700         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 701                 new FileOutputStream(tfile)));
 702         BufferedReader br = new BufferedReader(
 703                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 704         String line = null;
 705         while ((line = br.readLine()) != null)
 706         {
 707           outfile.write(line + "\n");
 708         }
 709         br.close();
 710         outfile.flush();
 711         outfile.close();
 712
 713       } catch (Exception ex)
 714       {
 715         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 716                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 717                         .toString()));
 718         ex.printStackTrace();
 719         return;
 720       }
 721       try
 722       {
 723         sfile = tfile.toURI().toURL();
 724       } catch (Exception x)
 725       {
 726         System.err
 727                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 728                         + tfile.toURI());
 729         x.printStackTrace();
 730         return;
 731       }
 732     }
 733     else
 734     {
 735       try
 736       {
 737         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 738       } catch (Exception x)
 739       {
 740         tfile = new File(groovyscript);
 741         if (!tfile.exists())
 742         {
 743           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 744           return;
 745         }
 746         if (!tfile.canRead())
 747         {
 748           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 749           return;
 750         }
 751         if (tfile.length() < 1)
 752         {
 753           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 754           return;
 755         }
 756         try
 757         {
 758           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 759         } catch (Exception ex)
 760         {
 761           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 762                   + tfile.getAbsoluteFile());
 763           return;
 764         }
 765       }
 766     }
 767     boolean success = false;
 768     try
 769     {
 770       /*
 771        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 772        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 773        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 774        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 775        *
 776        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 777        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 778        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 779        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 780        */
 781       Class[] bspec;
 782       Object[] binding;
 783       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 784               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 785       String cnames[] = new String[]
 786       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 787       bspec = new Class[blen * 2];
 788       binding = new Object[blen * 2];
 789       blen = 0;
 790       ClassLoader cl = null;
 791       Map vbinding = new Hashtable();
 792       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 793       {
 794         if (jalviewContext[jc] != null)
 795         {
 796           if (cl == null)
 797           {
 798             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 799           }
 800           bspec[blen * 2] = String.class;
 801           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 802           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 803           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 804           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 805           blen++;
 806         }
 807       }
 808       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 809       Constructor gbcons;
 810       Object gbinding;
 811       try
 812       {
 813         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 814         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 815       } catch (NoSuchMethodException x)
 816       {
 817         // old style binding config - using series of string/object values to
 818         // setVariable.
 819         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 820         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 821         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 822                 "setVariable", bspec);
 823         setvar.invoke(gbinding, binding);
 824       }
 825       ;
 826       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 827       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 828       { URL[].class }); // String[].class });
 829       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 830       { new URL[]
 831       { sfile } }); // .toString() } });
 832       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 833       { String.class, gbindingc });
 834       run.invoke(gse, new Object[]
 835       { sfile.toString(), gbinding });
 836       success = true;
 837     } catch (Exception e)
 838     {
 839       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 840               + " as a groovy script.");
 841       e.printStackTrace(System.err);
 842
 843     }
 844     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 845     {
 846       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 847       // executed
 848       tfile.delete();
 849     }
 850   }
 851
 852   /**
 853    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 854    *
 855    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 856    */
 857   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 858   {
 859     Vector source = null;
 860     String data;
 861     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 862     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 863     {
 864       String nickname = null;
 865       String url = null;
 866       boolean seq = false, feat = true;
 867       int pos = data.indexOf('=');
 868       // determine capabilities
 869       if (pos > 0)
 870       {
 871         nickname = data.substring(0, pos);
 872       }
 873       url = data.substring(pos + 1);
 874       if (url != null
 875               && (url.startsWith("http:") || url
 876                       .startsWith("sequence:http:")))
 877       {
 878         if (nickname == null)
 879         {
 880           nickname = url;
 881         }
 882         if (locsources == null)
 883         {
 884           locsources = "";
 885         }
 886         else
 887         {
 888           locsources += "\t";
 889         }
 890         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 891         System.err
 892                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 893                         + nickname + "|" + url);
 894         if (source == null)
 895         {
 896           source = new Vector();
 897         }
 898         source.addElement(nickname);
 899       }
 900     } // loop until no more server entries are found.
 901     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 902     {
 903       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 904               + locsources);
 905       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 906     }
 907     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 908     {
 909       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 910       if (source == null)
 911       {
 912         source = new Vector();
 913       }
 914       source.addElement(data);
 915     }
 916     return source;
 917   }
 918
 919   /**
 920    * start a feature fetcher for every alignment frame
 921    *
 922    * @param dasSources
 923    */
 924   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 925   {
 926     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 927     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 928     if (afs == null || afs.length == 0)
 929     {
 930       return null;
 931     }
 932     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 933     {
 934       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 935     }
 936     return ff;
 937   }
 938 }
 939
 940 /**
 941  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 942  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 943  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 944  * prefixing it).
 945  *
 946  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 947  *
 948  */
 949
 950 class rnabuttonlistener implements ActionListener
 951 {
 952   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 953   {
 954     System.out.println("Good idea ! ");
 955
 956   }
 957 }
 958
 959 class pbuttonlistener implements ActionListener
 960 {
 961   public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 962   {
 963
 964   }
 965 }
 966
 967 class ArgsParser
 968 {
 969   Vector vargs = null;
 970
 971   public ArgsParser(String[] args)
 972   {
 973     vargs = new Vector();
 974     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 975     {
 976       String arg = args[i].trim();
 977       if (arg.charAt(0) == '-')
 978       {
 979         arg = arg.substring(1);
 980       }
 981       vargs.addElement(arg);
 982     }
 983   }
 984
 985   /**
 986    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 987    *
 988    * @param arg
 989    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 990    */
 991   public String getValue(String arg)
 992   {
 993     return getValue(arg, false);
 994   }
 995
 996   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 997   {
 998     int index = vargs.indexOf(arg);
 999     String dc = null, ret = null;
1000     if (index != -1)
1001     {
1002       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
1003       vargs.removeElementAt(index);
1004       vargs.removeElementAt(index);
1005       if (utf8decode && ret != null)
1006       {
1007         try
1008         {
1009           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
1010           ret = dc;
1011         } catch (Exception e)
1012         {
1013           // TODO: log failure to decode
1014         }
1015       }
1016     }
1017     return ret;
1018   }
1019
1020   /**
1021    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
1022    *
1023    * @param arg
1024    * @return true if arg was present in argslist.
1025    */
1026   public boolean contains(String arg)
1027   {
1028     if (vargs.contains(arg))
1029     {
1030       vargs.removeElement(arg);
1031       return true;
1032     }
1033     else
1034     {
1035       return false;
1036     }
1037   }
1038
1039   public String nextValue()
1040   {
1041     return vargs.remove(0).toString();
1042   }
1043
1044   public int getSize()
1045   {
1046     return vargs.size();
1047   }
1048
1049 }
1050
1051 /**
1052  * keep track of feature fetching tasks.
1053  *
1054  * @author JimP
1055  *
1056  */
1057 class FeatureFetcher
1058 {
1059   /*
1060    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1061    * processing events.
1062    */
1063
1064   private int queued = 0;
1065
1066   private int running = 0;
1067
1068   public FeatureFetcher()
1069   {
1070
1071   }
1072
1073   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1074   {
1075     final long id = System.currentTimeMillis();
1076     queued++;
1077     final FeatureFetcher us = this;
1078     new Thread(new Runnable()
1079     {
1080
1081       public void run()
1082       {
1083         synchronized (us)
1084         {
1085           queued--;
1086           running++;
1087         }
1088
1089         af.setProgressBar(MessageManager.getString("status.das_features_being_retrived"), id);
1090         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1091         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1092         af.setProgressBar(null, id);
1093         synchronized (us)
1094         {
1095           running--;
1096         }
1097       }
1098     }).start();
1099   }
1100
1101   public synchronized boolean allFinished()
1102   {
1103     return queued == 0 && running == 0;
1104   }
1105
1106 };