src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class JalviewLite extends Applet\r
  40 {\r
  41     static int lastFrameX = 200;\r
  42     static int lastFrameY = 200;\r
  43     boolean fileFound = true;\r
  44     String file = "No file";\r
  45     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  46 \r
  47     AlignFrame currentAlignFrame;\r
  48 \r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * init method for Jalview Applet\r
  52      */\r
  53     public void init()\r
  54     {\r
  55         int r = 255;\r
  56         int g = 255;\r
  57         int b = 255;\r
  58         String param = getParameter("RGB");\r
  59 \r
  60         if (param != null)\r
  61         {\r
  62             try\r
  63             {\r
  64                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  65                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  66                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  67             }\r
  68             catch (Exception ex)\r
  69             {\r
  70                 r = 255;\r
  71                 g = 255;\r
  72                 b = 255;\r
  73             }\r
  74         }\r
  75 \r
  76         param = getParameter("label");\r
  77         if(param != null)\r
  78           launcher.setLabel(param);\r
  79 \r
  80         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  81 \r
  82 \r
  83         param = getParameter("features");\r
  84         if(param!=null)\r
  85         {\r
  86           if(param.indexOf("://")==-1)\r
  87                param = getCodeBase() + param;\r
  88         }\r
  89         final String featuresFile = param;\r
  90 \r
  91         file = getParameter("file");\r
  92         final JalviewLite applet = this;\r
  93         if (file != null)\r
  94         {\r
  95             add(launcher);\r
  96             if(file.indexOf("://")==-1)\r
  97                file = getCodeBase() + file;\r
  98 \r
  99             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 100                 {\r
 101                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 102                     {\r
 103                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
 104                                 "URL");\r
 105                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 106                             "URL",\r
 107                             format,\r
 108                             featuresFile,\r
 109                             applet);\r
 110                         loader.start();\r
 111                       }\r
 112                 });\r
 113         }\r
 114         else\r
 115         {\r
 116             file = "NO FILE";\r
 117             fileFound = false;\r
 118         }\r
 119     }\r
 120 \r
 121 \r
 122     public static void main(String [] args)\r
 123     {\r
 124       if(args.length!=1)\r
 125       {\r
 126         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 127         System.exit(1);\r
 128       }\r
 129 \r
 130       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(args[0],"File");\r
 131       SequenceI[] sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], "File", format);\r
 132 \r
 133       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 134       {\r
 135         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0]);\r
 136         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 137       }\r
 138     }\r
 139 \r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 143      *\r
 144      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 145      * @param title title of new frame\r
 146      * @param width width if new frame\r
 147      * @param height height of new frame\r
 148      */\r
 149     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 150         int height)\r
 151     {\r
 152         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 153         lastFrameX += 40;\r
 154         lastFrameY += 40;\r
 155         frame.setSize(width, height);\r
 156         frame.setTitle(title);\r
 157         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 158             {\r
 159                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 160                 {\r
 161                     frame.dispose();\r
 162                 }\r
 163             });\r
 164         frame.setVisible(true);\r
 165     }\r
 166 \r
 167     public String getAlignment(String format)\r
 168     {\r
 169       return getAlignment(format, "true");\r
 170     }\r
 171 \r
 172     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
 173     {\r
 174       try\r
 175       {\r
 176         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
 177 \r
 178         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
 179             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(), seqlimits);\r
 180         return reply;\r
 181       }\r
 182       catch (Exception ex)\r
 183       {ex.printStackTrace();\r
 184         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 185 \r
 186       }\r
 187     }\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 191      * <br>\r
 192      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 193      *\r
 194      * @param g graphics context\r
 195      */\r
 196     public void paint(Graphics g)\r
 197     {\r
 198         if (!fileFound)\r
 199         {\r
 200             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 201             g.setColor(Color.cyan);\r
 202             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 203             g.setColor(Color.red);\r
 204             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 205             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 206         }\r
 207     }\r
 208 \r
 209     class LoadingThread extends Thread\r
 210     {\r
 211         String file;\r
 212         String protocol;\r
 213         String format;\r
 214         String featuresFile;\r
 215         JalviewLite applet;\r
 216 \r
 217         public LoadingThread(String file,\r
 218                              String protocol,\r
 219                              String format,\r
 220                              String features,\r
 221                              JalviewLite applet)\r
 222         {\r
 223             this.file = file;\r
 224             this.protocol = protocol;\r
 225             this.format = format;\r
 226             featuresFile = features;\r
 227             this.applet = applet;\r
 228         }\r
 229 \r
 230         public void run()\r
 231         {\r
 232             SequenceI[] sequences = null;\r
 233             sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 234 \r
 235             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 236             {\r
 237                 currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 238                         applet, file);\r
 239                 currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 240 \r
 241                 if(featuresFile!=null)\r
 242                   currentAlignFrame.parseFeaturesFile(featuresFile);\r
 243             }\r
 244             else\r
 245             {\r
 246                 fileFound = false;\r
 247                 remove(launcher);\r
 248                 repaint();\r
 249             }\r
 250         }\r
 251     }\r
 252 }\r