src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class JalviewLite extends Applet\r
  40 {\r
  41     static int lastFrameX = 200;\r
  42     static int lastFrameY = 200;\r
  43     boolean fileFound = true;\r
  44     String file = "No file";\r
  45     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  46 \r
  47     AlignFrame currentAlignFrame;\r
  48 \r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * init method for Jalview Applet\r
  52      */\r
  53     public void init()\r
  54     {\r
  55         int r = 255;\r
  56         int g = 255;\r
  57         int b = 255;\r
  58         String param = getParameter("RGB");\r
  59 \r
  60         if (param != null)\r
  61         {\r
  62             try\r
  63             {\r
  64                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  65                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  66                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  67             }\r
  68             catch (Exception ex)\r
  69             {\r
  70                 r = 255;\r
  71                 g = 255;\r
  72                 b = 255;\r
  73             }\r
  74         }\r
  75 \r
  76         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  77 \r
  78 \r
  79         param = getParameter("features");\r
  80         if(param!=null)\r
  81         {\r
  82           if(param.indexOf("://")==-1)\r
  83                param = getCodeBase() + param;\r
  84         }\r
  85         final String featuresFile = param;\r
  86 \r
  87         file = getParameter("file");\r
  88         final JalviewLite applet = this;\r
  89         if (file != null)\r
  90         {\r
  91             add(launcher);\r
  92             if(file.indexOf("://")==-1)\r
  93                file = getCodeBase() + file;\r
  94 \r
  95             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
  96                 {\r
  97                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  98                     {\r
  99                         String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
 100                                 "URL");\r
 101                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 102                             "URL",\r
 103                             format,\r
 104                             featuresFile,\r
 105                             applet);\r
 106                         loader.start();\r
 107                       }\r
 108                 });\r
 109         }\r
 110         else\r
 111         {\r
 112             file = "NO FILE";\r
 113             fileFound = false;\r
 114         }\r
 115     }\r
 116 \r
 117     public static void main(String [] args)\r
 118     {\r
 119       if(args.length!=1)\r
 120       {\r
 121         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 122         System.exit(1);\r
 123       }\r
 124 \r
 125       String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(args[0],"File");\r
 126       SequenceI[] sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], "File", format);\r
 127 \r
 128       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 129       {\r
 130         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0]);\r
 131         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 132       }\r
 133     }\r
 134 \r
 135 \r
 136     /**\r
 137      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 138      *\r
 139      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 140      * @param title title of new frame\r
 141      * @param width width if new frame\r
 142      * @param height height of new frame\r
 143      */\r
 144     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 145         int height)\r
 146     {\r
 147         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 148         lastFrameX += 40;\r
 149         lastFrameY += 40;\r
 150         frame.setSize(width, height);\r
 151         frame.setTitle(title);\r
 152         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 153             {\r
 154                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 155                 {\r
 156                     frame.dispose();\r
 157                 }\r
 158             });\r
 159         frame.setVisible(true);\r
 160     }\r
 161 \r
 162     public String getAlignment(String format)\r
 163     {\r
 164       return getAlignment(format, "true");\r
 165     }\r
 166 \r
 167     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
 168     {\r
 169       try\r
 170       {\r
 171         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
 172 \r
 173         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
 174             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(),\r
 175             true, seqlimits);\r
 176         return reply;\r
 177       }\r
 178       catch (Exception ex)\r
 179       {ex.printStackTrace();\r
 180         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 181 \r
 182       }\r
 183     }\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 187      * <br>\r
 188      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 189      *\r
 190      * @param g graphics context\r
 191      */\r
 192     public void paint(Graphics g)\r
 193     {\r
 194         if (!fileFound)\r
 195         {\r
 196             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 197             g.setColor(Color.cyan);\r
 198             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 199             g.setColor(Color.red);\r
 200             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 201             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 202         }\r
 203     }\r
 204 \r
 205     class LoadingThread extends Thread\r
 206     {\r
 207         String file;\r
 208         String protocol;\r
 209         String format;\r
 210         String featuresFile;\r
 211         JalviewLite applet;\r
 212 \r
 213         public LoadingThread(String file,\r
 214                              String protocol,\r
 215                              String format,\r
 216                              String features,\r
 217                              JalviewLite applet)\r
 218         {\r
 219             this.file = file;\r
 220             this.protocol = protocol;\r
 221             this.format = format;\r
 222             featuresFile = features;\r
 223             this.applet = applet;\r
 224         }\r
 225 \r
 226         public void run()\r
 227         {\r
 228             SequenceI[] sequences = null;\r
 229             sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 230 \r
 231             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 232             {\r
 233                 currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 234                         applet, file);\r
 235                 currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 236 \r
 237                 if(featuresFile!=null)\r
 238                   currentAlignFrame.parseFeaturesFile(featuresFile);\r
 239             }\r
 240             else\r
 241             {\r
 242                 fileFound = false;\r
 243                 remove(launcher);\r
 244                 repaint();\r
 245             }\r
 246         }\r
 247     }\r
 248 }\r