src/jalview/bin/JalviewLite.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.appletgui.AlignFrame;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.applet.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import jalview.appletgui.FeatureSettings;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * Jalview Applet. Runs in Java 1.18 runtime\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class JalviewLite extends Applet\r
  41 {\r
  42     static int lastFrameX = 200;\r
  43     static int lastFrameY = 200;\r
  44     boolean fileFound = true;\r
  45     String file = "No file";\r
  46     Button launcher = new Button("Start Jalview");\r
  47 \r
  48     //The currentAlignFrame is static, it will change\r
  49     //if and when the user selects a new window\r
  50     public static AlignFrame currentAlignFrame;\r
  51 \r
  52     //This is the first frame to be displayed, and does not change\r
  53     AlignFrame initialAlignFrame;\r
  54 \r
  55     boolean embedded = false;\r
  56 \r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * init method for Jalview Applet\r
  60      */\r
  61     public void init()\r
  62     {\r
  63         int r = 255;\r
  64         int g = 255;\r
  65         int b = 255;\r
  66         String param = getParameter("RGB");\r
  67 \r
  68         if (param != null)\r
  69         {\r
  70             try\r
  71             {\r
  72                 r = Integer.parseInt(param.substring(0, 2), 16);\r
  73                 g = Integer.parseInt(param.substring(2, 4), 16);\r
  74                 b = Integer.parseInt(param.substring(4, 6), 16);\r
  75             }\r
  76             catch (Exception ex)\r
  77             {\r
  78                 r = 255;\r
  79                 g = 255;\r
  80                 b = 255;\r
  81             }\r
  82         }\r
  83 \r
  84         param = getParameter("label");\r
  85         if(param != null)\r
  86           launcher.setLabel(param);\r
  87 \r
  88         this.setBackground(new Color(r, g, b));\r
  89 \r
  90         file = getParameter("file");\r
  91 \r
  92         if(file==null)\r
  93         {\r
  94           //Maybe the sequences are added as parameters\r
  95           StringBuffer data = new StringBuffer("PASTE");\r
  96           int i=1;\r
  97           while( (file=getParameter("sequence"+i))!=null)\r
  98           {\r
  99             data.append(file.toString()+"\n");\r
 100             i++;\r
 101           }\r
 102           if(data.length()>5)\r
 103             file = data.toString();\r
 104         }\r
 105 \r
 106         final JalviewLite applet = this;\r
 107         if(getParameter("embedded")!=null\r
 108            && getParameter("embedded").equalsIgnoreCase("true"))\r
 109         {\r
 110           embedded = true;\r
 111           LoadingThread loader = new LoadingThread(file, applet);\r
 112           loader.start();\r
 113         }\r
 114         else if (file != null)\r
 115         {\r
 116             add(launcher);\r
 117 \r
 118             launcher.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 119                 {\r
 120                     public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 121                     {\r
 122                         LoadingThread loader = new LoadingThread(file,\r
 123                             applet);\r
 124                         loader.start();\r
 125                       }\r
 126                 });\r
 127         }\r
 128         else\r
 129         {\r
 130             file = "NO FILE";\r
 131             fileFound = false;\r
 132         }\r
 133     }\r
 134 \r
 135 \r
 136     public static void main(String [] args)\r
 137     {\r
 138       if(args.length!=1)\r
 139       {\r
 140         System.out.println("\nUsage: java -jar jalviewApplet.jar fileName\n");\r
 141         System.exit(1);\r
 142       }\r
 143 \r
 144       String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(args[0],AppletFormatAdapter.FILE);\r
 145 \r
 146       SequenceI[] sequences = null;\r
 147      try{\r
 148        sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(args[0], AppletFormatAdapter.FILE, format);\r
 149      }catch(java.io.IOException ex)\r
 150      {\r
 151        ex.printStackTrace();\r
 152      }\r
 153       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 154       {\r
 155         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences), null, args[0], false);\r
 156         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + args[0]);\r
 157       }\r
 158     }\r
 159 \r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * Initialises and displays a new java.awt.Frame\r
 163      *\r
 164      * @param frame java.awt.Frame to be displayed\r
 165      * @param title title of new frame\r
 166      * @param width width if new frame\r
 167      * @param height height of new frame\r
 168      */\r
 169     public static void addFrame(final Frame frame, String title, int width,\r
 170         int height)\r
 171     {\r
 172         frame.setLocation(lastFrameX, lastFrameY);\r
 173         lastFrameX += 40;\r
 174         lastFrameY += 40;\r
 175         frame.setSize(width, height);\r
 176         frame.setTitle(title);\r
 177         frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 178             {\r
 179                 public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 180                 {\r
 181                   if(frame instanceof AlignFrame)\r
 182                     ((AlignFrame)frame).closeMenuItem_actionPerformed();\r
 183                     if(currentAlignFrame == frame)\r
 184                     {\r
 185                       currentAlignFrame = null;\r
 186                     }\r
 187                     lastFrameX -=40;\r
 188                     lastFrameY -=40;\r
 189                     frame.setMenuBar(null);\r
 190                     frame.dispose();\r
 191                 }\r
 192                 public void windowActivated(WindowEvent e)\r
 193                 {\r
 194                   if(frame instanceof AlignFrame)\r
 195                     currentAlignFrame = (AlignFrame)frame;\r
 196                 }\r
 197 \r
 198             });\r
 199         frame.setVisible(true);\r
 200     }\r
 201 \r
 202     public String getSelectedSequences()\r
 203     {\r
 204       StringBuffer result = new StringBuffer("");\r
 205 \r
 206       if(initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup()!=null)\r
 207       {\r
 208         SequenceI[] seqs = initialAlignFrame.viewport.getSelectionGroup().\r
 209             getSequencesInOrder(\r
 210                 initialAlignFrame.viewport.getAlignment());\r
 211 \r
 212         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 213           result.append(seqs[i].getName() + "¬");\r
 214       }\r
 215 \r
 216       return result.toString();\r
 217     }\r
 218 \r
 219     public String getAlignment(String format)\r
 220     {\r
 221       return getAlignment(format, "true");\r
 222     }\r
 223 \r
 224     public String getAlignment(String format, String suffix)\r
 225     {\r
 226       try\r
 227       {\r
 228         boolean seqlimits = suffix.equalsIgnoreCase("true");\r
 229 \r
 230         String reply = new AppletFormatAdapter().formatSequences(format,\r
 231             currentAlignFrame.viewport.getAlignment().getSequences(), seqlimits);\r
 232         return reply;\r
 233       }\r
 234       catch (Exception ex)\r
 235       {\r
 236         ex.printStackTrace();\r
 237         return "Error retrieving alignment in " + format + " format. ";\r
 238       }\r
 239     }\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * This paints the background surrounding the "Launch Jalview button"\r
 243      * <br>\r
 244      * <br>If file given in parameter not found, displays error message\r
 245      *\r
 246      * @param g graphics context\r
 247      */\r
 248     public void paint(Graphics g)\r
 249     {\r
 250         if (!fileFound)\r
 251         {\r
 252             g.setColor(new Color(200, 200, 200));\r
 253             g.setColor(Color.cyan);\r
 254             g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 255             g.setColor(Color.red);\r
 256             g.drawString("Jalview can't open file", 5, 15);\r
 257             g.drawString("\"" + file + "\"", 5, 30);\r
 258         }\r
 259         else if(embedded)\r
 260         {\r
 261           g.setColor(Color.black);\r
 262           g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 24));\r
 263           g.drawString("Jalview Applet", 50, this.size().height/2 -30);\r
 264           g.drawString("Loading Data...", 50, this.size().height/2);\r
 265         }\r
 266 \r
 267 \r
 268     }\r
 269 \r
 270     class LoadingThread extends Thread\r
 271     {\r
 272         String file;\r
 273         String protocol;\r
 274         String format;\r
 275         JalviewLite applet;\r
 276 \r
 277         public LoadingThread(String _file,\r
 278                              JalviewLite _applet)\r
 279         {\r
 280             file = _file;\r
 281             if(file.startsWith("PASTE"))\r
 282             {\r
 283               file = file.substring(5);\r
 284               protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;\r
 285             }\r
 286             else if(inArchive(file))\r
 287               protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 288             else\r
 289             {\r
 290               file = addProtocol(file);\r
 291               protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 292             }\r
 293             format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
 294             applet = _applet;\r
 295         }\r
 296 \r
 297         public void run()\r
 298         {\r
 299             SequenceI[] sequences = null;\r
 300             try{\r
 301               sequences = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol,\r
 302                   format);\r
 303             }catch(java.io.IOException ex)\r
 304             {\r
 305               ex.printStackTrace();\r
 306             }\r
 307             if ((sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 308             {\r
 309               currentAlignFrame = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
 310                                                  applet,\r
 311                                                  file,\r
 312                                                  embedded);\r
 313 \r
 314               if(protocol==jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)\r
 315                 currentAlignFrame.setTitle("Sequences from "+getDocumentBase());\r
 316 \r
 317               initialAlignFrame = currentAlignFrame;\r
 318 \r
 319               currentAlignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 320 \r
 321 \r
 322                 String treeFile = applet.getParameter("tree");\r
 323                 if(treeFile==null)\r
 324                   treeFile = applet.getParameter("treeFile");\r
 325 \r
 326                 if (treeFile != null)\r
 327                 {\r
 328                   try\r
 329                   {\r
 330                     if(inArchive(treeFile))\r
 331                       protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 332                     else\r
 333                     {\r
 334                       protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 335                       treeFile = addProtocol(treeFile);\r
 336                     }\r
 337 \r
 338                     jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(treeFile, protocol);\r
 339 \r
 340                     fin.parse();\r
 341 \r
 342                     if (fin.getTree() != null)\r
 343                     {\r
 344                       currentAlignFrame.loadTree(fin, treeFile);\r
 345                     }\r
 346                   }\r
 347                   catch (Exception ex)\r
 348                   {\r
 349                     ex.printStackTrace();\r
 350                   }\r
 351               }\r
 352 \r
 353               String param = getParameter("features");\r
 354               if (param != null)\r
 355               {\r
 356                 if( !inArchive(param) )\r
 357                   param = addProtocol( param );\r
 358 \r
 359                 currentAlignFrame.parseFeaturesFile(param, protocol);\r
 360               }\r
 361 \r
 362               param = getParameter("showFeatureSettings");\r
 363               if(param !=null && param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 364               {\r
 365                 currentAlignFrame.viewport.showSequenceFeatures(true);\r
 366                 new FeatureSettings(currentAlignFrame.alignPanel);\r
 367               }\r
 368 \r
 369              param = getParameter("annotations");\r
 370              if (param != null)\r
 371              {\r
 372                if( !inArchive(param) )\r
 373                   param = addProtocol( param );\r
 374 \r
 375                new AnnotationFile().readAnnotationFile(\r
 376                    currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),\r
 377                    param);\r
 378 \r
 379                currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 380                currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0,0);\r
 381 \r
 382              }\r
 383 \r
 384              param = getParameter("jnetfile");\r
 385              if (param != null)\r
 386              {\r
 387                try\r
 388                {\r
 389                  if (inArchive(param))\r
 390                    protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 391                  else\r
 392                  {\r
 393                    protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 394                    param = addProtocol(param);\r
 395                  }\r
 396 \r
 397                  jalview.io.JPredFile predictions = new jalview.io.JPredFile(\r
 398                      param, protocol);\r
 399                  new JnetAnnotationMaker().add_annotation(predictions,\r
 400                      currentAlignFrame.viewport.getAlignment(),\r
 401                      0,false); // do not add sequence profile from concise output\r
 402                  currentAlignFrame.alignPanel.fontChanged();\r
 403                  currentAlignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);\r
 404                } catch (Exception ex) {\r
 405                  ex.printStackTrace();\r
 406                }\r
 407              }\r
 408 \r
 409 \r
 410                 String pdbfile = applet.getParameter("PDBFILE");\r
 411                 if(pdbfile!=null)\r
 412                 {\r
 413                   if( inArchive(pdbfile) )\r
 414                     protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;\r
 415                   else\r
 416                   {\r
 417                     protocol = AppletFormatAdapter.URL;\r
 418                     pdbfile = addProtocol(pdbfile);\r
 419                   }\r
 420 \r
 421                   String sequence = applet.getParameter("PDBSEQ");\r
 422 \r
 423                   if(sequence!=null)\r
 424                   {\r
 425                     new MCview.AppletPDBViewer(pdbfile, protocol,\r
 426                                                (Sequence)currentAlignFrame.getAlignViewport().getAlignment().findName(sequence),\r
 427                                                currentAlignFrame.getSeqcanvas());\r
 428                   }\r
 429 \r
 430                 }\r
 431             }\r
 432             else\r
 433             {\r
 434                 fileFound = false;\r
 435                 remove(launcher);\r
 436                 repaint();\r
 437             }\r
 438         }\r
 439 \r
 440         /**\r
 441          * Discovers whether the given file is in the Applet Archive\r
 442          * @param file String\r
 443          * @return boolean\r
 444          */\r
 445         boolean inArchive(String file)\r
 446         {\r
 447           //This might throw a security exception in certain browsers\r
 448           //Netscape Communicator for instance.\r
 449           try{\r
 450             return (getClass().getResourceAsStream("/" + file) != null);\r
 451           }catch(Exception ex)\r
 452           {\r
 453             System.out.println("Exception checking resources: "+file+" "+ex);\r
 454             return false;\r
 455           }\r
 456         }\r
 457 \r
 458         String addProtocol(String file)\r
 459         {\r
 460           if (file.indexOf("://") == -1)\r
 461              file = getCodeBase() + file;\r
 462 \r
 463           return file;\r
 464         }\r
 465 \r
 466     }\r
 467 }\r