src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import jalview.datamodel.Alignment;
  21 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  22 import jalview.io.FileParse;
  23
  24 import java.applet.Applet;
  25 import java.io.InputStream;
  26
  27 public class JalviewLiteURLRetrieve extends Applet
  28 {
  29
  30   private static final long serialVersionUID = 1L;
  31
  32   /**
  33    * This is the default constructor
  34    */
  35   public JalviewLiteURLRetrieve()
  36   {
  37     super();
  38   }
  39
  40   /**
  41    * This method initializes this
  42    *
  43    * @return void
  44    */
  45   public void init()
  46   {
  47     this.setSize(300, 200);
  48     String file = getParameter("file");
  49     if (file == null)
  50     {
  51       System.out
  52               .println("Specify a resource to read on the file parameter");
  53       return;
  54     }
  55     String protocol = null;
  56     try
  57     {
  58       System.out.println("Loading thread started with:\n>>file\n" + file
  59               + ">>endfile");
  60       // This might throw a security exception in certain browsers
  61       // Netscape Communicator for instance.
  62       try
  63       {
  64         boolean rtn = false;
  65         InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
  66         if (is != null)
  67         {
  68           rtn = true;
  69           is.close();
  70         }
  71         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
  72                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
  73         if (rtn)
  74         {
  75           protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
  76         }
  77
  78       } catch (Exception ex)
  79       {
  80         System.out.println("Exception checking resources: " + file + " "
  81                 + ex);
  82       }
  83       if (file.indexOf("://") > -1)
  84       {
  85         protocol = AppletFormatAdapter.URL;
  86       }
  87       else
  88       {
  89         // skipping codebase prepend check.
  90         protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
  91       }
  92
  93       System.out.println("Trying to get contents of resource:");
  94       FileParse fp = new FileParse(file, protocol);
  95       if (fp.isValid())
  96       {
  97         String ln = null;
  98         while ((ln = fp.nextLine()) != null)
  99         {
 100           System.out.print(ln);
 101         }
 102         fp.close();
 103       }
 104       else
 105       {
 106         System.out.println("Resource at " + file
 107                 + " cannot be read with protocol==" + protocol);
 108         return;
 109       }
 110       String format = getParameter("format");
 111       if (format == null || format.length() == 0)
 112       {
 113         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 114         System.out.println("Format is " + format);
 115       }
 116       else
 117       {
 118         System.out.println("User specified Format is " + format);
 119       }
 120       Alignment al = null;
 121       try
 122       {
 123         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 124       } catch (java.io.IOException ex)
 125       {
 126         System.err.println("Failed to open the file.");
 127         ex.printStackTrace();
 128       }
 129       if (al != null)
 130       {
 131         System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 132                 "FASTA", al, false));
 133       }
 134     } catch (Exception e)
 135     {
 136       System.err.println("bailing out : Unexpected exception:");
 137       e.printStackTrace();
 138     }
 139   }
 140
 141 }