src/jalview/binding/Alignment.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.binding;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class Alignment.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class Alignment implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _annotation.
  31      */
  32     private jalview.binding.Annotation _annotation;
  33
  34     /**
  35      * Field _sequenceSet.
  36      */
  37     private jalview.binding.SequenceSet _sequenceSet;
  38
  39
  40       //----------------/
  41      //- Constructors -/
  42     //----------------/
  43
  44     public Alignment() {
  45         super();
  46     }
  47
  48
  49       //-----------/
  50      //- Methods -/
  51     //-----------/
  52
  53     /**
  54      * Returns the value of field 'annotation'.
  55      *
  56      * @return the value of field 'Annotation'.
  57      */
  58     public jalview.binding.Annotation getAnnotation(
  59     ) {
  60         return this._annotation;
  61     }
  62
  63     /**
  64      * Returns the value of field 'sequenceSet'.
  65      *
  66      * @return the value of field 'SequenceSet'.
  67      */
  68     public jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet(
  69     ) {
  70         return this._sequenceSet;
  71     }
  72
  73     /**
  74      * Method isValid.
  75      *
  76      * @return true if this object is valid according to the schema
  77      */
  78     public boolean isValid(
  79     ) {
  80         try {
  81             validate();
  82         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
  83             return false;
  84         }
  85         return true;
  86     }
  87
  88     /**
  89      *
  90      *
  91      * @param out
  92      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
  93      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
  94      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
  95      * object is an invalid instance according to the schema
  96      */
  97     public void marshal(
  98             final java.io.Writer out)
  99     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 100         Marshaller.marshal(this, out);
 101     }
 102
 103     /**
 104      *
 105      *
 106      * @param handler
 107      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 108      * marshaling
 109      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 110      * object is an invalid instance according to the schema
 111      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 112      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 113      */
 114     public void marshal(
 115             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 116     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 117         Marshaller.marshal(this, handler);
 118     }
 119
 120     /**
 121      * Sets the value of field 'annotation'.
 122      *
 123      * @param annotation the value of field 'annotation'.
 124      */
 125     public void setAnnotation(
 126             final jalview.binding.Annotation annotation) {
 127         this._annotation = annotation;
 128     }
 129
 130     /**
 131      * Sets the value of field 'sequenceSet'.
 132      *
 133      * @param sequenceSet the value of field 'sequenceSet'.
 134      */
 135     public void setSequenceSet(
 136             final jalview.binding.SequenceSet sequenceSet) {
 137         this._sequenceSet = sequenceSet;
 138     }
 139
 140     /**
 141      * Method unmarshal.
 142      *
 143      * @param reader
 144      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 145      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 146      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 147      * object is an invalid instance according to the schema
 148      * @return the unmarshaled jalview.binding.Alignment
 149      */
 150     public static jalview.binding.Alignment unmarshal(
 151             final java.io.Reader reader)
 152     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 153         return (jalview.binding.Alignment) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Alignment.class, reader);
 154     }
 155
 156     /**
 157      *
 158      *
 159      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 160      * object is an invalid instance according to the schema
 161      */
 162     public void validate(
 163     )
 164     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 165         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 166         validator.validate(this);
 167     }
 168
 169 }