src/jalview/binding/Alignment.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.binding;
  20
  21 //---------------------------------/
  22 //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class Alignment.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class Alignment implements java.io.Serializable
  34 {
  35
  36   // --------------------------/
  37   // - Class/Member Variables -/
  38   // --------------------------/
  39
  40   /**
  41    * Field _annotation.
  42    */
  43   private jalview.binding.Annotation _annotation;
  44
  45   /**
  46    * Field _sequenceSet.
  47    */
  48   private jalview.binding.SequenceSet _sequenceSet;
  49
  50   // ----------------/
  51   // - Constructors -/
  52   // ----------------/
  53
  54   public Alignment()
  55   {
  56     super();
  57   }
  58
  59   // -----------/
  60   // - Methods -/
  61   // -----------/
  62
  63   /**
  64    * Returns the value of field 'annotation'.
  65    *
  66    * @return the value of field 'Annotation'.
  67    */
  68   public jalview.binding.Annotation getAnnotation()
  69   {
  70     return this._annotation;
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Returns the value of field 'sequenceSet'.
  75    *
  76    * @return the value of field 'SequenceSet'.
  77    */
  78   public jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet()
  79   {
  80     return this._sequenceSet;
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Method isValid.
  85    *
  86    * @return true if this object is valid according to the schema
  87    */
  88   public boolean isValid()
  89   {
  90     try
  91     {
  92       validate();
  93     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
  94     {
  95       return false;
  96     }
  97     return true;
  98   }
  99
 100   /**
 101    *
 102    *
 103    * @param out
 104    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 105    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 106    *           marshaling
 107    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 108    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 109    */
 110   public void marshal(final java.io.Writer out)
 111           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 112           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 113   {
 114     Marshaller.marshal(this, out);
 115   }
 116
 117   /**
 118    *
 119    *
 120    * @param handler
 121    * @throws java.io.IOException
 122    *           if an IOException occurs during marshaling
 123    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 124    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 125    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 126    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 127    *           marshaling
 128    */
 129   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 130           throws java.io.IOException,
 131           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 132           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 133   {
 134     Marshaller.marshal(this, handler);
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Sets the value of field 'annotation'.
 139    *
 140    * @param annotation
 141    *          the value of field 'annotation'.
 142    */
 143   public void setAnnotation(final jalview.binding.Annotation annotation)
 144   {
 145     this._annotation = annotation;
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Sets the value of field 'sequenceSet'.
 150    *
 151    * @param sequenceSet
 152    *          the value of field 'sequenceSet'.
 153    */
 154   public void setSequenceSet(final jalview.binding.SequenceSet sequenceSet)
 155   {
 156     this._sequenceSet = sequenceSet;
 157   }
 158
 159   /**
 160    * Method unmarshal.
 161    *
 162    * @param reader
 163    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 164    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 165    *           marshaling
 166    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 167    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 168    * @return the unmarshaled jalview.binding.Alignment
 169    */
 170   public static jalview.binding.Alignment unmarshal(
 171           final java.io.Reader reader)
 172           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 173           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 174   {
 175     return (jalview.binding.Alignment) Unmarshaller.unmarshal(
 176             jalview.binding.Alignment.class, reader);
 177   }
 178
 179   /**
 180    *
 181    *
 182    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 183    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 184    */
 185   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 186   {
 187     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 188     validator.validate(this);
 189   }
 190
 191 }