src/jalview/binding/Annotation.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.binding;
  20
  21 //---------------------------------/
  22 //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class Annotation.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class Annotation implements java.io.Serializable
  34 {
  35
  36   // --------------------------/
  37   // - Class/Member Variables -/
  38   // --------------------------/
  39
  40   /**
  41    * Field _graph.
  42    */
  43   private boolean _graph;
  44
  45   /**
  46    * keeps track of state for field: _graph
  47    */
  48   private boolean _has_graph;
  49
  50   /**
  51    * Field _graphType.
  52    */
  53   private int _graphType;
  54
  55   /**
  56    * keeps track of state for field: _graphType
  57    */
  58   private boolean _has_graphType;
  59
  60   /**
  61    * Field _annotationElementList.
  62    */
  63   private java.util.Vector _annotationElementList;
  64
  65   /**
  66    * Field _label.
  67    */
  68   private java.lang.String _label;
  69
  70   /**
  71    * Field _description.
  72    */
  73   private java.lang.String _description;
  74
  75   // ----------------/
  76   // - Constructors -/
  77   // ----------------/
  78
  79   public Annotation()
  80   {
  81     super();
  82     this._annotationElementList = new java.util.Vector();
  83   }
  84
  85   // -----------/
  86   // - Methods -/
  87   // -----------/
  88
  89   /**
  90    *
  91    *
  92    * @param vAnnotationElement
  93    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  94    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  95    */
  96   public void addAnnotationElement(
  97           final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
  98           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  99   {
 100     this._annotationElementList.addElement(vAnnotationElement);
 101   }
 102
 103   /**
 104    *
 105    *
 106    * @param index
 107    * @param vAnnotationElement
 108    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 109    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 110    */
 111   public void addAnnotationElement(final int index,
 112           final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
 113           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 114   {
 115     this._annotationElementList.add(index, vAnnotationElement);
 116   }
 117
 118   /**
 119      */
 120   public void deleteGraph()
 121   {
 122     this._has_graph = false;
 123   }
 124
 125   /**
 126      */
 127   public void deleteGraphType()
 128   {
 129     this._has_graphType = false;
 130   }
 131
 132   /**
 133    * Method enumerateAnnotationElement.
 134    *
 135    * @return an Enumeration over all jalview.binding.AnnotationElement elements
 136    */
 137   public java.util.Enumeration enumerateAnnotationElement()
 138   {
 139     return this._annotationElementList.elements();
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Method getAnnotationElement.
 144    *
 145    * @param index
 146    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 147    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 148    * @return the value of the jalview.binding.AnnotationElement at the given
 149    *         index
 150    */
 151   public jalview.binding.AnnotationElement getAnnotationElement(
 152           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 153   {
 154     // check bounds for index
 155     if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size())
 156     {
 157       throw new IndexOutOfBoundsException(
 158               "getAnnotationElement: Index value '" + index
 159                       + "' not in range [0.."
 160                       + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");
 161     }
 162
 163     return (jalview.binding.AnnotationElement) _annotationElementList
 164             .get(index);
 165   }
 166
 167   /**
 168    * Method getAnnotationElement.Returns the contents of the collection in an
 169    * Array.
 170    * <p>
 171    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 172    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 173    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 174    *
 175    * @return this collection as an Array
 176    */
 177   public jalview.binding.AnnotationElement[] getAnnotationElement()
 178   {
 179     jalview.binding.AnnotationElement[] array = new jalview.binding.AnnotationElement[0];
 180     return (jalview.binding.AnnotationElement[]) this._annotationElementList
 181             .toArray(array);
 182   }
 183
 184   /**
 185    * Method getAnnotationElementCount.
 186    *
 187    * @return the size of this collection
 188    */
 189   public int getAnnotationElementCount()
 190   {
 191     return this._annotationElementList.size();
 192   }
 193
 194   /**
 195    * Returns the value of field 'description'.
 196    *
 197    * @return the value of field 'Description'.
 198    */
 199   public java.lang.String getDescription()
 200   {
 201     return this._description;
 202   }
 203
 204   /**
 205    * Returns the value of field 'graph'.
 206    *
 207    * @return the value of field 'Graph'.
 208    */
 209   public boolean getGraph()
 210   {
 211     return this._graph;
 212   }
 213
 214   /**
 215    * Returns the value of field 'graphType'.
 216    *
 217    * @return the value of field 'GraphType'.
 218    */
 219   public int getGraphType()
 220   {
 221     return this._graphType;
 222   }
 223
 224   /**
 225    * Returns the value of field 'label'.
 226    *
 227    * @return the value of field 'Label'.
 228    */
 229   public java.lang.String getLabel()
 230   {
 231     return this._label;
 232   }
 233
 234   /**
 235    * Method hasGraph.
 236    *
 237    * @return true if at least one Graph has been added
 238    */
 239   public boolean hasGraph()
 240   {
 241     return this._has_graph;
 242   }
 243
 244   /**
 245    * Method hasGraphType.
 246    *
 247    * @return true if at least one GraphType has been added
 248    */
 249   public boolean hasGraphType()
 250   {
 251     return this._has_graphType;
 252   }
 253
 254   /**
 255    * Returns the value of field 'graph'.
 256    *
 257    * @return the value of field 'Graph'.
 258    */
 259   public boolean isGraph()
 260   {
 261     return this._graph;
 262   }
 263
 264   /**
 265    * Method isValid.
 266    *
 267    * @return true if this object is valid according to the schema
 268    */
 269   public boolean isValid()
 270   {
 271     try
 272     {
 273       validate();
 274     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 275     {
 276       return false;
 277     }
 278     return true;
 279   }
 280
 281   /**
 282    *
 283    *
 284    * @param out
 285    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 286    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 287    *           marshaling
 288    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 289    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 290    */
 291   public void marshal(final java.io.Writer out)
 292           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 293           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 294   {
 295     Marshaller.marshal(this, out);
 296   }
 297
 298   /**
 299    *
 300    *
 301    * @param handler
 302    * @throws java.io.IOException
 303    *           if an IOException occurs during marshaling
 304    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 305    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 306    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 307    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 308    *           marshaling
 309    */
 310   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 311           throws java.io.IOException,
 312           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 313           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 314   {
 315     Marshaller.marshal(this, handler);
 316   }
 317
 318   /**
 319      */
 320   public void removeAllAnnotationElement()
 321   {
 322     this._annotationElementList.clear();
 323   }
 324
 325   /**
 326    * Method removeAnnotationElement.
 327    *
 328    * @param vAnnotationElement
 329    * @return true if the object was removed from the collection.
 330    */
 331   public boolean removeAnnotationElement(
 332           final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
 333   {
 334     boolean removed = _annotationElementList.remove(vAnnotationElement);
 335     return removed;
 336   }
 337
 338   /**
 339    * Method removeAnnotationElementAt.
 340    *
 341    * @param index
 342    * @return the element removed from the collection
 343    */
 344   public jalview.binding.AnnotationElement removeAnnotationElementAt(
 345           final int index)
 346   {
 347     java.lang.Object obj = this._annotationElementList.remove(index);
 348     return (jalview.binding.AnnotationElement) obj;
 349   }
 350
 351   /**
 352    *
 353    *
 354    * @param index
 355    * @param vAnnotationElement
 356    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 357    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 358    */
 359   public void setAnnotationElement(final int index,
 360           final jalview.binding.AnnotationElement vAnnotationElement)
 361           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 362   {
 363     // check bounds for index
 364     if (index < 0 || index >= this._annotationElementList.size())
 365     {
 366       throw new IndexOutOfBoundsException(
 367               "setAnnotationElement: Index value '" + index
 368                       + "' not in range [0.."
 369                       + (this._annotationElementList.size() - 1) + "]");
 370     }
 371
 372     this._annotationElementList.set(index, vAnnotationElement);
 373   }
 374
 375   /**
 376    *
 377    *
 378    * @param vAnnotationElementArray
 379    */
 380   public void setAnnotationElement(
 381           final jalview.binding.AnnotationElement[] vAnnotationElementArray)
 382   {
 383     // -- copy array
 384     _annotationElementList.clear();
 385
 386     for (int i = 0; i < vAnnotationElementArray.length; i++)
 387     {
 388       this._annotationElementList.add(vAnnotationElementArray[i]);
 389     }
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Sets the value of field 'description'.
 394    *
 395    * @param description
 396    *          the value of field 'description'.
 397    */
 398   public void setDescription(final java.lang.String description)
 399   {
 400     this._description = description;
 401   }
 402
 403   /**
 404    * Sets the value of field 'graph'.
 405    *
 406    * @param graph
 407    *          the value of field 'graph'.
 408    */
 409   public void setGraph(final boolean graph)
 410   {
 411     this._graph = graph;
 412     this._has_graph = true;
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Sets the value of field 'graphType'.
 417    *
 418    * @param graphType
 419    *          the value of field 'graphType'.
 420    */
 421   public void setGraphType(final int graphType)
 422   {
 423     this._graphType = graphType;
 424     this._has_graphType = true;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Sets the value of field 'label'.
 429    *
 430    * @param label
 431    *          the value of field 'label'.
 432    */
 433   public void setLabel(final java.lang.String label)
 434   {
 435     this._label = label;
 436   }
 437
 438   /**
 439    * Method unmarshal.
 440    *
 441    * @param reader
 442    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 443    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 444    *           marshaling
 445    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 446    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 447    * @return the unmarshaled jalview.binding.Annotation
 448    */
 449   public static jalview.binding.Annotation unmarshal(
 450           final java.io.Reader reader)
 451           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 452           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 453   {
 454     return (jalview.binding.Annotation) Unmarshaller.unmarshal(
 455             jalview.binding.Annotation.class, reader);
 456   }
 457
 458   /**
 459    *
 460    *
 461    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 462    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 463    */
 464   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 465   {
 466     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 467     validator.validate(this);
 468   }
 469
 470 }