src/jalview/binding/Feature.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  17  *******************************************************************************/
  18 /*
  19  * This class was automatically generated with
  20  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  21  * Schema.
  22  * $Id$
  23  */
  24
  25 package jalview.binding;
  26
  27   //---------------------------------/
  28  //- Imported classes and packages -/
  29 //---------------------------------/
  30
  31 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  32 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  33
  34 /**
  35  * Class Feature.
  36  *
  37  * @version $Revision$ $Date$
  38  */
  39 public class Feature implements java.io.Serializable {
  40
  41
  42       //--------------------------/
  43      //- Class/Member Variables -/
  44     //--------------------------/
  45
  46     /**
  47      * Field _begin.
  48      */
  49     private int _begin;
  50
  51     /**
  52      * keeps track of state for field: _begin
  53      */
  54     private boolean _has_begin;
  55
  56     /**
  57      * Field _end.
  58      */
  59     private int _end;
  60
  61     /**
  62      * keeps track of state for field: _end
  63      */
  64     private boolean _has_end;
  65
  66     /**
  67      * Field _type.
  68      */
  69     private java.lang.String _type;
  70
  71     /**
  72      * Field _description.
  73      */
  74     private java.lang.String _description;
  75
  76     /**
  77      * Field _status.
  78      */
  79     private java.lang.String _status;
  80
  81
  82       //----------------/
  83      //- Constructors -/
  84     //----------------/
  85
  86     public Feature() {
  87         super();
  88     }
  89
  90
  91       //-----------/
  92      //- Methods -/
  93     //-----------/
  94
  95     /**
  96      */
  97     public void deleteBegin(
  98     ) {
  99         this._has_begin= false;
 100     }
 101
 102     /**
 103      */
 104     public void deleteEnd(
 105     ) {
 106         this._has_end= false;
 107     }
 108
 109     /**
 110      * Returns the value of field 'begin'.
 111      *
 112      * @return the value of field 'Begin'.
 113      */
 114     public int getBegin(
 115     ) {
 116         return this._begin;
 117     }
 118
 119     /**
 120      * Returns the value of field 'description'.
 121      *
 122      * @return the value of field 'Description'.
 123      */
 124     public java.lang.String getDescription(
 125     ) {
 126         return this._description;
 127     }
 128
 129     /**
 130      * Returns the value of field 'end'.
 131      *
 132      * @return the value of field 'End'.
 133      */
 134     public int getEnd(
 135     ) {
 136         return this._end;
 137     }
 138
 139     /**
 140      * Returns the value of field 'status'.
 141      *
 142      * @return the value of field 'Status'.
 143      */
 144     public java.lang.String getStatus(
 145     ) {
 146         return this._status;
 147     }
 148
 149     /**
 150      * Returns the value of field 'type'.
 151      *
 152      * @return the value of field 'Type'.
 153      */
 154     public java.lang.String getType(
 155     ) {
 156         return this._type;
 157     }
 158
 159     /**
 160      * Method hasBegin.
 161      *
 162      * @return true if at least one Begin has been added
 163      */
 164     public boolean hasBegin(
 165     ) {
 166         return this._has_begin;
 167     }
 168
 169     /**
 170      * Method hasEnd.
 171      *
 172      * @return true if at least one End has been added
 173      */
 174     public boolean hasEnd(
 175     ) {
 176         return this._has_end;
 177     }
 178
 179     /**
 180      * Method isValid.
 181      *
 182      * @return true if this object is valid according to the schema
 183      */
 184     public boolean isValid(
 185     ) {
 186         try {
 187             validate();
 188         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 189             return false;
 190         }
 191         return true;
 192     }
 193
 194     /**
 195      *
 196      *
 197      * @param out
 198      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 199      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 200      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 201      * object is an invalid instance according to the schema
 202      */
 203     public void marshal(
 204             final java.io.Writer out)
 205     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 206         Marshaller.marshal(this, out);
 207     }
 208
 209     /**
 210      *
 211      *
 212      * @param handler
 213      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 214      * marshaling
 215      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 216      * object is an invalid instance according to the schema
 217      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 218      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 219      */
 220     public void marshal(
 221             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 222     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 223         Marshaller.marshal(this, handler);
 224     }
 225
 226     /**
 227      * Sets the value of field 'begin'.
 228      *
 229      * @param begin the value of field 'begin'.
 230      */
 231     public void setBegin(
 232             final int begin) {
 233         this._begin = begin;
 234         this._has_begin = true;
 235     }
 236
 237     /**
 238      * Sets the value of field 'description'.
 239      *
 240      * @param description the value of field 'description'.
 241      */
 242     public void setDescription(
 243             final java.lang.String description) {
 244         this._description = description;
 245     }
 246
 247     /**
 248      * Sets the value of field 'end'.
 249      *
 250      * @param end the value of field 'end'.
 251      */
 252     public void setEnd(
 253             final int end) {
 254         this._end = end;
 255         this._has_end = true;
 256     }
 257
 258     /**
 259      * Sets the value of field 'status'.
 260      *
 261      * @param status the value of field 'status'.
 262      */
 263     public void setStatus(
 264             final java.lang.String status) {
 265         this._status = status;
 266     }
 267
 268     /**
 269      * Sets the value of field 'type'.
 270      *
 271      * @param type the value of field 'type'.
 272      */
 273     public void setType(
 274             final java.lang.String type) {
 275         this._type = type;
 276     }
 277
 278     /**
 279      * Method unmarshal.
 280      *
 281      * @param reader
 282      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 283      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 284      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 285      * object is an invalid instance according to the schema
 286      * @return the unmarshaled jalview.binding.Feature
 287      */
 288     public static jalview.binding.Feature unmarshal(
 289             final java.io.Reader reader)
 290     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 291         return (jalview.binding.Feature) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Feature.class, reader);
 292     }
 293
 294     /**
 295      *
 296      *
 297      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 298      * object is an invalid instance according to the schema
 299      */
 300     public void validate(
 301     )
 302     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 303         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 304         validator.validate(this);
 305     }
 306
 307 }