src/jalview/binding/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
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  17  */
  18 package jalview.binding;
  19
  20 //---------------------------------/
  21 //- Imported classes and packages -/
  22 //---------------------------------/
  23
  24 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  25 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  26
  27 /**
  28  * Class FeatureSettings.
  29  *
  30  * @version $Revision$ $Date$
  31  */
  32 public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
  33 {
  34
  35   // --------------------------/
  36   // - Class/Member Variables -/
  37   // --------------------------/
  38
  39   /**
  40    * Field _settingList.
  41    */
  42   private java.util.Vector _settingList;
  43
  44   // ----------------/
  45   // - Constructors -/
  46   // ----------------/
  47
  48   public FeatureSettings()
  49   {
  50     super();
  51     this._settingList = new java.util.Vector();
  52   }
  53
  54   // -----------/
  55   // - Methods -/
  56   // -----------/
  57
  58   /**
  59    *
  60    *
  61    * @param vSetting
  62    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  63    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  64    */
  65   public void addSetting(final jalview.binding.Setting vSetting)
  66           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  67   {
  68     this._settingList.addElement(vSetting);
  69   }
  70
  71   /**
  72    *
  73    *
  74    * @param index
  75    * @param vSetting
  76    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  77    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  78    */
  79   public void addSetting(final int index,
  80           final jalview.binding.Setting vSetting)
  81           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  82   {
  83     this._settingList.add(index, vSetting);
  84   }
  85
  86   /**
  87    * Method enumerateSetting.
  88    *
  89    * @return an Enumeration over all jalview.binding.Setting elements
  90    */
  91   public java.util.Enumeration enumerateSetting()
  92   {
  93     return this._settingList.elements();
  94   }
  95
  96   /**
  97    * Method getSetting.
  98    *
  99    * @param index
 100    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 101    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 102    * @return the value of the jalview.binding.Setting at the given index
 103    */
 104   public jalview.binding.Setting getSetting(final int index)
 105           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 106   {
 107     // check bounds for index
 108     if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
 109     {
 110       throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '"
 111               + index + "' not in range [0.."
 112               + (this._settingList.size() - 1) + "]");
 113     }
 114
 115     return (jalview.binding.Setting) _settingList.get(index);
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Method getSetting.Returns the contents of the collection in an Array.
 120    * <p>
 121    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 122    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 123    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 124    *
 125    * @return this collection as an Array
 126    */
 127   public jalview.binding.Setting[] getSetting()
 128   {
 129     jalview.binding.Setting[] array = new jalview.binding.Setting[0];
 130     return (jalview.binding.Setting[]) this._settingList.toArray(array);
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Method getSettingCount.
 135    *
 136    * @return the size of this collection
 137    */
 138   public int getSettingCount()
 139   {
 140     return this._settingList.size();
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Method isValid.
 145    *
 146    * @return true if this object is valid according to the schema
 147    */
 148   public boolean isValid()
 149   {
 150     try
 151     {
 152       validate();
 153     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 154     {
 155       return false;
 156     }
 157     return true;
 158   }
 159
 160   /**
 161    *
 162    *
 163    * @param out
 164    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 165    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 166    *           marshaling
 167    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 168    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 169    */
 170   public void marshal(final java.io.Writer out)
 171           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 172           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 173   {
 174     Marshaller.marshal(this, out);
 175   }
 176
 177   /**
 178    *
 179    *
 180    * @param handler
 181    * @throws java.io.IOException
 182    *           if an IOException occurs during marshaling
 183    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 184    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 185    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 186    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 187    *           marshaling
 188    */
 189   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 190           throws java.io.IOException,
 191           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 192           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 193   {
 194     Marshaller.marshal(this, handler);
 195   }
 196
 197   /**
 198      */
 199   public void removeAllSetting()
 200   {
 201     this._settingList.clear();
 202   }
 203
 204   /**
 205    * Method removeSetting.
 206    *
 207    * @param vSetting
 208    * @return true if the object was removed from the collection.
 209    */
 210   public boolean removeSetting(final jalview.binding.Setting vSetting)
 211   {
 212     boolean removed = _settingList.remove(vSetting);
 213     return removed;
 214   }
 215
 216   /**
 217    * Method removeSettingAt.
 218    *
 219    * @param index
 220    * @return the element removed from the collection
 221    */
 222   public jalview.binding.Setting removeSettingAt(final int index)
 223   {
 224     java.lang.Object obj = this._settingList.remove(index);
 225     return (jalview.binding.Setting) obj;
 226   }
 227
 228   /**
 229    *
 230    *
 231    * @param index
 232    * @param vSetting
 233    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 234    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 235    */
 236   public void setSetting(final int index,
 237           final jalview.binding.Setting vSetting)
 238           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 239   {
 240     // check bounds for index
 241     if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
 242     {
 243       throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '"
 244               + index + "' not in range [0.."
 245               + (this._settingList.size() - 1) + "]");
 246     }
 247
 248     this._settingList.set(index, vSetting);
 249   }
 250
 251   /**
 252    *
 253    *
 254    * @param vSettingArray
 255    */
 256   public void setSetting(final jalview.binding.Setting[] vSettingArray)
 257   {
 258     // -- copy array
 259     _settingList.clear();
 260
 261     for (int i = 0; i < vSettingArray.length; i++)
 262     {
 263       this._settingList.add(vSettingArray[i]);
 264     }
 265   }
 266
 267   /**
 268    * Method unmarshal.
 269    *
 270    * @param reader
 271    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 272    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 273    *           marshaling
 274    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 275    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 276    * @return the unmarshaled jalview.binding.FeatureSettings
 277    */
 278   public static jalview.binding.FeatureSettings unmarshal(
 279           final java.io.Reader reader)
 280           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 281           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 282   {
 283     return (jalview.binding.FeatureSettings) Unmarshaller.unmarshal(
 284             jalview.binding.FeatureSettings.class, reader);
 285   }
 286
 287   /**
 288    *
 289    *
 290    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 291    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 292    */
 293   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 294   {
 295     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 296     validator.validate(this);
 297   }
 298
 299 }