src/jalview/binding/JGroup.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.binding;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JGroup.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JGroup implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _start.
  31    */
  32   private int _start;
  33
  34   /**
  35    * keeps track of state for field: _start
  36    */
  37   private boolean _has_start;
  38
  39   /**
  40    * Field _end.
  41    */
  42   private int _end;
  43
  44   /**
  45    * keeps track of state for field: _end
  46    */
  47   private boolean _has_end;
  48
  49   /**
  50    * Field _name.
  51    */
  52   private java.lang.String _name;
  53
  54   /**
  55    * Field _colour.
  56    */
  57   private java.lang.String _colour;
  58
  59   /**
  60    * Field _consThreshold.
  61    */
  62   private int _consThreshold;
  63
  64   /**
  65    * keeps track of state for field: _consThreshold
  66    */
  67   private boolean _has_consThreshold;
  68
  69   /**
  70    * Field _pidThreshold.
  71    */
  72   private int _pidThreshold;
  73
  74   /**
  75    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  76    */
  77   private boolean _has_pidThreshold;
  78
  79   /**
  80    * Field _outlineColour.
  81    */
  82   private int _outlineColour;
  83
  84   /**
  85    * keeps track of state for field: _outlineColour
  86    */
  87   private boolean _has_outlineColour;
  88
  89   /**
  90    * Field _displayBoxes.
  91    */
  92   private boolean _displayBoxes;
  93
  94   /**
  95    * keeps track of state for field: _displayBoxes
  96    */
  97   private boolean _has_displayBoxes;
  98
  99   /**
 100    * Field _displayText.
 101    */
 102   private boolean _displayText;
 103
 104   /**
 105    * keeps track of state for field: _displayText
 106    */
 107   private boolean _has_displayText;
 108
 109   /**
 110    * Field _colourText.
 111    */
 112   private boolean _colourText;
 113
 114   /**
 115    * keeps track of state for field: _colourText
 116    */
 117   private boolean _has_colourText;
 118
 119   /**
 120    * Field _seqList.
 121    */
 122   private java.util.Vector _seqList;
 123
 124   // ----------------/
 125   // - Constructors -/
 126   // ----------------/
 127
 128   public JGroup()
 129   {
 130     super();
 131     this._seqList = new java.util.Vector();
 132   }
 133
 134   // -----------/
 135   // - Methods -/
 136   // -----------/
 137
 138   /**
 139    *
 140    *
 141    * @param vSeq
 142    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 143    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 144    */
 145   public void addSeq(final int vSeq)
 146           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 147   {
 148     this._seqList.addElement(new java.lang.Integer(vSeq));
 149   }
 150
 151   /**
 152    *
 153    *
 154    * @param index
 155    * @param vSeq
 156    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 157    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 158    */
 159   public void addSeq(final int index, final int vSeq)
 160           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 161   {
 162     this._seqList.add(index, new java.lang.Integer(vSeq));
 163   }
 164
 165   /**
 166      */
 167   public void deleteColourText()
 168   {
 169     this._has_colourText = false;
 170   }
 171
 172   /**
 173      */
 174   public void deleteConsThreshold()
 175   {
 176     this._has_consThreshold = false;
 177   }
 178
 179   /**
 180      */
 181   public void deleteDisplayBoxes()
 182   {
 183     this._has_displayBoxes = false;
 184   }
 185
 186   /**
 187      */
 188   public void deleteDisplayText()
 189   {
 190     this._has_displayText = false;
 191   }
 192
 193   /**
 194      */
 195   public void deleteEnd()
 196   {
 197     this._has_end = false;
 198   }
 199
 200   /**
 201      */
 202   public void deleteOutlineColour()
 203   {
 204     this._has_outlineColour = false;
 205   }
 206
 207   /**
 208      */
 209   public void deletePidThreshold()
 210   {
 211     this._has_pidThreshold = false;
 212   }
 213
 214   /**
 215      */
 216   public void deleteStart()
 217   {
 218     this._has_start = false;
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Method enumerateSeq.
 223    *
 224    * @return an Enumeration over all int elements
 225    */
 226   public java.util.Enumeration enumerateSeq()
 227   {
 228     return this._seqList.elements();
 229   }
 230
 231   /**
 232    * Returns the value of field 'colour'.
 233    *
 234    * @return the value of field 'Colour'.
 235    */
 236   public java.lang.String getColour()
 237   {
 238     return this._colour;
 239   }
 240
 241   /**
 242    * Returns the value of field 'colourText'.
 243    *
 244    * @return the value of field 'ColourText'.
 245    */
 246   public boolean getColourText()
 247   {
 248     return this._colourText;
 249   }
 250
 251   /**
 252    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 253    *
 254    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 255    */
 256   public int getConsThreshold()
 257   {
 258     return this._consThreshold;
 259   }
 260
 261   /**
 262    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 263    *
 264    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 265    */
 266   public boolean getDisplayBoxes()
 267   {
 268     return this._displayBoxes;
 269   }
 270
 271   /**
 272    * Returns the value of field 'displayText'.
 273    *
 274    * @return the value of field 'DisplayText'.
 275    */
 276   public boolean getDisplayText()
 277   {
 278     return this._displayText;
 279   }
 280
 281   /**
 282    * Returns the value of field 'end'.
 283    *
 284    * @return the value of field 'End'.
 285    */
 286   public int getEnd()
 287   {
 288     return this._end;
 289   }
 290
 291   /**
 292    * Returns the value of field 'name'.
 293    *
 294    * @return the value of field 'Name'.
 295    */
 296   public java.lang.String getName()
 297   {
 298     return this._name;
 299   }
 300
 301   /**
 302    * Returns the value of field 'outlineColour'.
 303    *
 304    * @return the value of field 'OutlineColour'.
 305    */
 306   public int getOutlineColour()
 307   {
 308     return this._outlineColour;
 309   }
 310
 311   /**
 312    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 313    *
 314    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 315    */
 316   public int getPidThreshold()
 317   {
 318     return this._pidThreshold;
 319   }
 320
 321   /**
 322    * Method getSeq.
 323    *
 324    * @param index
 325    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 326    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 327    * @return the value of the int at the given index
 328    */
 329   public int getSeq(final int index)
 330           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 331   {
 332     // check bounds for index
 333     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 334     {
 335       throw new IndexOutOfBoundsException("getSeq: Index value '" + index
 336               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 337     }
 338
 339     return ((java.lang.Integer) _seqList.get(index)).intValue();
 340   }
 341
 342   /**
 343    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 344    *
 345    * @return this collection as an Array
 346    */
 347   public int[] getSeq()
 348   {
 349     int size = this._seqList.size();
 350     int[] array = new int[size];
 351     java.util.Iterator iter = _seqList.iterator();
 352     for (int index = 0; index < size; index++)
 353     {
 354       array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
 355     }
 356     return array;
 357   }
 358
 359   /**
 360    * Method getSeqCount.
 361    *
 362    * @return the size of this collection
 363    */
 364   public int getSeqCount()
 365   {
 366     return this._seqList.size();
 367   }
 368
 369   /**
 370    * Returns the value of field 'start'.
 371    *
 372    * @return the value of field 'Start'.
 373    */
 374   public int getStart()
 375   {
 376     return this._start;
 377   }
 378
 379   /**
 380    * Method hasColourText.
 381    *
 382    * @return true if at least one ColourText has been added
 383    */
 384   public boolean hasColourText()
 385   {
 386     return this._has_colourText;
 387   }
 388
 389   /**
 390    * Method hasConsThreshold.
 391    *
 392    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 393    */
 394   public boolean hasConsThreshold()
 395   {
 396     return this._has_consThreshold;
 397   }
 398
 399   /**
 400    * Method hasDisplayBoxes.
 401    *
 402    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 403    */
 404   public boolean hasDisplayBoxes()
 405   {
 406     return this._has_displayBoxes;
 407   }
 408
 409   /**
 410    * Method hasDisplayText.
 411    *
 412    * @return true if at least one DisplayText has been added
 413    */
 414   public boolean hasDisplayText()
 415   {
 416     return this._has_displayText;
 417   }
 418
 419   /**
 420    * Method hasEnd.
 421    *
 422    * @return true if at least one End has been added
 423    */
 424   public boolean hasEnd()
 425   {
 426     return this._has_end;
 427   }
 428
 429   /**
 430    * Method hasOutlineColour.
 431    *
 432    * @return true if at least one OutlineColour has been added
 433    */
 434   public boolean hasOutlineColour()
 435   {
 436     return this._has_outlineColour;
 437   }
 438
 439   /**
 440    * Method hasPidThreshold.
 441    *
 442    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 443    */
 444   public boolean hasPidThreshold()
 445   {
 446     return this._has_pidThreshold;
 447   }
 448
 449   /**
 450    * Method hasStart.
 451    *
 452    * @return true if at least one Start has been added
 453    */
 454   public boolean hasStart()
 455   {
 456     return this._has_start;
 457   }
 458
 459   /**
 460    * Returns the value of field 'colourText'.
 461    *
 462    * @return the value of field 'ColourText'.
 463    */
 464   public boolean isColourText()
 465   {
 466     return this._colourText;
 467   }
 468
 469   /**
 470    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 471    *
 472    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 473    */
 474   public boolean isDisplayBoxes()
 475   {
 476     return this._displayBoxes;
 477   }
 478
 479   /**
 480    * Returns the value of field 'displayText'.
 481    *
 482    * @return the value of field 'DisplayText'.
 483    */
 484   public boolean isDisplayText()
 485   {
 486     return this._displayText;
 487   }
 488
 489   /**
 490    * Method isValid.
 491    *
 492    * @return true if this object is valid according to the schema
 493    */
 494   public boolean isValid()
 495   {
 496     try
 497     {
 498       validate();
 499     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 500     {
 501       return false;
 502     }
 503     return true;
 504   }
 505
 506   /**
 507    *
 508    *
 509    * @param out
 510    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 511    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 512    *           marshaling
 513    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 514    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 515    */
 516   public void marshal(final java.io.Writer out)
 517           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 518           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 519   {
 520     Marshaller.marshal(this, out);
 521   }
 522
 523   /**
 524    *
 525    *
 526    * @param handler
 527    * @throws java.io.IOException
 528    *           if an IOException occurs during marshaling
 529    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 530    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 531    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 532    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 533    *           marshaling
 534    */
 535   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 536           throws java.io.IOException,
 537           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 538           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 539   {
 540     Marshaller.marshal(this, handler);
 541   }
 542
 543   /**
 544      */
 545   public void removeAllSeq()
 546   {
 547     this._seqList.clear();
 548   }
 549
 550   /**
 551    * Method removeSeq.
 552    *
 553    * @param vSeq
 554    * @return true if the object was removed from the collection.
 555    */
 556   public boolean removeSeq(final int vSeq)
 557   {
 558     boolean removed = _seqList.remove(new java.lang.Integer(vSeq));
 559     return removed;
 560   }
 561
 562   /**
 563    * Method removeSeqAt.
 564    *
 565    * @param index
 566    * @return the element removed from the collection
 567    */
 568   public int removeSeqAt(final int index)
 569   {
 570     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 571     return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
 572   }
 573
 574   /**
 575    * Sets the value of field 'colour'.
 576    *
 577    * @param colour
 578    *          the value of field 'colour'.
 579    */
 580   public void setColour(final java.lang.String colour)
 581   {
 582     this._colour = colour;
 583   }
 584
 585   /**
 586    * Sets the value of field 'colourText'.
 587    *
 588    * @param colourText
 589    *          the value of field 'colourText'.
 590    */
 591   public void setColourText(final boolean colourText)
 592   {
 593     this._colourText = colourText;
 594     this._has_colourText = true;
 595   }
 596
 597   /**
 598    * Sets the value of field 'consThreshold'.
 599    *
 600    * @param consThreshold
 601    *          the value of field 'consThreshold'.
 602    */
 603   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
 604   {
 605     this._consThreshold = consThreshold;
 606     this._has_consThreshold = true;
 607   }
 608
 609   /**
 610    * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 611    *
 612    * @param displayBoxes
 613    *          the value of field 'displayBoxes'.
 614    */
 615   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
 616   {
 617     this._displayBoxes = displayBoxes;
 618     this._has_displayBoxes = true;
 619   }
 620
 621   /**
 622    * Sets the value of field 'displayText'.
 623    *
 624    * @param displayText
 625    *          the value of field 'displayText'.
 626    */
 627   public void setDisplayText(final boolean displayText)
 628   {
 629     this._displayText = displayText;
 630     this._has_displayText = true;
 631   }
 632
 633   /**
 634    * Sets the value of field 'end'.
 635    *
 636    * @param end
 637    *          the value of field 'end'.
 638    */
 639   public void setEnd(final int end)
 640   {
 641     this._end = end;
 642     this._has_end = true;
 643   }
 644
 645   /**
 646    * Sets the value of field 'name'.
 647    *
 648    * @param name
 649    *          the value of field 'name'.
 650    */
 651   public void setName(final java.lang.String name)
 652   {
 653     this._name = name;
 654   }
 655
 656   /**
 657    * Sets the value of field 'outlineColour'.
 658    *
 659    * @param outlineColour
 660    *          the value of field 'outlineColour'.
 661    */
 662   public void setOutlineColour(final int outlineColour)
 663   {
 664     this._outlineColour = outlineColour;
 665     this._has_outlineColour = true;
 666   }
 667
 668   /**
 669    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
 670    *
 671    * @param pidThreshold
 672    *          the value of field 'pidThreshold'.
 673    */
 674   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
 675   {
 676     this._pidThreshold = pidThreshold;
 677     this._has_pidThreshold = true;
 678   }
 679
 680   /**
 681    *
 682    *
 683    * @param index
 684    * @param vSeq
 685    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 686    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 687    */
 688   public void setSeq(final int index, final int vSeq)
 689           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 690   {
 691     // check bounds for index
 692     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 693     {
 694       throw new IndexOutOfBoundsException("setSeq: Index value '" + index
 695               + "' not in range [0.." + (this._seqList.size() - 1) + "]");
 696     }
 697
 698     this._seqList.set(index, new java.lang.Integer(vSeq));
 699   }
 700
 701   /**
 702    *
 703    *
 704    * @param vSeqArray
 705    */
 706   public void setSeq(final int[] vSeqArray)
 707   {
 708     // -- copy array
 709     _seqList.clear();
 710
 711     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
 712     {
 713       this._seqList.add(new java.lang.Integer(vSeqArray[i]));
 714     }
 715   }
 716
 717   /**
 718    * Sets the value of field 'start'.
 719    *
 720    * @param start
 721    *          the value of field 'start'.
 722    */
 723   public void setStart(final int start)
 724   {
 725     this._start = start;
 726     this._has_start = true;
 727   }
 728
 729   /**
 730    * Method unmarshal.
 731    *
 732    * @param reader
 733    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 734    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 735    *           marshaling
 736    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 737    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 738    * @return the unmarshaled jalview.binding.JGroup
 739    */
 740   public static jalview.binding.JGroup unmarshal(
 741           final java.io.Reader reader)
 742           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 743           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 744   {
 745     return (jalview.binding.JGroup) Unmarshaller
 746             .unmarshal(jalview.binding.JGroup.class, reader);
 747   }
 748
 749   /**
 750    *
 751    *
 752    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 753    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 754    */
 755   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 756   {
 757     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 758     validator.validate(this);
 759   }
 760
 761 }