src/jalview/binding/JGroup.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.binding;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  30 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  31
  32 /**
  33  * Class JGroup.
  34  *
  35  * @version $Revision$ $Date$
  36  */
  37 public class JGroup implements java.io.Serializable
  38 {
  39
  40   // --------------------------/
  41   // - Class/Member Variables -/
  42   // --------------------------/
  43
  44   /**
  45    * Field _start.
  46    */
  47   private int _start;
  48
  49   /**
  50    * keeps track of state for field: _start
  51    */
  52   private boolean _has_start;
  53
  54   /**
  55    * Field _end.
  56    */
  57   private int _end;
  58
  59   /**
  60    * keeps track of state for field: _end
  61    */
  62   private boolean _has_end;
  63
  64   /**
  65    * Field _name.
  66    */
  67   private java.lang.String _name;
  68
  69   /**
  70    * Field _colour.
  71    */
  72   private java.lang.String _colour;
  73
  74   /**
  75    * Field _consThreshold.
  76    */
  77   private int _consThreshold;
  78
  79   /**
  80    * keeps track of state for field: _consThreshold
  81    */
  82   private boolean _has_consThreshold;
  83
  84   /**
  85    * Field _pidThreshold.
  86    */
  87   private int _pidThreshold;
  88
  89   /**
  90    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  91    */
  92   private boolean _has_pidThreshold;
  93
  94   /**
  95    * Field _outlineColour.
  96    */
  97   private int _outlineColour;
  98
  99   /**
 100    * keeps track of state for field: _outlineColour
 101    */
 102   private boolean _has_outlineColour;
 103
 104   /**
 105    * Field _displayBoxes.
 106    */
 107   private boolean _displayBoxes;
 108
 109   /**
 110    * keeps track of state for field: _displayBoxes
 111    */
 112   private boolean _has_displayBoxes;
 113
 114   /**
 115    * Field _displayText.
 116    */
 117   private boolean _displayText;
 118
 119   /**
 120    * keeps track of state for field: _displayText
 121    */
 122   private boolean _has_displayText;
 123
 124   /**
 125    * Field _colourText.
 126    */
 127   private boolean _colourText;
 128
 129   /**
 130    * keeps track of state for field: _colourText
 131    */
 132   private boolean _has_colourText;
 133
 134   /**
 135    * Field _seqList.
 136    */
 137   private java.util.Vector _seqList;
 138
 139   // ----------------/
 140   // - Constructors -/
 141   // ----------------/
 142
 143   public JGroup()
 144   {
 145     super();
 146     this._seqList = new java.util.Vector();
 147   }
 148
 149   // -----------/
 150   // - Methods -/
 151   // -----------/
 152
 153   /**
 154    *
 155    *
 156    * @param vSeq
 157    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 158    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 159    */
 160   public void addSeq(final int vSeq)
 161           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 162   {
 163     this._seqList.addElement(new java.lang.Integer(vSeq));
 164   }
 165
 166   /**
 167    *
 168    *
 169    * @param index
 170    * @param vSeq
 171    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 172    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 173    */
 174   public void addSeq(final int index, final int vSeq)
 175           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 176   {
 177     this._seqList.add(index, new java.lang.Integer(vSeq));
 178   }
 179
 180   /**
 181      */
 182   public void deleteColourText()
 183   {
 184     this._has_colourText = false;
 185   }
 186
 187   /**
 188      */
 189   public void deleteConsThreshold()
 190   {
 191     this._has_consThreshold = false;
 192   }
 193
 194   /**
 195      */
 196   public void deleteDisplayBoxes()
 197   {
 198     this._has_displayBoxes = false;
 199   }
 200
 201   /**
 202      */
 203   public void deleteDisplayText()
 204   {
 205     this._has_displayText = false;
 206   }
 207
 208   /**
 209      */
 210   public void deleteEnd()
 211   {
 212     this._has_end = false;
 213   }
 214
 215   /**
 216      */
 217   public void deleteOutlineColour()
 218   {
 219     this._has_outlineColour = false;
 220   }
 221
 222   /**
 223      */
 224   public void deletePidThreshold()
 225   {
 226     this._has_pidThreshold = false;
 227   }
 228
 229   /**
 230      */
 231   public void deleteStart()
 232   {
 233     this._has_start = false;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Method enumerateSeq.
 238    *
 239    * @return an Enumeration over all int elements
 240    */
 241   public java.util.Enumeration enumerateSeq()
 242   {
 243     return this._seqList.elements();
 244   }
 245
 246   /**
 247    * Returns the value of field 'colour'.
 248    *
 249    * @return the value of field 'Colour'.
 250    */
 251   public java.lang.String getColour()
 252   {
 253     return this._colour;
 254   }
 255
 256   /**
 257    * Returns the value of field 'colourText'.
 258    *
 259    * @return the value of field 'ColourText'.
 260    */
 261   public boolean getColourText()
 262   {
 263     return this._colourText;
 264   }
 265
 266   /**
 267    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 268    *
 269    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 270    */
 271   public int getConsThreshold()
 272   {
 273     return this._consThreshold;
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 278    *
 279    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 280    */
 281   public boolean getDisplayBoxes()
 282   {
 283     return this._displayBoxes;
 284   }
 285
 286   /**
 287    * Returns the value of field 'displayText'.
 288    *
 289    * @return the value of field 'DisplayText'.
 290    */
 291   public boolean getDisplayText()
 292   {
 293     return this._displayText;
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Returns the value of field 'end'.
 298    *
 299    * @return the value of field 'End'.
 300    */
 301   public int getEnd()
 302   {
 303     return this._end;
 304   }
 305
 306   /**
 307    * Returns the value of field 'name'.
 308    *
 309    * @return the value of field 'Name'.
 310    */
 311   public java.lang.String getName()
 312   {
 313     return this._name;
 314   }
 315
 316   /**
 317    * Returns the value of field 'outlineColour'.
 318    *
 319    * @return the value of field 'OutlineColour'.
 320    */
 321   public int getOutlineColour()
 322   {
 323     return this._outlineColour;
 324   }
 325
 326   /**
 327    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 328    *
 329    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 330    */
 331   public int getPidThreshold()
 332   {
 333     return this._pidThreshold;
 334   }
 335
 336   /**
 337    * Method getSeq.
 338    *
 339    * @param index
 340    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 341    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 342    * @return the value of the int at the given index
 343    */
 344   public int getSeq(final int index)
 345           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 346   {
 347     // check bounds for index
 348     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 349     {
 350         throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
 351                   "getSeq",
 352                   Integer.valueOf(index).toString(),
 353                   Integer.valueOf((this._seqList.size() - 1)).toString()
 354         }));
 355     }
 356
 357     return ((java.lang.Integer) _seqList.get(index)).intValue();
 358   }
 359
 360   /**
 361    * Method getSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 362    *
 363    * @return this collection as an Array
 364    */
 365   public int[] getSeq()
 366   {
 367     int size = this._seqList.size();
 368     int[] array = new int[size];
 369     java.util.Iterator iter = _seqList.iterator();
 370     for (int index = 0; index < size; index++)
 371     {
 372       array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
 373     }
 374     return array;
 375   }
 376
 377   /**
 378    * Method getSeqCount.
 379    *
 380    * @return the size of this collection
 381    */
 382   public int getSeqCount()
 383   {
 384     return this._seqList.size();
 385   }
 386
 387   /**
 388    * Returns the value of field 'start'.
 389    *
 390    * @return the value of field 'Start'.
 391    */
 392   public int getStart()
 393   {
 394     return this._start;
 395   }
 396
 397   /**
 398    * Method hasColourText.
 399    *
 400    * @return true if at least one ColourText has been added
 401    */
 402   public boolean hasColourText()
 403   {
 404     return this._has_colourText;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Method hasConsThreshold.
 409    *
 410    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 411    */
 412   public boolean hasConsThreshold()
 413   {
 414     return this._has_consThreshold;
 415   }
 416
 417   /**
 418    * Method hasDisplayBoxes.
 419    *
 420    * @return true if at least one DisplayBoxes has been added
 421    */
 422   public boolean hasDisplayBoxes()
 423   {
 424     return this._has_displayBoxes;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Method hasDisplayText.
 429    *
 430    * @return true if at least one DisplayText has been added
 431    */
 432   public boolean hasDisplayText()
 433   {
 434     return this._has_displayText;
 435   }
 436
 437   /**
 438    * Method hasEnd.
 439    *
 440    * @return true if at least one End has been added
 441    */
 442   public boolean hasEnd()
 443   {
 444     return this._has_end;
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Method hasOutlineColour.
 449    *
 450    * @return true if at least one OutlineColour has been added
 451    */
 452   public boolean hasOutlineColour()
 453   {
 454     return this._has_outlineColour;
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Method hasPidThreshold.
 459    *
 460    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 461    */
 462   public boolean hasPidThreshold()
 463   {
 464     return this._has_pidThreshold;
 465   }
 466
 467   /**
 468    * Method hasStart.
 469    *
 470    * @return true if at least one Start has been added
 471    */
 472   public boolean hasStart()
 473   {
 474     return this._has_start;
 475   }
 476
 477   /**
 478    * Returns the value of field 'colourText'.
 479    *
 480    * @return the value of field 'ColourText'.
 481    */
 482   public boolean isColourText()
 483   {
 484     return this._colourText;
 485   }
 486
 487   /**
 488    * Returns the value of field 'displayBoxes'.
 489    *
 490    * @return the value of field 'DisplayBoxes'.
 491    */
 492   public boolean isDisplayBoxes()
 493   {
 494     return this._displayBoxes;
 495   }
 496
 497   /**
 498    * Returns the value of field 'displayText'.
 499    *
 500    * @return the value of field 'DisplayText'.
 501    */
 502   public boolean isDisplayText()
 503   {
 504     return this._displayText;
 505   }
 506
 507   /**
 508    * Method isValid.
 509    *
 510    * @return true if this object is valid according to the schema
 511    */
 512   public boolean isValid()
 513   {
 514     try
 515     {
 516       validate();
 517     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 518     {
 519       return false;
 520     }
 521     return true;
 522   }
 523
 524   /**
 525    *
 526    *
 527    * @param out
 528    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 529    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 530    *           marshaling
 531    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 532    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 533    */
 534   public void marshal(final java.io.Writer out)
 535           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 536           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 537   {
 538     Marshaller.marshal(this, out);
 539   }
 540
 541   /**
 542    *
 543    *
 544    * @param handler
 545    * @throws java.io.IOException
 546    *           if an IOException occurs during marshaling
 547    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 548    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 549    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 550    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 551    *           marshaling
 552    */
 553   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 554           throws java.io.IOException,
 555           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 556           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 557   {
 558     Marshaller.marshal(this, handler);
 559   }
 560
 561   /**
 562      */
 563   public void removeAllSeq()
 564   {
 565     this._seqList.clear();
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Method removeSeq.
 570    *
 571    * @param vSeq
 572    * @return true if the object was removed from the collection.
 573    */
 574   public boolean removeSeq(final int vSeq)
 575   {
 576     boolean removed = _seqList.remove(new java.lang.Integer(vSeq));
 577     return removed;
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Method removeSeqAt.
 582    *
 583    * @param index
 584    * @return the element removed from the collection
 585    */
 586   public int removeSeqAt(final int index)
 587   {
 588     java.lang.Object obj = this._seqList.remove(index);
 589     return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
 590   }
 591
 592   /**
 593    * Sets the value of field 'colour'.
 594    *
 595    * @param colour
 596    *          the value of field 'colour'.
 597    */
 598   public void setColour(final java.lang.String colour)
 599   {
 600     this._colour = colour;
 601   }
 602
 603   /**
 604    * Sets the value of field 'colourText'.
 605    *
 606    * @param colourText
 607    *          the value of field 'colourText'.
 608    */
 609   public void setColourText(final boolean colourText)
 610   {
 611     this._colourText = colourText;
 612     this._has_colourText = true;
 613   }
 614
 615   /**
 616    * Sets the value of field 'consThreshold'.
 617    *
 618    * @param consThreshold
 619    *          the value of field 'consThreshold'.
 620    */
 621   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
 622   {
 623     this._consThreshold = consThreshold;
 624     this._has_consThreshold = true;
 625   }
 626
 627   /**
 628    * Sets the value of field 'displayBoxes'.
 629    *
 630    * @param displayBoxes
 631    *          the value of field 'displayBoxes'.
 632    */
 633   public void setDisplayBoxes(final boolean displayBoxes)
 634   {
 635     this._displayBoxes = displayBoxes;
 636     this._has_displayBoxes = true;
 637   }
 638
 639   /**
 640    * Sets the value of field 'displayText'.
 641    *
 642    * @param displayText
 643    *          the value of field 'displayText'.
 644    */
 645   public void setDisplayText(final boolean displayText)
 646   {
 647     this._displayText = displayText;
 648     this._has_displayText = true;
 649   }
 650
 651   /**
 652    * Sets the value of field 'end'.
 653    *
 654    * @param end
 655    *          the value of field 'end'.
 656    */
 657   public void setEnd(final int end)
 658   {
 659     this._end = end;
 660     this._has_end = true;
 661   }
 662
 663   /**
 664    * Sets the value of field 'name'.
 665    *
 666    * @param name
 667    *          the value of field 'name'.
 668    */
 669   public void setName(final java.lang.String name)
 670   {
 671     this._name = name;
 672   }
 673
 674   /**
 675    * Sets the value of field 'outlineColour'.
 676    *
 677    * @param outlineColour
 678    *          the value of field 'outlineColour'.
 679    */
 680   public void setOutlineColour(final int outlineColour)
 681   {
 682     this._outlineColour = outlineColour;
 683     this._has_outlineColour = true;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
 688    *
 689    * @param pidThreshold
 690    *          the value of field 'pidThreshold'.
 691    */
 692   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
 693   {
 694     this._pidThreshold = pidThreshold;
 695     this._has_pidThreshold = true;
 696   }
 697
 698   /**
 699    *
 700    *
 701    * @param index
 702    * @param vSeq
 703    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 704    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 705    */
 706   public void setSeq(final int index, final int vSeq)
 707           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 708   {
 709     // check bounds for index
 710     if (index < 0 || index >= this._seqList.size())
 711     {
 712         throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
 713                           "setSeq",
 714                           Integer.valueOf(index).toString(),
 715                           Integer.valueOf((this._seqList.size() - 1)).toString()
 716           }));
 717     }
 718
 719     this._seqList.set(index, new java.lang.Integer(vSeq));
 720   }
 721
 722   /**
 723    *
 724    *
 725    * @param vSeqArray
 726    */
 727   public void setSeq(final int[] vSeqArray)
 728   {
 729     // -- copy array
 730     _seqList.clear();
 731
 732     for (int i = 0; i < vSeqArray.length; i++)
 733     {
 734       this._seqList.add(new java.lang.Integer(vSeqArray[i]));
 735     }
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Sets the value of field 'start'.
 740    *
 741    * @param start
 742    *          the value of field 'start'.
 743    */
 744   public void setStart(final int start)
 745   {
 746     this._start = start;
 747     this._has_start = true;
 748   }
 749
 750   /**
 751    * Method unmarshal.
 752    *
 753    * @param reader
 754    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 755    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 756    *           marshaling
 757    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 758    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 759    * @return the unmarshaled jalview.binding.JGroup
 760    */
 761   public static jalview.binding.JGroup unmarshal(final java.io.Reader reader)
 762           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 763           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 764   {
 765     return (jalview.binding.JGroup) Unmarshaller.unmarshal(
 766             jalview.binding.JGroup.class, reader);
 767   }
 768
 769   /**
 770    *
 771    *
 772    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 773    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 774    */
 775   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 776   {
 777     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 778     validator.validate(this);
 779   }
 780
 781 }