src/jalview/binding/JSeq.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 /*\r
   8 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   9 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  10 *\r
  11 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
  12 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
  13 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
  14 * of the License, or (at your option) any later version.\r
  15 *\r
  16 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  17 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  18 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  19 * GNU General Public License for more details.\r
  20 *\r
  21 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  22 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  23 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  24 */\r
  25 package jalview.binding;\r
  26 \r
  27 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  28 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  29 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  30 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  31 \r
  32 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  33 \r
  34 //---------------------------------/\r
  35 //- Imported classes and packages -/\r
  36 //---------------------------------/\r
  37 import java.io.IOException;\r
  38 import java.io.Reader;\r
  39 import java.io.Serializable;\r
  40 import java.io.Writer;\r
  41 \r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * Class JSeq.\r
  45  *\r
  46  * @version $Revision$ $Date$\r
  47  */\r
  48 public class JSeq implements java.io.Serializable {\r
  49     //--------------------------/\r
  50     //- Class/Member Variables -/\r
  51     //--------------------------/\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Field _colour\r
  55      */\r
  56     private int _colour;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * keeps track of state for field: _colour\r
  60      */\r
  61     private boolean _has_colour;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _start\r
  65      */\r
  66     private int _start;\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * keeps track of state for field: _start\r
  70      */\r
  71     private boolean _has_start;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Field _end\r
  75      */\r
  76     private int _end;\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * keeps track of state for field: _end\r
  80      */\r
  81     private boolean _has_end;\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * Field _id\r
  85      */\r
  86     private int _id;\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * keeps track of state for field: _id\r
  90      */\r
  91     private boolean _has_id;\r
  92 \r
  93     //----------------/\r
  94     //- Constructors -/\r
  95     //----------------/\r
  96     public JSeq() {\r
  97         super();\r
  98     }\r
  99      //-- jalview.binding.JSeq()\r
 100  //-----------/\r
 101 \r
 102     public void deleteColour() {\r
 103         this._has_colour = false;\r
 104     }\r
 105      //-- void deleteColour()\r
 106 \r
 107     /**\r
 108      * Method deleteEnd\r
 109      *\r
 110      */\r
 111     public void deleteEnd() {\r
 112         this._has_end = false;\r
 113     }\r
 114      //-- void deleteEnd()\r
 115 \r
 116     /**\r
 117      * Method deleteId\r
 118      *\r
 119      */\r
 120     public void deleteId() {\r
 121         this._has_id = false;\r
 122     }\r
 123      //-- void deleteId()\r
 124 \r
 125     /**\r
 126      * Method deleteStart\r
 127      *\r
 128      */\r
 129     public void deleteStart() {\r
 130         this._has_start = false;\r
 131     }\r
 132      //-- void deleteStart()\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * Returns the value of field 'colour'.\r
 136      *\r
 137      * @return int\r
 138      * @return the value of field 'colour'.\r
 139      */\r
 140     public int getColour() {\r
 141         return this._colour;\r
 142     }\r
 143      //-- int getColour()\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * Returns the value of field 'end'.\r
 147      *\r
 148      * @return int\r
 149      * @return the value of field 'end'.\r
 150      */\r
 151     public int getEnd() {\r
 152         return this._end;\r
 153     }\r
 154      //-- int getEnd()\r
 155 \r
 156     /**\r
 157      * Returns the value of field 'id'.\r
 158      *\r
 159      * @return int\r
 160      * @return the value of field 'id'.\r
 161      */\r
 162     public int getId() {\r
 163         return this._id;\r
 164     }\r
 165      //-- int getId()\r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * Returns the value of field 'start'.\r
 169      *\r
 170      * @return int\r
 171      * @return the value of field 'start'.\r
 172      */\r
 173     public int getStart() {\r
 174         return this._start;\r
 175     }\r
 176      //-- int getStart()\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * Method hasColour\r
 180      *\r
 181      *\r
 182      *\r
 183      * @return boolean\r
 184      */\r
 185     public boolean hasColour() {\r
 186         return this._has_colour;\r
 187     }\r
 188      //-- boolean hasColour()\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * Method hasEnd\r
 192      *\r
 193      *\r
 194      *\r
 195      * @return boolean\r
 196      */\r
 197     public boolean hasEnd() {\r
 198         return this._has_end;\r
 199     }\r
 200      //-- boolean hasEnd()\r
 201 \r
 202     /**\r
 203      * Method hasId\r
 204      *\r
 205      *\r
 206      *\r
 207      * @return boolean\r
 208      */\r
 209     public boolean hasId() {\r
 210         return this._has_id;\r
 211     }\r
 212      //-- boolean hasId()\r
 213 \r
 214     /**\r
 215      * Method hasStart\r
 216      *\r
 217      *\r
 218      *\r
 219      * @return boolean\r
 220      */\r
 221     public boolean hasStart() {\r
 222         return this._has_start;\r
 223     }\r
 224      //-- boolean hasStart()\r
 225 \r
 226     /**\r
 227      * Method isValid\r
 228      *\r
 229      *\r
 230      *\r
 231      * @return boolean\r
 232      */\r
 233     public boolean isValid() {\r
 234         try {\r
 235             validate();\r
 236         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 237             return false;\r
 238         }\r
 239 \r
 240         return true;\r
 241     }\r
 242      //-- boolean isValid()\r
 243 \r
 244     /**\r
 245      * Method marshal\r
 246      *\r
 247      *\r
 248      *\r
 249      * @param out\r
 250      */\r
 251     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 252         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 253             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 254         Marshaller.marshal(this, out);\r
 255     }\r
 256      //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * Method marshal\r
 260      *\r
 261      *\r
 262      *\r
 263      * @param handler\r
 264      */\r
 265     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 266         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 267             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 268         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 269     }\r
 270      //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      * Sets the value of field 'colour'.\r
 274      *\r
 275      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 276      */\r
 277     public void setColour(int colour) {\r
 278         this._colour = colour;\r
 279         this._has_colour = true;\r
 280     }\r
 281      //-- void setColour(int)\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * Sets the value of field 'end'.\r
 285      *\r
 286      * @param end the value of field 'end'.\r
 287      */\r
 288     public void setEnd(int end) {\r
 289         this._end = end;\r
 290         this._has_end = true;\r
 291     }\r
 292      //-- void setEnd(int)\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * Sets the value of field 'id'.\r
 296      *\r
 297      * @param id the value of field 'id'.\r
 298      */\r
 299     public void setId(int id) {\r
 300         this._id = id;\r
 301         this._has_id = true;\r
 302     }\r
 303      //-- void setId(int)\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * Sets the value of field 'start'.\r
 307      *\r
 308      * @param start the value of field 'start'.\r
 309      */\r
 310     public void setStart(int start) {\r
 311         this._start = start;\r
 312         this._has_start = true;\r
 313     }\r
 314      //-- void setStart(int)\r
 315 \r
 316     /**\r
 317      * Method unmarshal\r
 318      *\r
 319      *\r
 320      *\r
 321      * @param reader\r
 322      * @return Object\r
 323      */\r
 324     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 325         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
 326             org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 327         return (jalview.binding.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JSeq.class,\r
 328             reader);\r
 329     }\r
 330      //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 331 \r
 332     /**\r
 333      * Method validate\r
 334      *\r
 335      */\r
 336     public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 337         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 338         validator.validate(this);\r
 339     }\r
 340      //-- void validate()\r
 341 }\r