src/jalview/binding/JSeq.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 /*\r
   9 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
  10 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  11 *\r
  12 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
  13 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
  14 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
  15 * of the License, or (at your option) any later version.\r
  16 *\r
  17 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  18 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  19 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  20 * GNU General Public License for more details.\r
  21 *\r
  22 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  23 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  24 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  25 */\r
  26 \r
  27 package jalview.binding;\r
  28 \r
  29   //---------------------------------/\r
  30  //- Imported classes and packages -/\r
  31 //---------------------------------/\r
  32 \r
  33 import java.io.IOException;\r
  34 import java.io.Reader;\r
  35 import java.io.Serializable;\r
  36 import java.io.Writer;\r
  37 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  38 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  39 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  40 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  41 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * Class JSeq.\r
  45  *\r
  46  * @version $Revision$ $Date$\r
  47  */\r
  48 public class JSeq implements java.io.Serializable {\r
  49 \r
  50 \r
  51       //--------------------------/\r
  52      //- Class/Member Variables -/\r
  53     //--------------------------/\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * Field _colour\r
  57      */\r
  58     private int _colour;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * keeps track of state for field: _colour\r
  62      */\r
  63     private boolean _has_colour;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * Field _start\r
  67      */\r
  68     private int _start;\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * keeps track of state for field: _start\r
  72      */\r
  73     private boolean _has_start;\r
  74 \r
  75     /**\r
  76      * Field _end\r
  77      */\r
  78     private int _end;\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * keeps track of state for field: _end\r
  82      */\r
  83     private boolean _has_end;\r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * Field _id\r
  87      */\r
  88     private int _id;\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * keeps track of state for field: _id\r
  92      */\r
  93     private boolean _has_id;\r
  94 \r
  95 \r
  96       //----------------/\r
  97      //- Constructors -/\r
  98     //----------------/\r
  99 \r
 100     public JSeq() {\r
 101         super();\r
 102     } //-- jalview.binding.JSeq()\r
 103 \r
 104 \r
 105       //-----------/\r
 106      //- Methods -/\r
 107     //-----------/\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Method deleteColour\r
 111      *\r
 112      */\r
 113     public void deleteColour()\r
 114     {\r
 115         this._has_colour= false;\r
 116     } //-- void deleteColour()\r
 117 \r
 118     /**\r
 119      * Method deleteEnd\r
 120      *\r
 121      */\r
 122     public void deleteEnd()\r
 123     {\r
 124         this._has_end= false;\r
 125     } //-- void deleteEnd()\r
 126 \r
 127     /**\r
 128      * Method deleteId\r
 129      *\r
 130      */\r
 131     public void deleteId()\r
 132     {\r
 133         this._has_id= false;\r
 134     } //-- void deleteId()\r
 135 \r
 136     /**\r
 137      * Method deleteStart\r
 138      *\r
 139      */\r
 140     public void deleteStart()\r
 141     {\r
 142         this._has_start= false;\r
 143     } //-- void deleteStart()\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * Returns the value of field 'colour'.\r
 147      *\r
 148      * @return int\r
 149      * @return the value of field 'colour'.\r
 150      */\r
 151     public int getColour()\r
 152     {\r
 153         return this._colour;\r
 154     } //-- int getColour()\r
 155 \r
 156     /**\r
 157      * Returns the value of field 'end'.\r
 158      *\r
 159      * @return int\r
 160      * @return the value of field 'end'.\r
 161      */\r
 162     public int getEnd()\r
 163     {\r
 164         return this._end;\r
 165     } //-- int getEnd()\r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * Returns the value of field 'id'.\r
 169      *\r
 170      * @return int\r
 171      * @return the value of field 'id'.\r
 172      */\r
 173     public int getId()\r
 174     {\r
 175         return this._id;\r
 176     } //-- int getId()\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * Returns the value of field 'start'.\r
 180      *\r
 181      * @return int\r
 182      * @return the value of field 'start'.\r
 183      */\r
 184     public int getStart()\r
 185     {\r
 186         return this._start;\r
 187     } //-- int getStart()\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * Method hasColour\r
 191      *\r
 192      *\r
 193      *\r
 194      * @return boolean\r
 195      */\r
 196     public boolean hasColour()\r
 197     {\r
 198         return this._has_colour;\r
 199     } //-- boolean hasColour()\r
 200 \r
 201     /**\r
 202      * Method hasEnd\r
 203      *\r
 204      *\r
 205      *\r
 206      * @return boolean\r
 207      */\r
 208     public boolean hasEnd()\r
 209     {\r
 210         return this._has_end;\r
 211     } //-- boolean hasEnd()\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      * Method hasId\r
 215      *\r
 216      *\r
 217      *\r
 218      * @return boolean\r
 219      */\r
 220     public boolean hasId()\r
 221     {\r
 222         return this._has_id;\r
 223     } //-- boolean hasId()\r
 224 \r
 225     /**\r
 226      * Method hasStart\r
 227      *\r
 228      *\r
 229      *\r
 230      * @return boolean\r
 231      */\r
 232     public boolean hasStart()\r
 233     {\r
 234         return this._has_start;\r
 235     } //-- boolean hasStart()\r
 236 \r
 237     /**\r
 238      * Method isValid\r
 239      *\r
 240      *\r
 241      *\r
 242      * @return boolean\r
 243      */\r
 244     public boolean isValid()\r
 245     {\r
 246         try {\r
 247             validate();\r
 248         }\r
 249         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 250             return false;\r
 251         }\r
 252         return true;\r
 253     } //-- boolean isValid()\r
 254 \r
 255     /**\r
 256      * Method marshal\r
 257      *\r
 258      *\r
 259      *\r
 260      * @param out\r
 261      */\r
 262     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 263         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 264     {\r
 265 \r
 266         Marshaller.marshal(this, out);\r
 267     } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * Method marshal\r
 271      *\r
 272      *\r
 273      *\r
 274      * @param handler\r
 275      */\r
 276     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 277         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 278     {\r
 279 \r
 280         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 281     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * Sets the value of field 'colour'.\r
 285      *\r
 286      * @param colour the value of field 'colour'.\r
 287      */\r
 288     public void setColour(int colour)\r
 289     {\r
 290         this._colour = colour;\r
 291         this._has_colour = true;\r
 292     } //-- void setColour(int)\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * Sets the value of field 'end'.\r
 296      *\r
 297      * @param end the value of field 'end'.\r
 298      */\r
 299     public void setEnd(int end)\r
 300     {\r
 301         this._end = end;\r
 302         this._has_end = true;\r
 303     } //-- void setEnd(int)\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * Sets the value of field 'id'.\r
 307      *\r
 308      * @param id the value of field 'id'.\r
 309      */\r
 310     public void setId(int id)\r
 311     {\r
 312         this._id = id;\r
 313         this._has_id = true;\r
 314     } //-- void setId(int)\r
 315 \r
 316     /**\r
 317      * Sets the value of field 'start'.\r
 318      *\r
 319      * @param start the value of field 'start'.\r
 320      */\r
 321     public void setStart(int start)\r
 322     {\r
 323         this._start = start;\r
 324         this._has_start = true;\r
 325     } //-- void setStart(int)\r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * Method unmarshal\r
 329      *\r
 330      *\r
 331      *\r
 332      * @param reader\r
 333      * @return Object\r
 334      */\r
 335     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 336         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 337     {\r
 338         return (jalview.binding.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JSeq.class, reader);\r
 339     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 340 \r
 341     /**\r
 342      * Method validate\r
 343      *\r
 344      */\r
 345     public void validate()\r
 346         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 347     {\r
 348         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 349         validator.validate(this);\r
 350     } //-- void validate()\r
 351 \r
 352 }\r