src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.binding;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JalviewModelSequence.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _JSeqList.
  31    */
  32   private java.util.Vector _JSeqList;
  33
  34   /**
  35    * Field _JGroupList.
  36    */
  37   private java.util.Vector _JGroupList;
  38
  39   /**
  40    * Field _viewportList.
  41    */
  42   private java.util.Vector _viewportList;
  43
  44   /**
  45    * Field _userColoursList.
  46    */
  47   private java.util.Vector _userColoursList;
  48
  49   /**
  50    * Field _treeList.
  51    */
  52   private java.util.Vector _treeList;
  53
  54   /**
  55    * Field _featureSettings.
  56    */
  57   private jalview.binding.FeatureSettings _featureSettings;
  58
  59   // ----------------/
  60   // - Constructors -/
  61   // ----------------/
  62
  63   public JalviewModelSequence()
  64   {
  65     super();
  66     this._JSeqList = new java.util.Vector();
  67     this._JGroupList = new java.util.Vector();
  68     this._viewportList = new java.util.Vector();
  69     this._userColoursList = new java.util.Vector();
  70     this._treeList = new java.util.Vector();
  71   }
  72
  73   // -----------/
  74   // - Methods -/
  75   // -----------/
  76
  77   /**
  78    *
  79    *
  80    * @param vJGroup
  81    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  82    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  83    */
  84   public void addJGroup(final jalview.binding.JGroup vJGroup)
  85           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  86   {
  87     this._JGroupList.addElement(vJGroup);
  88   }
  89
  90   /**
  91    *
  92    *
  93    * @param index
  94    * @param vJGroup
  95    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  96    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  97    */
  98   public void addJGroup(final int index,
  99           final jalview.binding.JGroup vJGroup)
 100           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 101   {
 102     this._JGroupList.add(index, vJGroup);
 103   }
 104
 105   /**
 106    *
 107    *
 108    * @param vJSeq
 109    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 110    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 111    */
 112   public void addJSeq(final jalview.binding.JSeq vJSeq)
 113           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 114   {
 115     this._JSeqList.addElement(vJSeq);
 116   }
 117
 118   /**
 119    *
 120    *
 121    * @param index
 122    * @param vJSeq
 123    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 124    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 125    */
 126   public void addJSeq(final int index, final jalview.binding.JSeq vJSeq)
 127           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 128   {
 129     this._JSeqList.add(index, vJSeq);
 130   }
 131
 132   /**
 133    *
 134    *
 135    * @param vTree
 136    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 137    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 138    */
 139   public void addTree(final jalview.binding.Tree vTree)
 140           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 141   {
 142     this._treeList.addElement(vTree);
 143   }
 144
 145   /**
 146    *
 147    *
 148    * @param index
 149    * @param vTree
 150    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 151    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 152    */
 153   public void addTree(final int index, final jalview.binding.Tree vTree)
 154           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 155   {
 156     this._treeList.add(index, vTree);
 157   }
 158
 159   /**
 160    *
 161    *
 162    * @param vUserColours
 163    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 164    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 165    */
 166   public void addUserColours(final jalview.binding.UserColours vUserColours)
 167           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 168   {
 169     this._userColoursList.addElement(vUserColours);
 170   }
 171
 172   /**
 173    *
 174    *
 175    * @param index
 176    * @param vUserColours
 177    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 178    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 179    */
 180   public void addUserColours(final int index,
 181           final jalview.binding.UserColours vUserColours)
 182           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 183   {
 184     this._userColoursList.add(index, vUserColours);
 185   }
 186
 187   /**
 188    *
 189    *
 190    * @param vViewport
 191    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 192    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 193    */
 194   public void addViewport(final jalview.binding.Viewport vViewport)
 195           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 196   {
 197     this._viewportList.addElement(vViewport);
 198   }
 199
 200   /**
 201    *
 202    *
 203    * @param index
 204    * @param vViewport
 205    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 206    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 207    */
 208   public void addViewport(final int index,
 209           final jalview.binding.Viewport vViewport)
 210           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 211   {
 212     this._viewportList.add(index, vViewport);
 213   }
 214
 215   /**
 216    * Method enumerateJGroup.
 217    *
 218    * @return an Enumeration over all jalview.binding.JGroup elements
 219    */
 220   public java.util.Enumeration enumerateJGroup()
 221   {
 222     return this._JGroupList.elements();
 223   }
 224
 225   /**
 226    * Method enumerateJSeq.
 227    *
 228    * @return an Enumeration over all jalview.binding.JSeq elements
 229    */
 230   public java.util.Enumeration enumerateJSeq()
 231   {
 232     return this._JSeqList.elements();
 233   }
 234
 235   /**
 236    * Method enumerateTree.
 237    *
 238    * @return an Enumeration over all jalview.binding.Tree elements
 239    */
 240   public java.util.Enumeration enumerateTree()
 241   {
 242     return this._treeList.elements();
 243   }
 244
 245   /**
 246    * Method enumerateUserColours.
 247    *
 248    * @return an Enumeration over all jalview.binding.UserColours elements
 249    */
 250   public java.util.Enumeration enumerateUserColours()
 251   {
 252     return this._userColoursList.elements();
 253   }
 254
 255   /**
 256    * Method enumerateViewport.
 257    *
 258    * @return an Enumeration over all jalview.binding.Viewport elements
 259    */
 260   public java.util.Enumeration enumerateViewport()
 261   {
 262     return this._viewportList.elements();
 263   }
 264
 265   /**
 266    * Returns the value of field 'featureSettings'.
 267    *
 268    * @return the value of field 'FeatureSettings'.
 269    */
 270   public jalview.binding.FeatureSettings getFeatureSettings()
 271   {
 272     return this._featureSettings;
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Method getJGroup.
 277    *
 278    * @param index
 279    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 280    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 281    * @return the value of the jalview.binding.JGroup at the given index
 282    */
 283   public jalview.binding.JGroup getJGroup(final int index)
 284           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 285   {
 286     // check bounds for index
 287     if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size())
 288     {
 289       throw new IndexOutOfBoundsException(
 290               "getJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 291                       + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
 292     }
 293
 294     return (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.get(index);
 295   }
 296
 297   /**
 298    * Method getJGroup.Returns the contents of the collection in an Array.
 299    * <p>
 300    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 301    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 302    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 303    *
 304    * @return this collection as an Array
 305    */
 306   public jalview.binding.JGroup[] getJGroup()
 307   {
 308     jalview.binding.JGroup[] array = new jalview.binding.JGroup[0];
 309     return (jalview.binding.JGroup[]) this._JGroupList.toArray(array);
 310   }
 311
 312   /**
 313    * Method getJGroupCount.
 314    *
 315    * @return the size of this collection
 316    */
 317   public int getJGroupCount()
 318   {
 319     return this._JGroupList.size();
 320   }
 321
 322   /**
 323    * Method getJSeq.
 324    *
 325    * @param index
 326    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 327    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 328    * @return the value of the jalview.binding.JSeq at the given index
 329    */
 330   public jalview.binding.JSeq getJSeq(final int index)
 331           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 332   {
 333     // check bounds for index
 334     if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size())
 335     {
 336       throw new IndexOutOfBoundsException("getJSeq: Index value '" + index
 337               + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
 338     }
 339
 340     return (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.get(index);
 341   }
 342
 343   /**
 344    * Method getJSeq.Returns the contents of the collection in an Array.
 345    * <p>
 346    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 347    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 348    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 349    *
 350    * @return this collection as an Array
 351    */
 352   public jalview.binding.JSeq[] getJSeq()
 353   {
 354     jalview.binding.JSeq[] array = new jalview.binding.JSeq[0];
 355     return (jalview.binding.JSeq[]) this._JSeqList.toArray(array);
 356   }
 357
 358   /**
 359    * Method getJSeqCount.
 360    *
 361    * @return the size of this collection
 362    */
 363   public int getJSeqCount()
 364   {
 365     return this._JSeqList.size();
 366   }
 367
 368   /**
 369    * Method getTree.
 370    *
 371    * @param index
 372    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 373    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 374    * @return the value of the jalview.binding.Tree at the given index
 375    */
 376   public jalview.binding.Tree getTree(final int index)
 377           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 378   {
 379     // check bounds for index
 380     if (index < 0 || index >= this._treeList.size())
 381     {
 382       throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index
 383               + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
 384     }
 385
 386     return (jalview.binding.Tree) _treeList.get(index);
 387   }
 388
 389   /**
 390    * Method getTree.Returns the contents of the collection in an Array.
 391    * <p>
 392    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 393    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 394    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 395    *
 396    * @return this collection as an Array
 397    */
 398   public jalview.binding.Tree[] getTree()
 399   {
 400     jalview.binding.Tree[] array = new jalview.binding.Tree[0];
 401     return (jalview.binding.Tree[]) this._treeList.toArray(array);
 402   }
 403
 404   /**
 405    * Method getTreeCount.
 406    *
 407    * @return the size of this collection
 408    */
 409   public int getTreeCount()
 410   {
 411     return this._treeList.size();
 412   }
 413
 414   /**
 415    * Method getUserColours.
 416    *
 417    * @param index
 418    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 419    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 420    * @return the value of the jalview.binding.UserColours at the given index
 421    */
 422   public jalview.binding.UserColours getUserColours(final int index)
 423           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 424   {
 425     // check bounds for index
 426     if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size())
 427     {
 428       throw new IndexOutOfBoundsException("getUserColours: Index value '"
 429               + index + "' not in range [0.."
 430               + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
 431     }
 432
 433     return (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.get(index);
 434   }
 435
 436   /**
 437    * Method getUserColours.Returns the contents of the collection in an Array.
 438    * <p>
 439    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 440    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 441    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 442    *
 443    * @return this collection as an Array
 444    */
 445   public jalview.binding.UserColours[] getUserColours()
 446   {
 447     jalview.binding.UserColours[] array = new jalview.binding.UserColours[0];
 448     return (jalview.binding.UserColours[]) this._userColoursList
 449             .toArray(array);
 450   }
 451
 452   /**
 453    * Method getUserColoursCount.
 454    *
 455    * @return the size of this collection
 456    */
 457   public int getUserColoursCount()
 458   {
 459     return this._userColoursList.size();
 460   }
 461
 462   /**
 463    * Method getViewport.
 464    *
 465    * @param index
 466    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 467    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 468    * @return the value of the jalview.binding.Viewport at the given index
 469    */
 470   public jalview.binding.Viewport getViewport(final int index)
 471           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 472   {
 473     // check bounds for index
 474     if (index < 0 || index >= this._viewportList.size())
 475     {
 476       throw new IndexOutOfBoundsException(
 477               "getViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 478                       + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
 479     }
 480
 481     return (jalview.binding.Viewport) _viewportList.get(index);
 482   }
 483
 484   /**
 485    * Method getViewport.Returns the contents of the collection in an Array.
 486    * <p>
 487    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 488    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 489    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 490    *
 491    * @return this collection as an Array
 492    */
 493   public jalview.binding.Viewport[] getViewport()
 494   {
 495     jalview.binding.Viewport[] array = new jalview.binding.Viewport[0];
 496     return (jalview.binding.Viewport[]) this._viewportList.toArray(array);
 497   }
 498
 499   /**
 500    * Method getViewportCount.
 501    *
 502    * @return the size of this collection
 503    */
 504   public int getViewportCount()
 505   {
 506     return this._viewportList.size();
 507   }
 508
 509   /**
 510    * Method isValid.
 511    *
 512    * @return true if this object is valid according to the schema
 513    */
 514   public boolean isValid()
 515   {
 516     try
 517     {
 518       validate();
 519     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 520     {
 521       return false;
 522     }
 523     return true;
 524   }
 525
 526   /**
 527    *
 528    *
 529    * @param out
 530    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 531    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 532    *           marshaling
 533    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 534    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 535    */
 536   public void marshal(final java.io.Writer out)
 537           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 538           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 539   {
 540     Marshaller.marshal(this, out);
 541   }
 542
 543   /**
 544    *
 545    *
 546    * @param handler
 547    * @throws java.io.IOException
 548    *           if an IOException occurs during marshaling
 549    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 550    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 551    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 552    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 553    *           marshaling
 554    */
 555   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 556           throws java.io.IOException,
 557           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 558           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 559   {
 560     Marshaller.marshal(this, handler);
 561   }
 562
 563   /**
 564      */
 565   public void removeAllJGroup()
 566   {
 567     this._JGroupList.clear();
 568   }
 569
 570   /**
 571      */
 572   public void removeAllJSeq()
 573   {
 574     this._JSeqList.clear();
 575   }
 576
 577   /**
 578      */
 579   public void removeAllTree()
 580   {
 581     this._treeList.clear();
 582   }
 583
 584   /**
 585      */
 586   public void removeAllUserColours()
 587   {
 588     this._userColoursList.clear();
 589   }
 590
 591   /**
 592      */
 593   public void removeAllViewport()
 594   {
 595     this._viewportList.clear();
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Method removeJGroup.
 600    *
 601    * @param vJGroup
 602    * @return true if the object was removed from the collection.
 603    */
 604   public boolean removeJGroup(final jalview.binding.JGroup vJGroup)
 605   {
 606     boolean removed = _JGroupList.remove(vJGroup);
 607     return removed;
 608   }
 609
 610   /**
 611    * Method removeJGroupAt.
 612    *
 613    * @param index
 614    * @return the element removed from the collection
 615    */
 616   public jalview.binding.JGroup removeJGroupAt(final int index)
 617   {
 618     java.lang.Object obj = this._JGroupList.remove(index);
 619     return (jalview.binding.JGroup) obj;
 620   }
 621
 622   /**
 623    * Method removeJSeq.
 624    *
 625    * @param vJSeq
 626    * @return true if the object was removed from the collection.
 627    */
 628   public boolean removeJSeq(final jalview.binding.JSeq vJSeq)
 629   {
 630     boolean removed = _JSeqList.remove(vJSeq);
 631     return removed;
 632   }
 633
 634   /**
 635    * Method removeJSeqAt.
 636    *
 637    * @param index
 638    * @return the element removed from the collection
 639    */
 640   public jalview.binding.JSeq removeJSeqAt(final int index)
 641   {
 642     java.lang.Object obj = this._JSeqList.remove(index);
 643     return (jalview.binding.JSeq) obj;
 644   }
 645
 646   /**
 647    * Method removeTree.
 648    *
 649    * @param vTree
 650    * @return true if the object was removed from the collection.
 651    */
 652   public boolean removeTree(final jalview.binding.Tree vTree)
 653   {
 654     boolean removed = _treeList.remove(vTree);
 655     return removed;
 656   }
 657
 658   /**
 659    * Method removeTreeAt.
 660    *
 661    * @param index
 662    * @return the element removed from the collection
 663    */
 664   public jalview.binding.Tree removeTreeAt(final int index)
 665   {
 666     java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);
 667     return (jalview.binding.Tree) obj;
 668   }
 669
 670   /**
 671    * Method removeUserColours.
 672    *
 673    * @param vUserColours
 674    * @return true if the object was removed from the collection.
 675    */
 676   public boolean removeUserColours(
 677           final jalview.binding.UserColours vUserColours)
 678   {
 679     boolean removed = _userColoursList.remove(vUserColours);
 680     return removed;
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Method removeUserColoursAt.
 685    *
 686    * @param index
 687    * @return the element removed from the collection
 688    */
 689   public jalview.binding.UserColours removeUserColoursAt(final int index)
 690   {
 691     java.lang.Object obj = this._userColoursList.remove(index);
 692     return (jalview.binding.UserColours) obj;
 693   }
 694
 695   /**
 696    * Method removeViewport.
 697    *
 698    * @param vViewport
 699    * @return true if the object was removed from the collection.
 700    */
 701   public boolean removeViewport(final jalview.binding.Viewport vViewport)
 702   {
 703     boolean removed = _viewportList.remove(vViewport);
 704     return removed;
 705   }
 706
 707   /**
 708    * Method removeViewportAt.
 709    *
 710    * @param index
 711    * @return the element removed from the collection
 712    */
 713   public jalview.binding.Viewport removeViewportAt(final int index)
 714   {
 715     java.lang.Object obj = this._viewportList.remove(index);
 716     return (jalview.binding.Viewport) obj;
 717   }
 718
 719   /**
 720    * Sets the value of field 'featureSettings'.
 721    *
 722    * @param featureSettings
 723    *          the value of field 'featureSettings'.
 724    */
 725   public void setFeatureSettings(
 726           final jalview.binding.FeatureSettings featureSettings)
 727   {
 728     this._featureSettings = featureSettings;
 729   }
 730
 731   /**
 732    *
 733    *
 734    * @param index
 735    * @param vJGroup
 736    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 737    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 738    */
 739   public void setJGroup(final int index,
 740           final jalview.binding.JGroup vJGroup)
 741           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 742   {
 743     // check bounds for index
 744     if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size())
 745     {
 746       throw new IndexOutOfBoundsException(
 747               "setJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 748                       + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");
 749     }
 750
 751     this._JGroupList.set(index, vJGroup);
 752   }
 753
 754   /**
 755    *
 756    *
 757    * @param vJGroupArray
 758    */
 759   public void setJGroup(final jalview.binding.JGroup[] vJGroupArray)
 760   {
 761     // -- copy array
 762     _JGroupList.clear();
 763
 764     for (int i = 0; i < vJGroupArray.length; i++)
 765     {
 766       this._JGroupList.add(vJGroupArray[i]);
 767     }
 768   }
 769
 770   /**
 771    *
 772    *
 773    * @param index
 774    * @param vJSeq
 775    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 776    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 777    */
 778   public void setJSeq(final int index, final jalview.binding.JSeq vJSeq)
 779           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 780   {
 781     // check bounds for index
 782     if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size())
 783     {
 784       throw new IndexOutOfBoundsException("setJSeq: Index value '" + index
 785               + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");
 786     }
 787
 788     this._JSeqList.set(index, vJSeq);
 789   }
 790
 791   /**
 792    *
 793    *
 794    * @param vJSeqArray
 795    */
 796   public void setJSeq(final jalview.binding.JSeq[] vJSeqArray)
 797   {
 798     // -- copy array
 799     _JSeqList.clear();
 800
 801     for (int i = 0; i < vJSeqArray.length; i++)
 802     {
 803       this._JSeqList.add(vJSeqArray[i]);
 804     }
 805   }
 806
 807   /**
 808    *
 809    *
 810    * @param index
 811    * @param vTree
 812    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 813    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 814    */
 815   public void setTree(final int index, final jalview.binding.Tree vTree)
 816           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 817   {
 818     // check bounds for index
 819     if (index < 0 || index >= this._treeList.size())
 820     {
 821       throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index
 822               + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
 823     }
 824
 825     this._treeList.set(index, vTree);
 826   }
 827
 828   /**
 829    *
 830    *
 831    * @param vTreeArray
 832    */
 833   public void setTree(final jalview.binding.Tree[] vTreeArray)
 834   {
 835     // -- copy array
 836     _treeList.clear();
 837
 838     for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++)
 839     {
 840       this._treeList.add(vTreeArray[i]);
 841     }
 842   }
 843
 844   /**
 845    *
 846    *
 847    * @param index
 848    * @param vUserColours
 849    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 850    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 851    */
 852   public void setUserColours(final int index,
 853           final jalview.binding.UserColours vUserColours)
 854           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 855   {
 856     // check bounds for index
 857     if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size())
 858     {
 859       throw new IndexOutOfBoundsException("setUserColours: Index value '"
 860               + index + "' not in range [0.."
 861               + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");
 862     }
 863
 864     this._userColoursList.set(index, vUserColours);
 865   }
 866
 867   /**
 868    *
 869    *
 870    * @param vUserColoursArray
 871    */
 872   public void setUserColours(
 873           final jalview.binding.UserColours[] vUserColoursArray)
 874   {
 875     // -- copy array
 876     _userColoursList.clear();
 877
 878     for (int i = 0; i < vUserColoursArray.length; i++)
 879     {
 880       this._userColoursList.add(vUserColoursArray[i]);
 881     }
 882   }
 883
 884   /**
 885    *
 886    *
 887    * @param index
 888    * @param vViewport
 889    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 890    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 891    */
 892   public void setViewport(final int index,
 893           final jalview.binding.Viewport vViewport)
 894           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 895   {
 896     // check bounds for index
 897     if (index < 0 || index >= this._viewportList.size())
 898     {
 899       throw new IndexOutOfBoundsException(
 900               "setViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 901                       + (this._viewportList.size() - 1) + "]");
 902     }
 903
 904     this._viewportList.set(index, vViewport);
 905   }
 906
 907   /**
 908    *
 909    *
 910    * @param vViewportArray
 911    */
 912   public void setViewport(final jalview.binding.Viewport[] vViewportArray)
 913   {
 914     // -- copy array
 915     _viewportList.clear();
 916
 917     for (int i = 0; i < vViewportArray.length; i++)
 918     {
 919       this._viewportList.add(vViewportArray[i]);
 920     }
 921   }
 922
 923   /**
 924    * Method unmarshal.
 925    *
 926    * @param reader
 927    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 928    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 929    *           marshaling
 930    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 931    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 932    * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewModelSequence
 933    */
 934   public static jalview.binding.JalviewModelSequence unmarshal(
 935           final java.io.Reader reader)
 936           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 937           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 938   {
 939     return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller
 940             .unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence.class, reader);
 941   }
 942
 943   /**
 944    *
 945    *
 946    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 947    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 948    */
 949   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 950   {
 951     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 952     validator.validate(this);
 953   }
 954
 955 }