src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.binding;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class JalviewModelSequence.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _JSeqList\r
  40      */\r
  41     private java.util.Vector _JSeqList;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * Field _JGroupList\r
  45      */\r
  46     private java.util.Vector _JGroupList;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _viewportList\r
  50      */\r
  51     private java.util.Vector _viewportList;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Field _userColoursList\r
  55      */\r
  56     private java.util.Vector _userColoursList;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _treeList\r
  60      */\r
  61     private java.util.Vector _treeList;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _featureSettings\r
  65      */\r
  66     private jalview.binding.FeatureSettings _featureSettings;\r
  67 \r
  68 \r
  69       //----------------/\r
  70      //- Constructors -/\r
  71     //----------------/\r
  72 \r
  73     public JalviewModelSequence() {\r
  74         super();\r
  75         _JSeqList = new Vector();\r
  76         _JGroupList = new Vector();\r
  77         _viewportList = new Vector();\r
  78         _userColoursList = new Vector();\r
  79         _treeList = new Vector();\r
  80     } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence()\r
  81 \r
  82 \r
  83       //-----------/\r
  84      //- Methods -/\r
  85     //-----------/\r
  86 \r
  87     /**\r
  88      * Method addJGroup\r
  89      * \r
  90      * \r
  91      * \r
  92      * @param vJGroup\r
  93      */\r
  94     public void addJGroup(jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
  95         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
  96     {\r
  97         _JGroupList.addElement(vJGroup);\r
  98     } //-- void addJGroup(jalview.binding.JGroup) \r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * Method addJGroup\r
 102      * \r
 103      * \r
 104      * \r
 105      * @param index\r
 106      * @param vJGroup\r
 107      */\r
 108     public void addJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 109         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 110     {\r
 111         _JGroupList.insertElementAt(vJGroup, index);\r
 112     } //-- void addJGroup(int, jalview.binding.JGroup) \r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * Method addJSeq\r
 116      * \r
 117      * \r
 118      * \r
 119      * @param vJSeq\r
 120      */\r
 121     public void addJSeq(jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 122         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 123     {\r
 124         _JSeqList.addElement(vJSeq);\r
 125     } //-- void addJSeq(jalview.binding.JSeq) \r
 126 \r
 127     /**\r
 128      * Method addJSeq\r
 129      * \r
 130      * \r
 131      * \r
 132      * @param index\r
 133      * @param vJSeq\r
 134      */\r
 135     public void addJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 136         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 137     {\r
 138         _JSeqList.insertElementAt(vJSeq, index);\r
 139     } //-- void addJSeq(int, jalview.binding.JSeq) \r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * Method addTree\r
 143      * \r
 144      * \r
 145      * \r
 146      * @param vTree\r
 147      */\r
 148     public void addTree(jalview.binding.Tree vTree)\r
 149         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 150     {\r
 151         _treeList.addElement(vTree);\r
 152     } //-- void addTree(jalview.binding.Tree) \r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * Method addTree\r
 156      * \r
 157      * \r
 158      * \r
 159      * @param index\r
 160      * @param vTree\r
 161      */\r
 162     public void addTree(int index, jalview.binding.Tree vTree)\r
 163         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 164     {\r
 165         _treeList.insertElementAt(vTree, index);\r
 166     } //-- void addTree(int, jalview.binding.Tree) \r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * Method addUserColours\r
 170      * \r
 171      * \r
 172      * \r
 173      * @param vUserColours\r
 174      */\r
 175     public void addUserColours(jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 176         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 177     {\r
 178         _userColoursList.addElement(vUserColours);\r
 179     } //-- void addUserColours(jalview.binding.UserColours) \r
 180 \r
 181     /**\r
 182      * Method addUserColours\r
 183      * \r
 184      * \r
 185      * \r
 186      * @param index\r
 187      * @param vUserColours\r
 188      */\r
 189     public void addUserColours(int index, jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 190         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 191     {\r
 192         _userColoursList.insertElementAt(vUserColours, index);\r
 193     } //-- void addUserColours(int, jalview.binding.UserColours) \r
 194 \r
 195     /**\r
 196      * Method addViewport\r
 197      * \r
 198      * \r
 199      * \r
 200      * @param vViewport\r
 201      */\r
 202     public void addViewport(jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 203         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 204     {\r
 205         _viewportList.addElement(vViewport);\r
 206     } //-- void addViewport(jalview.binding.Viewport) \r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * Method addViewport\r
 210      * \r
 211      * \r
 212      * \r
 213      * @param index\r
 214      * @param vViewport\r
 215      */\r
 216     public void addViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 217         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 218     {\r
 219         _viewportList.insertElementAt(vViewport, index);\r
 220     } //-- void addViewport(int, jalview.binding.Viewport) \r
 221 \r
 222     /**\r
 223      * Method enumerateJGroup\r
 224      * \r
 225      * \r
 226      * \r
 227      * @return Enumeration\r
 228      */\r
 229     public java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 230     {\r
 231         return _JGroupList.elements();\r
 232     } //-- java.util.Enumeration enumerateJGroup() \r
 233 \r
 234     /**\r
 235      * Method enumerateJSeq\r
 236      * \r
 237      * \r
 238      * \r
 239      * @return Enumeration\r
 240      */\r
 241     public java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 242     {\r
 243         return _JSeqList.elements();\r
 244     } //-- java.util.Enumeration enumerateJSeq() \r
 245 \r
 246     /**\r
 247      * Method enumerateTree\r
 248      * \r
 249      * \r
 250      * \r
 251      * @return Enumeration\r
 252      */\r
 253     public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
 254     {\r
 255         return _treeList.elements();\r
 256     } //-- java.util.Enumeration enumerateTree() \r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * Method enumerateUserColours\r
 260      * \r
 261      * \r
 262      * \r
 263      * @return Enumeration\r
 264      */\r
 265     public java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 266     {\r
 267         return _userColoursList.elements();\r
 268     } //-- java.util.Enumeration enumerateUserColours() \r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * Method enumerateViewport\r
 272      * \r
 273      * \r
 274      * \r
 275      * @return Enumeration\r
 276      */\r
 277     public java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 278     {\r
 279         return _viewportList.elements();\r
 280     } //-- java.util.Enumeration enumerateViewport() \r
 281 \r
 282     /**\r
 283      * Returns the value of field 'featureSettings'.\r
 284      * \r
 285      * @return FeatureSettings\r
 286      * @return the value of field 'featureSettings'.\r
 287      */\r
 288     public jalview.binding.FeatureSettings getFeatureSettings()\r
 289     {\r
 290         return this._featureSettings;\r
 291     } //-- jalview.binding.FeatureSettings getFeatureSettings() \r
 292 \r
 293     /**\r
 294      * Method getJGroup\r
 295      * \r
 296      * \r
 297      * \r
 298      * @param index\r
 299      * @return JGroup\r
 300      */\r
 301     public jalview.binding.JGroup getJGroup(int index)\r
 302         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 303     {\r
 304         //-- check bounds for index\r
 305         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
 306             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 307         }\r
 308         \r
 309         return (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 310     } //-- jalview.binding.JGroup getJGroup(int) \r
 311 \r
 312     /**\r
 313      * Method getJGroup\r
 314      * \r
 315      * \r
 316      * \r
 317      * @return JGroup\r
 318      */\r
 319     public jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
 320     {\r
 321         int size = _JGroupList.size();\r
 322         jalview.binding.JGroup[] mArray = new jalview.binding.JGroup[size];\r
 323         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 324             mArray[index] = (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 325         }\r
 326         return mArray;\r
 327     } //-- jalview.binding.JGroup[] getJGroup() \r
 328 \r
 329     /**\r
 330      * Method getJGroupCount\r
 331      * \r
 332      * \r
 333      * \r
 334      * @return int\r
 335      */\r
 336     public int getJGroupCount()\r
 337     {\r
 338         return _JGroupList.size();\r
 339     } //-- int getJGroupCount() \r
 340 \r
 341     /**\r
 342      * Method getJSeq\r
 343      * \r
 344      * \r
 345      * \r
 346      * @param index\r
 347      * @return JSeq\r
 348      */\r
 349     public jalview.binding.JSeq getJSeq(int index)\r
 350         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 351     {\r
 352         //-- check bounds for index\r
 353         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
 354             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 355         }\r
 356         \r
 357         return (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 358     } //-- jalview.binding.JSeq getJSeq(int) \r
 359 \r
 360     /**\r
 361      * Method getJSeq\r
 362      * \r
 363      * \r
 364      * \r
 365      * @return JSeq\r
 366      */\r
 367     public jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
 368     {\r
 369         int size = _JSeqList.size();\r
 370         jalview.binding.JSeq[] mArray = new jalview.binding.JSeq[size];\r
 371         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 372             mArray[index] = (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 373         }\r
 374         return mArray;\r
 375     } //-- jalview.binding.JSeq[] getJSeq() \r
 376 \r
 377     /**\r
 378      * Method getJSeqCount\r
 379      * \r
 380      * \r
 381      * \r
 382      * @return int\r
 383      */\r
 384     public int getJSeqCount()\r
 385     {\r
 386         return _JSeqList.size();\r
 387     } //-- int getJSeqCount() \r
 388 \r
 389     /**\r
 390      * Method getTree\r
 391      * \r
 392      * \r
 393      * \r
 394      * @param index\r
 395      * @return Tree\r
 396      */\r
 397     public jalview.binding.Tree getTree(int index)\r
 398         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 399     {\r
 400         //-- check bounds for index\r
 401         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
 402             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 403         }\r
 404         \r
 405         return (jalview.binding.Tree) _treeList.elementAt(index);\r
 406     } //-- jalview.binding.Tree getTree(int) \r
 407 \r
 408     /**\r
 409      * Method getTree\r
 410      * \r
 411      * \r
 412      * \r
 413      * @return Tree\r
 414      */\r
 415     public jalview.binding.Tree[] getTree()\r
 416     {\r
 417         int size = _treeList.size();\r
 418         jalview.binding.Tree[] mArray = new jalview.binding.Tree[size];\r
 419         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 420             mArray[index] = (jalview.binding.Tree) _treeList.elementAt(index);\r
 421         }\r
 422         return mArray;\r
 423     } //-- jalview.binding.Tree[] getTree() \r
 424 \r
 425     /**\r
 426      * Method getTreeCount\r
 427      * \r
 428      * \r
 429      * \r
 430      * @return int\r
 431      */\r
 432     public int getTreeCount()\r
 433     {\r
 434         return _treeList.size();\r
 435     } //-- int getTreeCount() \r
 436 \r
 437     /**\r
 438      * Method getUserColours\r
 439      * \r
 440      * \r
 441      * \r
 442      * @param index\r
 443      * @return UserColours\r
 444      */\r
 445     public jalview.binding.UserColours getUserColours(int index)\r
 446         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 447     {\r
 448         //-- check bounds for index\r
 449         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
 450             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 451         }\r
 452         \r
 453         return (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
 454     } //-- jalview.binding.UserColours getUserColours(int) \r
 455 \r
 456     /**\r
 457      * Method getUserColours\r
 458      * \r
 459      * \r
 460      * \r
 461      * @return UserColours\r
 462      */\r
 463     public jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
 464     {\r
 465         int size = _userColoursList.size();\r
 466         jalview.binding.UserColours[] mArray = new jalview.binding.UserColours[size];\r
 467         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 468             mArray[index] = (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
 469         }\r
 470         return mArray;\r
 471     } //-- jalview.binding.UserColours[] getUserColours() \r
 472 \r
 473     /**\r
 474      * Method getUserColoursCount\r
 475      * \r
 476      * \r
 477      * \r
 478      * @return int\r
 479      */\r
 480     public int getUserColoursCount()\r
 481     {\r
 482         return _userColoursList.size();\r
 483     } //-- int getUserColoursCount() \r
 484 \r
 485     /**\r
 486      * Method getViewport\r
 487      * \r
 488      * \r
 489      * \r
 490      * @param index\r
 491      * @return Viewport\r
 492      */\r
 493     public jalview.binding.Viewport getViewport(int index)\r
 494         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 495     {\r
 496         //-- check bounds for index\r
 497         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
 498             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 499         }\r
 500         \r
 501         return (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 502     } //-- jalview.binding.Viewport getViewport(int) \r
 503 \r
 504     /**\r
 505      * Method getViewport\r
 506      * \r
 507      * \r
 508      * \r
 509      * @return Viewport\r
 510      */\r
 511     public jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
 512     {\r
 513         int size = _viewportList.size();\r
 514         jalview.binding.Viewport[] mArray = new jalview.binding.Viewport[size];\r
 515         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 516             mArray[index] = (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 517         }\r
 518         return mArray;\r
 519     } //-- jalview.binding.Viewport[] getViewport() \r
 520 \r
 521     /**\r
 522      * Method getViewportCount\r
 523      * \r
 524      * \r
 525      * \r
 526      * @return int\r
 527      */\r
 528     public int getViewportCount()\r
 529     {\r
 530         return _viewportList.size();\r
 531     } //-- int getViewportCount() \r
 532 \r
 533     /**\r
 534      * Method isValid\r
 535      * \r
 536      * \r
 537      * \r
 538      * @return boolean\r
 539      */\r
 540     public boolean isValid()\r
 541     {\r
 542         try {\r
 543             validate();\r
 544         }\r
 545         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 546             return false;\r
 547         }\r
 548         return true;\r
 549     } //-- boolean isValid() \r
 550 \r
 551     /**\r
 552      * Method marshal\r
 553      * \r
 554      * \r
 555      * \r
 556      * @param out\r
 557      */\r
 558     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 559         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 560     {\r
 561         \r
 562         Marshaller.marshal(this, out);\r
 563     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 564 \r
 565     /**\r
 566      * Method marshal\r
 567      * \r
 568      * \r
 569      * \r
 570      * @param handler\r
 571      */\r
 572     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 573         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 574     {\r
 575         \r
 576         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 577     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 578 \r
 579     /**\r
 580      * Method removeAllJGroup\r
 581      * \r
 582      */\r
 583     public void removeAllJGroup()\r
 584     {\r
 585         _JGroupList.removeAllElements();\r
 586     } //-- void removeAllJGroup() \r
 587 \r
 588     /**\r
 589      * Method removeAllJSeq\r
 590      * \r
 591      */\r
 592     public void removeAllJSeq()\r
 593     {\r
 594         _JSeqList.removeAllElements();\r
 595     } //-- void removeAllJSeq() \r
 596 \r
 597     /**\r
 598      * Method removeAllTree\r
 599      * \r
 600      */\r
 601     public void removeAllTree()\r
 602     {\r
 603         _treeList.removeAllElements();\r
 604     } //-- void removeAllTree() \r
 605 \r
 606     /**\r
 607      * Method removeAllUserColours\r
 608      * \r
 609      */\r
 610     public void removeAllUserColours()\r
 611     {\r
 612         _userColoursList.removeAllElements();\r
 613     } //-- void removeAllUserColours() \r
 614 \r
 615     /**\r
 616      * Method removeAllViewport\r
 617      * \r
 618      */\r
 619     public void removeAllViewport()\r
 620     {\r
 621         _viewportList.removeAllElements();\r
 622     } //-- void removeAllViewport() \r
 623 \r
 624     /**\r
 625      * Method removeJGroup\r
 626      * \r
 627      * \r
 628      * \r
 629      * @param index\r
 630      * @return JGroup\r
 631      */\r
 632     public jalview.binding.JGroup removeJGroup(int index)\r
 633     {\r
 634         java.lang.Object obj = _JGroupList.elementAt(index);\r
 635         _JGroupList.removeElementAt(index);\r
 636         return (jalview.binding.JGroup) obj;\r
 637     } //-- jalview.binding.JGroup removeJGroup(int) \r
 638 \r
 639     /**\r
 640      * Method removeJSeq\r
 641      * \r
 642      * \r
 643      * \r
 644      * @param index\r
 645      * @return JSeq\r
 646      */\r
 647     public jalview.binding.JSeq removeJSeq(int index)\r
 648     {\r
 649         java.lang.Object obj = _JSeqList.elementAt(index);\r
 650         _JSeqList.removeElementAt(index);\r
 651         return (jalview.binding.JSeq) obj;\r
 652     } //-- jalview.binding.JSeq removeJSeq(int) \r
 653 \r
 654     /**\r
 655      * Method removeTree\r
 656      * \r
 657      * \r
 658      * \r
 659      * @param index\r
 660      * @return Tree\r
 661      */\r
 662     public jalview.binding.Tree removeTree(int index)\r
 663     {\r
 664         java.lang.Object obj = _treeList.elementAt(index);\r
 665         _treeList.removeElementAt(index);\r
 666         return (jalview.binding.Tree) obj;\r
 667     } //-- jalview.binding.Tree removeTree(int) \r
 668 \r
 669     /**\r
 670      * Method removeUserColours\r
 671      * \r
 672      * \r
 673      * \r
 674      * @param index\r
 675      * @return UserColours\r
 676      */\r
 677     public jalview.binding.UserColours removeUserColours(int index)\r
 678     {\r
 679         java.lang.Object obj = _userColoursList.elementAt(index);\r
 680         _userColoursList.removeElementAt(index);\r
 681         return (jalview.binding.UserColours) obj;\r
 682     } //-- jalview.binding.UserColours removeUserColours(int) \r
 683 \r
 684     /**\r
 685      * Method removeViewport\r
 686      * \r
 687      * \r
 688      * \r
 689      * @param index\r
 690      * @return Viewport\r
 691      */\r
 692     public jalview.binding.Viewport removeViewport(int index)\r
 693     {\r
 694         java.lang.Object obj = _viewportList.elementAt(index);\r
 695         _viewportList.removeElementAt(index);\r
 696         return (jalview.binding.Viewport) obj;\r
 697     } //-- jalview.binding.Viewport removeViewport(int) \r
 698 \r
 699     /**\r
 700      * Sets the value of field 'featureSettings'.\r
 701      * \r
 702      * @param featureSettings the value of field 'featureSettings'.\r
 703      */\r
 704     public void setFeatureSettings(jalview.binding.FeatureSettings featureSettings)\r
 705     {\r
 706         this._featureSettings = featureSettings;\r
 707     } //-- void setFeatureSettings(jalview.binding.FeatureSettings) \r
 708 \r
 709     /**\r
 710      * Method setJGroup\r
 711      * \r
 712      * \r
 713      * \r
 714      * @param index\r
 715      * @param vJGroup\r
 716      */\r
 717     public void setJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 718         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 719     {\r
 720         //-- check bounds for index\r
 721         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
 722             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 723         }\r
 724         _JGroupList.setElementAt(vJGroup, index);\r
 725     } //-- void setJGroup(int, jalview.binding.JGroup) \r
 726 \r
 727     /**\r
 728      * Method setJGroup\r
 729      * \r
 730      * \r
 731      * \r
 732      * @param JGroupArray\r
 733      */\r
 734     public void setJGroup(jalview.binding.JGroup[] JGroupArray)\r
 735     {\r
 736         //-- copy array\r
 737         _JGroupList.removeAllElements();\r
 738         for (int i = 0; i < JGroupArray.length; i++) {\r
 739             _JGroupList.addElement(JGroupArray[i]);\r
 740         }\r
 741     } //-- void setJGroup(jalview.binding.JGroup) \r
 742 \r
 743     /**\r
 744      * Method setJSeq\r
 745      * \r
 746      * \r
 747      * \r
 748      * @param index\r
 749      * @param vJSeq\r
 750      */\r
 751     public void setJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 752         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 753     {\r
 754         //-- check bounds for index\r
 755         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
 756             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 757         }\r
 758         _JSeqList.setElementAt(vJSeq, index);\r
 759     } //-- void setJSeq(int, jalview.binding.JSeq) \r
 760 \r
 761     /**\r
 762      * Method setJSeq\r
 763      * \r
 764      * \r
 765      * \r
 766      * @param JSeqArray\r
 767      */\r
 768     public void setJSeq(jalview.binding.JSeq[] JSeqArray)\r
 769     {\r
 770         //-- copy array\r
 771         _JSeqList.removeAllElements();\r
 772         for (int i = 0; i < JSeqArray.length; i++) {\r
 773             _JSeqList.addElement(JSeqArray[i]);\r
 774         }\r
 775     } //-- void setJSeq(jalview.binding.JSeq) \r
 776 \r
 777     /**\r
 778      * Method setTree\r
 779      * \r
 780      * \r
 781      * \r
 782      * @param index\r
 783      * @param vTree\r
 784      */\r
 785     public void setTree(int index, jalview.binding.Tree vTree)\r
 786         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 787     {\r
 788         //-- check bounds for index\r
 789         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
 790             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 791         }\r
 792         _treeList.setElementAt(vTree, index);\r
 793     } //-- void setTree(int, jalview.binding.Tree) \r
 794 \r
 795     /**\r
 796      * Method setTree\r
 797      * \r
 798      * \r
 799      * \r
 800      * @param treeArray\r
 801      */\r
 802     public void setTree(jalview.binding.Tree[] treeArray)\r
 803     {\r
 804         //-- copy array\r
 805         _treeList.removeAllElements();\r
 806         for (int i = 0; i < treeArray.length; i++) {\r
 807             _treeList.addElement(treeArray[i]);\r
 808         }\r
 809     } //-- void setTree(jalview.binding.Tree) \r
 810 \r
 811     /**\r
 812      * Method setUserColours\r
 813      * \r
 814      * \r
 815      * \r
 816      * @param index\r
 817      * @param vUserColours\r
 818      */\r
 819     public void setUserColours(int index, jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 820         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 821     {\r
 822         //-- check bounds for index\r
 823         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
 824             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 825         }\r
 826         _userColoursList.setElementAt(vUserColours, index);\r
 827     } //-- void setUserColours(int, jalview.binding.UserColours) \r
 828 \r
 829     /**\r
 830      * Method setUserColours\r
 831      * \r
 832      * \r
 833      * \r
 834      * @param userColoursArray\r
 835      */\r
 836     public void setUserColours(jalview.binding.UserColours[] userColoursArray)\r
 837     {\r
 838         //-- copy array\r
 839         _userColoursList.removeAllElements();\r
 840         for (int i = 0; i < userColoursArray.length; i++) {\r
 841             _userColoursList.addElement(userColoursArray[i]);\r
 842         }\r
 843     } //-- void setUserColours(jalview.binding.UserColours) \r
 844 \r
 845     /**\r
 846      * Method setViewport\r
 847      * \r
 848      * \r
 849      * \r
 850      * @param index\r
 851      * @param vViewport\r
 852      */\r
 853     public void setViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 854         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 855     {\r
 856         //-- check bounds for index\r
 857         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
 858             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 859         }\r
 860         _viewportList.setElementAt(vViewport, index);\r
 861     } //-- void setViewport(int, jalview.binding.Viewport) \r
 862 \r
 863     /**\r
 864      * Method setViewport\r
 865      * \r
 866      * \r
 867      * \r
 868      * @param viewportArray\r
 869      */\r
 870     public void setViewport(jalview.binding.Viewport[] viewportArray)\r
 871     {\r
 872         //-- copy array\r
 873         _viewportList.removeAllElements();\r
 874         for (int i = 0; i < viewportArray.length; i++) {\r
 875             _viewportList.addElement(viewportArray[i]);\r
 876         }\r
 877     } //-- void setViewport(jalview.binding.Viewport) \r
 878 \r
 879     /**\r
 880      * Method unmarshal\r
 881      * \r
 882      * \r
 883      * \r
 884      * @param reader\r
 885      * @return Object\r
 886      */\r
 887     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 888         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 889     {\r
 890         return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence.class, reader);\r
 891     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 892 \r
 893     /**\r
 894      * Method validate\r
 895      * \r
 896      */\r
 897     public void validate()\r
 898         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 899     {\r
 900         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 901         validator.validate(this);\r
 902     } //-- void validate() \r
 903 \r
 904 }\r