src/jalview/binding/SequenceSet.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.binding;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class SequenceSet.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class SequenceSet implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _gapChar.
  31    */
  32   private java.lang.String _gapChar;
  33
  34   /**
  35    * Field _aligned.
  36    */
  37   private boolean _aligned;
  38
  39   /**
  40    * keeps track of state for field: _aligned
  41    */
  42   private boolean _has_aligned;
  43
  44   /**
  45    * Field _sequenceList.
  46    */
  47   private java.util.Vector _sequenceList;
  48
  49   /**
  50    * Field _annotationList.
  51    */
  52   private java.util.Vector _annotationList;
  53
  54   // ----------------/
  55   // - Constructors -/
  56   // ----------------/
  57
  58   public SequenceSet()
  59   {
  60     super();
  61     this._sequenceList = new java.util.Vector();
  62     this._annotationList = new java.util.Vector();
  63   }
  64
  65   // -----------/
  66   // - Methods -/
  67   // -----------/
  68
  69   /**
  70    *
  71    *
  72    * @param vAnnotation
  73    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  74    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  75    */
  76   public void addAnnotation(final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
  77           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  78   {
  79     this._annotationList.addElement(vAnnotation);
  80   }
  81
  82   /**
  83    *
  84    *
  85    * @param index
  86    * @param vAnnotation
  87    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  88    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  89    */
  90   public void addAnnotation(final int index,
  91           final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
  92           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  93   {
  94     this._annotationList.add(index, vAnnotation);
  95   }
  96
  97   /**
  98    *
  99    *
 100    * @param vSequence
 101    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 102    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 103    */
 104   public void addSequence(final jalview.binding.Sequence vSequence)
 105           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 106   {
 107     this._sequenceList.addElement(vSequence);
 108   }
 109
 110   /**
 111    *
 112    *
 113    * @param index
 114    * @param vSequence
 115    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 116    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 117    */
 118   public void addSequence(final int index,
 119           final jalview.binding.Sequence vSequence)
 120           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 121   {
 122     this._sequenceList.add(index, vSequence);
 123   }
 124
 125   /**
 126      */
 127   public void deleteAligned()
 128   {
 129     this._has_aligned = false;
 130   }
 131
 132   /**
 133    * Method enumerateAnnotation.
 134    *
 135    * @return an Enumeration over all jalview.binding.Annotation elements
 136    */
 137   public java.util.Enumeration enumerateAnnotation()
 138   {
 139     return this._annotationList.elements();
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Method enumerateSequence.
 144    *
 145    * @return an Enumeration over all jalview.binding.Sequence elements
 146    */
 147   public java.util.Enumeration enumerateSequence()
 148   {
 149     return this._sequenceList.elements();
 150   }
 151
 152   /**
 153    * Returns the value of field 'aligned'.
 154    *
 155    * @return the value of field 'Aligned'.
 156    */
 157   public boolean getAligned()
 158   {
 159     return this._aligned;
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Method getAnnotation.
 164    *
 165    * @param index
 166    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 167    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 168    * @return the value of the jalview.binding.Annotation at the given index
 169    */
 170   public jalview.binding.Annotation getAnnotation(final int index)
 171           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 172   {
 173     // check bounds for index
 174     if (index < 0 || index >= this._annotationList.size())
 175     {
 176       throw new IndexOutOfBoundsException(
 177               "getAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 178                       + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
 179     }
 180
 181     return (jalview.binding.Annotation) _annotationList.get(index);
 182   }
 183
 184   /**
 185    * Method getAnnotation.Returns the contents of the collection in an Array.
 186    * <p>
 187    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 188    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 189    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 190    *
 191    * @return this collection as an Array
 192    */
 193   public jalview.binding.Annotation[] getAnnotation()
 194   {
 195     jalview.binding.Annotation[] array = new jalview.binding.Annotation[0];
 196     return (jalview.binding.Annotation[]) this._annotationList
 197             .toArray(array);
 198   }
 199
 200   /**
 201    * Method getAnnotationCount.
 202    *
 203    * @return the size of this collection
 204    */
 205   public int getAnnotationCount()
 206   {
 207     return this._annotationList.size();
 208   }
 209
 210   /**
 211    * Returns the value of field 'gapChar'.
 212    *
 213    * @return the value of field 'GapChar'.
 214    */
 215   public java.lang.String getGapChar()
 216   {
 217     return this._gapChar;
 218   }
 219
 220   /**
 221    * Method getSequence.
 222    *
 223    * @param index
 224    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 225    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 226    * @return the value of the jalview.binding.Sequence at the given index
 227    */
 228   public jalview.binding.Sequence getSequence(final int index)
 229           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 230   {
 231     // check bounds for index
 232     if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size())
 233     {
 234       throw new IndexOutOfBoundsException(
 235               "getSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 236                       + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
 237     }
 238
 239     return (jalview.binding.Sequence) _sequenceList.get(index);
 240   }
 241
 242   /**
 243    * Method getSequence.Returns the contents of the collection in an Array.
 244    * <p>
 245    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 246    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 247    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 248    *
 249    * @return this collection as an Array
 250    */
 251   public jalview.binding.Sequence[] getSequence()
 252   {
 253     jalview.binding.Sequence[] array = new jalview.binding.Sequence[0];
 254     return (jalview.binding.Sequence[]) this._sequenceList.toArray(array);
 255   }
 256
 257   /**
 258    * Method getSequenceCount.
 259    *
 260    * @return the size of this collection
 261    */
 262   public int getSequenceCount()
 263   {
 264     return this._sequenceList.size();
 265   }
 266
 267   /**
 268    * Method hasAligned.
 269    *
 270    * @return true if at least one Aligned has been added
 271    */
 272   public boolean hasAligned()
 273   {
 274     return this._has_aligned;
 275   }
 276
 277   /**
 278    * Returns the value of field 'aligned'.
 279    *
 280    * @return the value of field 'Aligned'.
 281    */
 282   public boolean isAligned()
 283   {
 284     return this._aligned;
 285   }
 286
 287   /**
 288    * Method isValid.
 289    *
 290    * @return true if this object is valid according to the schema
 291    */
 292   public boolean isValid()
 293   {
 294     try
 295     {
 296       validate();
 297     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
 298     {
 299       return false;
 300     }
 301     return true;
 302   }
 303
 304   /**
 305    *
 306    *
 307    * @param out
 308    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 309    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 310    *           marshaling
 311    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 312    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 313    */
 314   public void marshal(final java.io.Writer out)
 315           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 316           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 317   {
 318     Marshaller.marshal(this, out);
 319   }
 320
 321   /**
 322    *
 323    *
 324    * @param handler
 325    * @throws java.io.IOException
 326    *           if an IOException occurs during marshaling
 327    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 328    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 329    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 330    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 331    *           marshaling
 332    */
 333   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 334           throws java.io.IOException,
 335           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 336           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 337   {
 338     Marshaller.marshal(this, handler);
 339   }
 340
 341   /**
 342      */
 343   public void removeAllAnnotation()
 344   {
 345     this._annotationList.clear();
 346   }
 347
 348   /**
 349      */
 350   public void removeAllSequence()
 351   {
 352     this._sequenceList.clear();
 353   }
 354
 355   /**
 356    * Method removeAnnotation.
 357    *
 358    * @param vAnnotation
 359    * @return true if the object was removed from the collection.
 360    */
 361   public boolean removeAnnotation(
 362           final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
 363   {
 364     boolean removed = _annotationList.remove(vAnnotation);
 365     return removed;
 366   }
 367
 368   /**
 369    * Method removeAnnotationAt.
 370    *
 371    * @param index
 372    * @return the element removed from the collection
 373    */
 374   public jalview.binding.Annotation removeAnnotationAt(final int index)
 375   {
 376     java.lang.Object obj = this._annotationList.remove(index);
 377     return (jalview.binding.Annotation) obj;
 378   }
 379
 380   /**
 381    * Method removeSequence.
 382    *
 383    * @param vSequence
 384    * @return true if the object was removed from the collection.
 385    */
 386   public boolean removeSequence(final jalview.binding.Sequence vSequence)
 387   {
 388     boolean removed = _sequenceList.remove(vSequence);
 389     return removed;
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Method removeSequenceAt.
 394    *
 395    * @param index
 396    * @return the element removed from the collection
 397    */
 398   public jalview.binding.Sequence removeSequenceAt(final int index)
 399   {
 400     java.lang.Object obj = this._sequenceList.remove(index);
 401     return (jalview.binding.Sequence) obj;
 402   }
 403
 404   /**
 405    * Sets the value of field 'aligned'.
 406    *
 407    * @param aligned
 408    *          the value of field 'aligned'.
 409    */
 410   public void setAligned(final boolean aligned)
 411   {
 412     this._aligned = aligned;
 413     this._has_aligned = true;
 414   }
 415
 416   /**
 417    *
 418    *
 419    * @param index
 420    * @param vAnnotation
 421    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 422    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 423    */
 424   public void setAnnotation(final int index,
 425           final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
 426           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 427   {
 428     // check bounds for index
 429     if (index < 0 || index >= this._annotationList.size())
 430     {
 431       throw new IndexOutOfBoundsException(
 432               "setAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 433                       + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
 434     }
 435
 436     this._annotationList.set(index, vAnnotation);
 437   }
 438
 439   /**
 440    *
 441    *
 442    * @param vAnnotationArray
 443    */
 444   public void setAnnotation(
 445           final jalview.binding.Annotation[] vAnnotationArray)
 446   {
 447     // -- copy array
 448     _annotationList.clear();
 449
 450     for (int i = 0; i < vAnnotationArray.length; i++)
 451     {
 452       this._annotationList.add(vAnnotationArray[i]);
 453     }
 454   }
 455
 456   /**
 457    * Sets the value of field 'gapChar'.
 458    *
 459    * @param gapChar
 460    *          the value of field 'gapChar'.
 461    */
 462   public void setGapChar(final java.lang.String gapChar)
 463   {
 464     this._gapChar = gapChar;
 465   }
 466
 467   /**
 468    *
 469    *
 470    * @param index
 471    * @param vSequence
 472    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 473    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 474    */
 475   public void setSequence(final int index,
 476           final jalview.binding.Sequence vSequence)
 477           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 478   {
 479     // check bounds for index
 480     if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size())
 481     {
 482       throw new IndexOutOfBoundsException(
 483               "setSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.."
 484                       + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
 485     }
 486
 487     this._sequenceList.set(index, vSequence);
 488   }
 489
 490   /**
 491    *
 492    *
 493    * @param vSequenceArray
 494    */
 495   public void setSequence(final jalview.binding.Sequence[] vSequenceArray)
 496   {
 497     // -- copy array
 498     _sequenceList.clear();
 499
 500     for (int i = 0; i < vSequenceArray.length; i++)
 501     {
 502       this._sequenceList.add(vSequenceArray[i]);
 503     }
 504   }
 505
 506   /**
 507    * Method unmarshal.
 508    *
 509    * @param reader
 510    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 511    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 512    *           marshaling
 513    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 514    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 515    * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceSet
 516    */
 517   public static jalview.binding.SequenceSet unmarshal(
 518           final java.io.Reader reader)
 519           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 520           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 521   {
 522     return (jalview.binding.SequenceSet) Unmarshaller
 523             .unmarshal(jalview.binding.SequenceSet.class, reader);
 524   }
 525
 526   /**
 527    *
 528    *
 529    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 530    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 531    */
 532   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 533   {
 534     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 535     validator.validate(this);
 536   }
 537
 538 }