src/jalview/binding/SequenceType.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 /*\r
   9 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
  10 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  11 *\r
  12 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
  13 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
  14 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
  15 * of the License, or (at your option) any later version.\r
  16 *\r
  17 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  18 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  19 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  20 * GNU General Public License for more details.\r
  21 *\r
  22 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  23 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  24 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  25 */\r
  26 \r
  27 package jalview.binding;\r
  28 \r
  29   //---------------------------------/\r
  30  //- Imported classes and packages -/\r
  31 //---------------------------------/\r
  32 \r
  33 import java.io.IOException;\r
  34 import java.io.Reader;\r
  35 import java.io.Serializable;\r
  36 import java.io.Writer;\r
  37 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  38 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  39 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  40 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  41 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * Class SequenceType.\r
  45  *\r
  46  * @version $Revision$ $Date$\r
  47  */\r
  48 public class SequenceType implements java.io.Serializable {\r
  49 \r
  50 \r
  51       //--------------------------/\r
  52      //- Class/Member Variables -/\r
  53     //--------------------------/\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * Field _id\r
  57      */\r
  58     private java.lang.String _id;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Field _sequence\r
  62      */\r
  63     private java.lang.String _sequence;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * Field _name\r
  67      */\r
  68     private java.lang.String _name;\r
  69 \r
  70 \r
  71       //----------------/\r
  72      //- Constructors -/\r
  73     //----------------/\r
  74 \r
  75     public SequenceType() {\r
  76         super();\r
  77     } //-- jalview.binding.SequenceType()\r
  78 \r
  79 \r
  80       //-----------/\r
  81      //- Methods -/\r
  82     //-----------/\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * Returns the value of field 'id'.\r
  86      *\r
  87      * @return String\r
  88      * @return the value of field 'id'.\r
  89      */\r
  90     public java.lang.String getId()\r
  91     {\r
  92         return this._id;\r
  93     } //-- java.lang.String getId()\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * Returns the value of field 'name'.\r
  97      *\r
  98      * @return String\r
  99      * @return the value of field 'name'.\r
 100      */\r
 101     public java.lang.String getName()\r
 102     {\r
 103         return this._name;\r
 104     } //-- java.lang.String getName()\r
 105 \r
 106     /**\r
 107      * Returns the value of field 'sequence'.\r
 108      *\r
 109      * @return String\r
 110      * @return the value of field 'sequence'.\r
 111      */\r
 112     public java.lang.String getSequence()\r
 113     {\r
 114         return this._sequence;\r
 115     } //-- java.lang.String getSequence()\r
 116 \r
 117     /**\r
 118      * Method isValid\r
 119      *\r
 120      *\r
 121      *\r
 122      * @return boolean\r
 123      */\r
 124     public boolean isValid()\r
 125     {\r
 126         try {\r
 127             validate();\r
 128         }\r
 129         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 130             return false;\r
 131         }\r
 132         return true;\r
 133     } //-- boolean isValid()\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * Method marshal\r
 137      *\r
 138      *\r
 139      *\r
 140      * @param out\r
 141      */\r
 142     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 143         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 144     {\r
 145 \r
 146         Marshaller.marshal(this, out);\r
 147     } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Method marshal\r
 151      *\r
 152      *\r
 153      *\r
 154      * @param handler\r
 155      */\r
 156     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 157         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 158     {\r
 159 \r
 160         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 161     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * Sets the value of field 'id'.\r
 165      *\r
 166      * @param id the value of field 'id'.\r
 167      */\r
 168     public void setId(java.lang.String id)\r
 169     {\r
 170         this._id = id;\r
 171     } //-- void setId(java.lang.String)\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * Sets the value of field 'name'.\r
 175      *\r
 176      * @param name the value of field 'name'.\r
 177      */\r
 178     public void setName(java.lang.String name)\r
 179     {\r
 180         this._name = name;\r
 181     } //-- void setName(java.lang.String)\r
 182 \r
 183     /**\r
 184      * Sets the value of field 'sequence'.\r
 185      *\r
 186      * @param sequence the value of field 'sequence'.\r
 187      */\r
 188     public void setSequence(java.lang.String sequence)\r
 189     {\r
 190         this._sequence = sequence;\r
 191     } //-- void setSequence(java.lang.String)\r
 192 \r
 193     /**\r
 194      * Method unmarshal\r
 195      *\r
 196      *\r
 197      *\r
 198      * @param reader\r
 199      * @return Object\r
 200      */\r
 201     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 202         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 203     {\r
 204         return (jalview.binding.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.SequenceType.class, reader);\r
 205     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 206 \r
 207     /**\r
 208      * Method validate\r
 209      *\r
 210      */\r
 211     public void validate()\r
 212         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 213     {\r
 214         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 215         validator.validate(this);\r
 216     } //-- void validate()\r
 217 \r
 218 }\r