src/jalview/binding/Viewport.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.binding;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class Viewport.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class Viewport implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * Field _conservationSelected.
  31    */
  32   private boolean _conservationSelected;
  33
  34   /**
  35    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  36    */
  37   private boolean _has_conservationSelected;
  38
  39   /**
  40    * Field _pidSelected.
  41    */
  42   private boolean _pidSelected;
  43
  44   /**
  45    * keeps track of state for field: _pidSelected
  46    */
  47   private boolean _has_pidSelected;
  48
  49   /**
  50    * Field _bgColour.
  51    */
  52   private java.lang.String _bgColour;
  53
  54   /**
  55    * Field _consThreshold.
  56    */
  57   private int _consThreshold;
  58
  59   /**
  60    * keeps track of state for field: _consThreshold
  61    */
  62   private boolean _has_consThreshold;
  63
  64   /**
  65    * Field _pidThreshold.
  66    */
  67   private int _pidThreshold;
  68
  69   /**
  70    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  71    */
  72   private boolean _has_pidThreshold;
  73
  74   /**
  75    * Field _title.
  76    */
  77   private java.lang.String _title;
  78
  79   /**
  80    * Field _showFullId.
  81    */
  82   private boolean _showFullId;
  83
  84   /**
  85    * keeps track of state for field: _showFullId
  86    */
  87   private boolean _has_showFullId;
  88
  89   /**
  90    * Field _showText.
  91    */
  92   private boolean _showText;
  93
  94   /**
  95    * keeps track of state for field: _showText
  96    */
  97   private boolean _has_showText;
  98
  99   /**
 100    * Field _showColourText.
 101    */
 102   private boolean _showColourText;
 103
 104   /**
 105    * keeps track of state for field: _showColourText
 106    */
 107   private boolean _has_showColourText;
 108
 109   /**
 110    * Field _showBoxes.
 111    */
 112   private boolean _showBoxes;
 113
 114   /**
 115    * keeps track of state for field: _showBoxes
 116    */
 117   private boolean _has_showBoxes;
 118
 119   /**
 120    * Field _wrapAlignment.
 121    */
 122   private boolean _wrapAlignment;
 123
 124   /**
 125    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 126    */
 127   private boolean _has_wrapAlignment;
 128
 129   /**
 130    * Field _renderGaps.
 131    */
 132   private boolean _renderGaps;
 133
 134   /**
 135    * keeps track of state for field: _renderGaps
 136    */
 137   private boolean _has_renderGaps;
 138
 139   /**
 140    * Field _showSequenceFeatures.
 141    */
 142   private boolean _showSequenceFeatures;
 143
 144   /**
 145    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 146    */
 147   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 148
 149   /**
 150    * Field _showAnnotation.
 151    */
 152   private boolean _showAnnotation;
 153
 154   /**
 155    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 156    */
 157   private boolean _has_showAnnotation;
 158
 159   /**
 160    * Field _showConservation.
 161    */
 162   private boolean _showConservation;
 163
 164   /**
 165    * keeps track of state for field: _showConservation
 166    */
 167   private boolean _has_showConservation;
 168
 169   /**
 170    * Field _showQuality.
 171    */
 172   private boolean _showQuality;
 173
 174   /**
 175    * keeps track of state for field: _showQuality
 176    */
 177   private boolean _has_showQuality;
 178
 179   /**
 180    * Field _showIdentity.
 181    */
 182   private boolean _showIdentity;
 183
 184   /**
 185    * keeps track of state for field: _showIdentity
 186    */
 187   private boolean _has_showIdentity;
 188
 189   /**
 190    * Field _xpos.
 191    */
 192   private int _xpos;
 193
 194   /**
 195    * keeps track of state for field: _xpos
 196    */
 197   private boolean _has_xpos;
 198
 199   /**
 200    * Field _ypos.
 201    */
 202   private int _ypos;
 203
 204   /**
 205    * keeps track of state for field: _ypos
 206    */
 207   private boolean _has_ypos;
 208
 209   /**
 210    * Field _width.
 211    */
 212   private int _width;
 213
 214   /**
 215    * keeps track of state for field: _width
 216    */
 217   private boolean _has_width;
 218
 219   /**
 220    * Field _height.
 221    */
 222   private int _height;
 223
 224   /**
 225    * keeps track of state for field: _height
 226    */
 227   private boolean _has_height;
 228
 229   /**
 230    * Field _startRes.
 231    */
 232   private int _startRes;
 233
 234   /**
 235    * keeps track of state for field: _startRes
 236    */
 237   private boolean _has_startRes;
 238
 239   /**
 240    * Field _startSeq.
 241    */
 242   private int _startSeq;
 243
 244   /**
 245    * keeps track of state for field: _startSeq
 246    */
 247   private boolean _has_startSeq;
 248
 249   /**
 250    * Field _fontName.
 251    */
 252   private java.lang.String _fontName;
 253
 254   /**
 255    * Field _fontSize.
 256    */
 257   private int _fontSize;
 258
 259   /**
 260    * keeps track of state for field: _fontSize
 261    */
 262   private boolean _has_fontSize;
 263
 264   /**
 265    * Field _fontStyle.
 266    */
 267   private int _fontStyle;
 268
 269   /**
 270    * keeps track of state for field: _fontStyle
 271    */
 272   private boolean _has_fontStyle;
 273
 274   // ----------------/
 275   // - Constructors -/
 276   // ----------------/
 277
 278   public Viewport()
 279   {
 280     super();
 281   }
 282
 283   // -----------/
 284   // - Methods -/
 285   // -----------/
 286
 287   /**
 288      */
 289   public void deleteConsThreshold()
 290   {
 291     this._has_consThreshold = false;
 292   }
 293
 294   /**
 295      */
 296   public void deleteConservationSelected()
 297   {
 298     this._has_conservationSelected = false;
 299   }
 300
 301   /**
 302      */
 303   public void deleteFontSize()
 304   {
 305     this._has_fontSize = false;
 306   }
 307
 308   /**
 309      */
 310   public void deleteFontStyle()
 311   {
 312     this._has_fontStyle = false;
 313   }
 314
 315   /**
 316      */
 317   public void deleteHeight()
 318   {
 319     this._has_height = false;
 320   }
 321
 322   /**
 323      */
 324   public void deletePidSelected()
 325   {
 326     this._has_pidSelected = false;
 327   }
 328
 329   /**
 330      */
 331   public void deletePidThreshold()
 332   {
 333     this._has_pidThreshold = false;
 334   }
 335
 336   /**
 337      */
 338   public void deleteRenderGaps()
 339   {
 340     this._has_renderGaps = false;
 341   }
 342
 343   /**
 344      */
 345   public void deleteShowAnnotation()
 346   {
 347     this._has_showAnnotation = false;
 348   }
 349
 350   /**
 351      */
 352   public void deleteShowBoxes()
 353   {
 354     this._has_showBoxes = false;
 355   }
 356
 357   /**
 358      */
 359   public void deleteShowColourText()
 360   {
 361     this._has_showColourText = false;
 362   }
 363
 364   /**
 365      */
 366   public void deleteShowConservation()
 367   {
 368     this._has_showConservation = false;
 369   }
 370
 371   /**
 372      */
 373   public void deleteShowFullId()
 374   {
 375     this._has_showFullId = false;
 376   }
 377
 378   /**
 379      */
 380   public void deleteShowIdentity()
 381   {
 382     this._has_showIdentity = false;
 383   }
 384
 385   /**
 386      */
 387   public void deleteShowQuality()
 388   {
 389     this._has_showQuality = false;
 390   }
 391
 392   /**
 393      */
 394   public void deleteShowSequenceFeatures()
 395   {
 396     this._has_showSequenceFeatures = false;
 397   }
 398
 399   /**
 400      */
 401   public void deleteShowText()
 402   {
 403     this._has_showText = false;
 404   }
 405
 406   /**
 407      */
 408   public void deleteStartRes()
 409   {
 410     this._has_startRes = false;
 411   }
 412
 413   /**
 414      */
 415   public void deleteStartSeq()
 416   {
 417     this._has_startSeq = false;
 418   }
 419
 420   /**
 421      */
 422   public void deleteWidth()
 423   {
 424     this._has_width = false;
 425   }
 426
 427   /**
 428      */
 429   public void deleteWrapAlignment()
 430   {
 431     this._has_wrapAlignment = false;
 432   }
 433
 434   /**
 435      */
 436   public void deleteXpos()
 437   {
 438     this._has_xpos = false;
 439   }
 440
 441   /**
 442      */
 443   public void deleteYpos()
 444   {
 445     this._has_ypos = false;
 446   }
 447
 448   /**
 449    * Returns the value of field 'bgColour'.
 450    *
 451    * @return the value of field 'BgColour'.
 452    */
 453   public java.lang.String getBgColour()
 454   {
 455     return this._bgColour;
 456   }
 457
 458   /**
 459    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 460    *
 461    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 462    */
 463   public int getConsThreshold()
 464   {
 465     return this._consThreshold;
 466   }
 467
 468   /**
 469    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 470    *
 471    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 472    */
 473   public boolean getConservationSelected()
 474   {
 475     return this._conservationSelected;
 476   }
 477
 478   /**
 479    * Returns the value of field 'fontName'.
 480    *
 481    * @return the value of field 'FontName'.
 482    */
 483   public java.lang.String getFontName()
 484   {
 485     return this._fontName;
 486   }
 487
 488   /**
 489    * Returns the value of field 'fontSize'.
 490    *
 491    * @return the value of field 'FontSize'.
 492    */
 493   public int getFontSize()
 494   {
 495     return this._fontSize;
 496   }
 497
 498   /**
 499    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 500    *
 501    * @return the value of field 'FontStyle'.
 502    */
 503   public int getFontStyle()
 504   {
 505     return this._fontStyle;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * Returns the value of field 'height'.
 510    *
 511    * @return the value of field 'Height'.
 512    */
 513   public int getHeight()
 514   {
 515     return this._height;
 516   }
 517
 518   /**
 519    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 520    *
 521    * @return the value of field 'PidSelected'.
 522    */
 523   public boolean getPidSelected()
 524   {
 525     return this._pidSelected;
 526   }
 527
 528   /**
 529    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 530    *
 531    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 532    */
 533   public int getPidThreshold()
 534   {
 535     return this._pidThreshold;
 536   }
 537
 538   /**
 539    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 540    *
 541    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 542    */
 543   public boolean getRenderGaps()
 544   {
 545     return this._renderGaps;
 546   }
 547
 548   /**
 549    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 550    *
 551    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 552    */
 553   public boolean getShowAnnotation()
 554   {
 555     return this._showAnnotation;
 556   }
 557
 558   /**
 559    * Returns the value of field 'showBoxes'.
 560    *
 561    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
 562    */
 563   public boolean getShowBoxes()
 564   {
 565     return this._showBoxes;
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Returns the value of field 'showColourText'.
 570    *
 571    * @return the value of field 'ShowColourText'.
 572    */
 573   public boolean getShowColourText()
 574   {
 575     return this._showColourText;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * Returns the value of field 'showConservation'.
 580    *
 581    * @return the value of field 'ShowConservation'.
 582    */
 583   public boolean getShowConservation()
 584   {
 585     return this._showConservation;
 586   }
 587
 588   /**
 589    * Returns the value of field 'showFullId'.
 590    *
 591    * @return the value of field 'ShowFullId'.
 592    */
 593   public boolean getShowFullId()
 594   {
 595     return this._showFullId;
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Returns the value of field 'showIdentity'.
 600    *
 601    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
 602    */
 603   public boolean getShowIdentity()
 604   {
 605     return this._showIdentity;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * Returns the value of field 'showQuality'.
 610    *
 611    * @return the value of field 'ShowQuality'.
 612    */
 613   public boolean getShowQuality()
 614   {
 615     return this._showQuality;
 616   }
 617
 618   /**
 619    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
 620    *
 621    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
 622    */
 623   public boolean getShowSequenceFeatures()
 624   {
 625     return this._showSequenceFeatures;
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Returns the value of field 'showText'.
 630    *
 631    * @return the value of field 'ShowText'.
 632    */
 633   public boolean getShowText()
 634   {
 635     return this._showText;
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Returns the value of field 'startRes'.
 640    *
 641    * @return the value of field 'StartRes'.
 642    */
 643   public int getStartRes()
 644   {
 645     return this._startRes;
 646   }
 647
 648   /**
 649    * Returns the value of field 'startSeq'.
 650    *
 651    * @return the value of field 'StartSeq'.
 652    */
 653   public int getStartSeq()
 654   {
 655     return this._startSeq;
 656   }
 657
 658   /**
 659    * Returns the value of field 'title'.
 660    *
 661    * @return the value of field 'Title'.
 662    */
 663   public java.lang.String getTitle()
 664   {
 665     return this._title;
 666   }
 667
 668   /**
 669    * Returns the value of field 'width'.
 670    *
 671    * @return the value of field 'Width'.
 672    */
 673   public int getWidth()
 674   {
 675     return this._width;
 676   }
 677
 678   /**
 679    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
 680    *
 681    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
 682    */
 683   public boolean getWrapAlignment()
 684   {
 685     return this._wrapAlignment;
 686   }
 687
 688   /**
 689    * Returns the value of field 'xpos'.
 690    *
 691    * @return the value of field 'Xpos'.
 692    */
 693   public int getXpos()
 694   {
 695     return this._xpos;
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Returns the value of field 'ypos'.
 700    *
 701    * @return the value of field 'Ypos'.
 702    */
 703   public int getYpos()
 704   {
 705     return this._ypos;
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Method hasConsThreshold.
 710    *
 711    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 712    */
 713   public boolean hasConsThreshold()
 714   {
 715     return this._has_consThreshold;
 716   }
 717
 718   /**
 719    * Method hasConservationSelected.
 720    *
 721    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
 722    */
 723   public boolean hasConservationSelected()
 724   {
 725     return this._has_conservationSelected;
 726   }
 727
 728   /**
 729    * Method hasFontSize.
 730    *
 731    * @return true if at least one FontSize has been added
 732    */
 733   public boolean hasFontSize()
 734   {
 735     return this._has_fontSize;
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Method hasFontStyle.
 740    *
 741    * @return true if at least one FontStyle has been added
 742    */
 743   public boolean hasFontStyle()
 744   {
 745     return this._has_fontStyle;
 746   }
 747
 748   /**
 749    * Method hasHeight.
 750    *
 751    * @return true if at least one Height has been added
 752    */
 753   public boolean hasHeight()
 754   {
 755     return this._has_height;
 756   }
 757
 758   /**
 759    * Method hasPidSelected.
 760    *
 761    * @return true if at least one PidSelected has been added
 762    */
 763   public boolean hasPidSelected()
 764   {
 765     return this._has_pidSelected;
 766   }
 767
 768   /**
 769    * Method hasPidThreshold.
 770    *
 771    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 772    */
 773   public boolean hasPidThreshold()
 774   {
 775     return this._has_pidThreshold;
 776   }
 777
 778   /**
 779    * Method hasRenderGaps.
 780    *
 781    * @return true if at least one RenderGaps has been added
 782    */
 783   public boolean hasRenderGaps()
 784   {
 785     return this._has_renderGaps;
 786   }
 787
 788   /**
 789    * Method hasShowAnnotation.
 790    *
 791    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
 792    */
 793   public boolean hasShowAnnotation()
 794   {
 795     return this._has_showAnnotation;
 796   }
 797
 798   /**
 799    * Method hasShowBoxes.
 800    *
 801    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
 802    */
 803   public boolean hasShowBoxes()
 804   {
 805     return this._has_showBoxes;
 806   }
 807
 808   /**
 809    * Method hasShowColourText.
 810    *
 811    * @return true if at least one ShowColourText has been added
 812    */
 813   public boolean hasShowColourText()
 814   {
 815     return this._has_showColourText;
 816   }
 817
 818   /**
 819    * Method hasShowConservation.
 820    *
 821    * @return true if at least one ShowConservation has been added
 822    */
 823   public boolean hasShowConservation()
 824   {
 825     return this._has_showConservation;
 826   }
 827
 828   /**
 829    * Method hasShowFullId.
 830    *
 831    * @return true if at least one ShowFullId has been added
 832    */
 833   public boolean hasShowFullId()
 834   {
 835     return this._has_showFullId;
 836   }
 837
 838   /**
 839    * Method hasShowIdentity.
 840    *
 841    * @return true if at least one ShowIdentity has been added
 842    */
 843   public boolean hasShowIdentity()
 844   {
 845     return this._has_showIdentity;
 846   }
 847
 848   /**
 849    * Method hasShowQuality.
 850    *
 851    * @return true if at least one ShowQuality has been added
 852    */
 853   public boolean hasShowQuality()
 854   {
 855     return this._has_showQuality;
 856   }
 857
 858   /**
 859    * Method hasShowSequenceFeatures.
 860    *
 861    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
 862    */
 863   public boolean hasShowSequenceFeatures()
 864   {
 865     return this._has_showSequenceFeatures;
 866   }
 867
 868   /**
 869    * Method hasShowText.
 870    *
 871    * @return true if at least one ShowText has been added
 872    */
 873   public boolean hasShowText()
 874   {
 875     return this._has_showText;
 876   }
 877
 878   /**
 879    * Method hasStartRes.
 880    *
 881    * @return true if at least one StartRes has been added
 882    */
 883   public boolean hasStartRes()
 884   {
 885     return this._has_startRes;
 886   }
 887
 888   /**
 889    * Method hasStartSeq.
 890    *
 891    * @return true if at least one StartSeq has been added
 892    */
 893   public boolean hasStartSeq()
 894   {
 895     return this._has_startSeq;
 896   }
 897
 898   /**
 899    * Method hasWidth.
 900    *
 901    * @return true if at least one Width has been added
 902    */
 903   public boolean hasWidth()
 904   {
 905     return this._has_width;
 906   }
 907
 908   /**
 909    * Method hasWrapAlignment.
 910    *
 911    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
 912    */
 913   public boolean hasWrapAlignment()
 914   {
 915     return this._has_wrapAlignment;
 916   }
 917
 918   /**
 919    * Method hasXpos.
 920    *
 921    * @return true if at least one Xpos has been added
 922    */
 923   public boolean hasXpos()
 924   {
 925     return this._has_xpos;
 926   }
 927
 928   /**
 929    * Method hasYpos.
 930    *
 931    * @return true if at least one Ypos has been added
 932    */
 933   public boolean hasYpos()
 934   {
 935     return this._has_ypos;
 936   }
 937
 938   /**
 939    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 940    *
 941    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 942    */
 943   public boolean isConservationSelected()
 944   {
 945     return this._conservationSelected;
 946   }
 947
 948   /**
 949    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 950    *
 951    * @return the value of field 'PidSelected'.
 952    */
 953   public boolean isPidSelected()
 954   {
 955     return this._pidSelected;
 956   }
 957
 958   /**
 959    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 960    *
 961    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 962    */
 963   public boolean isRenderGaps()
 964   {
 965     return this._renderGaps;
 966   }
 967
 968   /**
 969    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 970    *
 971    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 972    */
 973   public boolean isShowAnnotation()
 974   {
 975     return this._showAnnotation;
 976   }
 977
 978   /**
 979    * Returns the value of field 'showBoxes'.
 980    *
 981    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
 982    */
 983   public boolean isShowBoxes()
 984   {
 985     return this._showBoxes;
 986   }
 987
 988   /**
 989    * Returns the value of field 'showColourText'.
 990    *
 991    * @return the value of field 'ShowColourText'.
 992    */
 993   public boolean isShowColourText()
 994   {
 995     return this._showColourText;
 996   }
 997
 998   /**
 999    * Returns the value of field 'showConservation'.
1000    *
1001    * @return the value of field 'ShowConservation'.
1002    */
1003   public boolean isShowConservation()
1004   {
1005     return this._showConservation;
1006   }
1007
1008   /**
1009    * Returns the value of field 'showFullId'.
1010    *
1011    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1012    */
1013   public boolean isShowFullId()
1014   {
1015     return this._showFullId;
1016   }
1017
1018   /**
1019    * Returns the value of field 'showIdentity'.
1020    *
1021    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
1022    */
1023   public boolean isShowIdentity()
1024   {
1025     return this._showIdentity;
1026   }
1027
1028   /**
1029    * Returns the value of field 'showQuality'.
1030    *
1031    * @return the value of field 'ShowQuality'.
1032    */
1033   public boolean isShowQuality()
1034   {
1035     return this._showQuality;
1036   }
1037
1038   /**
1039    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1040    *
1041    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1042    */
1043   public boolean isShowSequenceFeatures()
1044   {
1045     return this._showSequenceFeatures;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * Returns the value of field 'showText'.
1050    *
1051    * @return the value of field 'ShowText'.
1052    */
1053   public boolean isShowText()
1054   {
1055     return this._showText;
1056   }
1057
1058   /**
1059    * Method isValid.
1060    *
1061    * @return true if this object is valid according to the schema
1062    */
1063   public boolean isValid()
1064   {
1065     try
1066     {
1067       validate();
1068     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1069     {
1070       return false;
1071     }
1072     return true;
1073   }
1074
1075   /**
1076    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1077    *
1078    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1079    */
1080   public boolean isWrapAlignment()
1081   {
1082     return this._wrapAlignment;
1083   }
1084
1085   /**
1086    *
1087    *
1088    * @param out
1089    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1090    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1091    *           marshaling
1092    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1093    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1094    */
1095   public void marshal(final java.io.Writer out)
1096           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1097           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1098   {
1099     Marshaller.marshal(this, out);
1100   }
1101
1102   /**
1103    *
1104    *
1105    * @param handler
1106    * @throws java.io.IOException
1107    *           if an IOException occurs during marshaling
1108    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1109    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1110    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1111    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1112    *           marshaling
1113    */
1114   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1115           throws java.io.IOException,
1116           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1117           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1118   {
1119     Marshaller.marshal(this, handler);
1120   }
1121
1122   /**
1123    * Sets the value of field 'bgColour'.
1124    *
1125    * @param bgColour
1126    *          the value of field 'bgColour'.
1127    */
1128   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
1129   {
1130     this._bgColour = bgColour;
1131   }
1132
1133   /**
1134    * Sets the value of field 'consThreshold'.
1135    *
1136    * @param consThreshold
1137    *          the value of field 'consThreshold'.
1138    */
1139   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
1140   {
1141     this._consThreshold = consThreshold;
1142     this._has_consThreshold = true;
1143   }
1144
1145   /**
1146    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
1147    *
1148    * @param conservationSelected
1149    *          the value of field 'conservationSelected'.
1150    */
1151   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
1152   {
1153     this._conservationSelected = conservationSelected;
1154     this._has_conservationSelected = true;
1155   }
1156
1157   /**
1158    * Sets the value of field 'fontName'.
1159    *
1160    * @param fontName
1161    *          the value of field 'fontName'.
1162    */
1163   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
1164   {
1165     this._fontName = fontName;
1166   }
1167
1168   /**
1169    * Sets the value of field 'fontSize'.
1170    *
1171    * @param fontSize
1172    *          the value of field 'fontSize'.
1173    */
1174   public void setFontSize(final int fontSize)
1175   {
1176     this._fontSize = fontSize;
1177     this._has_fontSize = true;
1178   }
1179
1180   /**
1181    * Sets the value of field 'fontStyle'.
1182    *
1183    * @param fontStyle
1184    *          the value of field 'fontStyle'.
1185    */
1186   public void setFontStyle(final int fontStyle)
1187   {
1188     this._fontStyle = fontStyle;
1189     this._has_fontStyle = true;
1190   }
1191
1192   /**
1193    * Sets the value of field 'height'.
1194    *
1195    * @param height
1196    *          the value of field 'height'.
1197    */
1198   public void setHeight(final int height)
1199   {
1200     this._height = height;
1201     this._has_height = true;
1202   }
1203
1204   /**
1205    * Sets the value of field 'pidSelected'.
1206    *
1207    * @param pidSelected
1208    *          the value of field 'pidSelected'.
1209    */
1210   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
1211   {
1212     this._pidSelected = pidSelected;
1213     this._has_pidSelected = true;
1214   }
1215
1216   /**
1217    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1218    *
1219    * @param pidThreshold
1220    *          the value of field 'pidThreshold'.
1221    */
1222   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1223   {
1224     this._pidThreshold = pidThreshold;
1225     this._has_pidThreshold = true;
1226   }
1227
1228   /**
1229    * Sets the value of field 'renderGaps'.
1230    *
1231    * @param renderGaps
1232    *          the value of field 'renderGaps'.
1233    */
1234   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
1235   {
1236     this._renderGaps = renderGaps;
1237     this._has_renderGaps = true;
1238   }
1239
1240   /**
1241    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
1242    *
1243    * @param showAnnotation
1244    *          the value of field 'showAnnotation'.
1245    */
1246   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
1247   {
1248     this._showAnnotation = showAnnotation;
1249     this._has_showAnnotation = true;
1250   }
1251
1252   /**
1253    * Sets the value of field 'showBoxes'.
1254    *
1255    * @param showBoxes
1256    *          the value of field 'showBoxes'.
1257    */
1258   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
1259   {
1260     this._showBoxes = showBoxes;
1261     this._has_showBoxes = true;
1262   }
1263
1264   /**
1265    * Sets the value of field 'showColourText'.
1266    *
1267    * @param showColourText
1268    *          the value of field 'showColourText'.
1269    */
1270   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
1271   {
1272     this._showColourText = showColourText;
1273     this._has_showColourText = true;
1274   }
1275
1276   /**
1277    * Sets the value of field 'showConservation'.
1278    *
1279    * @param showConservation
1280    *          the value of field 'showConservation'
1281    */
1282   public void setShowConservation(final boolean showConservation)
1283   {
1284     this._showConservation = showConservation;
1285     this._has_showConservation = true;
1286   }
1287
1288   /**
1289    * Sets the value of field 'showFullId'.
1290    *
1291    * @param showFullId
1292    *          the value of field 'showFullId'.
1293    */
1294   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
1295   {
1296     this._showFullId = showFullId;
1297     this._has_showFullId = true;
1298   }
1299
1300   /**
1301    * Sets the value of field 'showIdentity'.
1302    *
1303    * @param showIdentity
1304    *          the value of field 'showIdentity'.
1305    */
1306   public void setShowIdentity(final boolean showIdentity)
1307   {
1308     this._showIdentity = showIdentity;
1309     this._has_showIdentity = true;
1310   }
1311
1312   /**
1313    * Sets the value of field 'showQuality'.
1314    *
1315    * @param showQuality
1316    *          the value of field 'showQuality'.
1317    */
1318   public void setShowQuality(final boolean showQuality)
1319   {
1320     this._showQuality = showQuality;
1321     this._has_showQuality = true;
1322   }
1323
1324   /**
1325    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
1326    *
1327    * @param showSequenceFeatures
1328    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
1329    */
1330   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
1331   {
1332     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
1333     this._has_showSequenceFeatures = true;
1334   }
1335
1336   /**
1337    * Sets the value of field 'showText'.
1338    *
1339    * @param showText
1340    *          the value of field 'showText'.
1341    */
1342   public void setShowText(final boolean showText)
1343   {
1344     this._showText = showText;
1345     this._has_showText = true;
1346   }
1347
1348   /**
1349    * Sets the value of field 'startRes'.
1350    *
1351    * @param startRes
1352    *          the value of field 'startRes'.
1353    */
1354   public void setStartRes(final int startRes)
1355   {
1356     this._startRes = startRes;
1357     this._has_startRes = true;
1358   }
1359
1360   /**
1361    * Sets the value of field 'startSeq'.
1362    *
1363    * @param startSeq
1364    *          the value of field 'startSeq'.
1365    */
1366   public void setStartSeq(final int startSeq)
1367   {
1368     this._startSeq = startSeq;
1369     this._has_startSeq = true;
1370   }
1371
1372   /**
1373    * Sets the value of field 'title'.
1374    *
1375    * @param title
1376    *          the value of field 'title'.
1377    */
1378   public void setTitle(final java.lang.String title)
1379   {
1380     this._title = title;
1381   }
1382
1383   /**
1384    * Sets the value of field 'width'.
1385    *
1386    * @param width
1387    *          the value of field 'width'.
1388    */
1389   public void setWidth(final int width)
1390   {
1391     this._width = width;
1392     this._has_width = true;
1393   }
1394
1395   /**
1396    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
1397    *
1398    * @param wrapAlignment
1399    *          the value of field 'wrapAlignment'.
1400    */
1401   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
1402   {
1403     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
1404     this._has_wrapAlignment = true;
1405   }
1406
1407   /**
1408    * Sets the value of field 'xpos'.
1409    *
1410    * @param xpos
1411    *          the value of field 'xpos'.
1412    */
1413   public void setXpos(final int xpos)
1414   {
1415     this._xpos = xpos;
1416     this._has_xpos = true;
1417   }
1418
1419   /**
1420    * Sets the value of field 'ypos'.
1421    *
1422    * @param ypos
1423    *          the value of field 'ypos'.
1424    */
1425   public void setYpos(final int ypos)
1426   {
1427     this._ypos = ypos;
1428     this._has_ypos = true;
1429   }
1430
1431   /**
1432    * Method unmarshal.
1433    *
1434    * @param reader
1435    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1436    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1437    *           marshaling
1438    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1439    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1440    * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
1441    */
1442   public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
1443           final java.io.Reader reader)
1444           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1445           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1446   {
1447     return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller
1448             .unmarshal(jalview.binding.Viewport.class, reader);
1449   }
1450
1451   /**
1452    *
1453    *
1454    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1455    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1456    */
1457   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1458   {
1459     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1460     validator.validate(this);
1461   }
1462
1463 }