src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.util.List;
  27
  28 public class ChangeCaseCommand implements CommandI
  29 {
  30   String description;
  31
  32   public static int TO_LOWER = 0;
  33
  34   public static int TO_UPPER = 1;
  35
  36   public static int TOGGLE_CASE = 2;
  37
  38   int caseChange = -1;
  39
  40   SequenceI[] seqs;
  41
  42   List<int[]> regions;
  43
  44   public ChangeCaseCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  45           List<int[]> regions, int caseChange)
  46   {
  47     this.description = description;
  48     this.seqs = seqs;
  49     this.regions = regions;
  50     this.caseChange = caseChange;
  51     doCommand(null);
  52   }
  53
  54   public String getDescription()
  55   {
  56     return description;
  57   }
  58
  59   public int getSize()
  60   {
  61     return 1;
  62   }
  63
  64   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  65   {
  66     changeCase(true);
  67   }
  68
  69   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  70   {
  71     changeCase(false);
  72   }
  73
  74   void changeCase(boolean doCommand)
  75   {
  76     String sequence;
  77     int start, end;
  78     char nextChar;
  79     for (int[] r : regions)
  80     {
  81       start = r[0];
  82       for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  83       {
  84         sequence = seqs[s].getSequenceAsString();
  85         StringBuffer newSeq = new StringBuffer();
  86
  87         if (r[1] > sequence.length())
  88         {
  89           end = sequence.length();
  90         }
  91         else
  92         {
  93           end = r[1];
  94         }
  95
  96         if (start > 0)
  97         {
  98           newSeq.append(sequence.substring(0, start));
  99         }
 100
 101         if ((caseChange == TO_UPPER && doCommand)
 102                 || (caseChange == TO_LOWER && !doCommand))
 103         {
 104           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toUpperCase());
 105         }
 106
 107         else if ((caseChange == TO_LOWER && doCommand)
 108                 || (caseChange == TO_UPPER && !doCommand))
 109         {
 110           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toLowerCase());
 111         }
 112
 113         else
 114         // TOGGLE CASE
 115         {
 116           for (int c = start; c < end; c++)
 117           {
 118             nextChar = sequence.charAt(c);
 119             if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z')
 120             {
 121               // TO UPPERCASE !!!
 122               nextChar -= ('a' - 'A');
 123             }
 124             else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z')
 125             {
 126               // TO LOWERCASE !!!
 127               nextChar += ('a' - 'A');
 128             }
 129             newSeq.append(nextChar);
 130           }
 131         }
 132
 133         if (end < sequence.length())
 134         {
 135           newSeq.append(sequence.substring(end));
 136         }
 137
 138         seqs[s].setSequence(newSeq.toString());
 139       }
 140     }
 141   }
 142
 143 }