src/jalview/commands/JustifyLeftOrRightCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import java.util.List;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.ContiguousI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 public class JustifyLeftOrRightCommand extends EditCommand
  30 {
  31   /**
  32    * Constructs and performs a trim alignment command
  33    *
  34    * @param description
  35    *          (to show in Undo/Redo menu)
  36    * @param justifyLeft
  37    *          if true left justify, otherwise right
  38    * @param seqs
  39    *          the sequences to justify
  40    * @param start
  41    *          - leftmost column (base 0) to justify
  42    *
  43    * @param end
  44    *          - rightmost column (base 0) to justify
  45    *
  46    * @param al
  47    */
  48   public JustifyLeftOrRightCommand(String description, boolean left,
  49           List<SequenceI> seqs, int from, int to, AlignmentI al)
  50   {
  51     this.description = description;
  52
  53     for (SequenceI seq : seqs)
  54     {
  55       ContiguousI cont = seq.findPositions(from + 1, to + 1);
  56       if (cont == null)
  57       {
  58         continue;
  59       }
  60       int dsstart = seq.getDatasetSequence().getStart();
  61       char[] sqchar = seq.getDatasetSequence().getSequence(
  62               -dsstart + cont.getBegin(), -dsstart + cont.getEnd() + 1);
  63       // debug
  64       // println sqchar;
  65       char[] alseq = new char[to - from + 1];
  66       int sqstart = left ? 0 : alseq.length - sqchar.length;
  67       int gaps = alseq.length - sqchar.length;
  68       int gapstart = left ? sqchar.length : 0;
  69       char gc = al.getGapCharacter();
  70       for (int gp = 0; gp < gaps; gp++)
  71       {
  72         alseq[gapstart + gp] = gc;
  73       }
  74
  75       for (int sqp = 0; sqp < sqchar.length; sqp++)
  76       {
  77         alseq[sqp + sqstart] = sqchar[sqp];
  78       }
  79       SequenceI[] sqa = new SequenceI[1];
  80       sqa[0] = seq;
  81
  82       addEdit(new jalview.commands.EditCommand.Edit(
  83               jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE, sqa, from,
  84               to + 1, al, new String(alseq)));
  85       // addEdit(new jalview.commands.EditCommand("justify",
  86       // jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE,
  87       // new String(alseq), sqa, from, to + 1, al).getEdit(0));
  88     }
  89
  90     performEdit(0, null);
  91   }
  92 }