src/jalview/commands/OrderCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 import jalview.analysis.*;
  22 import jalview.datamodel.*;
  23
  24 public class OrderCommand implements CommandI
  25 {
  26   String description;
  27
  28   SequenceI[] seqs;
  29
  30   SequenceI[] seqs2;
  31
  32   AlignmentI al;
  33
  34   public OrderCommand(String description, SequenceI[] seqs, AlignmentI al)
  35   {
  36     this.description = description;
  37     this.seqs = seqs;
  38     this.seqs2 = al.getSequencesArray();
  39     this.al = al;
  40     doCommand(null);
  41   }
  42
  43   public String getDescription()
  44   {
  45     return description;
  46   }
  47
  48   public int getSize()
  49   {
  50     return 1;
  51   }
  52
  53   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  54   {
  55     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);
  56   }
  57
  58   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  59   {
  60     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);
  61   }
  62 }