src/jalview/commands/OrderCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 /**
  28  * An undoable command to reorder the sequences in an alignment.
  29  *
  30  * @author gmcarstairs
  31  *
  32  */
  33 public class OrderCommand implements CommandI
  34 {
  35   String description;
  36
  37   /*
  38    * The sequence order before sorting (target order for an undo)
  39    */
  40   SequenceI[] seqs;
  41
  42   /*
  43    * The sequence order specified by this command
  44    */
  45   SequenceI[] seqs2;
  46
  47   /*
  48    * The alignment the command acts on
  49    */
  50   AlignmentI al;
  51
  52   /**
  53    * Constructor given the 'undo' sequence order, and the (already) sorted
  54    * alignment.
  55    *
  56    * @param description
  57    *          a text label for the 'undo' menu option
  58    * @param seqs
  59    *          the sequence order for undo
  60    * @param al
  61    *          the alignment as ordered by this command
  62    */
  63   public OrderCommand(String description, SequenceI[] seqs, AlignmentI al)
  64   {
  65     this.description = description;
  66     this.seqs = seqs;
  67     this.seqs2 = al.getSequencesArray();
  68     this.al = al;
  69     doCommand(null);
  70   }
  71
  72   public String getDescription()
  73   {
  74     return description;
  75   }
  76
  77   public int getSize()
  78   {
  79     return 1;
  80   }
  81
  82   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  83   {
  84     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);
  85   }
  86
  87   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  88   {
  89     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Returns the sequence order used to sort, or before sorting if undo=true.
  94    *
  95    * @param undo
  96    * @return
  97    */
  98   public SequenceI[] getSequenceOrder(boolean undo)
  99   {
 100     return undo ? seqs : seqs2;
 101   }
 102 }