src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.commands;
  19
  20 /*
  21  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  22  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  23  *
  24  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  25  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  26  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  27  * version.
  28  *
  29  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  30  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  31  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  32  * details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  35  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  36  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  37  */
  38
  39 import jalview.datamodel.*;
  40
  41 public class RemoveGapColCommand extends EditCommand
  42 {
  43   int columnsDeleted;
  44
  45   public RemoveGapColCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  46           int start, int end, AlignmentI al)
  47   {
  48     this.description = description;
  49
  50     int j, jSize = seqs.length;
  51
  52     int startCol = -1, endCol = -1;
  53     columnsDeleted = 0;
  54
  55     edits = new Edit[0];
  56
  57     boolean delete = true;
  58     for (int i = start; i <= end; i++)
  59     {
  60       delete = true;
  61
  62       for (j = 0; j < jSize; j++)
  63       {
  64         if (seqs[j].getLength() > i)
  65         {
  66           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))
  67           {
  68             if (delete)
  69             {
  70               endCol = i;
  71             }
  72
  73             delete = false;
  74             break;
  75           }
  76         }
  77       }
  78
  79       if (delete && startCol == -1)
  80       {
  81         startCol = i;
  82       }
  83
  84       if (!delete && startCol > -1)
  85       {
  86         this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted, endCol
  87                 - startCol, al, false, null);
  88
  89         columnsDeleted += (endCol - startCol);
  90         startCol = -1;
  91         endCol = -1;
  92       }
  93     }
  94
  95     if (delete && startCol > -1)
  96     {
  97       // This is for empty columns at the
  98       // end of the alignment
  99
 100       this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted, end
 101               - startCol + 1, al, false, null);
 102
 103       columnsDeleted += (end - startCol + 1);
 104     }
 105
 106     performEdit(0, null);
 107   }
 108
 109   public int getSize()
 110   {
 111     // We're interested in the number of columns deleted,
 112     // Not the number of sequence edits.
 113     return columnsDeleted;
 114   }
 115
 116 }