src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 /*
  22  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  23  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  24  *
  25  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  26  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  27  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  28  * version.
  29  *
  30  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  31  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  32  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  33  * details.
  34  *
  35  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  36  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  37  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  38  */
  39
  40 import jalview.datamodel.*;
  41
  42 public class RemoveGapsCommand extends EditCommand
  43 {
  44   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  45           AlignmentI al)
  46   {
  47     this.description = description;
  48     int width = 0;
  49     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  50     {
  51       if (seqs[i].getLength() > width)
  52       {
  53         width = seqs[i].getLength();
  54       }
  55     }
  56
  57     findGaps(seqs, 0, width, al);
  58   }
  59
  60   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs, int start,
  61           int end, AlignmentI al)
  62   {
  63     this.description = description;
  64     findGaps(seqs, start, end, al);
  65   }
  66
  67   void findGaps(SequenceI[] seqs, int start, int end, AlignmentI al)
  68   {
  69
  70     int startCol = -1, endCol = -1;
  71     int deletedCols = 0;
  72
  73     int j, jSize;
  74
  75     edits = new Edit[0];
  76
  77     boolean delete = true;
  78     char[] sequence;
  79
  80     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  81     {
  82       deletedCols = 0;
  83       startCol = -1;
  84       endCol = -1;
  85       sequence = seqs[s].getSequence(start, end + 1);
  86
  87       jSize = sequence.length;
  88       for (j = 0; j < jSize; j++)
  89       {
  90         delete = true;
  91
  92         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
  93         {
  94           if (delete)
  95           {
  96             endCol = j;
  97           }
  98
  99           delete = false;
 100         }
 101
 102         if (delete && startCol == -1)
 103         {
 104           startCol = j;
 105         }
 106
 107         if (!delete && startCol > -1)
 108         {
 109           this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
 110           { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, endCol - startCol,
 111                   al, false, null);
 112
 113           deletedCols += (endCol - startCol);
 114           startCol = -1;
 115           endCol = -1;
 116         }
 117       }
 118       if (delete && startCol > -1)
 119       {
 120         this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
 121         { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, jSize - startCol, al,
 122                 false, null);
 123       }
 124
 125     }
 126
 127     performEdit(0, null);
 128   }
 129
 130 }