src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 package jalview.commands;\r
   2 \r
   3 /*\r
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   5  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   6  *\r
   7  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   9  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *\r
  12  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  13  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  14  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  15  * GNU General Public License for more details.\r
  16  *\r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  19  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  20  */\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 \r
  24 public class RemoveGapsCommand\r
  25     extends EditCommand\r
  26 {\r
  27   public RemoveGapsCommand(String description,\r
  28                            SequenceI[] seqs, AlignmentI al)\r
  29   {\r
  30     this.description = description;\r
  31     int width = 0;\r
  32     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
  33     {\r
  34       if (seqs[i].getLength() > width)\r
  35       {\r
  36         width = seqs[i].getLength();\r
  37       }\r
  38     }\r
  39 \r
  40     findGaps(seqs, 0, width, al);\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public RemoveGapsCommand(String description,\r
  44                            SequenceI[] seqs,\r
  45                            int start, int end, AlignmentI al)\r
  46   {\r
  47     this.description = description;\r
  48     findGaps(seqs, start, end, al);\r
  49   }\r
  50 \r
  51   void findGaps(SequenceI[] seqs, int start, int end, AlignmentI al)\r
  52   {\r
  53 \r
  54     int startCol = -1, endCol = -1;\r
  55     int deletedCols = 0;\r
  56 \r
  57     int j, jSize;\r
  58 \r
  59     edits = new Edit[0];\r
  60 \r
  61     boolean delete = true;\r
  62     char[] sequence;\r
  63 \r
  64     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
  65     {\r
  66       deletedCols = 0;\r
  67       startCol = -1;\r
  68       endCol = -1;\r
  69       sequence = seqs[s].getSequence(start, end + 1);\r
  70 \r
  71       jSize = sequence.length;\r
  72       for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  73       {\r
  74         delete = true;\r
  75 \r
  76         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))\r
  77         {\r
  78           if (delete)\r
  79           {\r
  80             endCol = j;\r
  81           }\r
  82 \r
  83           delete = false;\r
  84         }\r
  85 \r
  86         if (delete && startCol == -1)\r
  87         {\r
  88           startCol = j;\r
  89         }\r
  90 \r
  91         if (!delete && startCol > -1)\r
  92         {\r
  93           this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]\r
  94                           {seqs[s]},\r
  95                           start + startCol - deletedCols,\r
  96                           endCol - startCol,\r
  97                           al,\r
  98                           false);\r
  99 \r
 100           deletedCols += (endCol - startCol);\r
 101           startCol = -1;\r
 102           endCol = -1;\r
 103         }\r
 104       }\r
 105       if (delete && startCol > -1)\r
 106       {\r
 107         this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]\r
 108                         {seqs[s]},\r
 109                         start + startCol - deletedCols,\r
 110                         jSize - startCol,\r
 111                         al,\r
 112                         false);\r
 113       }\r
 114 \r
 115     }\r
 116 \r
 117     performEdit(0);\r
 118   }\r
 119 \r
 120 }\r