src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand
  26 {
  27   boolean gapsInsertedBegin = false;
  28
  29   public SlideSequencesCommand(String description, SequenceI[] seqsLeft,
  30           SequenceI[] seqsRight, int slideSize, char gapChar)
  31   {
  32     this.description = description;
  33
  34     int lSize = seqsLeft.length;
  35     gapsInsertedBegin = false;
  36     int i, j;
  37     for (i = 0; i < lSize; i++)
  38     {
  39       for (j = 0; j < slideSize; j++)
  40         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))
  41         {
  42           gapsInsertedBegin = true;
  43           break;
  44         }
  45     }
  46
  47     if (!gapsInsertedBegin)
  48       edits = new Edit[]
  49       { new Edit(DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar) };
  50     else
  51       edits = new Edit[]
  52       { new Edit(INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar) };
  53
  54     performEdit(0, null);
  55   }
  56
  57   public boolean getGapsInsertedBegin()
  58   {
  59     return gapsInsertedBegin;
  60   }
  61
  62   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)
  63   {
  64     boolean same = false;
  65
  66     if (command.edits[0].seqs.length == edits[0].seqs.length)
  67     {
  68       same = true;
  69       for (int i = 0; i < command.edits[0].seqs.length; i++)
  70       {
  71         if (edits[0].seqs[i] != command.edits[0].seqs[i])
  72         {
  73           same = false;
  74         }
  75       }
  76     }
  77
  78     if (same)
  79     {
  80       Edit[] temp = new Edit[command.edits.length + 1];
  81       System.arraycopy(command.edits, 0, temp, 0, command.edits.length);
  82       command.edits = temp;
  83       command.edits[command.edits.length - 1] = edits[0];
  84     }
  85
  86     return same;
  87   }
  88 }