src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.commands;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import jalview.datamodel.*;
  23 import jalview.util.*;
  24
  25 public class TrimRegionCommand extends EditCommand
  26 {
  27   public static String TRIM_LEFT = "TrimLeft";
  28
  29   public static String TRIM_RIGHT = "TrimRight";
  30
  31   public ColumnSelection colSel = null;
  32
  33   int[] start;
  34
  35   ShiftList shiftList;
  36
  37   SequenceGroup selectionGroup;
  38
  39   Vector deletedHiddenColumns;
  40
  41   int columnsDeleted;
  42
  43   public TrimRegionCommand(String description, String command,
  44           SequenceI[] seqs, int column, AlignmentI al,
  45           ColumnSelection colSel, SequenceGroup selectedRegion)
  46   {
  47     this.description = description;
  48     this.selectionGroup = selectedRegion;
  49     this.colSel = colSel;
  50     if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_LEFT))
  51     {
  52       if (column == 0)
  53       {
  54         return;
  55       }
  56
  57       columnsDeleted = column;
  58
  59       edits = new Edit[]
  60       { new Edit(CUT, seqs, 0, column, al) };
  61     }
  62     else if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_RIGHT))
  63     {
  64       int width = al.getWidth() - column - 1;
  65       if (width < 2)
  66       {
  67         return;
  68       }
  69
  70       columnsDeleted = width - 1;
  71
  72       edits = new Edit[]
  73       { new Edit(CUT, seqs, column + 1, width, al) };
  74     }
  75
  76     // We need to keep a record of the sequence start
  77     // in order to restore the state after a redo
  78     int i, isize = edits[0].seqs.length;
  79     start = new int[isize];
  80     for (i = 0; i < isize; i++)
  81     {
  82       start[i] = edits[0].seqs[i].getStart();
  83     }
  84
  85     performEdit(0, null);
  86   }
  87
  88   void cut(Edit command)
  89   {
  90     int column, j, jSize = command.seqs.length;
  91     for (j = 0; j < jSize; j++)
  92     {
  93       if (command.position == 0)
  94       {
  95         // This is a TRIM_LEFT command
  96         column = command.seqs[j].findPosition(command.number);
  97         command.seqs[j].setStart(column);
  98       }
  99       else
 100       {
 101         // This is a TRIM_RIGHT command
 102         column = command.seqs[j].findPosition(command.position) - 1;
 103         command.seqs[j].setEnd(column);
 104       }
 105     }
 106
 107     super.cut(command, null);
 108
 109     if (command.position == 0)
 110     {
 111       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(0, command.number);
 112       if (selectionGroup != null)
 113       {
 114         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(command.number);
 115       }
 116     }
 117     else
 118     {
 119       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(command.position,
 120               command.number);
 121       if (selectionGroup != null)
 122       {
 123         selectionGroup.adjustForRemoveRight(command.position);
 124       }
 125     }
 126   }
 127
 128   void paste(Edit command)
 129   {
 130     super.paste(command, null);
 131     int column, j, jSize = command.seqs.length;
 132     for (j = 0; j < jSize; j++)
 133     {
 134       if (command.position == 0)
 135       {
 136         command.seqs[j].setStart(start[j]);
 137       }
 138       else
 139       {
 140         column = command.seqs[j].findPosition(command.number
 141                 + command.position) - 1;
 142         command.seqs[j].setEnd(column);
 143       }
 144     }
 145
 146     if (command.position == 0)
 147     {
 148       colSel.compensateForEdit(0, -command.number);
 149       if (selectionGroup != null)
 150       {
 151         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(-command.number);
 152       }
 153     }
 154
 155     if (deletedHiddenColumns != null)
 156     {
 157       int[] region;
 158       for (int i = 0; i < deletedHiddenColumns.size(); i++)
 159       {
 160         region = (int[]) deletedHiddenColumns.elementAt(i);
 161         colSel.hideColumns(region[0], region[1]);
 162       }
 163     }
 164   }
 165
 166   public int getSize()
 167   {
 168     return columnsDeleted;
 169   }
 170
 171 }