src/jalview/controller/AlignViewController.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.controller;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  25 import jalview.api.AlignViewControllerI;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.api.FeatureRenderer;
  29 import jalview.commands.OrderCommand;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.BitSet;
  41 import java.util.List;
  42
  43 public class AlignViewController implements AlignViewControllerI
  44 {
  45   AlignViewportI viewport = null;
  46
  47   AlignmentViewPanel alignPanel = null;
  48
  49   /**
  50    * the GUI container that is handling interactions with the user
  51    */
  52   private AlignViewControllerGuiI avcg;
  53
  54   @Override
  55   protected void finalize() throws Throwable
  56   {
  57     viewport = null;
  58     alignPanel = null;
  59     avcg = null;
  60   };
  61
  62   public AlignViewController(AlignViewControllerGuiI alignFrame,
  63           AlignViewportI viewport, AlignmentViewPanel alignPanel)
  64   {
  65     this.avcg = alignFrame;
  66     this.viewport = viewport;
  67     this.alignPanel = alignPanel;
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public void setViewportAndAlignmentPanel(AlignViewportI viewport,
  72           AlignmentViewPanel alignPanel)
  73   {
  74     this.alignPanel = alignPanel;
  75     this.viewport = viewport;
  76
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public boolean makeGroupsFromSelection()
  81   {
  82     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
  83     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
  84     SequenceGroup[] gps = null;
  85     if (sg != null
  86             && (cs == null || cs.getSelected() == null || cs.size() == 0))
  87     {
  88       gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(
  89               viewport.getSequenceSelection(),
  90               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(
  91                       viewport.getGapCharacter()), viewport.getAlignment()
  92                       .getGroups());
  93     } else {
  94       if (cs!=null) {
  95         gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFromCols(
  96                 (sg == null) ? viewport.getAlignment().getSequencesArray()
  97                         : sg.getSequences().toArray(new SequenceI[0]), cs,
  98                 viewport.getAlignment().getGroups());
  99       }
 100     }
 101     if (gps!=null) {
 102       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
 103       viewport.clearSequenceColours();
 104       viewport.setSelectionGroup(null);
 105       // set view properties for each group
 106       for (int g = 0; g < gps.length; g++)
 107       {
 108         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());
 109         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());
 110         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);
 111         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),
 112                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
 113         col = col.brighter();
 114         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))
 115         {
 116           viewport.setSequenceColour(sq, col);
 117         }
 118       }
 119       return true;
 120     }
 121     return false;
 122   }
 123
 124   @Override
 125   public boolean createGroup()
 126   {
 127
 128     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 129     if (sg != null)
 130     {
 131       viewport.getAlignment().addGroup(sg);
 132       return true;
 133     }
 134     return false;
 135   }
 136
 137   @Override
 138   public boolean unGroup()
 139   {
 140     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 141     if (sg != null)
 142     {
 143       viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);
 144       return true;
 145     }
 146     return false;
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public boolean deleteGroups()
 151   {
 152     if (viewport.getAlignment().getGroups() != null
 153             && viewport.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 154     {
 155       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
 156       viewport.clearSequenceColours();
 157       viewport.setSelectionGroup(null);
 158       return true;
 159     }
 160     return false;
 161   }
 162
 163   @Override
 164   public boolean markColumnsContainingFeatures(boolean invert,
 165           boolean extendCurrent, boolean toggle, String featureType)
 166   {
 167     // JBPNote this routine could also mark rows, not just columns.
 168     // need a decent query structure to allow all types of feature searches
 169     BitSet bs = new BitSet();
 170     int alw, alStart;
 171     SequenceCollectionI sqcol = (viewport.getSelectionGroup() == null ? viewport
 172             .getAlignment() : viewport.getSelectionGroup());
 173     alStart = sqcol.getStartRes();
 174     alw = sqcol.getEndRes() + 1;
 175     List<SequenceI> seqs = sqcol.getSequences();
 176     int nseq = 0;
 177     for (SequenceI sq : seqs)
 178     {
 179       int tfeat = 0;
 180       if (sq != null)
 181       {
 182         SequenceI dsq = sq.getDatasetSequence();
 183         while (dsq.getDatasetSequence() != null)
 184         {
 185           dsq = dsq.getDatasetSequence();
 186         }
 187         ;
 188         SequenceFeature[] sf = dsq.getSequenceFeatures();
 189         if (sf != null)
 190         {
 191           int ist = sq.findIndex(sq.getStart());
 192           int iend = sq.findIndex(sq.getEnd());
 193           if (iend < alStart || ist > alw)
 194           {
 195             // sequence not in region
 196             continue;
 197           }
 198           for (SequenceFeature sfpos : sf)
 199           {
 200             // future functionalty - featureType == null means mark columns
 201             // containing all displayed features
 202             if (sfpos != null && (featureType.equals(sfpos.getType())))
 203             {
 204               tfeat++;
 205               // optimisation - could consider 'spos,apos' like cursor argument
 206               // - findIndex wastes time by starting from first character and
 207               // counting
 208
 209               int i = sq.findIndex(sfpos.getBegin());
 210               int j = sq.findIndex(sfpos.getEnd());
 211               if (j < alStart || i > alw)
 212               {
 213                 // feature is outside selected region
 214                 continue;
 215               }
 216               if (i < alStart)
 217               {
 218                 i = alStart;
 219               }
 220               if (i < ist)
 221               {
 222                 i = ist;
 223               }
 224               if (j > alw)
 225               {
 226                 j = alw;
 227               }
 228               for (; i <= j; i++)
 229               {
 230                 bs.set(i - 1);
 231               }
 232             }
 233           }
 234         }
 235
 236         if (tfeat > 0)
 237         {
 238           nseq++;
 239         }
 240       }
 241     }
 242     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
 243     if (bs.cardinality() > 0 || invert)
 244     {
 245       if (cs == null)
 246       {
 247         cs = new ColumnSelection();
 248       }
 249       else
 250       {
 251         if (!extendCurrent)
 252         {
 253           cs.clear();
 254         }
 255       }
 256       if (invert)
 257       {
 258         // invert only in the currently selected sequence region
 259         for (int i = bs.nextClearBit(alStart), ibs = bs.nextSetBit(alStart); i >= alStart
 260                 && i < (alw);)
 261         {
 262           if (ibs < 0 || i < ibs)
 263           {
 264             if (toggle && cs.contains(i))
 265             {
 266               cs.removeElement(i++);
 267             }
 268             else
 269             {
 270               cs.addElement(i++);
 271             }
 272           }
 273           else
 274           {
 275             i = bs.nextClearBit(ibs);
 276             ibs = bs.nextSetBit(i);
 277           }
 278         }
 279       }
 280       else
 281       {
 282         for (int i = bs.nextSetBit(alStart); i >= alStart; i = bs
 283                 .nextSetBit(i + 1))
 284         {
 285           if (toggle && cs.contains(i))
 286           {
 287             cs.removeElement(i);
 288           }
 289           else
 290           {
 291             cs.addElement(i);
 292           }
 293         }
 294       }
 295       viewport.setColumnSelection(cs);
 296       alignPanel.paintAlignment(true);
 297       avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage("label.view_controller_toggled_marked",
 298                   new String[]{
 299                                 (toggle ? MessageManager.getString("label.toggled") : MessageManager.getString("label.marked")),
 300                                 (invert ? (Integer.valueOf((alw - alStart) - bs.cardinality()).toString()):(Integer.valueOf(bs.cardinality()).toString())),
 301                                 featureType, Integer.valueOf(nseq).toString()
 302                         }));
 303       return true;
 304     }
 305     else
 306     {
 307       avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage("label.no_feature_of_type_found", new String[]{featureType}));
 308       if (!extendCurrent && cs != null)
 309       {
 310         cs.clear();
 311         alignPanel.paintAlignment(true);
 312       }
 313       return false;
 314     }
 315   }
 316
 317
 318
 319   @Override
 320   public void sortAlignmentByFeatureDensity(String[] typ)
 321   {
 322     sortBy(typ, "Sort by Density", AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);
 323   }
 324
 325   protected void sortBy(String[] typ, String methodText, final String method)
 326   {
 327     FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();
 328     if (typ == null)
 329     {
 330       typ = fr==null ? null : fr.getDisplayedFeatureTypes();
 331     }
 332     String gps[] = null;
 333     gps = fr==null ? null : fr.getDisplayedFeatureGroups();
 334     if (typ != null)
 335     {
 336       ArrayList types = new ArrayList();
 337       for (int i = 0; i < typ.length; i++)
 338       {
 339         if (typ[i] != null)
 340         {
 341           types.add(typ[i]);
 342         }
 343         typ = new String[types.size()];
 344         types.toArray(typ);
 345       }
 346     }
 347     if (gps != null)
 348     {
 349       ArrayList grps = new ArrayList();
 350
 351       for (int i = 0; i < gps.length; i++)
 352       {
 353         if (gps[i] != null)
 354         {
 355           grps.add(gps[i]);
 356         }
 357       }
 358       gps = new String[grps.size()];
 359       grps.toArray(gps);
 360     }
 361     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
 362
 363     int start, stop;
 364     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 365     if (sg != null)
 366     {
 367       start = sg.getStartRes();
 368       stop = sg.getEndRes();
 369     }
 370     else
 371     {
 372       start = 0;
 373       stop = al.getWidth();
 374     }
 375     SequenceI[] oldOrder = al.getSequencesArray();
 376     AlignmentSorter.sortByFeature(typ, gps, start, stop, al, method);
 377     avcg.addHistoryItem(new OrderCommand(methodText, oldOrder, viewport
 378             .getAlignment()));
 379     alignPanel.paintAlignment(true);
 380
 381   }
 382
 383   @Override
 384   public void sortAlignmentByFeatureScore(String[] typ)
 385   {
 386     sortBy(typ, "Sort by Feature Score", AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);
 387   }
 388 }