src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 import java.util.Enumeration;
  22 import java.util.Vector;
  23
  24 import jalview.util.MapList;
  25
  26 /**
  27  * Stores mapping between the columns of a protein alignment and a DNA alignment
  28  * and a list of individual codon to amino acid mappings between sequences.
  29  */
  30
  31 public class AlignedCodonFrame
  32 {
  33   /**
  34    * array of nucleotide positions for aligned codons at column of aligned
  35    * proteins.
  36    */
  37   public int[][] codons = null;
  38
  39   /**
  40    * width of protein sequence alignement implicit assertion that codons.length
  41    * >= aaWidth
  42    */
  43   public int aaWidth = 0;
  44
  45   /**
  46    * initialise codon frame with a nominal alignment width
  47    *
  48    * @param aWidth
  49    */
  50   public AlignedCodonFrame(int aWidth)
  51   {
  52     if (aWidth <= 0)
  53     {
  54       codons = null;
  55       return;
  56     }
  57     codons = new int[aWidth][];
  58     for (int res = 0; res < aWidth; res++)
  59       codons[res] = null;
  60   }
  61
  62   /**
  63    * ensure that codons array is at least as wide as aslen residues
  64    *
  65    * @param aslen
  66    * @return (possibly newly expanded) codon array
  67    */
  68   public int[][] checkCodonFrameWidth(int aslen)
  69   {
  70     if (codons.length <= aslen + 1)
  71     {
  72       // probably never have to do this ?
  73       int[][] c = new int[codons.length + 10][];
  74       for (int i = 0; i < codons.length; i++)
  75       {
  76         c[i] = codons[i];
  77         codons[i] = null;
  78       }
  79       codons = c;
  80     }
  81     return codons;
  82   }
  83
  84   /**
  85    * @return width of aligned translated amino acid residues
  86    */
  87   public int getaaWidth()
  88   {
  89     return aaWidth;
  90   }
  91
  92   /**
  93    * TODO: not an ideal solution - we reference the aligned amino acid sequences
  94    * in order to make insertions on them Better would be dnaAlignment and
  95    * aaAlignment reference....
  96    */
  97   Vector a_aaSeqs = new Vector();
  98
  99   /**
 100    * increase aaWidth by one and insert a new aligned codon position space at
 101    * aspos.
 102    *
 103    * @param aspos
 104    */
 105   public void insertAAGap(int aspos, char gapCharacter)
 106   {
 107     // this aa appears before the aligned codons at aspos - so shift them in
 108     // each pair of mapped sequences
 109     aaWidth++;
 110     if (a_aaSeqs != null)
 111     {
 112       // we actually have to modify the aligned sequences here, so use the
 113       // a_aaSeqs vector
 114       Enumeration sq = a_aaSeqs.elements();
 115       while (sq.hasMoreElements())
 116       {
 117         ((SequenceI) sq.nextElement()).insertCharAt(aspos, gapCharacter);
 118       }
 119     }
 120     checkCodonFrameWidth(aspos);
 121     if (aspos < aaWidth)
 122     {
 123       aaWidth++;
 124       System.arraycopy(codons, aspos, codons, aspos + 1, codons.length - aspos - 1);
 125       codons[aspos] = null; // clear so new codon position can be marked.
 126     }
 127   }
 128
 129   public void setAaWidth(int aapos)
 130   {
 131     aaWidth = aapos;
 132   }
 133
 134   /**
 135    * tied array of na Sequence objects.
 136    */
 137   SequenceI[] dnaSeqs = null;
 138
 139   /**
 140    * tied array of Mappings to protein sequence Objects and SequenceI[]
 141    * aaSeqs=null; MapLists where eac maps from the corresponding dnaSeqs element
 142    * to corresponding aaSeqs element
 143    */
 144   Mapping[] dnaToProt = null;
 145
 146   /**
 147    * add a mapping between the dataset sequences for the associated dna and
 148    * protein sequence objects
 149    *
 150    * @param dnaseq
 151    * @param aaseq
 152    * @param map
 153    */
 154   public void addMap(SequenceI dnaseq, SequenceI aaseq, MapList map)
 155   {
 156     int nlen = 1;
 157     if (dnaSeqs != null)
 158     {
 159       nlen = dnaSeqs.length + 1;
 160     }
 161     SequenceI[] ndna = new SequenceI[nlen];
 162     Mapping[] ndtp = new Mapping[nlen];
 163     if (dnaSeqs != null)
 164     {
 165       System.arraycopy(dnaSeqs, 0, ndna, 0, dnaSeqs.length);
 166       System.arraycopy(dnaToProt, 0, ndtp, 0, dnaSeqs.length);
 167     }
 168     dnaSeqs = ndna;
 169     dnaToProt = ndtp;
 170     nlen--;
 171     dnaSeqs[nlen] = (dnaseq.getDatasetSequence() == null) ? dnaseq : dnaseq
 172             .getDatasetSequence();
 173     Mapping mp = new Mapping(map);
 174     // JBPNote DEBUG! THIS !
 175     // dnaseq.transferAnnotation(aaseq, mp);
 176     // aaseq.transferAnnotation(dnaseq, new Mapping(map.getInverse()));
 177     mp.to = (aaseq.getDatasetSequence() == null) ? aaseq : aaseq
 178             .getDatasetSequence();
 179     a_aaSeqs.addElement(aaseq);
 180     dnaToProt[nlen] = mp;
 181   }
 182
 183   public SequenceI[] getdnaSeqs()
 184   {
 185     return dnaSeqs;
 186   }
 187
 188   public SequenceI[] getAaSeqs()
 189   {
 190     if (dnaToProt == null)
 191       return null;
 192     SequenceI[] sqs = new SequenceI[dnaToProt.length];
 193     for (int sz = 0; sz < dnaToProt.length; sz++)
 194     {
 195       sqs[sz] = dnaToProt[sz].to;
 196     }
 197     return sqs;
 198   }
 199
 200   public MapList[] getdnaToProt()
 201   {
 202     if (dnaToProt == null)
 203       return null;
 204     MapList[] sqs = new MapList[dnaToProt.length];
 205     for (int sz = 0; sz < dnaToProt.length; sz++)
 206     {
 207       sqs[sz] = dnaToProt[sz].map;
 208     }
 209     return sqs;
 210   }
 211
 212   public Mapping[] getProtMappings()
 213   {
 214     return dnaToProt;
 215   }
 216
 217   /**
 218    *
 219    * @param sequenceRef
 220    * @return null or corresponding aaSeq entry for dnaSeq entry
 221    */
 222   public SequenceI getAaForDnaSeq(SequenceI dnaSeqRef)
 223   {
 224     if (dnaSeqs == null)
 225     {
 226       return null;
 227     }
 228     SequenceI dnads = dnaSeqRef.getDatasetSequence();
 229     for (int ds = 0; ds < dnaSeqs.length; ds++)
 230     {
 231       if (dnaSeqs[ds] == dnaSeqRef || dnaSeqs[ds] == dnads)
 232         return dnaToProt[ds].to;
 233     }
 234     return null;
 235   }
 236
 237   /**
 238    *
 239    * @param sequenceRef
 240    * @return null or corresponding aaSeq entry for dnaSeq entry
 241    */
 242   public SequenceI getDnaForAaSeq(SequenceI aaSeqRef)
 243   {
 244     if (dnaToProt == null)
 245     {
 246       return null;
 247     }
 248     SequenceI aads = aaSeqRef.getDatasetSequence();
 249     for (int as = 0; as < dnaToProt.length; as++)
 250     {
 251       if (dnaToProt[as].to == aaSeqRef || dnaToProt[as].to == aads)
 252         return dnaSeqs[as];
 253     }
 254     return null;
 255   }
 256
 257   /**
 258    * test to see if codon frame involves seq in any way
 259    *
 260    * @param seq
 261    *          a nucleotide or protein sequence
 262    * @return true if a mapping exists to or from this sequence to any translated
 263    *         sequence
 264    */
 265   public boolean involvesSequence(SequenceI seq)
 266   {
 267     return getAaForDnaSeq(seq) != null || getDnaForAaSeq(seq) != null;
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Add search results for regions in other sequences that translate or are
 272    * translated from a particular position in seq
 273    *
 274    * @param seq
 275    * @param index
 276    *          position in seq
 277    * @param results
 278    *          where highlighted regions go
 279    */
 280   public void markMappedRegion(SequenceI seq, int index,
 281           SearchResults results)
 282   {
 283     if (dnaToProt == null)
 284     {
 285       return;
 286     }
 287     int[] codon;
 288     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 289     for (int mi = 0; mi < dnaToProt.length; mi++)
 290     {
 291       if (dnaSeqs[mi] == seq || dnaSeqs[mi] == ds)
 292       {
 293         // DEBUG System.err.println("dna pos "+index);
 294         codon = dnaToProt[mi].map.locateInTo(index, index);
 295         if (codon != null)
 296         {
 297           for (int i = 0; i < codon.length; i += 2)
 298           {
 299             results.addResult(dnaToProt[mi].to, codon[i], codon[i + 1]);
 300           }
 301         }
 302       }
 303       else if (dnaToProt[mi].to == seq || dnaToProt[mi].to == ds)
 304       {
 305         // DEBUG System.err.println("aa pos "+index);
 306         {
 307           codon = dnaToProt[mi].map.locateInFrom(index, index);
 308           if (codon != null)
 309           {
 310             for (int i = 0; i < codon.length; i += 2)
 311             {
 312               results.addResult(dnaSeqs[mi], codon[i], codon[i + 1]);
 313             }
 314           }
 315         }
 316       }
 317     }
 318   }
 319 }