src/jalview/datamodel/Alignment.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.io.FastaFile;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Enumeration;
  29 import java.util.HashSet;
  30 import java.util.Hashtable;
  31 import java.util.LinkedHashSet;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34 import java.util.Set;
  35 import java.util.Vector;
  36
  37 /**
  38  * Data structure to hold and manipulate a multiple sequence alignment
  39  */
  40 /**
  41  * @author JimP
  42  *
  43  */
  44 public class Alignment implements AlignmentI
  45 {
  46   protected Alignment dataset;
  47
  48   protected List<SequenceI> sequences;
  49
  50   protected List<SequenceGroup> groups = java.util.Collections
  51           .synchronizedList(new ArrayList<SequenceGroup>());
  52
  53   protected char gapCharacter = '-';
  54
  55   protected int type = NUCLEOTIDE;
  56
  57   public static final int PROTEIN = 0;
  58
  59   public static final int NUCLEOTIDE = 1;
  60
  61   public boolean hasRNAStructure = false;
  62
  63   /** DOCUMENT ME!! */
  64   public AlignmentAnnotation[] annotations;
  65
  66   HiddenSequences hiddenSequences = new HiddenSequences(this);
  67
  68   public Hashtable alignmentProperties;
  69
  70   private Set<AlignedCodonFrame> codonFrameList = new LinkedHashSet<AlignedCodonFrame>();
  71
  72   private void initAlignment(SequenceI[] seqs)
  73   {
  74     int i = 0;
  75
  76     if (jalview.util.Comparison.isNucleotide(seqs))
  77     {
  78       type = NUCLEOTIDE;
  79     }
  80     else
  81     {
  82       type = PROTEIN;
  83     }
  84
  85     sequences = java.util.Collections
  86             .synchronizedList(new ArrayList<SequenceI>());
  87
  88     for (i = 0; i < seqs.length; i++)
  89     {
  90       sequences.add(seqs[i]);
  91     }
  92
  93   }
  94
  95   /**
  96    * Make a 'copy' alignment - sequences have new copies of features and
  97    * annotations, but share the original dataset sequences.
  98    */
  99   public Alignment(AlignmentI al)
 100   {
 101     SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();
 102     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 103     {
 104       seqs[i] = new Sequence(seqs[i]);
 105     }
 106
 107     /*
 108      * Share the same dataset sequence mappings (if any). TODO: find a better
 109      * place for these to live (alignment dataset?).
 110      */
 111     this.codonFrameList = ((Alignment) al).codonFrameList;
 112
 113     initAlignment(seqs);
 114   }
 115
 116   /**
 117    * Make an alignment from an array of Sequences.
 118    *
 119    * @param sequences
 120    */
 121   public Alignment(SequenceI[] seqs)
 122   {
 123     initAlignment(seqs);
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Make a new alignment from an array of SeqCigars
 128    *
 129    * @param seqs
 130    *          SeqCigar[]
 131    */
 132   public Alignment(SeqCigar[] alseqs)
 133   {
 134     SequenceI[] seqs = SeqCigar.createAlignmentSequences(alseqs,
 135             gapCharacter, new ColumnSelection(), null);
 136     initAlignment(seqs);
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Make a new alignment from an CigarArray JBPNote - can only do this when
 141    * compactAlignment does not contain hidden regions. JBPNote - must also check
 142    * that compactAlignment resolves to a set of SeqCigars - or construct them
 143    * appropriately.
 144    *
 145    * @param compactAlignment
 146    *          CigarArray
 147    */
 148   public static AlignmentI createAlignment(CigarArray compactAlignment)
 149   {
 150     throw new Error(
 151             MessageManager
 152                     .getString("error.alignment_cigararray_not_implemented"));
 153     // this(compactAlignment.refCigars);
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public List<SequenceI> getSequences()
 158   {
 159     return sequences;
 160   }
 161
 162   @Override
 163   public List<SequenceI> getSequences(
 164           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
 165   {
 166     // TODO: in jalview 2.8 we don't do anything with hiddenreps - fix design to
 167     // work on this.
 168     return sequences;
 169   }
 170
 171   @Override
 172   public SequenceI[] getSequencesArray()
 173   {
 174     if (sequences == null)
 175     {
 176       return null;
 177     }
 178     synchronized (sequences)
 179     {
 180       return sequences.toArray(new SequenceI[sequences.size()]);
 181     }
 182   }
 183
 184   /**
 185    * Returns a map of lists of sequences keyed by sequence name.
 186    *
 187    * @return
 188    */
 189   @Override
 190   public Map<String, List<SequenceI>> getSequencesByName()
 191   {
 192     return AlignmentUtils.getSequencesByName(this);
 193   }
 194
 195   /**
 196    * DOCUMENT ME!
 197    *
 198    * @param i
 199    *          DOCUMENT ME!
 200    *
 201    * @return DOCUMENT ME!
 202    */
 203   @Override
 204   public SequenceI getSequenceAt(int i)
 205   {
 206     synchronized (sequences)
 207     {
 208       if (i > -1 && i < sequences.size())
 209       {
 210         return sequences.get(i);
 211       }
 212     }
 213     return null;
 214   }
 215
 216   /**
 217    * Adds a sequence to the alignment. Recalculates maxLength and size.
 218    *
 219    * @param snew
 220    */
 221   @Override
 222   public void addSequence(SequenceI snew)
 223   {
 224     if (dataset != null)
 225     {
 226       // maintain dataset integrity
 227       if (snew.getDatasetSequence() != null)
 228       {
 229         getDataset().addSequence(snew.getDatasetSequence());
 230       }
 231       else
 232       {
 233         // derive new sequence
 234         SequenceI adding = snew.deriveSequence();
 235         getDataset().addSequence(adding.getDatasetSequence());
 236         snew = adding;
 237       }
 238     }
 239     if (sequences == null)
 240     {
 241       initAlignment(new SequenceI[] { snew });
 242     }
 243     else
 244     {
 245       synchronized (sequences)
 246       {
 247         sequences.add(snew);
 248       }
 249     }
 250     if (hiddenSequences != null)
 251     {
 252       hiddenSequences.adjustHeightSequenceAdded();
 253     }
 254   }
 255
 256   /**
 257    * Adds a sequence to the alignment. Recalculates maxLength and size.
 258    *
 259    * @param snew
 260    */
 261   @Override
 262   public void setSequenceAt(int i, SequenceI snew)
 263   {
 264     synchronized (sequences)
 265     {
 266       deleteSequence(i);
 267       sequences.set(i, snew);
 268     }
 269   }
 270
 271   /**
 272    * DOCUMENT ME!
 273    *
 274    * @return DOCUMENT ME!
 275    */
 276   @Override
 277   public List<SequenceGroup> getGroups()
 278   {
 279     return groups;
 280   }
 281
 282   @Override
 283   public void finalize()
 284   {
 285     if (getDataset() != null)
 286     {
 287       getDataset().removeAlignmentRef();
 288     }
 289
 290     dataset = null;
 291     sequences = null;
 292     groups = null;
 293     annotations = null;
 294     hiddenSequences = null;
 295   }
 296
 297   /**
 298    * decrement the alignmentRefs counter by one and call finalize if it goes to
 299    * zero.
 300    */
 301   private void removeAlignmentRef()
 302   {
 303     if (--alignmentRefs == 0)
 304     {
 305       finalize();
 306     }
 307   }
 308
 309   /**
 310    * DOCUMENT ME!
 311    *
 312    * @param s
 313    *          DOCUMENT ME!
 314    */
 315   @Override
 316   public void deleteSequence(SequenceI s)
 317   {
 318     deleteSequence(findIndex(s));
 319   }
 320
 321   /**
 322    * DOCUMENT ME!
 323    *
 324    * @param i
 325    *          DOCUMENT ME!
 326    */
 327   @Override
 328   public void deleteSequence(int i)
 329   {
 330     if (i > -1 && i < getHeight())
 331     {
 332       synchronized (sequences)
 333       {
 334         sequences.remove(i);
 335         hiddenSequences.adjustHeightSequenceDeleted(i);
 336       }
 337     }
 338   }
 339
 340   /*
 341    * (non-Javadoc)
 342    *
 343    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#findGroup(jalview.datamodel.SequenceI)
 344    */
 345   @Override
 346   public SequenceGroup findGroup(SequenceI s)
 347   {
 348     synchronized (groups)
 349     {
 350       for (int i = 0; i < this.groups.size(); i++)
 351       {
 352         SequenceGroup sg = groups.get(i);
 353
 354         if (sg.getSequences(null).contains(s))
 355         {
 356           return sg;
 357         }
 358       }
 359     }
 360     return null;
 361   }
 362
 363   /*
 364    * (non-Javadoc)
 365    *
 366    * @see
 367    * jalview.datamodel.AlignmentI#findAllGroups(jalview.datamodel.SequenceI)
 368    */
 369   @Override
 370   public SequenceGroup[] findAllGroups(SequenceI s)
 371   {
 372     ArrayList<SequenceGroup> temp = new ArrayList<SequenceGroup>();
 373
 374     synchronized (groups)
 375     {
 376       int gSize = groups.size();
 377       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 378       {
 379         SequenceGroup sg = groups.get(i);
 380         if (sg == null || sg.getSequences() == null)
 381         {
 382           this.deleteGroup(sg);
 383           gSize--;
 384           continue;
 385         }
 386
 387         if (sg.getSequences().contains(s))
 388         {
 389           temp.add(sg);
 390         }
 391       }
 392     }
 393     SequenceGroup[] ret = new SequenceGroup[temp.size()];
 394     return temp.toArray(ret);
 395   }
 396
 397   /**    */
 398   @Override
 399   public void addGroup(SequenceGroup sg)
 400   {
 401     synchronized (groups)
 402     {
 403       if (!groups.contains(sg))
 404       {
 405         if (hiddenSequences.getSize() > 0)
 406         {
 407           int i, iSize = sg.getSize();
 408           for (i = 0; i < iSize; i++)
 409           {
 410             if (!sequences.contains(sg.getSequenceAt(i)))
 411             {
 412               sg.deleteSequence(sg.getSequenceAt(i), false);
 413               iSize--;
 414               i--;
 415             }
 416           }
 417
 418           if (sg.getSize() < 1)
 419           {
 420             return;
 421           }
 422         }
 423         sg.setContext(this);
 424         groups.add(sg);
 425       }
 426     }
 427   }
 428
 429   /**
 430    * remove any annotation that references gp
 431    *
 432    * @param gp
 433    *          (if null, removes all group associated annotation)
 434    */
 435   private void removeAnnotationForGroup(SequenceGroup gp)
 436   {
 437     if (annotations == null || annotations.length == 0)
 438     {
 439       return;
 440     }
 441     // remove annotation very quickly
 442     AlignmentAnnotation[] t, todelete = new AlignmentAnnotation[annotations.length], tokeep = new AlignmentAnnotation[annotations.length];
 443     int i, p, k;
 444     if (gp == null)
 445     {
 446       for (i = 0, p = 0, k = 0; i < annotations.length; i++)
 447       {
 448         if (annotations[i].groupRef != null)
 449         {
 450           todelete[p++] = annotations[i];
 451         }
 452         else
 453         {
 454           tokeep[k++] = annotations[i];
 455         }
 456       }
 457     }
 458     else
 459     {
 460       for (i = 0, p = 0, k = 0; i < annotations.length; i++)
 461       {
 462         if (annotations[i].groupRef == gp)
 463         {
 464           todelete[p++] = annotations[i];
 465         }
 466         else
 467         {
 468           tokeep[k++] = annotations[i];
 469         }
 470       }
 471     }
 472     if (p > 0)
 473     {
 474       // clear out the group associated annotation.
 475       for (i = 0; i < p; i++)
 476       {
 477         unhookAnnotation(todelete[i]);
 478         todelete[i] = null;
 479       }
 480       t = new AlignmentAnnotation[k];
 481       for (i = 0; i < k; i++)
 482       {
 483         t[i] = tokeep[i];
 484       }
 485       annotations = t;
 486     }
 487   }
 488
 489   @Override
 490   public void deleteAllGroups()
 491   {
 492     synchronized (groups)
 493     {
 494       if (annotations != null)
 495       {
 496         removeAnnotationForGroup(null);
 497       }
 498       for (SequenceGroup sg : groups)
 499       {
 500         sg.setContext(null);
 501       }
 502       groups.clear();
 503     }
 504   }
 505
 506   /**    */
 507   @Override
 508   public void deleteGroup(SequenceGroup g)
 509   {
 510     synchronized (groups)
 511     {
 512       if (groups.contains(g))
 513       {
 514         removeAnnotationForGroup(g);
 515         groups.remove(g);
 516         g.setContext(null);
 517       }
 518     }
 519   }
 520
 521   /**    */
 522   @Override
 523   public SequenceI findName(String name)
 524   {
 525     return findName(name, false);
 526   }
 527
 528   /*
 529    * (non-Javadoc)
 530    *
 531    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#findName(java.lang.String, boolean)
 532    */
 533   @Override
 534   public SequenceI findName(String token, boolean b)
 535   {
 536     return findName(null, token, b);
 537   }
 538
 539   /*
 540    * (non-Javadoc)
 541    *
 542    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#findName(SequenceI, java.lang.String,
 543    * boolean)
 544    */
 545   @Override
 546   public SequenceI findName(SequenceI startAfter, String token, boolean b)
 547   {
 548
 549     int i = 0;
 550     SequenceI sq = null;
 551     String sqname = null;
 552     if (startAfter != null)
 553     {
 554       // try to find the sequence in the alignment
 555       boolean matched = false;
 556       while (i < sequences.size())
 557       {
 558         if (getSequenceAt(i++) == startAfter)
 559         {
 560           matched = true;
 561           break;
 562         }
 563       }
 564       if (!matched)
 565       {
 566         i = 0;
 567       }
 568     }
 569     while (i < sequences.size())
 570     {
 571       sq = getSequenceAt(i);
 572       sqname = sq.getName();
 573       if (sqname.equals(token) // exact match
 574               || (b && // allow imperfect matches - case varies
 575               (sqname.equalsIgnoreCase(token))))
 576       {
 577         return getSequenceAt(i);
 578       }
 579
 580       i++;
 581     }
 582
 583     return null;
 584   }
 585
 586   @Override
 587   public SequenceI[] findSequenceMatch(String name)
 588   {
 589     Vector matches = new Vector();
 590     int i = 0;
 591
 592     while (i < sequences.size())
 593     {
 594       if (getSequenceAt(i).getName().equals(name))
 595       {
 596         matches.addElement(getSequenceAt(i));
 597       }
 598       i++;
 599     }
 600
 601     SequenceI[] result = new SequenceI[matches.size()];
 602     for (i = 0; i < result.length; i++)
 603     {
 604       result[i] = (SequenceI) matches.elementAt(i);
 605     }
 606
 607     return result;
 608
 609   }
 610
 611   /*
 612    * (non-Javadoc)
 613    *
 614    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#findIndex(jalview.datamodel.SequenceI)
 615    */
 616   @Override
 617   public int findIndex(SequenceI s)
 618   {
 619     int i = 0;
 620
 621     while (i < sequences.size())
 622     {
 623       if (s == getSequenceAt(i))
 624       {
 625         return i;
 626       }
 627
 628       i++;
 629     }
 630
 631     return -1;
 632   }
 633
 634   /*
 635    * (non-Javadoc)
 636    *
 637    * @see
 638    * jalview.datamodel.AlignmentI#findIndex(jalview.datamodel.SearchResults)
 639    */
 640   @Override
 641   public int findIndex(SearchResults results)
 642   {
 643     int i = 0;
 644
 645     while (i < sequences.size())
 646     {
 647       if (results.involvesSequence(getSequenceAt(i)))
 648       {
 649         return i;
 650       }
 651       i++;
 652     }
 653     return -1;
 654   }
 655
 656   /**
 657    * DOCUMENT ME!
 658    *
 659    * @return DOCUMENT ME!
 660    */
 661   @Override
 662   public int getHeight()
 663   {
 664     return sequences.size();
 665   }
 666
 667   /**
 668    * DOCUMENT ME!
 669    *
 670    * @return DOCUMENT ME!
 671    */
 672   @Override
 673   public int getWidth()
 674   {
 675     int maxLength = -1;
 676
 677     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 678     {
 679       if (getSequenceAt(i).getLength() > maxLength)
 680       {
 681         maxLength = getSequenceAt(i).getLength();
 682       }
 683     }
 684
 685     return maxLength;
 686   }
 687
 688   /**
 689    * DOCUMENT ME!
 690    *
 691    * @param gc
 692    *          DOCUMENT ME!
 693    */
 694   @Override
 695   public void setGapCharacter(char gc)
 696   {
 697     gapCharacter = gc;
 698     synchronized (sequences)
 699     {
 700       for (SequenceI seq : sequences)
 701       {
 702         seq.setSequence(seq.getSequenceAsString().replace('.', gc)
 703                 .replace('-', gc).replace(' ', gc));
 704       }
 705     }
 706   }
 707
 708   /**
 709    * DOCUMENT ME!
 710    *
 711    * @return DOCUMENT ME!
 712    */
 713   @Override
 714   public char getGapCharacter()
 715   {
 716     return gapCharacter;
 717   }
 718
 719   /*
 720    * (non-Javadoc)
 721    *
 722    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#isAligned()
 723    */
 724   @Override
 725   public boolean isAligned()
 726   {
 727     return isAligned(false);
 728   }
 729
 730   /*
 731    * (non-Javadoc)
 732    *
 733    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#isAligned(boolean)
 734    */
 735   @Override
 736   public boolean isAligned(boolean includeHidden)
 737   {
 738     int width = getWidth();
 739     if (hiddenSequences == null || hiddenSequences.getSize() == 0)
 740     {
 741       includeHidden = true; // no hidden sequences to check against.
 742     }
 743     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 744     {
 745       if (includeHidden || !hiddenSequences.isHidden(getSequenceAt(i)))
 746       {
 747         if (getSequenceAt(i).getLength() != width)
 748         {
 749           return false;
 750         }
 751       }
 752     }
 753
 754     return true;
 755   }
 756
 757   /**
 758    * Delete all annotations, including auto-calculated if the flag is set true.
 759    * Returns true if at least one annotation was deleted, else false.
 760    *
 761    * @param includingAutoCalculated
 762    * @return
 763    */
 764   @Override
 765   public boolean deleteAllAnnotations(boolean includingAutoCalculated)
 766   {
 767     boolean result = false;
 768     for (AlignmentAnnotation alan : getAlignmentAnnotation())
 769     {
 770       if (!alan.autoCalculated || includingAutoCalculated)
 771       {
 772         deleteAnnotation(alan);
 773         result = true;
 774       }
 775     }
 776     return result;
 777   }
 778
 779   /*
 780    * (non-Javadoc)
 781    *
 782    * @seejalview.datamodel.AlignmentI#deleteAnnotation(jalview.datamodel.
 783    * AlignmentAnnotation)
 784    */
 785   @Override
 786   public boolean deleteAnnotation(AlignmentAnnotation aa)
 787   {
 788     return deleteAnnotation(aa, true);
 789   }
 790
 791   @Override
 792   public boolean deleteAnnotation(AlignmentAnnotation aa, boolean unhook)
 793   {
 794     int aSize = 1;
 795
 796     if (annotations != null)
 797     {
 798       aSize = annotations.length;
 799     }
 800
 801     if (aSize < 1)
 802     {
 803       return false;
 804     }
 805
 806     AlignmentAnnotation[] temp = new AlignmentAnnotation[aSize - 1];
 807
 808     boolean swap = false;
 809     int tIndex = 0;
 810
 811     for (int i = 0; i < aSize; i++)
 812     {
 813       if (annotations[i] == aa)
 814       {
 815         swap = true;
 816         continue;
 817       }
 818       if (tIndex < temp.length)
 819       {
 820         temp[tIndex++] = annotations[i];
 821       }
 822     }
 823
 824     if (swap)
 825     {
 826       annotations = temp;
 827       if (unhook)
 828       {
 829         unhookAnnotation(aa);
 830       }
 831     }
 832     return swap;
 833   }
 834
 835   /**
 836    * remove any object references associated with this annotation
 837    *
 838    * @param aa
 839    */
 840   private void unhookAnnotation(AlignmentAnnotation aa)
 841   {
 842     if (aa.sequenceRef != null)
 843     {
 844       aa.sequenceRef.removeAlignmentAnnotation(aa);
 845     }
 846     if (aa.groupRef != null)
 847     {
 848       // probably need to do more here in the future (post 2.5.0)
 849       aa.groupRef = null;
 850     }
 851   }
 852
 853   /*
 854    * (non-Javadoc)
 855    *
 856    * @seejalview.datamodel.AlignmentI#addAnnotation(jalview.datamodel.
 857    * AlignmentAnnotation)
 858    */
 859   @Override
 860   public void addAnnotation(AlignmentAnnotation aa)
 861   {
 862     addAnnotation(aa, -1);
 863   }
 864
 865   /*
 866    * (non-Javadoc)
 867    *
 868    * @seejalview.datamodel.AlignmentI#addAnnotation(jalview.datamodel.
 869    * AlignmentAnnotation, int)
 870    */
 871   @Override
 872   public void addAnnotation(AlignmentAnnotation aa, int pos)
 873   {
 874     if (aa.getRNAStruc() != null)
 875     {
 876       hasRNAStructure = true;
 877     }
 878
 879     int aSize = 1;
 880     if (annotations != null)
 881     {
 882       aSize = annotations.length + 1;
 883     }
 884
 885     AlignmentAnnotation[] temp = new AlignmentAnnotation[aSize];
 886     int i = 0;
 887     if (pos == -1 || pos >= aSize)
 888     {
 889       temp[aSize - 1] = aa;
 890     }
 891     else
 892     {
 893       temp[pos] = aa;
 894     }
 895     if (aSize > 1)
 896     {
 897       int p = 0;
 898       for (i = 0; i < (aSize - 1); i++, p++)
 899       {
 900         if (p == pos)
 901         {
 902           p++;
 903         }
 904         if (p < temp.length)
 905         {
 906           temp[p] = annotations[i];
 907         }
 908       }
 909     }
 910
 911     annotations = temp;
 912   }
 913
 914   @Override
 915   public void setAnnotationIndex(AlignmentAnnotation aa, int index)
 916   {
 917     if (aa == null || annotations == null || annotations.length - 1 < index)
 918     {
 919       return;
 920     }
 921
 922     int aSize = annotations.length;
 923     AlignmentAnnotation[] temp = new AlignmentAnnotation[aSize];
 924
 925     temp[index] = aa;
 926
 927     for (int i = 0; i < aSize; i++)
 928     {
 929       if (i == index)
 930       {
 931         continue;
 932       }
 933
 934       if (i < index)
 935       {
 936         temp[i] = annotations[i];
 937       }
 938       else
 939       {
 940         temp[i] = annotations[i - 1];
 941       }
 942     }
 943
 944     annotations = temp;
 945   }
 946
 947   @Override
 948   /**
 949    * returns all annotation on the alignment
 950    */
 951   public AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotation()
 952   {
 953     return annotations;
 954   }
 955
 956   @Override
 957   public void setNucleotide(boolean b)
 958   {
 959     if (b)
 960     {
 961       type = NUCLEOTIDE;
 962     }
 963     else
 964     {
 965       type = PROTEIN;
 966     }
 967   }
 968
 969   @Override
 970   public boolean isNucleotide()
 971   {
 972     if (type == NUCLEOTIDE)
 973     {
 974       return true;
 975     }
 976     else
 977     {
 978       return false;
 979     }
 980   }
 981
 982   @Override
 983   public boolean hasRNAStructure()
 984   {
 985     // TODO can it happen that structure is removed from alignment?
 986     return hasRNAStructure;
 987   }
 988
 989   @Override
 990   public void setDataset(Alignment data)
 991   {
 992     if (dataset == null && data == null)
 993     {
 994       // Create a new dataset for this alignment.
 995       // Can only be done once, if dataset is not null
 996       // This will not be performed
 997       SequenceI[] seqs = new SequenceI[getHeight()];
 998       SequenceI currentSeq;
 999       for (int i = 0; i < getHeight(); i++)
1000       {
1001         currentSeq = getSequenceAt(i);
1002         if (currentSeq.getDatasetSequence() != null)
1003         {
1004           seqs[i] = currentSeq.getDatasetSequence();
1005         }
1006         else
1007         {
1008           seqs[i] = currentSeq.createDatasetSequence();
1009         }
1010       }
1011
1012       dataset = new Alignment(seqs);
1013     }
1014     else if (dataset == null && data != null)
1015     {
1016       dataset = data;
1017       for (int i = 0; i < getHeight(); i++)
1018       {
1019         SequenceI currentSeq = getSequenceAt(i);
1020         SequenceI dsq = currentSeq.getDatasetSequence();
1021         if (dsq == null)
1022         {
1023           dsq = currentSeq.createDatasetSequence();
1024           dataset.addSequence(dsq);
1025         }
1026         else
1027         {
1028           while (dsq.getDatasetSequence() != null)
1029           {
1030             dsq = dsq.getDatasetSequence();
1031           }
1032           if (dataset.findIndex(dsq) == -1)
1033           {
1034             dataset.addSequence(dsq);
1035           }
1036         }
1037       }
1038     }
1039     dataset.addAlignmentRef();
1040   }
1041
1042   /**
1043    * reference count for number of alignments referencing this one.
1044    */
1045   int alignmentRefs = 0;
1046
1047   /**
1048    * increase reference count to this alignment.
1049    */
1050   private void addAlignmentRef()
1051   {
1052     alignmentRefs++;
1053   }
1054
1055   @Override
1056   public Alignment getDataset()
1057   {
1058     return dataset;
1059   }
1060
1061   @Override
1062   public boolean padGaps()
1063   {
1064     boolean modified = false;
1065
1066     // Remove excess gaps from the end of alignment
1067     int maxLength = -1;
1068
1069     SequenceI current;
1070     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
1071     {
1072       current = getSequenceAt(i);
1073       for (int j = current.getLength(); j > maxLength; j--)
1074       {
1075         if (j > maxLength
1076                 && !jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(j)))
1077         {
1078           maxLength = j;
1079           break;
1080         }
1081       }
1082     }
1083
1084     maxLength++;
1085
1086     int cLength;
1087     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
1088     {
1089       current = getSequenceAt(i);
1090       cLength = current.getLength();
1091
1092       if (cLength < maxLength)
1093       {
1094         current.insertCharAt(cLength, maxLength - cLength, gapCharacter);
1095         modified = true;
1096       }
1097       else if (current.getLength() > maxLength)
1098       {
1099         current.deleteChars(maxLength, current.getLength());
1100       }
1101     }
1102     return modified;
1103   }
1104
1105   /**
1106    * Justify the sequences to the left or right by deleting and inserting gaps
1107    * before the initial residue or after the terminal residue
1108    *
1109    * @param right
1110    *          true if alignment padded to right, false to justify to left
1111    * @return true if alignment was changed
1112    */
1113   @Override
1114   public boolean justify(boolean right)
1115   {
1116     boolean modified = false;
1117
1118     // Remove excess gaps from the end of alignment
1119     int maxLength = -1;
1120     int ends[] = new int[sequences.size() * 2];
1121     SequenceI current;
1122     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
1123     {
1124       current = getSequenceAt(i);
1125       // This should really be a sequence method
1126       ends[i * 2] = current.findIndex(current.getStart());
1127       ends[i * 2 + 1] = current.findIndex(current.getStart()
1128               + current.getLength());
1129       boolean hitres = false;
1130       for (int j = 0, rs = 0, ssiz = current.getLength(); j < ssiz; j++)
1131       {
1132         if (!jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(j)))
1133         {
1134           if (!hitres)
1135           {
1136             ends[i * 2] = j;
1137             hitres = true;
1138           }
1139           else
1140           {
1141             ends[i * 2 + 1] = j;
1142             if (j - ends[i * 2] > maxLength)
1143             {
1144               maxLength = j - ends[i * 2];
1145             }
1146           }
1147         }
1148       }
1149     }
1150
1151     maxLength++;
1152     // now edit the flanking gaps to justify to either left or right
1153     int cLength, extent, diff;
1154     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
1155     {
1156       current = getSequenceAt(i);
1157
1158       cLength = 1 + ends[i * 2 + 1] - ends[i * 2];
1159       diff = maxLength - cLength; // number of gaps to indent
1160       extent = current.getLength();
1161       if (right)
1162       {
1163         // right justify
1164         if (extent > ends[i * 2 + 1])
1165         {
1166           current.deleteChars(ends[i * 2 + 1] + 1, extent);
1167           modified = true;
1168         }
1169         if (ends[i * 2] > diff)
1170         {
1171           current.deleteChars(0, ends[i * 2] - diff);
1172           modified = true;
1173         }
1174         else
1175         {
1176           if (ends[i * 2] < diff)
1177           {
1178             current.insertCharAt(0, diff - ends[i * 2], gapCharacter);
1179             modified = true;
1180           }
1181         }
1182       }
1183       else
1184       {
1185         // left justify
1186         if (ends[i * 2] > 0)
1187         {
1188           current.deleteChars(0, ends[i * 2]);
1189           modified = true;
1190           ends[i * 2 + 1] -= ends[i * 2];
1191           extent -= ends[i * 2];
1192         }
1193         if (extent > maxLength)
1194         {
1195           current.deleteChars(maxLength + 1, extent);
1196           modified = true;
1197         }
1198         else
1199         {
1200           if (extent < maxLength)
1201           {
1202             current.insertCharAt(extent, maxLength - extent, gapCharacter);
1203             modified = true;
1204           }
1205         }
1206       }
1207     }
1208     return modified;
1209   }
1210
1211   @Override
1212   public HiddenSequences getHiddenSequences()
1213   {
1214     return hiddenSequences;
1215   }
1216
1217   @Override
1218   public CigarArray getCompactAlignment()
1219   {
1220     synchronized (sequences)
1221     {
1222       SeqCigar alseqs[] = new SeqCigar[sequences.size()];
1223       int i = 0;
1224       for (SequenceI seq : sequences)
1225       {
1226         alseqs[i++] = new SeqCigar(seq);
1227       }
1228       CigarArray cal = new CigarArray(alseqs);
1229       cal.addOperation(CigarArray.M, getWidth());
1230       return cal;
1231     }
1232   }
1233
1234   @Override
1235   public void setProperty(Object key, Object value)
1236   {
1237     if (alignmentProperties == null)
1238     {
1239       alignmentProperties = new Hashtable();
1240     }
1241
1242     alignmentProperties.put(key, value);
1243   }
1244
1245   @Override
1246   public Object getProperty(Object key)
1247   {
1248     if (alignmentProperties != null)
1249     {
1250       return alignmentProperties.get(key);
1251     }
1252     else
1253     {
1254       return null;
1255     }
1256   }
1257
1258   @Override
1259   public Hashtable getProperties()
1260   {
1261     return alignmentProperties;
1262   }
1263
1264   /*
1265    * (non-Javadoc)
1266    *
1267    * @see
1268    * jalview.datamodel.AlignmentI#addCodonFrame(jalview.datamodel.AlignedCodonFrame
1269    * )
1270    */
1271   @Override
1272   public void addCodonFrame(AlignedCodonFrame codons)
1273   {
1274     if (codons != null)
1275     {
1276       codonFrameList.add(codons);
1277     }
1278   }
1279
1280   /*
1281    * (non-Javadoc)
1282    *
1283    * @see
1284    * jalview.datamodel.AlignmentI#getCodonFrame(jalview.datamodel.SequenceI)
1285    */
1286   @Override
1287   public List<AlignedCodonFrame> getCodonFrame(SequenceI seq)
1288   {
1289     if (seq == null)
1290     {
1291       return null;
1292     }
1293     List<AlignedCodonFrame> cframes = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
1294     for (AlignedCodonFrame acf : codonFrameList)
1295     {
1296       if (acf.involvesSequence(seq))
1297       {
1298         cframes.add(acf);
1299       }
1300     }
1301     return cframes;
1302   }
1303
1304   /**
1305    * Sets the codon frame mappings (replacing any existing mappings).
1306    *
1307    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#setCodonFrames()
1308    */
1309   @Override
1310   public void setCodonFrames(Set<AlignedCodonFrame> acfs)
1311   {
1312     this.codonFrameList = acfs;
1313   }
1314
1315   /**
1316    * Returns the set of codon frame mappings. Any changes to the returned set
1317    * will affect the alignment.
1318    *
1319    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#getCodonFrames()
1320    */
1321   @Override
1322   public Set<AlignedCodonFrame> getCodonFrames()
1323   {
1324     return codonFrameList;
1325   }
1326
1327   /*
1328    * (non-Javadoc)
1329    *
1330    * @seejalview.datamodel.AlignmentI#removeCodonFrame(jalview.datamodel.
1331    * AlignedCodonFrame)
1332    */
1333   @Override
1334   public boolean removeCodonFrame(AlignedCodonFrame codons)
1335   {
1336     if (codons == null || codonFrameList == null)
1337     {
1338       return false;
1339     }
1340     return codonFrameList.remove(codons);
1341   }
1342
1343   @Override
1344   public void append(AlignmentI toappend)
1345   {
1346     if (toappend == this)
1347     {
1348       System.err.println("Self append may cause a deadlock.");
1349     }
1350     // TODO test this method for a future 2.5 release
1351     // currently tested for use in jalview.gui.SequenceFetcher
1352     boolean samegap = toappend.getGapCharacter() == getGapCharacter();
1353     char oldc = toappend.getGapCharacter();
1354     boolean hashidden = toappend.getHiddenSequences() != null
1355             && toappend.getHiddenSequences().hiddenSequences != null;
1356     // get all sequences including any hidden ones
1357     List<SequenceI> sqs = (hashidden) ? toappend.getHiddenSequences()
1358             .getFullAlignment().getSequences() : toappend.getSequences();
1359     if (sqs != null)
1360     {
1361       synchronized (sqs)
1362       {
1363         for (SequenceI addedsq : sqs)
1364         {
1365           if (!samegap)
1366           {
1367             char[] oldseq = addedsq.getSequence();
1368             for (int c = 0; c < oldseq.length; c++)
1369             {
1370               if (oldseq[c] == oldc)
1371               {
1372                 oldseq[c] = gapCharacter;
1373               }
1374             }
1375           }
1376           addSequence(addedsq);
1377         }
1378       }
1379     }
1380     AlignmentAnnotation[] alan = toappend.getAlignmentAnnotation();
1381     for (int a = 0; alan != null && a < alan.length; a++)
1382     {
1383       addAnnotation(alan[a]);
1384     }
1385
1386     this.codonFrameList.addAll(toappend.getCodonFrames());
1387
1388     List<SequenceGroup> sg = toappend.getGroups();
1389     if (sg != null)
1390     {
1391       for (SequenceGroup _sg : sg)
1392       {
1393         addGroup(_sg);
1394       }
1395     }
1396     if (toappend.getHiddenSequences() != null)
1397     {
1398       HiddenSequences hs = toappend.getHiddenSequences();
1399       if (hiddenSequences == null)
1400       {
1401         hiddenSequences = new HiddenSequences(this);
1402       }
1403       if (hs.hiddenSequences != null)
1404       {
1405         for (int s = 0; s < hs.hiddenSequences.length; s++)
1406         {
1407           // hide the newly appended sequence in the alignment
1408           if (hs.hiddenSequences[s] != null)
1409           {
1410             hiddenSequences.hideSequence(hs.hiddenSequences[s]);
1411           }
1412         }
1413       }
1414     }
1415     if (toappend.getProperties() != null)
1416     {
1417       // we really can't do very much here - just try to concatenate strings
1418       // where property collisions occur.
1419       Enumeration key = toappend.getProperties().keys();
1420       while (key.hasMoreElements())
1421       {
1422         Object k = key.nextElement();
1423         Object ourval = this.getProperty(k);
1424         Object toapprop = toappend.getProperty(k);
1425         if (ourval != null)
1426         {
1427           if (ourval.getClass().equals(toapprop.getClass())
1428                   && !ourval.equals(toapprop))
1429           {
1430             if (ourval instanceof String)
1431             {
1432               // append strings
1433               this.setProperty(k, ((String) ourval) + "; "
1434                       + ((String) toapprop));
1435             }
1436             else
1437             {
1438               if (ourval instanceof Vector)
1439               {
1440                 // append vectors
1441                 Enumeration theirv = ((Vector) toapprop).elements();
1442                 while (theirv.hasMoreElements())
1443                 {
1444                   ((Vector) ourval).addElement(theirv);
1445                 }
1446               }
1447             }
1448           }
1449         }
1450         else
1451         {
1452           // just add new property directly
1453           setProperty(k, toapprop);
1454         }
1455
1456       }
1457     }
1458   }
1459
1460   @Override
1461   public AlignmentAnnotation findOrCreateAnnotation(String name,
1462           String calcId, boolean autoCalc, SequenceI seqRef,
1463           SequenceGroup groupRef)
1464   {
1465     assert (name != null);
1466     if (annotations != null)
1467     {
1468       for (AlignmentAnnotation annot : getAlignmentAnnotation())
1469       {
1470         if (annot.autoCalculated == autoCalc && (name.equals(annot.label))
1471                 && (calcId == null || annot.getCalcId().equals(calcId))
1472                 && annot.sequenceRef == seqRef
1473                 && annot.groupRef == groupRef)
1474         {
1475           return annot;
1476         }
1477       }
1478     }
1479     AlignmentAnnotation annot = new AlignmentAnnotation(name, name,
1480             new Annotation[1], 0f, 0f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1481     annot.hasText = false;
1482     annot.setCalcId(new String(calcId));
1483     annot.autoCalculated = autoCalc;
1484     if (seqRef != null)
1485     {
1486       annot.setSequenceRef(seqRef);
1487     }
1488     annot.groupRef = groupRef;
1489     addAnnotation(annot);
1490
1491     return annot;
1492   }
1493
1494   @Override
1495   public Iterable<AlignmentAnnotation> findAnnotation(String calcId)
1496   {
1497     ArrayList<AlignmentAnnotation> aa = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1498     for (AlignmentAnnotation a : getAlignmentAnnotation())
1499     {
1500       if (a.getCalcId() == calcId
1501               || (a.getCalcId() != null && calcId != null && a.getCalcId()
1502                       .equals(calcId)))
1503       {
1504         aa.add(a);
1505       }
1506     }
1507     return aa;
1508   }
1509
1510   /**
1511    * Returns an iterable collection of any annotations that match on given
1512    * sequence ref, calcId and label (ignoring null values).
1513    */
1514   @Override
1515   public Iterable<AlignmentAnnotation> findAnnotations(SequenceI seq,
1516           String calcId, String label)
1517   {
1518     ArrayList<AlignmentAnnotation> aa = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1519     for (AlignmentAnnotation ann : getAlignmentAnnotation())
1520     {
1521       if (ann.getCalcId() != null && ann.getCalcId().equals(calcId)
1522               && ann.sequenceRef != null && ann.sequenceRef == seq
1523               && ann.label != null && ann.label.equals(label))
1524       {
1525         aa.add(ann);
1526       }
1527     }
1528     return aa;
1529   }
1530
1531   @Override
1532   public void moveSelectedSequencesByOne(SequenceGroup sg,
1533           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> map, boolean up)
1534   {
1535     synchronized (sequences)
1536     {
1537       if (up)
1538       {
1539
1540         for (int i = 1, iSize = sequences.size(); i < iSize; i++)
1541         {
1542           SequenceI seq = sequences.get(i);
1543           if (!sg.getSequences(map).contains(seq))
1544           {
1545             continue;
1546           }
1547
1548           SequenceI temp = sequences.get(i - 1);
1549           if (sg.getSequences(null).contains(temp))
1550           {
1551             continue;
1552           }
1553
1554           sequences.set(i, temp);
1555           sequences.set(i - 1, seq);
1556         }
1557       }
1558       else
1559       {
1560         for (int i = sequences.size() - 2; i > -1; i--)
1561         {
1562           SequenceI seq = sequences.get(i);
1563           if (!sg.getSequences(map).contains(seq))
1564           {
1565             continue;
1566           }
1567
1568           SequenceI temp = sequences.get(i + 1);
1569           if (sg.getSequences(map).contains(temp))
1570           {
1571             continue;
1572           }
1573
1574           sequences.set(i, temp);
1575           sequences.set(i + 1, seq);
1576         }
1577       }
1578
1579     }
1580   }
1581
1582   @Override
1583   public void validateAnnotation(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation)
1584   {
1585     alignmentAnnotation.validateRangeAndDisplay();
1586     if (isNucleotide() && alignmentAnnotation.isValidStruc())
1587     {
1588       hasRNAStructure = true;
1589     }
1590   }
1591
1592   private SequenceI seqrep = null;
1593
1594   /**
1595    *
1596    * @return the representative sequence for this group
1597    */
1598   public SequenceI getSeqrep()
1599   {
1600     return seqrep;
1601   }
1602
1603   /**
1604    * set the representative sequence for this group. Note - this affects the
1605    * interpretation of the Hidereps attribute.
1606    *
1607    * @param seqrep
1608    *          the seqrep to set (null means no sequence representative)
1609    */
1610   public void setSeqrep(SequenceI seqrep)
1611   {
1612     this.seqrep = seqrep;
1613   }
1614
1615   /**
1616    *
1617    * @return true if group has a sequence representative
1618    */
1619   public boolean hasSeqrep()
1620   {
1621     return seqrep != null;
1622   }
1623
1624   @Override
1625   public int getEndRes()
1626   {
1627     return getWidth() - 1;
1628   }
1629
1630   @Override
1631   public int getStartRes()
1632   {
1633     return 0;
1634   }
1635
1636   /*
1637    * In the case of AlignmentI - returns the dataset for the alignment, if set
1638    * (non-Javadoc)
1639    *
1640    * @see jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI#getContext()
1641    */
1642   @Override
1643   public AnnotatedCollectionI getContext()
1644   {
1645     return dataset;
1646   }
1647
1648   /**
1649    * Align this alignment like the given (mapped) one.
1650    */
1651   @Override
1652   public int alignAs(AlignmentI al)
1653   {
1654     /*
1655      * Currently retains unmapped gaps (in introns), regaps mapped regions
1656      * (exons)
1657      */
1658     return alignAs(al, false, true);
1659   }
1660
1661   /**
1662    * Align this alignment 'the same as' the given one. Mapped sequences only are
1663    * realigned. If both of the same type (nucleotide/protein) then align both
1664    * identically. If this is nucleotide and the other is protein, make 3 gaps
1665    * for each gap in the protein sequences. If this is protein and the other is
1666    * nucleotide, insert a gap for each 3 gaps (or part thereof) between
1667    * nucleotide bases. If this is protein and the other is nucleotide, gaps
1668    * protein to match the relative ordering of codons in the nucleotide.
1669    *
1670    * Parameters control whether gaps in exon (mapped) and intron (unmapped)
1671    * regions are preserved. Gaps that connect introns to exons are treated
1672    * conservatively, i.e. only preserved if both intron and exon gaps are
1673    * preserved.
1674    *
1675    * @param al
1676    * @param preserveMappedGaps
1677    *          if true, gaps within and between mapped codons are preserved
1678    * @param preserveUnmappedGaps
1679    *          if true, gaps within and between unmapped codons are preserved
1680    */
1681   // @Override
1682   public int alignAs(AlignmentI al, boolean preserveMappedGaps,
1683           boolean preserveUnmappedGaps)
1684   {
1685     // TODO should this method signature be the one in the interface?
1686     int count = 0;
1687     boolean thisIsNucleotide = this.isNucleotide();
1688     boolean thatIsProtein = !al.isNucleotide();
1689     if (!thatIsProtein && !thisIsNucleotide)
1690     {
1691       return AlignmentUtils.alignProteinAsDna(this, al);
1692     }
1693
1694     char thisGapChar = this.getGapCharacter();
1695     String gap = thisIsNucleotide && thatIsProtein ? String
1696             .valueOf(new char[] { thisGapChar, thisGapChar, thisGapChar })
1697             : String.valueOf(thisGapChar);
1698
1699     // TODO handle intron regions? Needs a 'holistic' alignment of dna,
1700     // not just sequence by sequence. But how to 'gap' intron regions?
1701
1702     /*
1703      * Get mappings from 'that' alignment's sequences to this.
1704      */
1705     for (SequenceI alignTo : getSequences())
1706     {
1707       count += AlignmentUtils.alignSequenceAs(alignTo, al, gap,
1708               preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps) ? 1 : 0;
1709     }
1710     return count;
1711   }
1712
1713   /**
1714    * Returns the alignment in Fasta format. Behaviour of this method is not
1715    * guaranteed between versions.
1716    */
1717   @Override
1718   public String toString()
1719   {
1720     return new FastaFile().print(getSequencesArray());
1721   }
1722
1723   /**
1724    * Returns the set of distinct sequence names. No ordering is guaranteed.
1725    */
1726   @Override
1727   public Set<String> getSequenceNames()
1728   {
1729     Set<String> names = new HashSet<String>();
1730     for (SequenceI seq : getSequences())
1731     {
1732       names.add(seq.getName());
1733     }
1734     return names;
1735   }
1736
1737   @Override
1738   public boolean hasValidSequence()
1739   {
1740     boolean hasValidSeq = false;
1741     for (SequenceI seq : getSequences())
1742     {
1743       if ((seq.getEnd() - seq.getStart()) > 0)
1744       {
1745         hasValidSeq = true;
1746         break;
1747       }
1748     }
1749     return hasValidSeq;
1750   }
1751 }