src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 public class AlignmentAnnotation\r
  23 {\r
  24   public String label;\r
  25   public String description;\r
  26   public Annotation  [] annotations;\r
  27   public boolean isGraph = false;\r
  28   public float graphMin, graphMax;\r
  29   public int windowLength;\r
  30 \r
  31   // Graphical hints and tips\r
  32   public boolean editable = false;\r
  33   public boolean hasIcons; //\r
  34   public boolean hasText;\r
  35   public boolean visible = true;\r
  36   public int height=0;\r
  37 \r
  38   public AlignmentAnnotation(String label, String description, Annotation [] annotations)\r
  39   {\r
  40     // always editable?\r
  41     editable = true;\r
  42     this.label = label;\r
  43     this.description = description;\r
  44     this.annotations = annotations;\r
  45     for(int i=0; i<annotations.length; i++)\r
  46     {\r
  47       if (annotations[i]!=null &&(\r
  48           annotations[i].secondaryStructure == 'H' ||\r
  49           annotations[i].secondaryStructure == 'E'))\r
  50         hasIcons = true;\r
  51 \r
  52       if (annotations[i]!=null && annotations[i].displayCharacter.length()>0)\r
  53         hasText = true;\r
  54     }\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public AlignmentAnnotation(String label, String description, Annotation [] annotations, float min, float max, int winLength)\r
  58   {\r
  59     // graphs are not editable\r
  60     this.label = label;\r
  61     this.description = description;\r
  62     this.annotations = annotations;\r
  63     isGraph = true;\r
  64     if(min==max)\r
  65     {\r
  66       for(int i=0; i<annotations.length; i++)\r
  67       {\r
  68         if(annotations[i]==null)\r
  69           continue;\r
  70         if(annotations[i].value>max)\r
  71           max = annotations[i].value;\r
  72         if(annotations[i].value<min)\r
  73           min = annotations[i].value;\r
  74       }\r
  75     }\r
  76 \r
  77     graphMin = min;\r
  78     graphMax = max;\r
  79     windowLength = winLength;\r
  80     for(int i=0; i<annotations.length; i++)\r
  81     {\r
  82       if (annotations[i]!=null &&(\r
  83           annotations[i].secondaryStructure == 'H' ||\r
  84           annotations[i].secondaryStructure == 'E'))\r
  85         hasIcons = true;\r
  86 \r
  87       if (annotations[i]!=null && annotations[i].displayCharacter.length()>0)\r
  88         hasText = true;\r
  89     }\r
  90   }\r
  91 \r
  92   public String toString()\r
  93   {\r
  94     StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
  95     for(int i=0; i<annotations.length; i++)\r
  96    {\r
  97      if(annotations[i]!=null)\r
  98      {\r
  99        if(isGraph)\r
 100          buffer.append(annotations[i].value);\r
 101        else if(hasIcons)\r
 102          buffer.append(annotations[i].secondaryStructure);\r
 103        else\r
 104          buffer.append(annotations[i].displayCharacter);\r
 105 \r
 106      }\r
 107      buffer.append(", ");\r
 108    }\r
 109    if(label.equals("Consensus"))\r
 110    {\r
 111      buffer.append("\n");\r
 112      for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
 113      {\r
 114        if (annotations[i] != null)\r
 115            buffer.append(annotations[i].description);\r
 116        buffer.append(", ");\r
 117      }\r
 118    }\r
 119    return buffer.toString();\r
 120   }\r
 121 \r
 122 }\r