src/jalview/datamodel/AlignmentI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.Hashtable;
  24 import java.util.List;
  25 import java.util.Map;
  26 import java.util.Set;
  27
  28 /**
  29  * Data structure to hold and manipulate a multiple sequence alignment
  30  */
  31 public interface AlignmentI extends AnnotatedCollectionI
  32 {
  33   /**
  34    * Calculates the number of sequences in an alignment
  35    *
  36    * @return Number of sequences in alignment
  37    */
  38   int getHeight();
  39
  40   /**
  41    *
  42    * Calculates the maximum width of the alignment, including gaps.
  43    *
  44    * @return Greatest sequence length within alignment.
  45    */
  46   @Override
  47   int getWidth();
  48
  49   /**
  50    * Calculates if this set of sequences (visible and invisible) are all the
  51    * same length
  52    *
  53    * @return true if all sequences in alignment are the same length
  54    */
  55   boolean isAligned();
  56
  57   /**
  58    * Calculates if this set of sequences is all the same length
  59    *
  60    * @param includeHidden
  61    *          optionally exclude hidden sequences from test
  62    * @return true if all (or just visible) sequences are the same length
  63    */
  64   boolean isAligned(boolean includeHidden);
  65
  66   /**
  67    * Gets sequences as a Synchronized collection
  68    *
  69    * @return All sequences in alignment.
  70    */
  71   @Override
  72   List<SequenceI> getSequences();
  73
  74   /**
  75    * Gets sequences as a SequenceI[]
  76    *
  77    * @return All sequences in alignment.
  78    */
  79   SequenceI[] getSequencesArray();
  80
  81   /**
  82    * Find a specific sequence in this alignment.
  83    *
  84    * @param i
  85    *          Index of required sequence.
  86    *
  87    * @return SequenceI at given index.
  88    */
  89   SequenceI getSequenceAt(int i);
  90
  91   /**
  92    * Returns a map of lists of sequences keyed by sequence name.
  93    *
  94    * @return
  95    */
  96   Map<String, List<SequenceI>> getSequencesByName();
  97
  98   /**
  99    * Add a new sequence to this alignment.
 100    *
 101    * @param seq
 102    *          New sequence will be added at end of alignment.
 103    */
 104   void addSequence(SequenceI seq);
 105
 106   /**
 107    * Used to set a particular index of the alignment with the given sequence.
 108    *
 109    * @param i
 110    *          Index of sequence to be updated.
 111    * @param seq
 112    *          New sequence to be inserted.
 113    */
 114   void setSequenceAt(int i, SequenceI seq);
 115
 116   /**
 117    * Deletes a sequence from the alignment
 118    *
 119    * @param s
 120    *          Sequence to be deleted.
 121    */
 122   void deleteSequence(SequenceI s);
 123
 124   /**
 125    * Deletes a sequence from the alignment.
 126    *
 127    * @param i
 128    *          Index of sequence to be deleted.
 129    */
 130   void deleteSequence(int i);
 131
 132   /**
 133    * Finds sequence in alignment using sequence name as query.
 134    *
 135    * @param name
 136    *          Id of sequence to search for.
 137    *
 138    * @return Sequence matching query, if found. If not found returns null.
 139    */
 140   SequenceI findName(String name);
 141
 142   SequenceI[] findSequenceMatch(String name);
 143
 144   /**
 145    * Finds index of a given sequence in the alignment.
 146    *
 147    * @param s
 148    *          Sequence to look for.
 149    *
 150    * @return Index of sequence within the alignment or -1 if not found
 151    */
 152   int findIndex(SequenceI s);
 153
 154   /**
 155    * Finds group that given sequence is part of.
 156    *
 157    * @param s
 158    *          Sequence in alignment.
 159    *
 160    * @return First group found for sequence. WARNING : Sequences may be members
 161    *         of several groups. This method is incomplete.
 162    */
 163   SequenceGroup findGroup(SequenceI s);
 164
 165   /**
 166    * Finds all groups that a given sequence is part of.
 167    *
 168    * @param s
 169    *          Sequence in alignment.
 170    *
 171    * @return All groups containing given sequence.
 172    */
 173   SequenceGroup[] findAllGroups(SequenceI s);
 174
 175   /**
 176    * Adds a new SequenceGroup to this alignment.
 177    *
 178    * @param sg
 179    *          New group to be added.
 180    */
 181   void addGroup(SequenceGroup sg);
 182
 183   /**
 184    * Deletes a specific SequenceGroup
 185    *
 186    * @param g
 187    *          Group will be deleted from alignment.
 188    */
 189   void deleteGroup(SequenceGroup g);
 190
 191   /**
 192    * Get all the groups associated with this alignment.
 193    *
 194    * @return All groups as a list.
 195    */
 196   List<SequenceGroup> getGroups();
 197
 198   /**
 199    * Deletes all groups from this alignment.
 200    */
 201   void deleteAllGroups();
 202
 203   /**
 204    * Adds a new AlignmentAnnotation to this alignment
 205    *
 206    * @note Care should be taken to ensure that annotation is at least as wide as
 207    *       the longest sequence in the alignment for rendering purposes.
 208    */
 209   void addAnnotation(AlignmentAnnotation aa);
 210
 211   /**
 212    * moves annotation to a specified index in alignment annotation display stack
 213    *
 214    * @param aa
 215    *          the annotation object to be moved
 216    * @param index
 217    *          the destination position
 218    */
 219   void setAnnotationIndex(AlignmentAnnotation aa, int index);
 220
 221   /**
 222    * Delete all annotations, including auto-calculated if the flag is set true.
 223    * Returns true if at least one annotation was deleted, else false.
 224    *
 225    * @param includingAutoCalculated
 226    * @return
 227    */
 228   boolean deleteAllAnnotations(boolean includingAutoCalculated);
 229
 230   /**
 231    * Deletes a specific AlignmentAnnotation from the alignment, and removes its
 232    * reference from any SequenceI or SequenceGroup object's annotation if and
 233    * only if aa is contained within the alignment's annotation vector.
 234    * Otherwise, it will do nothing.
 235    *
 236    * @param aa
 237    *          the annotation to delete
 238    * @return true if annotation was deleted from this alignment.
 239    */
 240   boolean deleteAnnotation(AlignmentAnnotation aa);
 241
 242   /**
 243    * Deletes a specific AlignmentAnnotation from the alignment, and optionally
 244    * removes any reference from any SequenceI or SequenceGroup object's
 245    * annotation if and only if aa is contained within the alignment's annotation
 246    * vector. Otherwise, it will do nothing.
 247    *
 248    * @param aa
 249    *          the annotation to delete
 250    * @param unhook
 251    *          flag indicating if any references should be removed from
 252    *          annotation - use this if you intend to add the annotation back
 253    *          into the alignment
 254    * @return true if annotation was deleted from this alignment.
 255    */
 256   boolean deleteAnnotation(AlignmentAnnotation aa, boolean unhook);
 257
 258   /**
 259    * Get the annotation associated with this alignment (this can be null if no
 260    * annotation has ever been created on the alignment)
 261    *
 262    * @return array of AlignmentAnnotation objects
 263    */
 264   @Override
 265   AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotation();
 266
 267   /**
 268    * Change the gap character used in this alignment to 'gc'
 269    *
 270    * @param gc
 271    *          the new gap character.
 272    */
 273   void setGapCharacter(char gc);
 274
 275   /**
 276    * Get the gap character used in this alignment
 277    *
 278    * @return gap character
 279    */
 280   char getGapCharacter();
 281
 282   /**
 283    * Test for all nucleotide alignment
 284    *
 285    * @return true if alignment is nucleotide sequence
 286    */
 287   boolean isNucleotide();
 288
 289   /**
 290    * Test if alignment contains RNA structure
 291    *
 292    * @return true if RNA structure AligmnentAnnotation was added to alignment
 293    */
 294   boolean hasRNAStructure();
 295
 296   /**
 297    * Set alignment to be a nucleotide sequence
 298    *
 299    */
 300   void setNucleotide(boolean b);
 301
 302   /**
 303    * Get the associated dataset for the alignment.
 304    *
 305    * @return Alignment containing dataset sequences or null of this is a
 306    *         dataset.
 307    */
 308   Alignment getDataset();
 309
 310   /**
 311    * Set the associated dataset for the alignment, or create one.
 312    *
 313    * @param dataset
 314    *          The dataset alignment or null to construct one.
 315    */
 316   void setDataset(Alignment dataset);
 317
 318   /**
 319    * pads sequences with gaps (to ensure the set looks like an alignment)
 320    *
 321    * @return boolean true if alignment was modified
 322    */
 323   boolean padGaps();
 324
 325   HiddenSequences getHiddenSequences();
 326
 327   /**
 328    * Compact representation of alignment
 329    *
 330    * @return CigarArray
 331    */
 332   CigarArray getCompactAlignment();
 333
 334   /**
 335    * Set an arbitrary key value pair for an alignment. Note: both key and value
 336    * objects should return a meaningful, human readable response to .toString()
 337    *
 338    * @param key
 339    * @param value
 340    */
 341   void setProperty(Object key, Object value);
 342
 343   /**
 344    * Get a named property from the alignment.
 345    *
 346    * @param key
 347    * @return value of property
 348    */
 349   Object getProperty(Object key);
 350
 351   /**
 352    * Get the property hashtable.
 353    *
 354    * @return hashtable of alignment properties (or null if none are defined)
 355    */
 356   Hashtable getProperties();
 357
 358   /**
 359    * add a reference to a frame of aligned codons for this alignment
 360    *
 361    * @param codons
 362    */
 363   void addCodonFrame(AlignedCodonFrame codons);
 364
 365   /**
 366    * remove a particular codon frame reference from this alignment
 367    *
 368    * @param codons
 369    * @return true if codon frame was removed.
 370    */
 371   boolean removeCodonFrame(AlignedCodonFrame codons);
 372
 373   /**
 374    * get all codon frames associated with this alignment
 375    *
 376    * @return
 377    */
 378   Set<AlignedCodonFrame> getCodonFrames();
 379
 380   /**
 381    * Set the codon frame mappings (replacing any existing set).
 382    */
 383   void setCodonFrames(Set<AlignedCodonFrame> acfs);
 384
 385   /**
 386    * get codon frames involving sequenceI
 387    */
 388   List<AlignedCodonFrame> getCodonFrame(SequenceI seq);
 389
 390   /**
 391    * find sequence with given name in alignment
 392    *
 393    * @param token
 394    *          name to find
 395    * @param b
 396    *          true implies that case insensitive matching will <em>also</em> be
 397    *          tried
 398    * @return matched sequence or null
 399    */
 400   SequenceI findName(String token, boolean b);
 401
 402   /**
 403    * find next sequence with given name in alignment starting after a given
 404    * sequence
 405    *
 406    * @param startAfter
 407    *          the sequence after which the search will be started (usually the
 408    *          result of the last call to findName)
 409    * @param token
 410    *          name to find
 411    * @param b
 412    *          true implies that case insensitive matching will <em>also</em> be
 413    *          tried
 414    * @return matched sequence or null
 415    */
 416   SequenceI findName(SequenceI startAfter, String token, boolean b);
 417
 418   /**
 419    * find first sequence in alignment which is involved in the given search
 420    * result object
 421    *
 422    * @param results
 423    * @return -1 or index of sequence in alignment
 424    */
 425   int findIndex(SearchResults results);
 426
 427   /**
 428    * append sequences and annotation from another alignment object to this one.
 429    * Note: this is a straight transfer of object references, and may result in
 430    * toappend's dependent data being transformed to fit the alignment (changing
 431    * gap characters, etc...). If you are uncertain, use the copy Alignment copy
 432    * constructor to create a new version which can be appended without side
 433    * effect.
 434    *
 435    * @param toappend
 436    *          - the alignment to be appended.
 437    */
 438   void append(AlignmentI toappend);
 439
 440   /**
 441    * Justify the sequences to the left or right by deleting and inserting gaps
 442    * before the initial residue or after the terminal residue
 443    *
 444    * @param right
 445    *          true if alignment padded to right, false to justify to left
 446    * @return true if alignment was changed TODO: return undo object
 447    */
 448   boolean justify(boolean right);
 449
 450   /**
 451    * add given annotation row at given position (0 is start, -1 is end)
 452    *
 453    * @param consensus
 454    * @param i
 455    */
 456   void addAnnotation(AlignmentAnnotation consensus, int i);
 457
 458   /**
 459    * search for or create a specific annotation row on the alignment
 460    *
 461    * @param name
 462    *          name for annotation (must match)
 463    * @param calcId
 464    *          calcId for the annotation (null or must match)
 465    * @param autoCalc
 466    *          - value of autocalc flag for the annotation
 467    * @param seqRef
 468    *          - null or specific sequence reference
 469    * @param groupRef
 470    *          - null or specific group reference
 471    * @param method
 472    *          - CalcId for the annotation (must match)
 473    *
 474    * @return existing annotation matching the given attributes
 475    */
 476   AlignmentAnnotation findOrCreateAnnotation(String name, String calcId,
 477           boolean autoCalc, SequenceI seqRef, SequenceGroup groupRef);
 478
 479   /**
 480    * move the given group up or down in the alignment by the given number of
 481    * rows. Implementor assumes given group is already present on alignment - no
 482    * recalculations are triggered.
 483    *
 484    * @param sg
 485    * @param map
 486    * @param up
 487    * @param i
 488    */
 489   void moveSelectedSequencesByOne(SequenceGroup sg,
 490           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> map, boolean up);
 491
 492   /**
 493    * validate annotation after an edit and update any alignment state flags
 494    * accordingly
 495    *
 496    * @param alignmentAnnotation
 497    */
 498   void validateAnnotation(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation);
 499
 500   /**
 501    * Align this alignment the same as the given one. If both of the same type
 502    * (nucleotide/protein) then align both identically. If this is nucleotide and
 503    * the other is protein, make 3 gaps for each gap in the protein sequences. If
 504    * this is protein and the other is nucleotide, insert a gap for each 3 gaps
 505    * (or part thereof) between nucleotide bases. Returns the number of mapped
 506    * sequences that were realigned .
 507    *
 508    * @param al
 509    * @return
 510    */
 511   int alignAs(AlignmentI al);
 512
 513   /**
 514    * Returns the set of distinct sequence names in the alignment.
 515    *
 516    * @return
 517    */
 518   Set<String> getSequenceNames();
 519
 520   /**
 521    * Checks if the alignment has at least one sequence with one non-gaped
 522    * residue
 523    *
 524    * @return
 525    */
 526   public boolean hasValidSequence();
 527 }