src/jalview/datamodel/AlignmentI.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 \r
   6 /** Data structure to hold and manipulate a multiple sequence alignment\r
   7  */\r
   8 public interface AlignmentI {\r
   9 \r
  10   public int         getHeight() ;\r
  11   public int         getWidth() ;\r
  12   public int         getMaxIdLength() ;\r
  13 \r
  14   public boolean isAligned();\r
  15 \r
  16   public Vector      getSequences();\r
  17   public SequenceI   getSequenceAt(int i);\r
  18 \r
  19   public void        addSequence(SequenceI seq) ;\r
  20   public void        setSequenceAt(int i,SequenceI seq);\r
  21 \r
  22   public void        deleteSequence(SequenceI s) ;\r
  23   public void        deleteSequence(int i) ;\r
  24 \r
  25   public SequenceI[] getColumns(int start, int end) ;\r
  26   public SequenceI[] getColumns(int seq1, int seq2, int start, int end) ;\r
  27 \r
  28   public void        deleteColumns(int start, int end) ;\r
  29   public void        deleteColumns(int seq1, int seq2, int start, int end) ;\r
  30 \r
  31   public void        insertColumns(SequenceI[] seqs, int pos) ;\r
  32 \r
  33   public SequenceI   findName(String name) ;\r
  34   public SequenceI   findbyDisplayId(String name);\r
  35 \r
  36   public int         findIndex(SequenceI s) ;\r
  37 \r
  38   // Modifying\r
  39   public void        trimLeft(int i) ;\r
  40   public void        trimRight(int i) ;\r
  41 \r
  42   public void        removeGaps() ;\r
  43   public Vector      removeRedundancy(float threshold, Vector sel) ;\r
  44 \r
  45 \r
  46   // Grouping methods\r
  47   public SequenceGroup findGroup(int i) ;\r
  48   public SequenceGroup findGroup(SequenceI s) ;\r
  49   public SequenceGroup [] findAllGroups(SequenceI s);\r
  50   public void          addToGroup(SequenceGroup g, SequenceI s) ;\r
  51   public void          removeFromGroup(SequenceGroup g,SequenceI s) ;\r
  52   public void          addGroup(SequenceGroup sg) ;\r
  53   public void          deleteGroup(SequenceGroup g) ;\r
  54   public Vector        getGroups();\r
  55   public void deleteAllGroups();\r
  56 \r
  57   public void          addSuperGroup(SuperGroup sg);\r
  58   public void          removeSuperGroup(SuperGroup sg);\r
  59   public SuperGroup    getSuperGroup(SequenceGroup sg);\r
  60 \r
  61   // Sorting\r
  62   public void          sortGroups() ;\r
  63   public void          sortByPID(SequenceI s) ;\r
  64   public void          sortByID() ;\r
  65 \r
  66   public void          setGapCharacter(char gc);\r
  67   public char          getGapCharacter();\r
  68 \r
  69     public Vector        getAAFrequency();\r
  70 }\r
  71 \r
  72 \r
  73 \r