src/jalview/datamodel/AlignmentView.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.datamodel;\r
  19 \r
  20 import jalview.util.ShiftList;\r
  21 \r
  22 import java.io.PrintStream;\r
  23 import java.util.Enumeration;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Transient object compactly representing a 'view' of an alignment - with\r
  28  * discontinuities marked. Extended in Jalview 2.7 to optionally record sequence\r
  29  * groups and specific selected regions on the alignment.\r
  30  */\r
  31 public class AlignmentView\r
  32 {\r
  33   private SeqCigar[] sequences = null;\r
  34 \r
  35   private int[] contigs = null;\r
  36 \r
  37   private int width = 0;\r
  38 \r
  39   private int firstCol = 0;\r
  40 \r
  41   /**\r
  42    * one or more ScGroup objects, which are referenced by each seqCigar's group\r
  43    * membership\r
  44    */\r
  45   private Vector scGroups;\r
  46 \r
  47   /**\r
  48    * Group defined over SeqCigars. Unlike AlignmentI associated groups, each\r
  49    * SequenceGroup hold just the essential properties for the group, but no\r
  50    * references to the sequences involved. SeqCigars hold references to the\r
  51    * seuqenceGroup entities themselves.\r
  52    */\r
  53   private class ScGroup\r
  54   {\r
  55     public Vector seqs;\r
  56 \r
  57     public SequenceGroup sg;\r
  58 \r
  59     ScGroup()\r
  60     {\r
  61       seqs = new Vector();\r
  62     }\r
  63   }\r
  64 \r
  65   /**\r
  66    * vector of selected seqCigars. This vector is also referenced by each\r
  67    * seqCigar contained in it.\r
  68    */\r
  69   private Vector selected;\r
  70 \r
  71   /**\r
  72    * Construct an alignmentView from a live jalview alignment view. Note -\r
  73    * hidden rows will be excluded from alignmentView\r
  74    * \r
  75    * @param alignment\r
  76    *          - alignment as referenced by an AlignViewport\r
  77    * @param columnSelection\r
  78    *          -\r
  79    * @param selection\r
  80    * @param hasHiddenColumns\r
  81    *          - mark the hidden columns in columnSelection as hidden in the view\r
  82    * @param selectedRegionOnly\r
  83    *          - when set, only include the selected region in the view,\r
  84    *          otherwise just mark the selected region on the constructed view.\r
  85    * @param recordGroups\r
  86    *          - when set, any groups on the given alignment will be marked on\r
  87    *          the view\r
  88    */\r
  89   public AlignmentView(AlignmentI alignment,\r
  90           ColumnSelection columnSelection, SequenceGroup selection,\r
  91           boolean hasHiddenColumns, boolean selectedRegionOnly,\r
  92           boolean recordGroups)\r
  93   {\r
  94     // refactored from AlignViewport.getAlignmentView(selectedOnly);\r
  95     this(new jalview.datamodel.CigarArray(alignment,\r
  96             (hasHiddenColumns ? columnSelection : null),\r
  97             (selectedRegionOnly ? selection : null)),\r
  98             (selectedRegionOnly && selection != null) ? selection\r
  99                     .getStartRes() : 0);\r
 100     // walk down SeqCigar array and Alignment Array - optionally restricted by\r
 101     // selected region.\r
 102     // test group membership for each sequence in each group, store membership\r
 103     // and record non-empty groups in group list.\r
 104     // record / sub-select selected region on the alignment view\r
 105     SequenceI[] selseqs;\r
 106     if (selection != null)\r
 107     {\r
 108       Vector sel = selection.getSequences(null);\r
 109       this.selected = new Vector();\r
 110       selseqs = selection.getSequencesInOrder(alignment, selectedRegionOnly);\r
 111     }\r
 112     else\r
 113     {\r
 114       selseqs = alignment.getSequencesArray();\r
 115     }\r
 116 \r
 117     // get the alignment's group list and make a copy\r
 118     Vector grps = new Vector();\r
 119     Vector gg = alignment.getGroups();\r
 120     Enumeration gge = gg.elements();\r
 121     while (gge.hasMoreElements())\r
 122     {\r
 123       grps.addElement(gge.nextElement());\r
 124     }\r
 125     ScGroup[] sgrps = null;\r
 126     boolean addedgps[] = null;\r
 127     if (grps != null)\r
 128     {\r
 129       SequenceGroup sg;\r
 130       if (selection != null && selectedRegionOnly)\r
 131       {\r
 132         // trim annotation to the region being stored.\r
 133         // strip out any groups that do not actually intersect with the\r
 134         // visible and selected region\r
 135         int ssel = selection.getStartRes(), esel = selection.getEndRes();\r
 136         Vector isg = new Vector();\r
 137         Enumeration en = grps.elements();\r
 138         while (en.hasMoreElements())\r
 139         {\r
 140           sg = (SequenceGroup) en.nextElement();\r
 141 \r
 142           if (!(sg.getStartRes() > esel || sg.getEndRes() < ssel))\r
 143           {\r
 144             // adjust bounds of new group, if necessary.\r
 145             if (sg.getStartRes() < ssel)\r
 146             {\r
 147               sg.setStartRes(ssel);\r
 148             }\r
 149             if (sg.getEndRes() > esel)\r
 150             {\r
 151               sg.setEndRes(esel);\r
 152             }\r
 153             sg.setStartRes(sg.getStartRes()-ssel+1);\r
 154             sg.setEndRes(sg.getEndRes()-ssel+1);\r
 155             \r
 156             isg.addElement(sg);\r
 157           }\r
 158         }\r
 159         grps = isg;\r
 160       }\r
 161 \r
 162       sgrps = new ScGroup[grps.size()];\r
 163       addedgps = new boolean[grps.size()];\r
 164       for (int g = 0; g < sgrps.length; g++)\r
 165       {\r
 166         sg = (SequenceGroup) grps.elementAt(g);\r
 167         sgrps[g] = new ScGroup();\r
 168         sgrps[g].sg = new SequenceGroup(sg);\r
 169         addedgps[g] = false;\r
 170         grps.setElementAt(sg.getSequences(null), g);\r
 171       }\r
 172       // grps now contains vectors (should be sets) for each group, so we can\r
 173       // track when we've done with the group\r
 174     }\r
 175     int csi = 0;\r
 176     for (int i = 0; i < selseqs.length; i++)\r
 177     {\r
 178       if (selseqs[i] != null)\r
 179       {\r
 180         if (selection != null && !selectedRegionOnly)\r
 181         {\r
 182           sequences[csi].setGroupMembership(selected);\r
 183           selected.addElement(sequences[csi]);\r
 184         }\r
 185         if (grps != null)\r
 186         {\r
 187           for (int sg = 0; sg < sgrps.length; sg++)\r
 188           {\r
 189             if (((Vector) grps.elementAt(sg)).contains(selseqs[i]))\r
 190             {\r
 191               sequences[csi].setGroupMembership(sgrps[sg]);\r
 192               sgrps[sg].sg.deleteSequence(selseqs[i], false);\r
 193               sgrps[sg].seqs.addElement(sequences[csi]);\r
 194               if (!addedgps[sg])\r
 195               {\r
 196                 if (scGroups == null)\r
 197                 {\r
 198                   scGroups = new Vector();\r
 199                 }\r
 200                 addedgps[sg] = true;\r
 201                 scGroups.addElement(sgrps[sg]);\r
 202               }\r
 203             }\r
 204           }\r
 205         }\r
 206         csi++;\r
 207       }\r
 208     }\r
 209     // finally, delete the remaining sequences (if any) not selected\r
 210     for (int sg = 0; sg < sgrps.length; sg++)\r
 211     {\r
 212       SequenceI[] sqs = sgrps[sg].sg.getSequencesAsArray(null);\r
 213       for (int si = 0; si < sqs.length; si++)\r
 214       {\r
 215         sgrps[sg].sg.deleteSequence(sqs[si], false);\r
 216       }\r
 217       sgrps[sg] = null;\r
 218     }\r
 219   }\r
 220 \r
 221   /**\r
 222    * construct an alignmentView from a SeqCigarArray. Errors are thrown if the\r
 223    * seqcigararray.isSeqCigarArray() flag is not set.\r
 224    */\r
 225   public AlignmentView(CigarArray seqcigararray)\r
 226   {\r
 227     if (!seqcigararray.isSeqCigarArray())\r
 228     {\r
 229       throw new Error(\r
 230               "Implementation Error - can only make an alignment view from a CigarArray of sequences.");\r
 231     }\r
 232     // contigs = seqcigararray.applyDeletions();\r
 233     contigs = seqcigararray.getDeletedRegions();\r
 234     sequences = seqcigararray.getSeqCigarArray();\r
 235     width = seqcigararray.getWidth(); // visible width\r
 236   }\r
 237 \r
 238   /**\r
 239    * Create an alignmentView where the first column corresponds with the\r
 240    * 'firstcol' column of some reference alignment\r
 241    * \r
 242    * @param sdata\r
 243    * @param firstcol\r
 244    */\r
 245   public AlignmentView(CigarArray sdata, int firstcol)\r
 246   {\r
 247     this(sdata);\r
 248     firstCol = firstcol;\r
 249   }\r
 250 \r
 251   public void setSequences(SeqCigar[] sequences)\r
 252   {\r
 253     this.sequences = sequences;\r
 254   }\r
 255 \r
 256   public void setContigs(int[] contigs)\r
 257   {\r
 258     this.contigs = contigs;\r
 259   }\r
 260 \r
 261   public SeqCigar[] getSequences()\r
 262   {\r
 263     return sequences;\r
 264   }\r
 265 \r
 266   /**\r
 267    * @see CigarArray.getDeletedRegions\r
 268    * @return int[] { vis_start, sym_start, length }\r
 269    */\r
 270   public int[] getContigs()\r
 271   {\r
 272     return contigs;\r
 273   }\r
 274 \r
 275   /**\r
 276    * get the full alignment and a columnselection object marking the hidden\r
 277    * regions\r
 278    * \r
 279    * @param gapCharacter\r
 280    *          char\r
 281    * @return Object[] { SequenceI[], ColumnSelection}\r
 282    */\r
 283   public Object[] getAlignmentAndColumnSelection(char gapCharacter)\r
 284   {\r
 285     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();\r
 286 \r
 287     return new Object[]\r
 288     {\r
 289         SeqCigar.createAlignmentSequences(sequences, gapCharacter, colsel,\r
 290                 contigs), colsel };\r
 291   }\r
 292 \r
 293   /**\r
 294    * return the visible alignment corresponding to this view. Sequences in this\r
 295    * alignment are edited versions of the parent sequences - where hidden\r
 296    * regions have been removed. NOTE: the sequence data in this alignment is not\r
 297    * complete!\r
 298    * \r
 299    * @param c\r
 300    * @return\r
 301    */\r
 302   public AlignmentI getVisibleAlignment(char c)\r
 303   {\r
 304     SequenceI[] aln = getVisibleSeqs(c);\r
 305 \r
 306     AlignmentI vcal = new Alignment(aln);\r
 307     addPrunedGroupsInOrder(vcal, -1, -1, true);\r
 308     return vcal;\r
 309   }\r
 310 \r
 311   /**\r
 312    * add groups from view to the given alignment\r
 313    * \r
 314    * @param vcal\r
 315    * @param gstart\r
 316    *          -1 or 0 to width-1\r
 317    * @param gend\r
 318    *          -1 or gstart to width-1\r
 319    * @param viscontigs\r
 320    *          - true if vcal is alignment of the visible regions of the view\r
 321    *          (e.g. as returned from getVisibleAlignment)\r
 322    */\r
 323   private void addPrunedGroupsInOrder(AlignmentI vcal, int gstart,\r
 324           int gend, boolean viscontigs)\r
 325   {\r
 326     boolean r = false;\r
 327     if (gstart > -1 && gstart <= gend)\r
 328     {\r
 329       r = true;\r
 330     }\r
 331 \r
 332     SequenceI[] aln = vcal.getSequencesArray();\r
 333     {\r
 334       /**\r
 335        * prune any groups to the visible coordinates of the alignment.\r
 336        */\r
 337       {\r
 338         int nvg = (scGroups != null) ? scGroups.size() : 0;\r
 339         if (nvg > 0)\r
 340         {\r
 341           SequenceGroup[] nsg = new SequenceGroup[nvg];\r
 342           for (int g = 0; g < nvg; g++)\r
 343           {\r
 344             SequenceGroup sg = ((ScGroup) scGroups.elementAt(g)).sg;\r
 345             if (r)\r
 346             {\r
 347               if (sg.getStartRes() > gend || sg.getEndRes() < gstart)\r
 348               {\r
 349                 // Skip this group\r
 350                 nsg[g] = null;\r
 351                 continue;\r
 352               }\r
 353             }\r
 354 \r
 355             // clone group properties\r
 356             nsg[g] = new SequenceGroup(sg);\r
 357 \r
 358             // may need to shift/trim start and end ?\r
 359             if (r && !viscontigs)\r
 360             {\r
 361               // Not fully tested code - routine not yet called with viscontigs==false\r
 362               if (nsg[g].getStartRes() < gstart)\r
 363               {\r
 364                 nsg[g].setStartRes(0);\r
 365               }\r
 366               else\r
 367               {\r
 368                 nsg[g].setStartRes(nsg[g].getStartRes() - gstart);\r
 369                 nsg[g].setEndRes(nsg[g].getEndRes() - gstart);\r
 370               }\r
 371               if (nsg[g].getEndRes() > (gend-gstart))\r
 372               {\r
 373                 nsg[g].setEndRes(gend-gstart);\r
 374               }\r
 375             }\r
 376           }\r
 377           if (viscontigs)\r
 378           {\r
 379             // prune groups to cover just the visible positions between\r
 380             // gstart/gend.\r
 381             if (contigs != null)\r
 382             {\r
 383               int p = 0;\r
 384               ShiftList prune = new ShiftList();\r
 385               if (r)\r
 386               {\r
 387                 // adjust for start of alignment within visible window.\r
 388                 prune.addShift(gstart, -gstart); //\r
 389               }\r
 390               for (int h = 0; h < contigs.length; h += 3)\r
 391               {\r
 392                 {\r
 393                   prune.addShift(p + contigs[h + 1], contigs[h + 2]\r
 394                           - contigs[h + 1]);\r
 395                 }\r
 396                 p = contigs[h + 1] + contigs[h + 2];\r
 397               }\r
 398               for (int g = 0; g < nsg.length; g++)\r
 399               {\r
 400                 if (nsg[g] != null)\r
 401                 {\r
 402                   int s = nsg[g].getStartRes(), t = nsg[g].getEndRes();\r
 403                   int w = 1 + t - s;\r
 404                   if (r)\r
 405                   {\r
 406                     if (s < gstart)\r
 407                     {\r
 408                       s = gstart;\r
 409                     }\r
 410                     if (t > gend)\r
 411                     {\r
 412                       t = gend;\r
 413                     }\r
 414                   }\r
 415                   s = prune.shift(s);\r
 416                   t = prune.shift(t);\r
 417                   nsg[g].setStartRes(s);\r
 418                   nsg[g].setEndRes(t);\r
 419                 }\r
 420               }\r
 421             }\r
 422           }\r
 423 \r
 424           for (int nsq = 0; nsq < aln.length; nsq++)\r
 425           {\r
 426             for (int g = 0; g < nvg; g++)\r
 427             {\r
 428               if (nsg[g] != null\r
 429                       && sequences[nsq].isMemberOf(scGroups.elementAt(g)))\r
 430               {\r
 431                 nsg[g].addSequence(aln[nsq], false);\r
 432               }\r
 433             }\r
 434           }\r
 435           for (int g = 0; g < nvg; g++)\r
 436           {\r
 437             if (nsg[g] != null && nsg[g].getSize() > 0)\r
 438             {\r
 439               vcal.addGroup(nsg[g]);\r
 440             }\r
 441             nsg[g] = null;\r
 442           }\r
 443         }\r
 444       }\r
 445     }\r
 446   }\r
 447 \r
 448   /**\r
 449    * generate sequence array corresponding to the visible parts of the\r
 450    * alignment.\r
 451    * \r
 452    * @param c\r
 453    * @return\r
 454    */\r
 455   private SequenceI[] getVisibleSeqs(char c)\r
 456   {\r
 457     SequenceI[] aln = new SequenceI[sequences.length];\r
 458     for (int i = 0, j = sequences.length; i < j; i++)\r
 459     {\r
 460       aln[i] = sequences[i].getSeq('-');\r
 461     }\r
 462     // Remove hidden regions from sequence objects.\r
 463     String seqs[] = getSequenceStrings('-');\r
 464     for (int i = 0, j = aln.length; i < j; i++)\r
 465     {\r
 466       aln[i].setSequence(seqs[i]);\r
 467     }\r
 468     return aln;\r
 469   }\r
 470 \r
 471   /**\r
 472    * creates new alignment objects for all contiguous visible segments\r
 473    * \r
 474    * @param c\r
 475    * @param start\r
 476    * @param end\r
 477    * @param regionOfInterest\r
 478    *          specify which sequences to include (or null to include all\r
 479    *          sequences)\r
 480    * @return AlignmentI[] - all alignments where each sequence is a subsequence\r
 481    *         constructed from visible contig regions of view\r
 482    */\r
 483   public AlignmentI[] getVisibleContigAlignments(char c)\r
 484   {\r
 485     int nvc = 0;\r
 486     int[] vcontigs = getVisibleContigs();\r
 487     SequenceI[][] contigviews = getVisibleContigs(c);\r
 488     AlignmentI[] vcals = new AlignmentI[contigviews.length];\r
 489     for (nvc = 0; nvc < contigviews.length; nvc++)\r
 490     {\r
 491       vcals[nvc] = new Alignment(contigviews[nvc]);\r
 492       if (scGroups!=null && scGroups.size()>0)\r
 493       {\r
 494         addPrunedGroupsInOrder(vcals[nvc], vcontigs[nvc*2],vcontigs[nvc*2+1], true);\r
 495       }\r
 496     }\r
 497     return vcals;\r
 498   }\r
 499 \r
 500 \r
 501   /**\r
 502    * get an array of visible sequence strings for a view on an alignment using\r
 503    * the given gap character\r
 504    * \r
 505    * @param c\r
 506    *          char\r
 507    * @return String[]\r
 508    */\r
 509   public String[] getSequenceStrings(char c)\r
 510   {\r
 511     String[] seqs = new String[sequences.length];\r
 512     for (int n = 0; n < sequences.length; n++)\r
 513     {\r
 514       String fullseq = sequences[n].getSequenceString(c);\r
 515       if (contigs != null)\r
 516       {\r
 517         seqs[n] = "";\r
 518         int p = 0;\r
 519         for (int h = 0; h < contigs.length; h += 3)\r
 520         {\r
 521           seqs[n] += fullseq.substring(p, contigs[h + 1]);\r
 522           p = contigs[h + 1] + contigs[h + 2];\r
 523         }\r
 524         seqs[n] += fullseq.substring(p);\r
 525       }\r
 526       else\r
 527       {\r
 528         seqs[n] = fullseq;\r
 529       }\r
 530     }\r
 531     return seqs;\r
 532   }\r
 533 \r
 534   /**\r
 535    * \r
 536    * @return visible number of columns in alignment view\r
 537    */\r
 538   public int getWidth()\r
 539   {\r
 540     return width;\r
 541   }\r
 542 \r
 543   protected void setWidth(int width)\r
 544   {\r
 545     this.width = width;\r
 546   }\r
 547 \r
 548   /**\r
 549    * get the contiguous subalignments in an alignment view.\r
 550    * \r
 551    * @param gapCharacter\r
 552    *          char\r
 553    * @return SequenceI[][]\r
 554    */\r
 555   public SequenceI[][] getVisibleContigs(char gapCharacter)\r
 556   {\r
 557     SequenceI[][] smsa;\r
 558     int njobs = 1;\r
 559     if (sequences == null || width <= 0)\r
 560     {\r
 561       return null;\r
 562     }\r
 563     if (contigs != null && contigs.length > 0)\r
 564     {\r
 565       int start = 0;\r
 566       njobs = 0;\r
 567       int fwidth = width;\r
 568       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3)\r
 569       {\r
 570         if ((contigs[contig + 1] - start) > 0)\r
 571         {\r
 572           njobs++;\r
 573         }\r
 574         fwidth += contigs[contig + 2]; // end up with full region width\r
 575         // (including hidden regions)\r
 576         start = contigs[contig + 1] + contigs[contig + 2];\r
 577       }\r
 578       if (start < fwidth)\r
 579       {\r
 580         njobs++;\r
 581       }\r
 582       smsa = new SequenceI[njobs][];\r
 583       start = 0;\r
 584       int j = 0;\r
 585       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3)\r
 586       {\r
 587         if (contigs[contig + 1] - start > 0)\r
 588         {\r
 589           SequenceI mseq[] = new SequenceI[sequences.length];\r
 590           for (int s = 0; s < mseq.length; s++)\r
 591           {\r
 592             mseq[s] = sequences[s].getSeq(gapCharacter).getSubSequence(\r
 593                     start, contigs[contig + 1]);\r
 594           }\r
 595           smsa[j] = mseq;\r
 596           j++;\r
 597         }\r
 598         start = contigs[contig + 1] + contigs[contig + 2];\r
 599       }\r
 600       if (start < fwidth)\r
 601       {\r
 602         SequenceI mseq[] = new SequenceI[sequences.length];\r
 603         for (int s = 0; s < mseq.length; s++)\r
 604         {\r
 605           mseq[s] = sequences[s].getSeq(gapCharacter).getSubSequence(start,\r
 606                   fwidth + 1);\r
 607         }\r
 608         smsa[j] = mseq;\r
 609         j++;\r
 610       }\r
 611     }\r
 612     else\r
 613     {\r
 614       smsa = new SequenceI[1][];\r
 615       smsa[0] = new SequenceI[sequences.length];\r
 616       for (int s = 0; s < sequences.length; s++)\r
 617       {\r
 618         smsa[0][s] = sequences[s].getSeq(gapCharacter);\r
 619       }\r
 620     }\r
 621     return smsa;\r
 622   }\r
 623 \r
 624   /**\r
 625    * return full msa and hidden regions with visible blocks replaced with new\r
 626    * sub alignments\r
 627    * \r
 628    * @param nvismsa\r
 629    *          SequenceI[][]\r
 630    * @param orders\r
 631    *          AlignmentOrder[] corresponding to each SequenceI[] block.\r
 632    * @return Object[]\r
 633    */\r
 634   public Object[] getUpdatedView(SequenceI[][] nvismsa,\r
 635           AlignmentOrder[] orders, char gapCharacter)\r
 636   {\r
 637     if (sequences == null || width <= 0)\r
 638     {\r
 639       throw new Error("empty view cannot be updated.");\r
 640     }\r
 641     if (nvismsa == null)\r
 642     {\r
 643       throw new Error(\r
 644               "nvismsa==null. use getAlignmentAndColumnSelection() instead.");\r
 645     }\r
 646     if (contigs != null && contigs.length > 0)\r
 647     {\r
 648       SequenceI[] alignment = new SequenceI[sequences.length];\r
 649       ColumnSelection columnselection = new ColumnSelection();\r
 650       if (contigs != null && contigs.length > 0)\r
 651       {\r
 652         int start = 0;\r
 653         int nwidth = 0;\r
 654         int owidth = width;\r
 655         int j = 0;\r
 656         for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3)\r
 657         {\r
 658           owidth += contigs[contig + 2]; // recover final column width\r
 659           if (contigs[contig + 1] - start > 0)\r
 660           {\r
 661             int swidth = 0; // subalignment width\r
 662             if (nvismsa[j] != null)\r
 663             {\r
 664               SequenceI mseq[] = nvismsa[j];\r
 665               AlignmentOrder order = (orders == null) ? null : orders[j];\r
 666               j++;\r
 667               if (mseq.length != sequences.length)\r
 668               {\r
 669                 throw new Error(\r
 670                         "Mismatch between number of sequences in block "\r
 671                                 + j + " (" + mseq.length\r
 672                                 + ") and the original view ("\r
 673                                 + sequences.length + ")");\r
 674               }\r
 675               swidth = mseq[0].getLength(); // JBPNote: could ensure padded\r
 676               // here.\r
 677               for (int s = 0; s < mseq.length; s++)\r
 678               {\r
 679                 if (alignment[s] == null)\r
 680                 {\r
 681                   alignment[s] = mseq[s];\r
 682                 }\r
 683                 else\r
 684                 {\r
 685                   alignment[s].setSequence(alignment[s]\r
 686                           .getSequenceAsString()\r
 687                           + mseq[s].getSequenceAsString());\r
 688                   if (mseq[s].getStart() <= mseq[s].getEnd())\r
 689                   {\r
 690                     alignment[s].setEnd(mseq[s].getEnd());\r
 691                   }\r
 692                   if (order != null)\r
 693                   {\r
 694                     order.updateSequence(mseq[s], alignment[s]);\r
 695                   }\r
 696                 }\r
 697               }\r
 698             }\r
 699             else\r
 700             {\r
 701               // recover original alignment block or place gaps\r
 702               if (true)\r
 703               {\r
 704                 // recover input data\r
 705                 for (int s = 0; s < sequences.length; s++)\r
 706                 {\r
 707                   SequenceI oseq = sequences[s].getSeq(gapCharacter)\r
 708                           .getSubSequence(start, contigs[contig + 1]);\r
 709                   if (swidth < oseq.getLength())\r
 710                   {\r
 711                     swidth = oseq.getLength();\r
 712                   }\r
 713                   if (alignment[s] == null)\r
 714                   {\r
 715                     alignment[s] = oseq;\r
 716                   }\r
 717                   else\r
 718                   {\r
 719                     alignment[s].setSequence(alignment[s]\r
 720                             .getSequenceAsString()\r
 721                             + oseq.getSequenceAsString());\r
 722                     if (oseq.getEnd() >= oseq.getStart())\r
 723                     {\r
 724                       alignment[s].setEnd(oseq.getEnd());\r
 725                     }\r
 726                   }\r
 727                 }\r
 728 \r
 729               }\r
 730               j++;\r
 731             }\r
 732             nwidth += swidth;\r
 733           }\r
 734           // advance to begining of visible region\r
 735           start = contigs[contig + 1] + contigs[contig + 2];\r
 736           // add hidden segment to right of next region\r
 737           for (int s = 0; s < sequences.length; s++)\r
 738           {\r
 739             SequenceI hseq = sequences[s].getSeq(gapCharacter)\r
 740                     .getSubSequence(contigs[contig + 1], start);\r
 741             if (alignment[s] == null)\r
 742             {\r
 743               alignment[s] = hseq;\r
 744             }\r
 745             else\r
 746             {\r
 747               alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequenceAsString()\r
 748                       + hseq.getSequenceAsString());\r
 749               if (hseq.getEnd() >= hseq.getStart())\r
 750               {\r
 751                 alignment[s].setEnd(hseq.getEnd());\r
 752               }\r
 753             }\r
 754           }\r
 755           // mark hidden segment as hidden in the new alignment\r
 756           columnselection.hideColumns(nwidth, nwidth + contigs[contig + 2]\r
 757                   - 1);\r
 758           nwidth += contigs[contig + 2];\r
 759         }\r
 760         // Do final segment - if it exists\r
 761         if (j < nvismsa.length)\r
 762         {\r
 763           int swidth = 0;\r
 764           if (nvismsa[j] != null)\r
 765           {\r
 766             SequenceI mseq[] = nvismsa[j];\r
 767             AlignmentOrder order = (orders != null) ? orders[j] : null;\r
 768             swidth = mseq[0].getLength();\r
 769             for (int s = 0; s < mseq.length; s++)\r
 770             {\r
 771               if (alignment[s] == null)\r
 772               {\r
 773                 alignment[s] = mseq[s];\r
 774               }\r
 775               else\r
 776               {\r
 777                 alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequenceAsString()\r
 778                         + mseq[s].getSequenceAsString());\r
 779                 if (mseq[s].getEnd() >= mseq[s].getStart())\r
 780                 {\r
 781                   alignment[s].setEnd(mseq[s].getEnd());\r
 782                 }\r
 783                 if (order != null)\r
 784                 {\r
 785                   order.updateSequence(mseq[s], alignment[s]);\r
 786                 }\r
 787               }\r
 788             }\r
 789           }\r
 790           else\r
 791           {\r
 792             if (start < owidth)\r
 793             {\r
 794               // recover input data or place gaps\r
 795               if (true)\r
 796               {\r
 797                 // recover input data\r
 798                 for (int s = 0; s < sequences.length; s++)\r
 799                 {\r
 800                   SequenceI oseq = sequences[s].getSeq(gapCharacter)\r
 801                           .getSubSequence(start, owidth + 1);\r
 802                   if (swidth < oseq.getLength())\r
 803                   {\r
 804                     swidth = oseq.getLength();\r
 805                   }\r
 806                   if (alignment[s] == null)\r
 807                   {\r
 808                     alignment[s] = oseq;\r
 809                   }\r
 810                   else\r
 811                   {\r
 812                     alignment[s].setSequence(alignment[s]\r
 813                             .getSequenceAsString()\r
 814                             + oseq.getSequenceAsString());\r
 815                     if (oseq.getEnd() >= oseq.getStart())\r
 816                     {\r
 817                       alignment[s].setEnd(oseq.getEnd());\r
 818                     }\r
 819                   }\r
 820                 }\r
 821                 nwidth += swidth;\r
 822               }\r
 823               else\r
 824               {\r
 825                 // place gaps.\r
 826                 throw new Error("Padding not yet implemented.");\r
 827               }\r
 828             }\r
 829           }\r
 830         }\r
 831       }\r
 832       return new Object[]\r
 833       { alignment, columnselection };\r
 834     }\r
 835     else\r
 836     {\r
 837       if (nvismsa.length != 1)\r
 838       {\r
 839         throw new Error(\r
 840                 "Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks="\r
 841                         + nvismsa.length);\r
 842       }\r
 843       if (nvismsa[0] != null)\r
 844       {\r
 845         return new Object[]\r
 846         { nvismsa[0], new ColumnSelection() };\r
 847       }\r
 848       else\r
 849       {\r
 850         return getAlignmentAndColumnSelection(gapCharacter);\r
 851       }\r
 852     }\r
 853   }\r
 854 \r
 855   /**\r
 856    * returns simple array of start end positions of visible range on alignment.\r
 857    * vis_start and vis_end are inclusive - use\r
 858    * SequenceI.getSubSequence(vis_start, vis_end+1) to recover visible sequence\r
 859    * from underlying alignment.\r
 860    * \r
 861    * @return int[] { start_i, end_i } for 1<i<n visible regions.\r
 862    */\r
 863   public int[] getVisibleContigs()\r
 864   {\r
 865     if (contigs != null && contigs.length > 0)\r
 866     {\r
 867       int start = 0;\r
 868       int nvis = 0;\r
 869       int fwidth = width;\r
 870       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3)\r
 871       {\r
 872         if ((contigs[contig + 1] - start) > 0)\r
 873         {\r
 874           nvis++;\r
 875         }\r
 876         fwidth += contigs[contig + 2]; // end up with full region width\r
 877         // (including hidden regions)\r
 878         start = contigs[contig + 1] + contigs[contig + 2];\r
 879       }\r
 880       if (start < fwidth)\r
 881       {\r
 882         nvis++;\r
 883       }\r
 884       int viscontigs[] = new int[nvis * 2];\r
 885       nvis = 0;\r
 886       start = 0;\r
 887       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3)\r
 888       {\r
 889         if ((contigs[contig + 1] - start) > 0)\r
 890         {\r
 891           viscontigs[nvis] = start;\r
 892           viscontigs[nvis + 1] = contigs[contig + 1] - 1; // end is inclusive\r
 893           nvis += 2;\r
 894         }\r
 895         start = contigs[contig + 1] + contigs[contig + 2];\r
 896       }\r
 897       if (start < fwidth)\r
 898       {\r
 899         viscontigs[nvis] = start;\r
 900         viscontigs[nvis + 1] = fwidth; // end is inclusive\r
 901         nvis += 2;\r
 902       }\r
 903       return viscontigs;\r
 904     }\r
 905     else\r
 906     {\r
 907       return new int[]\r
 908       { 0, width };\r
 909     }\r
 910   }\r
 911 \r
 912   /**\r
 913    * \r
 914    * @return position of first visible column of AlignmentView within its\r
 915    *         parent's alignment reference frame\r
 916    */\r
 917   public int getAlignmentOrigin()\r
 918   {\r
 919     return firstCol;\r
 920   }\r
 921 \r
 922   /**\r
 923    * compute a deletion map for the current view according to the given\r
 924    * gap/match map\r
 925    * \r
 926    * @param gapMap\r
 927    *          (as returned from SequenceI.gapMap())\r
 928    * @return int[] {intersection of visible regions with gapMap)\r
 929    */\r
 930   public int[] getVisibleContigMapFor(int[] gapMap)\r
 931   {\r
 932     int[] delMap = null;\r
 933     int[] viscontigs = getVisibleContigs();\r
 934     int spos = 0;\r
 935     int i = 0;\r
 936     if (viscontigs != null)\r
 937     {\r
 938       // viscontigs maps from a subset of the gapMap to the gapMap, so it will\r
 939       // always be equal to or shorter than gapMap\r
 940       delMap = new int[gapMap.length];\r
 941       for (int contig = 0; contig < viscontigs.length; contig += 2)\r
 942       {\r
 943 \r
 944         while (spos < gapMap.length && gapMap[spos] < viscontigs[contig])\r
 945         {\r
 946           spos++;\r
 947         }\r
 948         while (spos < gapMap.length\r
 949                 && gapMap[spos] <= viscontigs[contig + 1])\r
 950         {\r
 951           delMap[i++] = spos++;\r
 952         }\r
 953       }\r
 954       int tmap[] = new int[i];\r
 955       System.arraycopy(delMap, 0, tmap, 0, i);\r
 956       delMap = tmap;\r
 957     }\r
 958     return delMap;\r
 959   }\r
 960 \r
 961   /**\r
 962    * apply the getSeq(gc) method to each sequence cigar, and return the array of\r
 963    * edited sequences, optionally with hidden regions removed.\r
 964    * \r
 965    * @param gc\r
 966    *          gap character to use for insertions\r
 967    * @param delete\r
 968    *          remove hidden regions from sequences. Note: currently implemented\r
 969    *          in a memory inefficient way - space needed is 2*result set for\r
 970    *          deletion\r
 971    * \r
 972    * @return SequenceI[]\r
 973    */\r
 974   public SequenceI[] getEditedSequences(char gc, boolean delete)\r
 975   {\r
 976     SeqCigar[] msf = getSequences();\r
 977     SequenceI[] aln = new SequenceI[msf.length];\r
 978     for (int i = 0, j = msf.length; i < j; i++)\r
 979     {\r
 980       aln[i] = msf[i].getSeq(gc);\r
 981     }\r
 982     if (delete)\r
 983     {\r
 984       String[] sqs = getSequenceStrings(gc);\r
 985       for (int i = 0; i < sqs.length; i++)\r
 986       {\r
 987         aln[i].setSequence(sqs[i]);\r
 988         sqs[i] = null;\r
 989       }\r
 990     }\r
 991     return aln;\r
 992   }\r
 993 \r
 994   public static void summariseAlignmentView(AlignmentView view,\r
 995           PrintStream os)\r
 996   {\r
 997     os.print("View has " + view.sequences.length + " of which ");\r
 998     if (view.selected == null) {\r
 999       os.print("None");\r
1000     } else {\r
1001       os.print(" "+view.selected.size());\r
1002     }\r
1003     os.println(" are selected.");\r
1004     os.print("View is " + view.getWidth() + " columns wide");\r
1005     int viswid = 0;\r
1006     int[] contigs = view.getContigs();\r
1007     if (contigs != null)\r
1008     {\r
1009       viswid = view.width;\r
1010       for (int i = 0; i < contigs.length; i += 3)\r
1011       {\r
1012         viswid += contigs[i + 2];\r
1013       }\r
1014       os.println("with " + viswid + " visible columns spread over "\r
1015               + contigs.length / 3 + " regions.");\r
1016     }\r
1017     else\r
1018     {\r
1019       viswid = view.width;\r
1020       os.println(".");\r
1021     }\r
1022     if (view.scGroups != null)\r
1023     {\r
1024       os.println("There are " + view.scGroups.size()\r
1025               + " groups defined on the view.");\r
1026       for (int g = 0; g < view.scGroups.size(); g++)\r
1027       {\r
1028         ScGroup sgr = (ScGroup) view.scGroups.elementAt(g);\r
1029         os.println("Group " + g + ": Name = " + sgr.sg.getName()\r
1030                 + " Contains " + sgr.seqs.size() + " Seqs.");\r
1031         os.println("This group runs from " + sgr.sg.getStartRes() + " to "\r
1032                 + sgr.sg.getEndRes());\r
1033         for (int s = 0; s < sgr.seqs.size(); s++)\r
1034         {\r
1035           if (!((SeqCigar) sgr.seqs.elementAt(s)).isMemberOf(sgr))\r
1036           {\r
1037             os.println("** WARNING: sequence "\r
1038                     + ((SeqCigar) sgr.seqs.elementAt(s)).toString()\r
1039                     + " is not marked as member of group.");\r
1040           }\r
1041         }\r
1042       }\r
1043       AlignmentI visal = view.getVisibleAlignment('-');\r
1044       if (visal != null)\r
1045       {\r
1046         os.println("Vis. alignment is " + visal.getWidth()\r
1047                 + " wide and has " + visal.getHeight() + " seqs.");\r
1048         if (visal.getGroups() != null && visal.getGroups().size() > 0)\r
1049         {\r
1050           SequenceGroup sg;\r
1051           Enumeration en = visal.getGroups().elements();\r
1052           int i = 1;\r
1053           while (en.hasMoreElements())\r
1054           {\r
1055             sg = (SequenceGroup) en.nextElement();\r
1056             os.println("Group " + (i++) + " begins at column "\r
1057                     + sg.getStartRes() + " and ends at " + sg.getEndRes());\r
1058           }\r
1059         }\r
1060       }\r
1061     }\r
1062   }\r
1063 \r
1064   public static void testSelectionViews(AlignmentI alignment,\r
1065           ColumnSelection csel, SequenceGroup selection)\r
1066   {\r
1067     System.out.println("Testing standard view creation:\n");\r
1068     AlignmentView view = null;\r
1069     try\r
1070     {\r
1071       System.out\r
1072               .println("View with no hidden columns, no limit to selection, no groups to be collected:");\r
1073       view = new AlignmentView(alignment, csel, selection, false, false,\r
1074               false);\r
1075       summariseAlignmentView(view, System.out);\r
1076 \r
1077     } catch (Exception e)\r
1078     {\r
1079       e.printStackTrace();\r
1080       System.err\r
1081               .println("Failed to generate alignment with selection but no groups marked.");\r
1082     }\r
1083     try\r
1084     {\r
1085       System.out\r
1086               .println("View with no hidden columns, no limit to selection, and all groups to be collected:");\r
1087       view = new AlignmentView(alignment, csel, selection, false, false,\r
1088               true);\r
1089       summariseAlignmentView(view, System.out);\r
1090     } catch (Exception e)\r
1091     {\r
1092       e.printStackTrace();\r
1093       System.err\r
1094               .println("Failed to generate alignment with selection marked but no groups marked.");\r
1095     }\r
1096     try\r
1097     {\r
1098       System.out\r
1099               .println("View with no hidden columns, limited to selection and no groups to be collected:");\r
1100       view = new AlignmentView(alignment, csel, selection, false, true,\r
1101               false);\r
1102       summariseAlignmentView(view, System.out);\r
1103     } catch (Exception e)\r
1104     {\r
1105       e.printStackTrace();\r
1106       System.err\r
1107               .println("Failed to generate alignment with selection restricted but no groups marked.");\r
1108     }\r
1109     try\r
1110     {\r
1111       System.out\r
1112               .println("View with no hidden columns, limited to selection, and all groups to be collected:");\r
1113       view = new AlignmentView(alignment, csel, selection, false, true,\r
1114               true);\r
1115       summariseAlignmentView(view, System.out);\r
1116     } catch (Exception e)\r
1117     {\r
1118       e.printStackTrace();\r
1119       System.err\r
1120               .println("Failed to generate alignment with selection restricted and groups marked.");\r
1121     }\r
1122     try\r
1123     {\r
1124       System.out\r
1125               .println("View *with* hidden columns, no limit to selection, no groups to be collected:");\r
1126       view = new AlignmentView(alignment, csel, selection, true, false,\r
1127               false);\r
1128       summariseAlignmentView(view, System.out);\r
1129     } catch (Exception e)\r
1130     {\r
1131       e.printStackTrace();\r
1132       System.err\r
1133               .println("Failed to generate alignment with selection but no groups marked.");\r
1134     }\r
1135     try\r
1136     {\r
1137       System.out\r
1138               .println("View *with* hidden columns, no limit to selection, and all groups to be collected:");\r
1139       view = new AlignmentView(alignment, csel, selection, true, false,\r
1140               true);\r
1141       summariseAlignmentView(view, System.out);\r
1142     } catch (Exception e)\r
1143     {\r
1144       e.printStackTrace();\r
1145       System.err\r
1146               .println("Failed to generate alignment with selection marked but no groups marked.");\r
1147     }\r
1148     try\r
1149     {\r
1150       System.out\r
1151               .println("View *with* hidden columns, limited to selection and no groups to be collected:");\r
1152       view = new AlignmentView(alignment, csel, selection, true, true,\r
1153               false);\r
1154       summariseAlignmentView(view, System.out);\r
1155     } catch (Exception e)\r
1156     {\r
1157       e.printStackTrace();\r
1158       System.err\r
1159               .println("Failed to generate alignment with selection restricted but no groups marked.");\r
1160     }\r
1161     try\r
1162     {\r
1163       System.out\r
1164               .println("View *with* hidden columns, limited to selection, and all groups to be collected:");\r
1165       view = new AlignmentView(alignment, csel, selection, true, true, true);\r
1166       summariseAlignmentView(view, System.out);\r
1167     } catch (Exception e)\r
1168     {\r
1169       e.printStackTrace();\r
1170       System.err\r
1171               .println("Failed to generate alignment with selection restricted and groups marked.");\r
1172     }\r
1173 \r
1174   }\r
1175 }\r