src/jalview/datamodel/BinaryNode.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 /**
  22  * DOCUMENT ME!
  23  *
  24  * @author $author$
  25  * @version $Revision$
  26  */
  27 public class BinaryNode
  28 {
  29   Object element;
  30
  31   String name;
  32
  33   BinaryNode left;
  34
  35   BinaryNode right;
  36
  37   BinaryNode parent;
  38
  39   /** DOCUMENT ME!! */
  40   public int bootstrap;
  41
  42   /**
  43    * Creates a new BinaryNode object.
  44    */
  45   public BinaryNode()
  46   {
  47     left = right = parent = null;
  48     bootstrap = 0;
  49   }
  50
  51   /**
  52    * Creates a new BinaryNode object.
  53    *
  54    * @param element
  55    *                DOCUMENT ME!
  56    * @param parent
  57    *                DOCUMENT ME!
  58    * @param name
  59    *                DOCUMENT ME!
  60    */
  61   public BinaryNode(Object element, BinaryNode parent, String name)
  62   {
  63     this.element = element;
  64     this.parent = parent;
  65     this.name = name;
  66
  67     left = right = null;
  68   }
  69
  70   /**
  71    * DOCUMENT ME!
  72    *
  73    * @return DOCUMENT ME!
  74    */
  75   public Object element()
  76   {
  77     return element;
  78   }
  79
  80   /**
  81    * DOCUMENT ME!
  82    *
  83    * @param v
  84    *                DOCUMENT ME!
  85    *
  86    * @return DOCUMENT ME!
  87    */
  88   public Object setElement(Object v)
  89   {
  90     return element = v;
  91   }
  92
  93   /**
  94    * DOCUMENT ME!
  95    *
  96    * @return DOCUMENT ME!
  97    */
  98   public BinaryNode left()
  99   {
 100     return left;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * DOCUMENT ME!
 105    *
 106    * @param n
 107    *                DOCUMENT ME!
 108    *
 109    * @return DOCUMENT ME!
 110    */
 111   public BinaryNode setLeft(BinaryNode n)
 112   {
 113     return left = n;
 114   }
 115
 116   /**
 117    * DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @return DOCUMENT ME!
 120    */
 121   public BinaryNode right()
 122   {
 123     return right;
 124   }
 125
 126   /**
 127    * DOCUMENT ME!
 128    *
 129    * @param n
 130    *                DOCUMENT ME!
 131    *
 132    * @return DOCUMENT ME!
 133    */
 134   public BinaryNode setRight(BinaryNode n)
 135   {
 136     return right = n;
 137   }
 138
 139   /**
 140    * DOCUMENT ME!
 141    *
 142    * @return DOCUMENT ME!
 143    */
 144   public BinaryNode parent()
 145   {
 146     return parent;
 147   }
 148
 149   /**
 150    * DOCUMENT ME!
 151    *
 152    * @param n
 153    *                DOCUMENT ME!
 154    *
 155    * @return DOCUMENT ME!
 156    */
 157   public BinaryNode setParent(BinaryNode n)
 158   {
 159     return parent = n;
 160   }
 161
 162   /**
 163    * DOCUMENT ME!
 164    *
 165    * @return DOCUMENT ME!
 166    */
 167   public boolean isLeaf()
 168   {
 169     return (left == null) && (right == null);
 170   }
 171
 172   /**
 173    * attaches FIRST and SECOND node arguments as the LEFT and RIGHT children of
 174    * this node (removing any old references) a null parameter DOES NOT mean that
 175    * the pointer to the corresponding child node is set to NULL - you should use
 176    * setChild(null), or detach() for this.
 177    *
 178    */
 179   public void SetChildren(BinaryNode leftchild, BinaryNode rightchild)
 180   {
 181     if (leftchild != null)
 182     {
 183       this.setLeft(leftchild);
 184       leftchild.detach();
 185       leftchild.setParent(this);
 186     }
 187
 188     if (rightchild != null)
 189     {
 190       this.setRight(rightchild);
 191       rightchild.detach();
 192       rightchild.setParent(this);
 193     }
 194   }
 195
 196   /**
 197    * Detaches the node from the binary tree, along with all its child nodes.
 198    *
 199    * @return BinaryNode The detached node.
 200    */
 201   public BinaryNode detach()
 202   {
 203     if (this.parent != null)
 204     {
 205       if (this.parent.left == this)
 206       {
 207         this.parent.left = null;
 208       }
 209       else
 210       {
 211         if (this.parent.right == this)
 212         {
 213           this.parent.right = null;
 214         }
 215       }
 216     }
 217
 218     this.parent = null;
 219
 220     return this;
 221   }
 222
 223   /**
 224    * Traverses up through the tree until a node with a free leftchild is
 225    * discovered.
 226    *
 227    * @return BinaryNode
 228    */
 229   public BinaryNode ascendLeft()
 230   {
 231     BinaryNode c = this;
 232
 233     do
 234     {
 235       c = c.parent();
 236     } while ((c != null) && (c.left() != null) && !c.left().isLeaf());
 237
 238     return c;
 239   }
 240
 241   /**
 242    * Traverses up through the tree until a node with a free rightchild is
 243    * discovered. Jalview builds trees by descent on the left, so this may be
 244    * unused.
 245    *
 246    * @return BinaryNode
 247    */
 248   public BinaryNode ascendRight()
 249   {
 250     BinaryNode c = this;
 251
 252     do
 253     {
 254       c = c.parent();
 255     } while ((c != null) && (c.right() != null) && !c.right().isLeaf());
 256
 257     return c;
 258   }
 259
 260   /**
 261    * DOCUMENT ME!
 262    *
 263    * @param name
 264    *                DOCUMENT ME!
 265    */
 266   public void setName(String name)
 267   {
 268     this.name = name;
 269   }
 270
 271   /**
 272    * DOCUMENT ME!
 273    *
 274    * @return DOCUMENT ME!
 275    */
 276   public String getName()
 277   {
 278     return this.name;
 279   }
 280
 281   /**
 282    * DOCUMENT ME!
 283    *
 284    * @param boot
 285    *                DOCUMENT ME!
 286    */
 287   public void setBootstrap(int boot)
 288   {
 289     this.bootstrap = boot;
 290   }
 291
 292   /**
 293    * DOCUMENT ME!
 294    *
 295    * @return DOCUMENT ME!
 296    */
 297   public int getBootstrap()
 298   {
 299     return bootstrap;
 300   }
 301 }