src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 import jalview.schemes.*;
  22
  23 /**
  24  * DOCUMENT ME!
  25  *
  26  * @author $author$
  27  * @version $Revision$
  28  */
  29 public class BinarySequence extends Sequence
  30 {
  31   int[] binary;
  32
  33   double[] dbinary;
  34
  35   /**
  36    * Creates a new BinarySequence object.
  37    *
  38    * @param s
  39    *                DOCUMENT ME!
  40    */
  41   public BinarySequence(String s)
  42   {
  43     super("", s, 0, s.length());
  44   }
  45
  46   /**
  47    * DOCUMENT ME!
  48    */
  49   public void encode()
  50   {
  51     // Set all matrix to 0
  52     dbinary = new double[getSequence().length * 21];
  53
  54     int nores = 21;
  55
  56     for (int i = 0; i < dbinary.length; i++)
  57     {
  58       dbinary[i] = 0.0;
  59     }
  60
  61     for (int i = 0; i < getSequence().length; i++)
  62     {
  63       int aanum = 20;
  64
  65       try
  66       {
  67         aanum = ResidueProperties.aaIndex[getCharAt(i)];
  68       } catch (NullPointerException e)
  69       {
  70         aanum = 20;
  71       }
  72
  73       if (aanum > 20)
  74       {
  75         aanum = 20;
  76       }
  77
  78       dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;
  79     }
  80   }
  81
  82   /**
  83    * ancode using substitution matrix given in matrix
  84    *
  85    * @param matrix
  86    */
  87   public void matrixEncode(ScoreMatrix matrix)
  88   {
  89     matrixEncode(matrix.isDNA() ? ResidueProperties.nucleotideIndex
  90             : ResidueProperties.aaIndex, matrix.getMatrix());
  91   }
  92
  93   /**
  94    * DOCUMENT ME!
  95    */
  96   public void blosumEncode()
  97   {
  98     matrixEncode(ResidueProperties.aaIndex, ResidueProperties.getBLOSUM62());
  99   }
 100
 101   private void matrixEncode(int[] aaIndex, int[][] matrix)
 102   {
 103     // Set all matrix to 0
 104     dbinary = new double[getSequence().length * 21];
 105
 106     int nores = 21;
 107
 108     // for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {
 109     // dbinary[i] = 0.0;
 110     // }
 111     for (int i = 0; i < getSequence().length; i++)
 112     {
 113       int aanum = 20;
 114
 115       try
 116       {
 117         aanum = aaIndex[getCharAt(i)];
 118       } catch (NullPointerException e)
 119       {
 120         aanum = 20;
 121       }
 122
 123       if (aanum > 20)
 124       {
 125         aanum = 20;
 126       }
 127
 128       // Do the blosum thing
 129
 130       for (int j = 0; j < 20; j++)
 131       {
 132         dbinary[(i * nores) + j] = matrix[aanum][j];
 133       }
 134     }
 135   }
 136
 137   /**
 138    * DOCUMENT ME!
 139    *
 140    * @return DOCUMENT ME!
 141    */
 142   public String toBinaryString()
 143   {
 144     String out = "";
 145
 146     for (int i = 0; i < binary.length; i++)
 147     {
 148       out += (new Integer(binary[i])).toString();
 149
 150       if (i < (binary.length - 1))
 151       {
 152         out += " ";
 153       }
 154     }
 155
 156     return out;
 157   }
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    *
 162    * @return DOCUMENT ME!
 163    */
 164   public double[] getDBinary()
 165   {
 166     return dbinary;
 167   }
 168
 169 }