src/jalview/datamodel/CigarArray.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 public class CigarArray extends CigarBase\r
   4 {\r
   5     /**\r
   6      * Do CIGAR operations on a set of sequences from many other cigars\r
   7      * BAD THINGS WILL HAPPEN IF A CIGARARRAY IS PASSED TO A CIGARARRAY\r
   8      * or a CIGARCIGAR is given a CIGARARRAY to insert gaps into.\r
   9      */\r
  10     /**\r
  11      * array of subject cigars\r
  12      */\r
  13     public CigarSimple refCigars[]=null;\r
  14     private boolean seqcigararray=false;\r
  15   private CigarArray() {\r
  16     super();\r
  17   }\r
  18 \r
  19   /**\r
  20    * isSeqCigarArray()\r
  21    * @return boolean true if all refCigars resolve to a SeqCigar or a CigarCigar\r
  22    */\r
  23   public boolean isSeqCigarArray()\r
  24   {\r
  25     return seqcigararray;\r
  26   }\r
  27   /**\r
  28    * Apply CIGAR operations to several cigars in parallel\r
  29    * will throw an error if any of cigar are actually CigarArrays.\r
  30    * @param cigar Cigar[]\r
  31    */\r
  32   public CigarArray(CigarSimple[] cigars) {\r
  33     super();\r
  34     seqcigararray = true;\r
  35     if (cigars != null && cigars.length > 0)\r
  36     {\r
  37       refCigars = new CigarSimple[cigars.length];\r
  38       for (int c = 0; c < cigars.length; c++)\r
  39       {\r
  40         refCigars[c] = cigars[c];\r
  41         if (! ( (cigars[c] instanceof SeqCigar)\r
  42                || cigars[c] instanceof CigarCigar))\r
  43         {\r
  44           seqcigararray = false;\r
  45         }\r
  46       }\r
  47     }\r
  48   }\r
  49   /**\r
  50    * @see Cigar.getSequenceAndDeletions\r
  51    * @param GapChar char\r
  52    * @return Object[][]\r
  53    */\r
  54   protected Object[][] getArrayofSequenceAndDeletions(char GapChar) {\r
  55       if (refCigars == null || refCigars.length == 0 || length == 0) {\r
  56         return null;\r
  57       }\r
  58       Object[][] sqanddels = new Object[refCigars.length][];\r
  59       for (int c=0; c<refCigars.length; c++) {\r
  60         String refString = refCigars[c].getSequenceString(GapChar);\r
  61         if (refString != null)\r
  62         {\r
  63           sqanddels[c] = getSequenceAndDeletions(refString, GapChar);\r
  64         } else {\r
  65           sqanddels[c] = null;\r
  66         }\r
  67       }\r
  68       return sqanddels;\r
  69     }\r
  70   /**\r
  71    * NOTE: this is an improper sequence string function\r
  72    * @return String formed by newline concatenated results of applying CIGAR operations to each reference object in turn.\r
  73    * @param GapChar char\r
  74    * @return '\n' separated strings (empty results included as \n\n)\r
  75    */\r
  76   public String getSequenceString(char GapChar)\r
  77   {\r
  78     if (length==0 || refCigars==null)\r
  79       return "";\r
  80     StringBuffer seqStrings = new StringBuffer();\r
  81     Object[][] sqanddels = getArrayofSequenceAndDeletions(GapChar);\r
  82     for (int c=0; c<refCigars.length; c++) {\r
  83       if (sqanddels[c]!=null) {\r
  84         seqStrings.append( (String) sqanddels[c][0]);\r
  85         sqanddels[c][0] = null;\r
  86       }\r
  87       seqStrings.append('\n');\r
  88     }\r
  89     return seqStrings.toString();\r
  90   }\r
  91   /**\r
  92    * return string results of applying cigar string to all reference cigars\r
  93    * @param GapChar char\r
  94    * @return String[]\r
  95    */\r
  96   public String[] getSequenceStrings(char GapChar) {\r
  97 \r
  98     if (length==0 || refCigars==null || refCigars.length==0)\r
  99       return null;\r
 100     Object[][] sqanddels = getArrayofSequenceAndDeletions(GapChar);\r
 101     String[] seqs = new String[sqanddels.length];\r
 102     for (int c=0; c<refCigars.length; c++) {\r
 103       seqs[c] = (String) sqanddels[c][0];\r
 104     }\r
 105     return seqs;\r
 106   }\r
 107   /**\r
 108    * Combines the CigarArray cigar operations with the operations in each\r
 109    * reference cigar - creating a new reference cigar\r
 110    * @return Cigar[]\r
 111 \r
 112   public CigarBase[] getEditedCigars() {\r
 113 \r
 114     return new CigarBase[] {};\r
 115   }\r
 116 */\r
 117   /**\r
 118    * applyDeletions\r
 119    * edits underlying refCigars to propagate deleted regions, and removes deletion\r
 120    * operations from CigarArray operation list.\r
 121    * @return int[] position after deletion occured and range of deletion in cigarArray or null if none occured\r
 122    */\r
 123   public int[] applyDeletions()\r
 124   {\r
 125     java.util.Vector delpos=null;\r
 126     if (length==0)\r
 127       return null;\r
 128     int cursor=0; // range counter for deletions\r
 129     int vcursor=0; // visible column index\r
 130     int offset=0; // shift in visible column index as deletions are made\r
 131     int i=0;\r
 132     while (i<length) {\r
 133       if (operation[i]!=D) {\r
 134         if (operation[i]==M)\r
 135           cursor+=range[i];\r
 136         vcursor+=range[i++];\r
 137       }\r
 138       else\r
 139       {\r
 140         if (delpos==null)\r
 141           delpos=new java.util.Vector();\r
 142         int delstart=cursor, delend=cursor+range[i]-1; // inclusive\r
 143         delpos.addElement(new int[] { vcursor+offset, range[i]}); // index of right hand column after hidden region boundary\r
 144         offset+=range[i]-1; // shift in visible column coordinates\r
 145         System.arraycopy(operation, i+1, operation, i, length-i);\r
 146         System.arraycopy(range, i+1, range, i, length-i);\r
 147         length--;\r
 148         /*        int dmax=0;\r
 149          for (int s=0; s<refCigars.length; s++) {\r
 150            int d = refCigars[s].deleteRange(delstart, delend);\r
 151            if (d>dmax)\r
 152              dmax=d;\r
 153          }\r
 154          offset+=dmax; // shift in visible column coordinates\r
 155          */\r
 156         for (int s=0; s<refCigars.length; s++) {\r
 157           int d = refCigars[s].deleteRange(delstart, delend);\r
 158         }\r
 159 \r
 160       }\r
 161     }\r
 162     if (delpos!=null)\r
 163     {\r
 164       int[] pos=new int[delpos.size()*2];\r
 165       for (int k = 0, l = delpos.size(); k < l; k++) {\r
 166         int[] dr = ((int[]) delpos.elementAt(k));\r
 167         pos[k*2] = dr[0];\r
 168         pos[k*2+1] = dr[1];\r
 169         delpos.setElementAt(null,k);\r
 170       }\r
 171       delpos=null;\r
 172       return pos;\r
 173     }\r
 174     return null;\r
 175   }\r
 176   /**\r
 177    *\r
 178    * @return SeqCigar[] or null if CigarArray is not a SeqCigarArray (ie it does not resolve to set of seqCigars)\r
 179    */\r
 180   public SeqCigar[] getSeqCigarArray() {\r
 181     if (!isSeqCigarArray())\r
 182       return null;\r
 183     SeqCigar[] sa = new SeqCigar[refCigars.length];\r
 184     for (int i=0; i<refCigars.length; i++)\r
 185       sa[i] = (SeqCigar) refCigars[i];\r
 186     return sa;\r
 187   }\r
 188 }\r