src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class CigarCigar extends CigarSimple
  22 {
  23   SeqCigar refCigar;
  24
  25   /**
  26    * Apply CIGAR operations to the result of another cigar
  27    *
  28    * @param cigar
  29    *          Cigar
  30    */
  31   CigarCigar(SeqCigar cigar)
  32   {
  33     super();
  34     refCigar = cigar;
  35   }
  36
  37   /**
  38    *
  39    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object
  40    * @param GapChar
  41    *          char
  42    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method
  43    */
  44   public String getSequenceString(char GapChar)
  45   {
  46     if (length == 0)
  47     {
  48       return "";
  49     }
  50     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);
  51     if (refString != null)
  52     {
  53       return (length == 0) ? "" : (String) getSequenceAndDeletions(
  54               refString, GapChar)[0];
  55     }
  56     else
  57     {
  58       return null;
  59     }
  60   }
  61
  62 }