src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.datamodel;\r
  19 \r
  20 public class CigarCigar extends CigarSimple\r
  21 {\r
  22   SeqCigar refCigar;\r
  23 \r
  24   /**\r
  25    * Apply CIGAR operations to the result of another cigar\r
  26    * \r
  27    * @param cigar\r
  28    *          Cigar\r
  29    */\r
  30   CigarCigar(SeqCigar cigar)\r
  31   {\r
  32     super();\r
  33     refCigar = cigar;\r
  34   }\r
  35 \r
  36   /**\r
  37    * \r
  38    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object\r
  39    * @param GapChar\r
  40    *          char\r
  41    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method\r
  42    */\r
  43   public String getSequenceString(char GapChar)\r
  44   {\r
  45     if (length == 0)\r
  46     {\r
  47       return "";\r
  48     }\r
  49     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);\r
  50     if (refString != null)\r
  51     {\r
  52       return (length == 0) ? "" : (String) getSequenceAndDeletions(\r
  53               refString, GapChar)[0];\r
  54     }\r
  55     else\r
  56     {\r
  57       return null;\r
  58     }\r
  59   }\r
  60 \r
  61 }\r