src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.datamodel;
  19
  20 public class CigarCigar extends CigarSimple
  21 {
  22   SeqCigar refCigar;
  23
  24   /**
  25    * Apply CIGAR operations to the result of another cigar
  26    *
  27    * @param cigar
  28    *          Cigar
  29    */
  30   CigarCigar(SeqCigar cigar)
  31   {
  32     super();
  33     refCigar = cigar;
  34   }
  35
  36   /**
  37    *
  38    * @return String formed by applying CIGAR operations to the reference object
  39    * @param GapChar
  40    *          char
  41    * @todo Implement this jalview.datamodel.Cigar method
  42    */
  43   public String getSequenceString(char GapChar)
  44   {
  45     if (length == 0)
  46     {
  47       return "";
  48     }
  49     String refString = refCigar.getSequenceString(GapChar);
  50     if (refString != null)
  51     {
  52       return (length == 0) ? "" : (String) getSequenceAndDeletions(
  53               refString, GapChar)[0];
  54     }
  55     else
  56     {
  57       return null;
  58     }
  59   }
  60
  61 }