src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.util.*;\r
  24 \r
  25 /**\r
  26  * NOTE: Columns are zero based.\r
  27  */\r
  28 public class ColumnSelection\r
  29 {\r
  30   Vector selected = new Vector();\r
  31 \r
  32   //Vector of int [] {startCol, endCol}\r
  33   Vector hiddenColumns;\r
  34 \r
  35   /**\r
  36    * Add a column to the selection\r
  37    *\r
  38    * @param col index of column\r
  39    */\r
  40   public void addElement(int col)\r
  41   {\r
  42     Integer column = new Integer(col);\r
  43     if (!selected.contains(column))\r
  44     {\r
  45       selected.addElement(column);\r
  46     }\r
  47   }\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * clears column selection\r
  51    */\r
  52   public void clear()\r
  53   {\r
  54     selected.removeAllElements();\r
  55   }\r
  56 \r
  57   /**\r
  58    * removes col from selection\r
  59    *\r
  60    * @param col index of column to be removed\r
  61    */\r
  62   public void removeElement(int col)\r
  63   {\r
  64     Integer colInt = new Integer(col);\r
  65 \r
  66     if (selected.contains(colInt))\r
  67     {\r
  68       selected.removeElement(colInt);\r
  69     }\r
  70   }\r
  71 \r
  72   /**\r
  73    * removes a range of columns from the selection\r
  74    * @param start int - first column in range to be removed\r
  75    * @param end int - last col\r
  76    */\r
  77   public void removeElements(int start, int end)\r
  78   {\r
  79     Integer colInt;\r
  80     for (int i = start; i < end; i++)\r
  81     {\r
  82       colInt = new Integer(i);\r
  83       if (selected.contains(colInt))\r
  84       {\r
  85         selected.removeElement(colInt);\r
  86       }\r
  87     }\r
  88   }\r
  89 \r
  90   /**\r
  91    *\r
  92    * @return Vector containing selected columns as Integers\r
  93    */\r
  94   public Vector getSelected()\r
  95   {\r
  96     return selected;\r
  97   }\r
  98 \r
  99   /**\r
 100    *\r
 101    * @param col index to search for in column selection\r
 102    *\r
 103    * @return true if Integer(col) is in selection.\r
 104    */\r
 105   public boolean contains(int col)\r
 106   {\r
 107     return selected.contains(new Integer(col));\r
 108   }\r
 109 \r
 110   /**\r
 111    * DOCUMENT ME!\r
 112    *\r
 113    * @param i DOCUMENT ME!\r
 114    *\r
 115    * @return DOCUMENT ME!\r
 116    */\r
 117   public int columnAt(int i)\r
 118   {\r
 119     return ( (Integer) selected.elementAt(i)).intValue();\r
 120   }\r
 121 \r
 122   /**\r
 123    * DOCUMENT ME!\r
 124    *\r
 125    * @return DOCUMENT ME!\r
 126    */\r
 127   public int size()\r
 128   {\r
 129     return selected.size();\r
 130   }\r
 131 \r
 132   /**\r
 133    * DOCUMENT ME!\r
 134    *\r
 135    * @return DOCUMENT ME!\r
 136    */\r
 137   public int getMax()\r
 138   {\r
 139     int max = -1;\r
 140 \r
 141     for (int i = 0; i < selected.size(); i++)\r
 142     {\r
 143       if (columnAt(i) > max)\r
 144       {\r
 145         max = columnAt(i);\r
 146       }\r
 147     }\r
 148 \r
 149     return max;\r
 150   }\r
 151 \r
 152   /**\r
 153    * DOCUMENT ME!\r
 154    *\r
 155    * @return DOCUMENT ME!\r
 156    */\r
 157   public int getMin()\r
 158   {\r
 159     int min = 1000000000;\r
 160 \r
 161     for (int i = 0; i < selected.size(); i++)\r
 162     {\r
 163       if (columnAt(i) < min)\r
 164       {\r
 165         min = columnAt(i);\r
 166       }\r
 167     }\r
 168 \r
 169     return min;\r
 170   }\r
 171 \r
 172   /**\r
 173    * propagate shift in alignment columns to column selection\r
 174    *\r
 175    * @param start beginning of edit\r
 176    * @param left shift in edit (+ve for removal, or -ve for inserts)\r
 177    */\r
 178   public Vector compensateForEdit(int start, int change)\r
 179   {\r
 180     Vector deletedHiddenColumns = null;\r
 181     for (int i = 0; i < size(); i++)\r
 182     {\r
 183       int temp = columnAt(i);\r
 184 \r
 185       if (temp >= start)\r
 186       {\r
 187         selected.setElementAt(new Integer(temp - change), i);\r
 188       }\r
 189     }\r
 190 \r
 191     if (hiddenColumns != null)\r
 192     {\r
 193       deletedHiddenColumns = new Vector();\r
 194       int hSize = hiddenColumns.size();\r
 195       for (int i = 0; i < hSize; i++)\r
 196       {\r
 197         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 198         if (region[0] > start && start + change > region[1])\r
 199         {\r
 200           deletedHiddenColumns.addElement(\r
 201               hiddenColumns.elementAt(i));\r
 202 \r
 203           hiddenColumns.removeElementAt(i);\r
 204           i--;\r
 205           hSize--;\r
 206           continue;\r
 207         }\r
 208 \r
 209         if (region[0] > start)\r
 210         {\r
 211           region[0] -= change;\r
 212           region[1] -= change;\r
 213         }\r
 214 \r
 215         if (region[0] < 0)\r
 216         {\r
 217           region[0] = 0;\r
 218         }\r
 219 \r
 220       }\r
 221 \r
 222       this.revealHiddenColumns(0);\r
 223     }\r
 224 \r
 225     return deletedHiddenColumns;\r
 226   }\r
 227 \r
 228   /**\r
 229    * propagate shift in alignment columns to column selection\r
 230    * special version of compensateForEdit - allowing for edits within hidden regions\r
 231    * @param start beginning of edit\r
 232    * @param left shift in edit (+ve for removal, or -ve for inserts)\r
 233    */\r
 234   private void compensateForDelEdits(int start, int change)\r
 235   {\r
 236     for (int i = 0; i < size(); i++)\r
 237     {\r
 238       int temp = columnAt(i);\r
 239 \r
 240       if (temp >= start)\r
 241       {\r
 242         selected.setElementAt(new Integer(temp - change), i);\r
 243       }\r
 244     }\r
 245 \r
 246     if (hiddenColumns != null)\r
 247     {\r
 248       for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 249       {\r
 250         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 251         if (region[0] >= start)\r
 252         {\r
 253           region[0] -= change;\r
 254         }\r
 255         if (region[1] >= start)\r
 256         {\r
 257           region[1] -= change;\r
 258         }\r
 259         if (region[1] < region[0])\r
 260         {\r
 261           hiddenColumns.removeElementAt(i--);\r
 262         }\r
 263 \r
 264         if (region[0] < 0)\r
 265         {\r
 266           region[0] = 0;\r
 267         }\r
 268         if (region[1] < 0)\r
 269         {\r
 270           region[1] = 0;\r
 271         }\r
 272       }\r
 273     }\r
 274   }\r
 275 \r
 276   /**\r
 277    * Adjust hidden column boundaries based on a series of column\r
 278    * additions or deletions in visible regions.\r
 279    * @param shiftrecord\r
 280    * @return\r
 281    */\r
 282   public ShiftList compensateForEdits(ShiftList shiftrecord)\r
 283   {\r
 284     if (shiftrecord != null)\r
 285     {\r
 286       Vector shifts = shiftrecord.shifts;\r
 287       if (shifts != null && shifts.size() > 0)\r
 288       {\r
 289         int shifted = 0;\r
 290         for (int i = 0, j = shifts.size(); i < j; i++)\r
 291         {\r
 292           int[] sh = (int[]) shifts.elementAt(i);\r
 293           //compensateForEdit(shifted+sh[0], sh[1]);\r
 294           compensateForDelEdits(shifted + sh[0], sh[1]);\r
 295           shifted -= sh[1];\r
 296         }\r
 297       }\r
 298       return shiftrecord.getInverse();\r
 299     }\r
 300     return null;\r
 301   }\r
 302 \r
 303   /**\r
 304    * removes intersection of position,length ranges in deletions\r
 305    * from the start,end regions marked in intervals.\r
 306    * @param deletions\r
 307    * @param intervals\r
 308    * @return\r
 309    */\r
 310   private boolean pruneIntervalVector(Vector deletions, Vector intervals)\r
 311   {\r
 312     boolean pruned = false;\r
 313     int i = 0, j = intervals.size() - 1, s = 0, t = deletions.size() - 1;\r
 314     int hr[] = (int[]) intervals.elementAt(i);\r
 315     int sr[] = (int[]) deletions.elementAt(s);\r
 316     while (i <= j && s <= t)\r
 317     {\r
 318       boolean trailinghn = hr[1] >= sr[0];\r
 319       if (!trailinghn)\r
 320       {\r
 321         if (i < j)\r
 322         {\r
 323           hr = (int[]) intervals.elementAt(++i);\r
 324         }\r
 325         else\r
 326         {\r
 327           i++;\r
 328         }\r
 329         continue;\r
 330       }\r
 331       int endshift = sr[0] + sr[1]; // deletion ranges - -ve means an insert\r
 332       if (endshift < hr[0] || endshift < sr[0])\r
 333       { // leadinghc disjoint or not a deletion\r
 334         if (s < t)\r
 335         {\r
 336           sr = (int[]) deletions.elementAt(++s);\r
 337         }\r
 338         else\r
 339         {\r
 340           s++;\r
 341         }\r
 342         continue;\r
 343       }\r
 344       boolean leadinghn = hr[0] >= sr[0];\r
 345       boolean leadinghc = hr[0] < endshift;\r
 346       boolean trailinghc = hr[1] < endshift;\r
 347       if (leadinghn)\r
 348       {\r
 349         if (trailinghc)\r
 350         { // deleted hidden region.\r
 351           intervals.removeElementAt(i);\r
 352           pruned = true;\r
 353           j--;\r
 354           if (i <= j)\r
 355           {\r
 356             hr = (int[]) intervals.elementAt(i);\r
 357           }\r
 358           continue;\r
 359         }\r
 360         if (leadinghc)\r
 361         {\r
 362           hr[0] = endshift; // clip c terminal region\r
 363           leadinghn = !leadinghn;\r
 364           pruned = true;\r
 365         }\r
 366       }\r
 367       if (!leadinghn)\r
 368       {\r
 369         if (trailinghc)\r
 370         {\r
 371           if (trailinghn)\r
 372           {\r
 373             hr[1] = sr[0] - 1;\r
 374             pruned = true;\r
 375           }\r
 376         }\r
 377         else\r
 378         {\r
 379           // sr contained in hr\r
 380           if (s < t)\r
 381           {\r
 382             sr = (int[]) deletions.elementAt(++s);\r
 383           }\r
 384           else\r
 385           {\r
 386             s++;\r
 387           }\r
 388           continue;\r
 389         }\r
 390       }\r
 391     }\r
 392     return pruned; // true if any interval was removed or modified by operations.\r
 393   }\r
 394 \r
 395   private boolean pruneColumnList(Vector deletion, Vector list)\r
 396   {\r
 397     int s = 0, t = deletion.size();\r
 398     int[] sr = (int[]) list.elementAt(s++);\r
 399     boolean pruned = false;\r
 400     int i = 0, j = list.size();\r
 401     while (i < j && s <= t)\r
 402     {\r
 403       int c = ( (Integer) list.elementAt(i++)).intValue();\r
 404       if (sr[0] <= c)\r
 405       {\r
 406         if (sr[1] + sr[0] >= c)\r
 407         { // sr[1] -ve means inseriton.\r
 408           list.removeElementAt(--i);\r
 409           j--;\r
 410         }\r
 411         else\r
 412         {\r
 413           if (s < t)\r
 414           {\r
 415             sr = (int[]) deletion.elementAt(s);\r
 416           }\r
 417           s++;\r
 418         }\r
 419       }\r
 420     }\r
 421     return pruned;\r
 422   }\r
 423 \r
 424   /**\r
 425    * remove any hiddenColumns or selected columns and shift remaining\r
 426    * based on a series of position, range deletions.\r
 427    * @param deletions\r
 428    */\r
 429   public void pruneDeletions(ShiftList deletions)\r
 430   {\r
 431     if (deletions != null)\r
 432     {\r
 433       Vector shifts = deletions.shifts;\r
 434       if (shifts != null && shifts.size() > 0)\r
 435       {\r
 436         // delete any intervals intersecting.\r
 437         if (hiddenColumns != null)\r
 438         {\r
 439           pruneIntervalVector(shifts, hiddenColumns);\r
 440           if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() == 0)\r
 441           {\r
 442             hiddenColumns = null;\r
 443           }\r
 444         }\r
 445         if (selected != null && selected.size() > 0)\r
 446         {\r
 447           pruneColumnList(shifts, selected);\r
 448           if (selected != null && selected.size() == 0)\r
 449           {\r
 450             selected = null;\r
 451           }\r
 452         }\r
 453         // and shift the rest.\r
 454         this.compensateForEdits(deletions);\r
 455       }\r
 456     }\r
 457   }\r
 458 \r
 459   /**\r
 460    * This Method is used to return all the HiddenColumn regions\r
 461    * less than the given index.\r
 462    * @param end int\r
 463    * @return Vector\r
 464    */\r
 465   public Vector getHiddenColumns()\r
 466   {\r
 467     return hiddenColumns;\r
 468   }\r
 469 \r
 470   /**\r
 471    * Return absolute column index for a visible column index\r
 472    * @param column int column index in alignment view\r
 473    * @return alignment column index for column\r
 474    */\r
 475   public int adjustForHiddenColumns(int column)\r
 476   {\r
 477     int result = column;\r
 478     if (hiddenColumns != null)\r
 479     {\r
 480       for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 481       {\r
 482         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 483         if (result >= region[0])\r
 484         {\r
 485           result += region[1] - region[0] + 1;\r
 486         }\r
 487       }\r
 488     }\r
 489     return result;\r
 490   }\r
 491 \r
 492   /**\r
 493    * Use this method to find out where a visible column is in the alignment\r
 494    * when hidden columns exist\r
 495    * @param hiddenColumn int\r
 496    * @return int\r
 497    */\r
 498   public int findColumnPosition(int hiddenColumn)\r
 499   {\r
 500     int result = hiddenColumn;\r
 501     if (hiddenColumns != null)\r
 502     {\r
 503       int index = 0;\r
 504       int gaps = 0;\r
 505       do\r
 506       {\r
 507         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(index);\r
 508         if (hiddenColumn > region[1])\r
 509         {\r
 510           result -= region[1] + 1 - region[0];\r
 511         }\r
 512         index++;\r
 513       }\r
 514       while (index < hiddenColumns.size());\r
 515 \r
 516       result -= gaps;\r
 517     }\r
 518 \r
 519     return result;\r
 520   }\r
 521 \r
 522   /**\r
 523    * Use this method to determine where the next hiddenRegion starts\r
 524    */\r
 525   public int findHiddenRegionPosition(int hiddenRegion)\r
 526   {\r
 527     int result = 0;\r
 528     if (hiddenColumns != null)\r
 529     {\r
 530       int index = 0;\r
 531       int gaps = 0;\r
 532       do\r
 533       {\r
 534         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(index);\r
 535         if (hiddenRegion == 0)\r
 536         {\r
 537           return region[0];\r
 538         }\r
 539 \r
 540         gaps += region[1] + 1 - region[0];\r
 541         result = region[1] + 1;\r
 542         index++;\r
 543       }\r
 544       while (index < hiddenRegion + 1);\r
 545 \r
 546       result -= gaps;\r
 547     }\r
 548 \r
 549     return result;\r
 550   }\r
 551 \r
 552   /**\r
 553    * THis method returns the rightmost limit of a\r
 554    * region of an alignment with hidden columns.\r
 555    * In otherwords, the next hidden column.\r
 556    * @param index int\r
 557    */\r
 558   public int getHiddenBoundaryRight(int alPos)\r
 559   {\r
 560     if (hiddenColumns != null)\r
 561     {\r
 562       int index = 0;\r
 563       do\r
 564       {\r
 565         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(index);\r
 566         if (alPos < region[0])\r
 567         {\r
 568           return region[0];\r
 569         }\r
 570 \r
 571         index++;\r
 572       }\r
 573       while (index < hiddenColumns.size());\r
 574     }\r
 575 \r
 576     return alPos;\r
 577 \r
 578   }\r
 579 \r
 580   /**\r
 581    * This method returns the leftmost limit of a\r
 582    * region of an alignment with hidden columns.\r
 583    * In otherwords, the previous hidden column.\r
 584    * @param index int\r
 585    */\r
 586   public int getHiddenBoundaryLeft(int alPos)\r
 587   {\r
 588     if (hiddenColumns != null)\r
 589     {\r
 590       int index = hiddenColumns.size() - 1;\r
 591       do\r
 592       {\r
 593         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(index);\r
 594         if (alPos > region[1])\r
 595         {\r
 596           return region[1];\r
 597         }\r
 598 \r
 599         index--;\r
 600       }\r
 601       while (index > -1);\r
 602     }\r
 603 \r
 604     return alPos;\r
 605 \r
 606   }\r
 607 \r
 608   public void hideSelectedColumns()\r
 609   {\r
 610     while (size() > 0)\r
 611     {\r
 612       int column = ( (Integer) getSelected().firstElement()).intValue();\r
 613       hideColumns(column);\r
 614     }\r
 615 \r
 616   }\r
 617 \r
 618   public void hideColumns(int start, int end)\r
 619   {\r
 620     if (hiddenColumns == null)\r
 621     {\r
 622       hiddenColumns = new Vector();\r
 623     }\r
 624 \r
 625     boolean added = false;\r
 626     boolean overlap = false;\r
 627 \r
 628     for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 629     {\r
 630       int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 631       if (start <= region[1] && end >= region[0])\r
 632       {\r
 633         hiddenColumns.removeElementAt(i);\r
 634         overlap = true;\r
 635         break;\r
 636       }\r
 637       else if (end < region[0] && start < region[0])\r
 638       {\r
 639         hiddenColumns.insertElementAt(new int[]\r
 640                                       {start, end}, i);\r
 641         added = true;\r
 642         break;\r
 643       }\r
 644     }\r
 645 \r
 646     if (overlap)\r
 647     {\r
 648       hideColumns(start, end);\r
 649     }\r
 650     else if (!added)\r
 651     {\r
 652       hiddenColumns.addElement(new int[]\r
 653                                {start, end});\r
 654     }\r
 655 \r
 656   }\r
 657 \r
 658   /**\r
 659    * This method will find a range of selected columns\r
 660    * around the column specified\r
 661    * @param res int\r
 662    */\r
 663   public void hideColumns(int col)\r
 664   {\r
 665     // First find out range of columns to hide\r
 666     int min = col, max = col + 1;\r
 667     while (contains(min))\r
 668     {\r
 669       removeElement(min);\r
 670       min--;\r
 671     }\r
 672 \r
 673     while (contains(max))\r
 674     {\r
 675       removeElement(max);\r
 676       max++;\r
 677     }\r
 678 \r
 679     min++;\r
 680     max--;\r
 681     if (min > max)\r
 682     {\r
 683       min = max;\r
 684     }\r
 685 \r
 686     hideColumns(min, max);\r
 687   }\r
 688 \r
 689   public void revealAllHiddenColumns()\r
 690   {\r
 691     if (hiddenColumns != null)\r
 692     {\r
 693       for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 694       {\r
 695         int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 696         for (int j = region[0]; j < region[1] + 1; j++)\r
 697         {\r
 698           addElement(j);\r
 699         }\r
 700       }\r
 701     }\r
 702 \r
 703     hiddenColumns = null;\r
 704   }\r
 705 \r
 706   public void revealHiddenColumns(int res)\r
 707   {\r
 708     for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 709     {\r
 710       int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 711       if (res == region[0])\r
 712       {\r
 713         for (int j = region[0]; j < region[1] + 1; j++)\r
 714         {\r
 715           addElement(j);\r
 716         }\r
 717 \r
 718         hiddenColumns.removeElement(region);\r
 719         break;\r
 720       }\r
 721     }\r
 722     if (hiddenColumns.size() == 0)\r
 723     {\r
 724       hiddenColumns = null;\r
 725     }\r
 726   }\r
 727 \r
 728   public boolean isVisible(int column)\r
 729   {\r
 730     for (int i = 0; i < hiddenColumns.size(); i++)\r
 731     {\r
 732       int[] region = (int[]) hiddenColumns.elementAt(i);\r
 733       if (column >= region[0] && column <= region[1])\r
 734       {\r
 735         return false;\r
 736       }\r
 737     }\r
 738     return true;\r
 739   }\r
 740 \r
 741   /**\r
 742    * Copy constructor\r
 743    * @param copy\r
 744    */\r
 745   public ColumnSelection(ColumnSelection copy)\r
 746   {\r
 747     if (copy != null)\r
 748     {\r
 749       if (copy.selected != null)\r
 750       {\r
 751         selected = new Vector();\r
 752         for (int i = 0, j = copy.selected.size(); i < j; i++)\r
 753         {\r
 754           selected.addElement(copy.selected.elementAt(i));\r
 755         }\r
 756       }\r
 757       if (copy.hiddenColumns != null)\r
 758       {\r
 759         hiddenColumns = new Vector(copy.hiddenColumns.size());\r
 760         for (int i = 0, j = copy.hiddenColumns.size(); i < j; i++)\r
 761         {\r
 762           int[] rh, cp;\r
 763           rh = (int[]) copy.hiddenColumns.elementAt(i);\r
 764           if (rh != null)\r
 765           {\r
 766             cp = new int[rh.length];\r
 767             System.arraycopy(rh, 0, cp, 0, rh.length);\r
 768             hiddenColumns.addElement(cp);\r
 769           }\r
 770         }\r
 771       }\r
 772     }\r
 773   }\r
 774 \r
 775   /**\r
 776    * ColumnSelection\r
 777    */\r
 778   public ColumnSelection()\r
 779   {\r
 780   }\r
 781 \r
 782   public String[] getVisibleSequenceStrings(int start, int end,\r
 783                                             SequenceI[] seqs)\r
 784   {\r
 785     int i, iSize = seqs.length;\r
 786     String selection[] = new String[iSize];\r
 787     if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() > 0)\r
 788     {\r
 789       for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 790       {\r
 791         StringBuffer visibleSeq = new StringBuffer();\r
 792         Vector regions = getHiddenColumns();\r
 793 \r
 794         int blockStart = start, blockEnd = end;\r
 795         int[] region;\r
 796         int hideStart, hideEnd;\r
 797 \r
 798         for (int j = 0; j < regions.size(); j++)\r
 799         {\r
 800           region = (int[]) regions.elementAt(j);\r
 801           hideStart = region[0];\r
 802           hideEnd = region[1];\r
 803 \r
 804           if (hideStart < start)\r
 805           {\r
 806             continue;\r
 807           }\r
 808 \r
 809           blockStart = Math.min(blockStart, hideEnd + 1);\r
 810           blockEnd = Math.min(blockEnd, hideStart);\r
 811 \r
 812           if (blockStart > blockEnd)\r
 813           {\r
 814             break;\r
 815           }\r
 816 \r
 817           visibleSeq.append(seqs[i].getSequence(blockStart, blockEnd));\r
 818 \r
 819           blockStart = hideEnd + 1;\r
 820           blockEnd = end;\r
 821         }\r
 822 \r
 823         if (end > blockStart)\r
 824         {\r
 825           visibleSeq.append(seqs[i].getSequence(blockStart, end));\r
 826         }\r
 827 \r
 828         selection[i] = visibleSeq.toString();\r
 829       }\r
 830     }\r
 831     else\r
 832     {\r
 833       for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 834       {\r
 835         selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString(start, end);\r
 836       }\r
 837     }\r
 838 \r
 839     return selection;\r
 840   }\r
 841 \r
 842   /**\r
 843    * return all visible segments between the given start and end boundaries\r
 844    *\r
 845    * @param start (first column inclusive from 0)\r
 846    * @param end (last column - not inclusive)\r
 847    * @return int[] {i_start, i_end, ..} where intervals lie in start<=i_start<=i_end<end\r
 848    */\r
 849   public int[] getVisibleContigs(int start, int end)\r
 850   {\r
 851     if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() > 0)\r
 852     {\r
 853       Vector visiblecontigs = new Vector();\r
 854       Vector regions = getHiddenColumns();\r
 855 \r
 856       int vstart = start;\r
 857       int[] region;\r
 858       int hideStart, hideEnd;\r
 859 \r
 860       for (int j = 0; vstart < end && j < regions.size(); j++)\r
 861       {\r
 862         region = (int[]) regions.elementAt(j);\r
 863         hideStart = region[0];\r
 864         hideEnd = region[1];\r
 865 \r
 866         if (hideEnd < vstart)\r
 867         {\r
 868           continue;\r
 869         }\r
 870         if (hideStart > vstart)\r
 871         {\r
 872           visiblecontigs.addElement(new int[]\r
 873                                     {vstart, hideStart - 1});\r
 874         }\r
 875         vstart = hideEnd + 1;\r
 876       }\r
 877 \r
 878       if (vstart < end)\r
 879       {\r
 880         visiblecontigs.addElement(new int[]\r
 881                                   {vstart, end - 1});\r
 882       }\r
 883       int[] vcontigs = new int[visiblecontigs.size() * 2];\r
 884       for (int i = 0, j = visiblecontigs.size(); i < j; i++)\r
 885       {\r
 886         int[] vc = (int[]) visiblecontigs.elementAt(i);\r
 887         visiblecontigs.setElementAt(null, i);\r
 888         vcontigs[i * 2] = vc[0];\r
 889         vcontigs[i * 2 + 1] = vc[1];\r
 890       }\r
 891       visiblecontigs.removeAllElements();\r
 892       return vcontigs;\r
 893     }\r
 894     else\r
 895     {\r
 896       return new int[]\r
 897           {\r
 898           start, end - 1};\r
 899     }\r
 900   }\r
 901 }\r