src/jalview/datamodel/ContactListImpl.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * helper class to compute min/max/mean for a range on a contact list
   5  *
   6  * @author jprocter
   7  *
   8  */
   9 public class ContactListImpl implements ContactListI
  10 {
  11   ContactListProviderI clist;
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  13
  14   public static ContactListI newContactList(ContactListProviderI list)
  15   {
  16     return new ContactListImpl(list);
  17   }
  18
  19   public ContactListImpl(ContactListProviderI list)
  20   {
  21     clist = list;
  22   }
  23
  24   @Override
  25   public double getContactAt(int column)
  26   {
  27     return clist.getContactAt(column);
  28   }
  29
  30   @Override
  31   public int getContactHeight()
  32   {
  33     return clist.getContactHeight();
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public ContactRange getRangeFor(int from_column, int to_column)
  38   {
  39     if (clist instanceof ContactListI)
  40     {
  41       // clist may implement getRangeFor in a more efficient way, so use theirs
  42       return ((ContactListI) clist).getRangeFor(from_column, to_column);
  43     }
  44     if (from_column < 0)
  45     {
  46       from_column = 0;
  47     }
  48     if (to_column > getContactHeight())
  49     {
  50       to_column = getContactHeight();
  51     }
  52     ContactRange cr = new ContactRange();
  53     cr.setFrom_column(from_column);
  54     cr.setTo_column(to_column);
  55     double tot = 0;
  56     for (int i = from_column; i < to_column; i++)
  57     {
  58       double contact = getContactAt(i);
  59       tot += contact;
  60       if (i == from_column)
  61       {
  62         cr.setMin(contact);
  63         cr.setMax(contact);
  64         cr.setMinPos(i);
  65         cr.setMaxPos(i);
  66       }
  67       else
  68       {
  69         if (cr.getMax() < contact)
  70         {
  71           cr.setMax(contact);
  72           cr.setMaxPos(i);
  73         }
  74         if (cr.getMin() < contact)
  75         {
  76           cr.setMin(contact);
  77           cr.setMinPos(i);
  78         }
  79       }
  80     }
  81     if (tot > 0)
  82     {
  83       cr.setMean(tot / (to_column - from_column));
  84     }
  85     else
  86     {
  87       cr.setMean(tot);
  88     }
  89     return cr;
  90   }
  91
  92 }